Name: Zweidimensionaler Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie Methoden für eine Analyse der menschlichen Hypophyse Adenom Gewebe Proteom (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-02T13:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 34 s
Description: Lernen Sie die zweidimensionale Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie zur Analyse des Proteoms menschlicher Hypophysenadenome. Diese Methode ermöglicht die Identifizierung niedrig abundanter Proteine.

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Diese Arbeit wurde von der National Natural Science Foundation von China (Grant Nr. 81572278 und 81272798 zur XZ), die Zuschüsse aus der Hunan, China "863" Plan-Projekt (Grant No. 2014AA020610-1, XZ) und die Xiangya Krankenhaus Fonds für Talent (XZ) unterstützt. Provinzielle Natural Science Foundation von China (Grant No. 14JJ7008, XZ). Die Autoren erkennen auch die wissenschaftliche Beiträge von Dr. Dominic M. Desiderio in der University of Tennessee Health Science Center. X.Z. kontinuierlich entwickelt und 2DE-MS-Methoden verwendet, um die Hypophyse Adenom Proteom ab 2001 zu analysieren, konzipiert das Konzept für das vorliegende Manuskript, schrieb das Manuskript überarbeitet, koordinierte die einschlägige Arbeit und war verantwortlich für die finanzielle Unterstützung und entsprechende Arbeit. YL beteiligte sich an der Überarbeitung des Manuskripts. YH teilgenommen Sammlung von Referenzen und Überarbeitung des Manuskripts. Alle Autoren genehmigt das endgültige Manuskript.

