Serum und Plasma Kopie Nummer Erkennung mittels Real-Time PCR
15. Dezember 2017
Dieses Manuskript beschreibt die Kopie Variation Zahlenanalyse in Serum oder Plasma DNA mit Echtzeit-PCR-Ansatz durchgeführt. Diese Methode eignet sich für die Vorhersage von Resistenzen in Kastration resistenten Prostatakrebs-Patienten, aber es könnte auch für andere Krankheiten informativ sein.
Das übergeordnete Ziel dieser Methode ist es, die Variation der Genkopienzahl in Serum- oder Plasmaproben zu detektieren. Diese Methode kann dazu beitragen, Schlüsselfragen im Bereich des fortgeschrittenen Prostatakarzinoms zu beantworten, wie z. B. den Nachweis von Markern, die zur Vorhersage oder Überwachung der Sporenreduktion nützlich sind. Der Hauptvorteil dieser Technik ist, dass sie einfach und schnell durchzuführen ist. Die Implikationen dieser Technik erstrecken sich auf die Therapie von fortgeschrittenem Prostatakrebs, da die Variation der Kopienzahl der Androgenrezeptoren ein häufiges Ereignis ist. Im Allgemeinen werden Personen, die neu in dieser Methode sind, Schwierigkeiten haben, da die Konzentration und die Qualität der zellfreien DNA oft niedriger ist als erwartet. Für die Serumentnahme gehen Sie von fünf Millilitern Vollblut und Serum ohne Antikoagulanzien heran, die bei vier Grad Celsius gehalten werden.Beginnen Sie damit, die Proben 15 Minuten lang bei 1.000 g zu zentrifugieren.Der Überstand ist das Serum. Füllen Sie es in Zwei-Milliliter-Röhrchen um und entsorgen Sie das Pellet. Wenn das Serum nicht sofort verarbeitet wird, frieren Sie die Proben bei 80 ein.
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Übersicht
Dieses Manuskript beschreibt die Analyse von Kopienzahlvariationen in DNA aus Serum oder Plasma mithilfe eines Echtzeit-PCR-Ansatzes. Diese Methode eignet sich zur Vorhersage der Arzneimittelresistenz bei Patienten mit kastrationsresistentem Prostatakarzinom und könnte auch für andere Erkrankungen aussagekräftig sein.
Wesentliche Studienkomponenten
Bereich der Wissenschaft
- Onkologie
- Genomik
- Klinische Forschung
Hintergrund
- Variationen in der Kopienzahl (CNV) können den Krankheitsverlauf beeinflussen.
- Die Echtzeit-PCR ist eine empfindliche Methode zum Nachweis von CNVs.
- Prostatakarzinom im kastrationsresistenten Stadium stellt besondere Herausforderungen in der Behandlung dar.
- Das Verständnis der Mechanismen der Arzneimittelresistenz ist entscheidend für das Patientenmanagement.
Zweck der Studie
- Um CNV in DNA aus Serum oder Plasma zu analysieren.
- Um das Potenzial dieser Methode bei der Vorhersage von Arzneimittelresistenz zu bewerten.
- Um deren Anwendbarkeit auf andere Krankheiten zu untersuchen.
Verwendete Methoden
- Echtzeit-PCR zur CNV-Analyse.
- Probenentnahme aus Serum oder Plasma.
- Statistische Analyse der CNV-Daten.
- Vergleich mit klinischen Ergebnissen bei Prostatakrebspatienten.
Hauptergebnisse
- Identifizierung spezifischer CNVs, die mit Arzneimittelresistenz assoziiert sind.
- Korrelation zwischen CNV-Mustern und Patientenergebnissen.
- Nachweis der Empfindlichkeit und Spezifität der Methode.
- Mögliche Implikationen für Behandlungsstrategien beim Prostatakarzinom.
Schlussfolgerungen
- Die Echtzeit-PCR-Methode ist wirksam für die CNV-Analyse.
- Die Ergebnisse könnten das Verständnis der Arzneimittelresistenz bei Krebs verbessern.
- Weitere Forschung ist erforderlich, um die Ergebnisse bei anderen Erkrankungen zu validieren.
Häufig gestellte Fragen
Ausschlaggebende Bedeutung für die Industrie
Der Nachweis eines Gewinns der Androgenrezeptor-Kopienzahl in zirkulierender, zellfreier DNA ermöglicht eine nichtinvasive Überwachung therapeutischer Resistenzmechanismen beim metastasierten kastrationsresistenten Prostatakarzinom. Dieser Ansatz unterstützt die frühzeitige Identifizierung eines Therapieversagens und leitet klinische Entscheidungen durch minimalinvasive Probennahme ein. Die Methode bietet einen schnellen, skalierbaren Arbeitsablauf für die Biomarker-Bewertung in Anwendungen der Flüssigbiopsie.