<ol><li>Zhan, X., Wang, X., Cheng, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+pituitary+adenoma+proteomics%3A+new+progresses+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Front.+Endocrinol%22%5BJournal%5D)">Human pituitary adenoma proteomics: new progresses and perspectives.</a> Front. Endocrinol. 7 (54), (2016).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+proteomics+analysis+of+human+pituitary+adenomas%3A+Current+status+and+future+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom.+Rev%22%5BJournal%5D)">Comparative proteomics analysis of human pituitary adenomas: Current status and future perspectives.</a> Mass Spectrom. Rev. 24 (6), 783-813 (2005).</li>
<li>Wang, X., Guo, T., Peng, F., Long, Y., Mu, Y., Yang, H., Ye, N., Li, X., Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+and+functional+profiles+of+a+follicle-stimulating+hormone-positive+human+nonfunctional+pituitary+adenoma%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Proteomic and functional profiles of a follicle-stimulating hormone-positive human nonfunctional pituitary adenoma.</a> Electrophoresis. 36 (11-12), 1289-1304 (2015).</li>
<li>Karppinen, A., Kivipelto, L., Vehkavaara, S., Ritvonen, E., Tikkanen, E., Kivisaari, R., Hernesniemi, J., Setälä, K., Schalin-Jäntti, C., Niemelä, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transition+from+microscopic+to+endoscopic+transsphenoidal+surgery+for+nonfunctional+pituitary+adenomas%5BTitle%5D)+AND+%22World+Neurosurg%22%5BJournal%5D)">Transition from microscopic to endoscopic transsphenoidal surgery for nonfunctional pituitary adenomas.</a> World Neurosurg. 84 (1), 48-57 (2015).</li>
<li>Liu, X., Ma, S., Dai, C., Cai, F., Yao, Y., Yang, Y., Feng, M., Deng, K., Li, G., Ma, W., Xin, B., Lian, W., Xiang, G., Zhang, B., Wang, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antiproliferative%2C+antiinvasive%2C+and+proapoptotic+activity+of+folate+receptor+%CE%B1-targeted+liposomal+doxorubicin+in+nonfunctional+pituitary+adenoma+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Endocrinol%22%5BJournal%5D)">Antiproliferative, antiinvasive, and proapoptotic activity of folate receptor α-targeted liposomal doxorubicin in nonfunctional pituitary adenoma cells.</a> Endocrinol. 154 (4), 1414-1423 (2013).</li>
<li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pituitary+adenoma+nitroproteomics%3A+current+status+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22Oxid.+Med.+Cell.+Longev%22%5BJournal%5D)">Pituitary adenoma nitroproteomics: current status and perspectives.</a> Oxid. Med. Cell. Longev. 2013, 580710(2013).</li>
<li>Zhan, X., Wang, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry+analysis+of+nitrotyrosine-containing+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom.+Rev%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry analysis of nitrotyrosine-containing proteins.</a> Mass Spectrom. Rev. 34 (4), 423-448 (2015).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+reference+map+of+a+pituitary+adenoma+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">A reference map of a pituitary adenoma proteome.</a> Proteomics. 3 (5), 699-713 (2003).</li>
<li>Desiderio, D. M., Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+study+of+the+human+pituitary+proteome%3A+The+characterization+of+differentially+expressed+proteins+in+an+adenoma+compared+to+a+control%5BTitle%5D)+AND+%22Cell.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">A study of the human pituitary proteome: The characterization of differentially expressed proteins in an adenoma compared to a control.</a> Cell. Mol. Biol. 49 (5), 689-712 (2003).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+analysis+of+the+human+pituitary+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity analysis of the human pituitary proteome.</a> Clin. Chem. 49 (10), 1740-1751 (2003).</li>
<li>Zhan, X., Evans, C. O., Oyesiku, N. M., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomics+and+tanscriptomics+analyses+of+secretagogin+down-regulation+in+human+non-functional+pituitary+adenomas%5BTitle%5D)+AND+%22Pituitary%22%5BJournal%5D)">Proteomics and tanscriptomics analyses of secretagogin down-regulation in human non-functional pituitary adenomas.</a> Pituitary. 6 (4), 189-202 (2003).</li>
<li>Moreno, C. S., Evans, C. O., Zhan, X., Okor, M., Desiderio, D. M., Oyesiku, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+molecular+signaling+in+human+clinically+non-functional+pituitary+adenomas+identified+by+gene+expression+profiling+and+proetomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Novel molecular signaling in human clinically non-functional pituitary adenomas identified by gene expression profiling and proetomic analyses.</a> Cancer Res. 65 (22), 10214-10222 (2005).</li>
<li>Zhan, X., Wang, X., Long, Y., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+analysis+of+the+proteomes+in+clinically+nonfunctional+pituitary+adenomas%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Med.+Genomics%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity analysis of the proteomes in clinically nonfunctional pituitary adenomas.</a> BMC Med. Genomics. 7, (2014).</li>
<li>Zhan, X., Giorgianni, F., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomics+analysis+of+growth+hormone+isoforms+in+the+human+pituitary%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomics analysis of growth hormone isoforms in the human pituitary.</a> Proteomics. 5 (5), 1228-1241 (2005).</li>
<li>Kohler, M., Thomas, A., Püschel, K., Schänzer, W., Thevis, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+human+pituitary+growth+hormone+variants+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of human pituitary growth hormone variants by mass spectrometry.</a> J. Proteome Res. 8 (2), 1071-1076 (2009).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+human+pituitary+nitroproteome%3A+detection+of+nitrotyrosyl-proteins+with+two-dimensional+Western+blotting%2C+and+amino+acid+sequence+determination+with+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Biophys.+Res.+Commun%22%5BJournal%5D)">The human pituitary nitroproteome: detection of nitrotyrosyl-proteins with two-dimensional Western blotting, and amino acid sequence determination with mass spectrometry.</a> Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4), 1180-1186 (2004).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nitroproteins+from+a+human+pituitary+adenoma+tissue+discovered+with+a+nitrotyrosine+affinity+column+and+tandem+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Nitroproteins from a human pituitary adenoma tissue discovered with a nitrotyrosine affinity column and tandem mass spectrometry.</a> Anal. Biochem. 354 (2), 279-289 (2006).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Linear+ion-trap+mass+spectrometric+characterization+of+human+pituitary+nitrotyrosine-containing+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Linear ion-trap mass spectrometric characterization of human pituitary nitrotyrosine-containing proteins.</a> Int. J. Mass Spectrom. 259, 96-104 (2007).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M., Wang, X., Zhan, X., Guo, T., Li, M., Peng, F., Chen, X., Yang, H., Zhang, P., Li, X., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+the+proteomic+variations+of+invasive+relative+to+noninvasive+nonfunctional+pituitary+adenomas%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Identification of the proteomic variations of invasive relative to noninvasive nonfunctional pituitary adenomas.</a> Electrophoresis. 35 (15), 2184-2194 (2014).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Signal+pathway+networks+mined+from+human+pituitary+adenoma+proteomics+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Med.+Genomics%22%5BJournal%5D)">Signal pathway networks mined from human pituitary adenoma proteomics data.</a> BMC Med. Genomics. 3, 13(2010).</li>
<li>O’Farrell, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+resolution+two-dimensional+electrophoresis+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins.</a> J. Biol. Chem. 250 (10), 4007-4021 (1975).</li>
<li>Klose, J., Kobalz, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+electrophoresis+of+proteins%3A+an+updated+protocol+and+implications+for+a+functional+analysis+of+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional electrophoresis of proteins: an updated protocol and implications for a functional analysis of the genome.</a> Electrophoresis. 16 (6), 1034-1059 (1995).</li>
<li>Zhan, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+status+of+two-dimensional+gel+electrophoresis+and+multi-dimensional+liquid+chromatography+as+proteomic+separation+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Chromatogr.+Sep.+Tech%22%5BJournal%5D)">Current status of two-dimensional gel electrophoresis and multi-dimensional liquid chromatography as proteomic separation techniques.</a> Ann. Chromatogr. Sep. Tech. 1 (2), 1009(2015).</li>
<li>Wasinger, V. C., Cordwell, S. J., Cerpa-Poljak, A., Yan, J. X., Gooley, A. A., Wilkins, M. R., Duncan, M. W., Harris, R., Williams, K. L., Humphery-Smith, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Progress+with+gene-product+mapping+of+the+Mollicutes%3A+Mycoplasma+genitalium%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Progress with gene-product mapping of the Mollicutes: Mycoplasma genitalium.</a> Electrophoresis. 16, 1090-1094 (1995).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differences+in+the+spatial+and+quantitative+reproducibility+between+two+second-dimensional+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Differences in the spatial and quantitative reproducibility between two second-dimensional gel electrophoresis.</a> Electrophoresis. 24 (11), 1834-1846 (2003).</li>
<li>Zhan, X., Desiderio, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spot+volume+vs.+amount+of+protein+loaded+onto+a+gel.+A+detailed%2C+statistical+comparison+of+two+gel+electrophoresis+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Spot volume vs. amount of protein loaded onto a gel. A detailed, statistical comparison of two gel electrophoresis systems.</a> Electrophoresis. 24 (11), 1818-1833 (2003).</li>
<li>Zhan, X. Two-dimensional electrophoresis. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aZhan%2C+X+%22Experimental+Protocols+for+Medical+Molecular+Biology+in+Chinese+and+English%22">Experimental Protocols for Medical Molecular Biology in Chinese and English</a>. Zheng, W. , Peking Union Medical College Press. Beijing. 93-108 (2005).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Electrophoresis+in+Practice%3A+A+guide+to+Methods+and+Applications+of+DNA+and+Protein+Separations%22">Electrophoresis in Practice: A guide to Methods and Applications of DNA and Protein Separations</a>. Westermeier, R. , VCH Wiley. Weinheim. (1997).</li>
<li>Zhan, X., Yang, H., Peng, F., Li, J., Mu, Y., Long, Y., Cheng, T., Huang, Y., Li, Z., Lu, M., Li, N., Li, M., Liu, J., Jungblut, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+many+proteins+can+be+identified+in+a+2DE+gel+spot+within+an+analysis+of+a+complex+human+cancer+tissue+proteome%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">How many proteins can be identified in a 2DE gel spot within an analysis of a complex human cancer tissue proteome?</a> Electrophoresis. , (2018).</li>
</ol>