Strategische Anwendungen in der Biopharma-Forschung und -Entwicklung
Frühe Entdeckung und Zielvalidierung
- Wissenschaftlicher Wert: Ermöglicht die Untersuchung der AR-Genamplifikation als Treiber der therapeutischen Resistenz in Modellen des Prostatakarzinoms.
- Operativer Wert: Verwendet cfDNA aus Serum/Plasma, um invasive Gewebeproben in Längsschnittstudien zu vermeiden.
Screening und Assay-Entwicklung
- Wissenschaftlicher Wert: Ermöglicht quantitative CN-Messungen mittels duplex Echtzeit-PCR mit den Referenzgenen RNaseP und AGO1.
- Operativer Wert: Standardisierte Zugabe von 60 ng DNA pro Assay gewährleistet die Reproduzierbarkeit über verschiedene Probensätze hinweg.
Translationale und präklinische Forschung
- Wissenschaftlicher Wert: cfDNA AR-Kopienzahlvermehrung korreliert mit dem Fortschreiten des mCRPC und unterstützt Bemühungen zur Biomarker-Qualifizierung.
- Operationaler Wert: Die nicht-invasive Probennahme ermöglicht eine häufige Überwachung in präklinischen und klinischen Kohorten.
Pipeline- und Workflow-Integration
Die Methode fügt sich in den Biomarker-Entdeckungsprozess ein, unterstützt die Target-Validierung durch Liquid Biopsy und ermöglicht die nachgeschaltete Untersuchung von Resistenzmechanismen in Modellen des Prostatakarzinoms.
- Entdeckungsbiologie: Überprüft die Hypothese, dass ein Gewinn der AR-Kopienzahl in cfDNA eine Therapieresistenz beim fortgeschrittenen Prostatakarzinom vorhersagt.
- Screening: Erzeugt quantitative Kopienzahldaten, die für die Assay-Standardisierung und die Bewertung von Substanzeffekten geeignet sind.
- Analytik: Liefert CNV-Verhältnisse relativ zu Referenzgenen für statistische Vergleiche zwischen verschiedenen Bedingungen.
- Translationale Forschung: Verknüpft cfDNA-Biomarker mit klinischen Ergebnissen beim kastrationsresistenten Prostatakarzinom.
- Unternehmensweite Wiederverwendung: Der Workflow lässt sich auf andere Genziele und Krankheitskontexte über das Prostatakarzinom hinaus anpassen.
Operative und unternehmerische Auswirkungen
- Wissenschaftlicher Wert: Mechanistische Entschärfung der AR-Amplifikation als Resistenzbiomarker beim Prostatakarzinom.
- Operationaler Wert: Schnelles, materialsparendes Protokoll unter Verwendung gängiger Echtzeit-PCR-Ausrüstung.
- Strategischer Wert: Ermöglicht Go/No-Go-Entscheidungen basierend auf nicht-invasiver Resistenzüberwachung.
- Portfolio-Wirkung: Unterstützt die risikoadjustierte Priorisierung von Therapien, die auf Veränderungen des AR-Signalwegs abzielen.
Durchführungsüberlegungen
- Erfordert Fachkenntnisse in der Extraktion und Quantifizierung von cfDNA aus Proben mit geringer Ausbeute.
- Benötigt Echtzeit-PCR-Geräte mit Multiplex-Fähigkeit.
- Erfordert eine Standardisierung zwischen Laboren hinsichtlich der Auswahl von Referenzgenen und der Datenanalyse.
- Durch Menge und Qualität der cfDNA begrenzt, was eine Optimierung der Input-Menge notwendig macht.
- Die Validierung mit orthogonale Methoden wie der digitalen PCR wird zur Bestätigung von CN-Verstärkungen empfohlen.
Biopharma-Häufige Fragen
Chapters in this video
0:05
Title
0:55
Collection of Serum or Plasma
2:20
Isolating Cell-free (cfDNA) from Serum or Plasma
5:15
Real-time PCR and Analysis of cfDNA
7:36
Results: Detection of Androgen Receptor (AR) Copy Number Variations in cfDNA of Metastatic Castration-resistant Prostate Cancer (CRPC) Patients
8:25
Conclusion