Die Autoren erklären, dass es keinen Interessenkonflikt gibt.

2de, gepaart mit MS Methoden einschließlich 2DE-MS PMF und 2DE-MS/MS, erfolgreich eingesetzt in unserem langfristigen Programm - die Verwendung von Proteomics, menschliche NFPA Proteomic Variationen und molekulare Netzwerk Variationen für die Aufklärung der molekularen Mechanismen zu studieren und Entdeckung der effektive Biomarker für NFPAs. 2de basierte vergleichende Proteomik mit gute Reproduzierbarkeit spielt eine wichtige Rolle bei der Identifizierung von NFPA Proteomic Variationen9,</su...

PA ist ein gemeinsames Tumor, der Auftritt in der menschlichen Hypophyse in der Hypothalamus-Hypophysen-bezogene Achse Organsysteme, die in das menschliche Hormonsystem eine wichtige Rolle spielen. PA enthält klinisch funktionelle und nicht funktionsfähige PAs (FPA und NFPA)1,2. NFPA ist im frühen Stadium-Diagnose und Therapie schwierig, weil nur leicht erhöhten Hormonspiegel im Blut im Vergleich zu FPA, die Ebenen der entsprechenden Hormone im Blut3,4 deutlich zugenommen hat (z.B.LH und FSH) ,5. Die Aufklärung der molekularen Mechanismen und Entdeckung der effektive Biomarker hat wichtigen klinische Bedeutung in der Diagnostik, Therapie und Prognose der NFPA. Unser langfristige Ziel ist es, entwickeln und Proteomik Methoden verwenden, um NFPA für die Entdeckung der verlässliche Biomarker zu klären, die molekularen Mechanismen zu untersuchen und wirksame therapeutische Targets sowie diagnostische und prognostische Marker zu erkennen. 2-DE gepaart mit MS Methoden worden ausführlich in unserer langfristigen Forschungsprogramms über menschliche PA Proteom1,2,6,7, einschließlich Errichtung des Proteoms Referenz benutzt 3,8, Analyse differentiell exprimierten Protein Profile9,10,11,12,13, Hormon-Varianten14 Karten ,15, post-translationalen Modifikationen wie Phosphorylierung14 und Tyrosin Nitrierung16,17,18, die Proteomik-Variation der invasiven relativ zu nicht-invasive NFPAs19und der Proteomik Heterogenität der NFPA Subtypen13, führte zu die Entdeckung mehrerer wichtiger Signalweg Netze (mitochondriale Dysfunktion, Zellzyklus Dysregulation, oxidativen Stress und MAPK signaling System-Anomalie), NFPA13,19,20verändert werden.
2de trennt Proteine nach ihrem isoelektrischen Punkt (pI) (isoelektrischen Fokussierung, IEF) und Molekulargewicht (über Sodium Dodecyl Sulfat Polyacrylamid Gelelektrophorese, SDS-PAGE)1,2,3, 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 , 16 , 17 , 18 , 19 , 20 , 21 , 22 , 23. Dies ist eine gemeinsame und klassische Trennung Technik im Bereich der Proteomik, seit der Einführung der Konzepte der Proteom und Proteomics in 199524. MS ist die entscheidende Technik um herauszufinden, die Identität des 2DE getrennt Proteine, einschließlich PMF und MS/MS-Strategien. Die sehr rasche Entwicklung der MS Instrumente, insbesondere die Aspekte der Empfindlichkeit und Auflösung, in Kombination mit der Verbesserung der LC-System verbessert die Identität des gering oder sehr gering Fülle Proteine in einem Proteomforschung zur Maximierung der Berichterstattung über ein Proteome. Es fordert auch unsere traditionelle Konzepte, dass nur ein oder zwei Proteine befinden sich in einem 2D Gel vor Ort in einer Analyse der komplexen menschlichen Gewebes Proteom und bietet die Möglichkeit, mehrere Proteine in einem 2D Gel vor Ort in einer Analyse des komplexen menschlichen Gewebes zu identifizieren Proteome und maximieren Sie die Abdeckung des NFPA Proteoms.
Hier beschreiben wir ausführliche Protokolle der 2DE MALDI-MS-PMF, 2DE MALDI-MS/MS und 2DE-LC-MS/MS, die erfolgreich in der Analyse des menschlichen Proteoms NFPA verwendet wurden. Die Protokolle sind Vorbereitung von Proben, zunächst Bemaßung (isoelektrischen Fokussierung, IEF), zweite Dimension (SDS-PAGE), Visualisierung von Proteinen (silberne Färbung und Coomassie blaue Färbung), Bildanalyse von 2D Gel, in Gel Trypsin-Verdauung Reinigung von tryptic Peptide, PMF, MS/MS und anbraten3,8,25,26-Datenbank. Darüber hinaus übersetzt dieses Protokolls leicht für die Analyse von anderen menschlichen Gewebes Proteome.

<table><tbody><tr><td>Ettan IPGphor 3&nbsp;</td><td>Isoelektrisches Fokussiersystem</td> <td>von GE Healthcare</td><td></td>.</tr><tr><td>Ettan DALTsix Multigel-Gießanlage</td><td>Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ettan DALT II System</td><td>Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td><td></td><td>Das vertikale Elektrophorese-System</td></tr><tr><td>Ettan IPGphor Streifenhalter</td><td>Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ettan DALTsix Multigel-Gießanlage</td><td>Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ, USA</td><td></td><td>Multigel-Rolle</td></tr><tr><td>Voyager DE STR MALDI-TOF MS&nbsp;</td><td>ABI, Foster City, CA</td><td></td><td>MALDI-MS PMF</td></tr><tr><td>MALDI-TOF-TOF</td><td>Autoflex III, Bruker</td><td></td><td>MALDI-MS/MS Massenspektrometer</td></tr><tr><td>LTQ-OrbiTrap Velos Pro ETD</td><td>Thermo Scientific, Waltham, MA, USA</td><td></td><td>ESI-MS/MS Massenspektrometer</td></tr><tr><td>EASY-nano LC System&nbsp;</td><td>Proxeon Biosystems, Odense, Dänemark</td><td></td><td>Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie-System</td></tr><tr><td>PepMap C18 Fallensäule</td><td>300 &mu; m i.d. & mal; 5 mm Länge; Dionex Corp., Sunnyvale, CA, USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>RP C18 Spalte</td><td>75 &mu; m i.d., 15 cm Länge; Dionex Corp., Sunnyvale, CA, USA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>KimWipe</td><td>Kimvipe&nbsp;</td><td></td><td>Unlösliches Papiertuch</td></tr><tr><td>Watter</td><td>Hergestellt von PURELAB Flex Instrument</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Polytron Modell P710/35 Homogenisator</td><td>Brinkmann Instruments, Westbury, NY</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PDQuest</td><td>Bio-Rad,&nbsp; Hercules, CA</td><td></td><td>2D-Gel-Bildanalysesoftware</td></tr><tr><td>SEQUEST&nbsp;</td><td>Thermo Proteome Discoverer 1.3 (Version Nr. 1.3.0.339)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>DataExplore (Version 4.0.0.0) Software</td><td></td><td></td><td>MS-Spektrum-Verarbeitungssoftware</td></tr><tr><td>Mascot-Software</td><td></td><td></td><td>PMF-basierte Software zur Proteinsuche&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Mascot-Software</td><td></td><td></td> MS<td>/MS-basierte Software für die Suche nach Proteinen</td></tr><tr><td>Proteome Discoverer-Software v.1.3 beta</td><td>Thermo Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur-Software v.2.1</td><td></td><td></td><td>MS/MS-Software für die Datenerfassung</td></tr><tr><td>Uniprot Version 201410.1_HUMAN.fasta</td><td></td><td></td><td>Datenbank für humane Proteine</td></tr><tr><td>SEQUEST (Version Nr. 1.3.0.339)&nbsp;</td><td></td><td></td><td>MS/MS-basierte Software zur Suche nach Proteinen I</td></tr><tr><td>MASCOT (Version 2.3.02)</td><td></td><td></td><td>MS/MS-basierte Software für die Proteinsuche II</td></tr><tr><td>C18 ZipTip Mikrosäule</td><td>Millipore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PeptideMass Standard Kit&nbsp;</td><td>Perspective Biosystems</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pierce BCA Protein Assay Kit&nbsp;</td><td>Thermo&nbsp; Fisher Scientific</td><td>23227</td><td></td></tr><tr><td>2-D Quant Kit</td><td>GE Healthcare</td><td>80-6483-56</td><td></td></tr><tr><td>BIS-ACRYLAMID</td><td>AMRESCO</td><td>0172</td><td></td></tr><tr><td>ACRYLAMID</td><td>AMRESCO</td><td>0341</td><td></td></tr><tr><td>DTT</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D0632</td><td></td></tr><tr><td>Thioharnstoff</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T8656</td><td></td></tr><tr><td>Harnstoff</td><td>VETEC</td><td>V900119</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>AMRESCO</td><td>0227</td><td></td></tr><tr><td>CHAPS</td><td>AMRESCO</td><td>0465</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>AMRESCO</td><td>M146</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumpersulfat</td><td>AMRESCO</td><td>M133</td><td></td></tr><tr><td>Trypsin</td><td>Promega, Madison, WI, USA</td><td>V5111</td><td></td></tr><tr><td>IPG-Puffer pH 3-10, NL</td><td>GE Healthcare</td><td>17-6000-87</td><td></td></tr><tr><td>Immobiline Trockenstreifen pH 3-10NL,18cm</td><td>GE Healthcare</td><td>17-1235-01</td><td></td></tr></tbody></table>

zweidimensionaler gelelektrophorese gekoppelt mit massenspektrometrie methoden für eine analyse der menschlichen hypophyse adenom gewebe proteom

Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome

Menschlichen Hypophysen Adenom (PA) ist ein gemeinsames Tumor, der tritt in der menschlichen Hypophyse in der Hypothalamus-Hypophysen-bezogene Achse Organsysteme, und kann als klinisch funktionsfähig oder nicht funktionsfähige PA (FPA und NFPA) eingestuft werden. NFPA ist schwierig für Bühne Frühdiagnostik und Therapie durch Hormone im Blut im Vergleich zu FPA kaum erhöhen. Unser langfristige Ziel ist es, Proteomics Methoden verwenden, um verlässliche Biomarker zur Klärung der PA molekularen Mechanismen und Anerkennung der effektive diagnostische, prognostische Marker und therapeutischen Ziele zu entdecken. Effektive zweidimensionaler Gelelektrophorese (2DE) gekoppelt mit Massenspektrometrie (MS) Methoden wurden hier vorgestellt, um menschliche PA Proteome, einschließlich Vorbereitung von Proben, 2D Gelelektrophorese, Protein-Visualisierung, Bildanalyse, in-Gel zu analysieren Trypsin-Verdauung, Peptid Masse Fingerabdruck (PMF) und Tandem Massenspektrometrie (MS/MS). 2-dimensionale Gel-Elektrophorese Matrix-unterstützte Laser Desorption/Ionisierung Massenspektrometrie PMF (2DE MALDI-MS-PMF), 2DE MALDI-MS/MS und 2DE-Liquid Chromatographie (LC)-MS/MS-Verfahren zur Analyse der NFPA Proteom erfolgreich angewendet wurden. Mit dem Einsatz eines Massenspektrometers hochempfindlichen wurden viele Proteine mit 2DE-LC-MS/MS-Methode in jedes 2D Gel vor Ort in einer Analyse der komplexen PA-Gewebe um die Deckung des menschlichen Proteoms PA zu maximieren identifiziert.

1. 2DE MALDI-MS-PMF: mit dem oben beschriebenen experimentellen Verfahren wurden insgesamt 150 µg Proteine aus FSH ausgedrückt NFPA Gewebe extrahiert (weiblich; 50 Jahre alt, ACTH (-), GH (-), PRL (-), LH (-) (+), FSH und TSH (-)) und bekleidet mit einem 18 cm IPG-Streifen (pH 3-10 NL) und ein Großformat-SDS-PAGE Gel, visualisiert mit silbernen Färbung. Wir erhalten eine reproduzierbare und gute 2DE Gel Muster der NFPA Gewebe Proteom (<strong class="xfig"...

Hier präsentieren wir Ihnen eine zweidimensionale Gelelektrophorese (2DE) gekoppelt mit Massenspektrometrie (MS) zu trennen und menschlichen Hypophysen Adenom Gewebe Proteom, stellt eine gute und reproduzierbare 2DE Muster identifizieren. Viele Proteine werden in jedem 2DE Fleck beobachtet, bei der Analyse von komplexen Krebs Proteome mit dem Einsatz von hochempfindlichen MS.

Zweidimensionaler Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie Methoden für eine Analyse der menschlichen Hypophyse Adenom Gewebe Proteom

Human pituitary adenoma (PA) is a common tumor that occurs in the human pituitary gland in the hypothalamus-pituitary-targeted organ axis systems, and may ...

Das übergeordnete Ziel dieser zweidimensionalen Gelelektrophorese in Verbindung mit dem Massenspektrometrieverfahren ist die Trennung und Identifizierung des menschlichen Hypophysenadenom-Gewebeproteoms. Diese Methode kann helfen, Schlüsselfragen im Bereich der Proteome zu beantworten. Wie zum Beispiel ein hohes Proteom.Und Entdeckung der Proteinsituation, des Proteins vier und des Proteinraums. Der Hauptvorteil dieser Technik besteht darin, dass die zweidimensionale Gelelektrophorese leicht mit hochempfindlicher Massenspektrometrie gekoppelt werden kann, um Proteome, insbesondere Proteine mit geringer Abundanz, zu identifizieren. Proteinsituation, Protein vier und Protein geräumig.Die Implementierungen dieser Technik sind tendenziell auf die Therapie von Tieren ausgerichtet. Aufgrund des Schlüsselproteins für das Protein, das räumlich ist, ist das Proteinmuster bei der Diagnose des Patienten nützlich. Wir zeigen, dass eine Demonstration dieser Methode von entscheidender Bedeutung ist, da die zweidimensionalen Gelelektrophoreseschritte schwer zu erlernen sind, da sie zeitaufwändig und arbeitsintensiv sind und es mehrere experimentelle Tricks gibt.Um dieses Verfahren zu starten, geb

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In diesem Video demonstrieren wir eine zweidimensionale Gelelektrophorese-Methode, die einzelne Proteine aus einer komplexen Proteinmischung trennt, die aus Tumorgeweben des humanen nichtfunktionellen Hypophysenadenoms (NFPA) gewonnen wurde. Die Proteine werden in der ersten Dimension anhand ihrer elektrischen Ladung und in der zweiten Dimension anhand von Molekulargewichten weiter getrennt.

Zweidimensionale Polyacrylamid-Gelelektrophorese: eine Trenntechnik zur Analyse von Proteinen in komplexen Proteingemischen basierend auf Ladung und Molekulargewicht

Quelle: Wulf, M., et.al.  Lasermikrodissektionsbasiertes Protokoll für die LC-MS/MS-Analyse des proteomischen Profils von Neuromelanin-Granula. J. Vis. Exp. (2021). Dieses Video zeigt die Analyse von Peptidproben aus Neuromelanin-Granula (NMGs), die aus menschlichem postmortalem Hirngewebe isoliert wurden. Die Peptide werden zunächst mittels Hochleistungsflüssigkeitschromatographie (HPLC) getrennt und anschließend mittels Massenspektrometrie analysiert, um ihr Masse-Ladungs-Verhältnis (m/z) zu...

LC-MS/MS Analyse des proteomischen Profils von Neuromelanin-Granulaten, die aus menschlichem Hirngewebe isoliert wurden

Eine gemeinsame Proteinextraktionsprotokoll unter Verwendung von Harnstoff / Thioharnstoff / SDS Puffer für Mensch und Maus Hirngewebe ermöglicht indentification von Proteinen mittels 2D-DIGE und ihre anschließende Charakterisierung von Mini 2DE Immunoblotting. Diese Methode ermöglicht es, mehr reproduzierbare und zuverlässige Ergebnisse aus menschlichen Biopsien und experimentellen Modellen zu erhalten.

Konsens Brain-derived Protein, Extraktionsprotokoll für das Studium der Human-und Maus-Gehirn-Proteome Mit Sowohl 2D-DIGE-und Mini-2DE Immunoblotting

Hier beschreiben wir ein Protokoll, das zwei Paare Proteom-Techniken, nämlich 2-dimensionale Elektrophorese (2DE) und Massenspektrometrie (MS), differentiell zwischen zwei oder mehr Gruppen von Primärproben ausgedrückt identifizieren / post-translationale modifizierten Proteinen. Dieser Ansatz, der zusammen mit funktionellen Experimenten ermöglicht die Identifizierung und Charakterisierung von Prognosemarkern / therapeutische Ziele.

Von einem 2DE-Gel-Spot die Proteinfunktion: Lektion gelernt von HS1 in chronischer lymphatischer Leukämie

Eingehende Analysen von Krebszellproteomen erleichtern die Identifizierung neuer Wirkstoffziele und diagnostischer Biomarker. Wir beschreiben einen experimentellen Workflow zur quantitativen Analyse von (Phospho-)Proteomen in Krebszell-Subpopulationen, die aus flüssigen und festen Tumoren stammen. Dies wird durch die Kombination von zellulären Anreicherungsstrategien mit quantitativer Super-SILAC-basierter Massenspektrometrie erreicht.

Quantitative massenspektrometrische Analyse von Krebs-Zellen-Proteome Abgeleitet von Liquid und soliden Tumoren

Hier stellen wir Protokolle für die Affinitätsreinigung von Proteinkomplexen und deren Trennung durch blaue native PAGE, gefolgt von Proteinkorrelationsprofilierungs freie quantitative Massenspektrometrie Label. Diese Methode ist nützlich Interaktom in verschiedene Proteinkomplexe zu lösen.

Auflösen von Affinity Purified Protein-Komplexen von Blue native PAGE und Protein Correlation Profilieren

Das Protokoll zielt darauf ab, die Verwendung eines Dreifach-Quadrupol-Massenspektrometers für die Mehrfachreaktionsüberwachung (MRM) von Proteinen aus klinischen Proben einzuführen. Wir haben einen systematischen Workflow von der Probenvorbereitung bis zur Datenanalyse für klinische Proben mit allen notwendigen Vorsichtsmaßnahmen bereitgestellt.

Quantitativer Proteomik-Workflow mit multipler Reaktionsüberwachung basierender Detektion von Proteinen aus menschlichem Hirngewebe

Diese Methode beschreibt eine einfache und schnelle Strategie zur Charakterisierung und Untersuchung von Histon-Proteoformen.

Enthüllung von Histon-Proteoformen mit 2D-TAU-Gelelektrophorese

Hier etablieren wir eine massenspektrometrische proteomische Methode unter Verwendung isolierter Regionen von Interesse in formalinfixierten, paraffineingebetteten Gewebeschnitten. Dieses Protokoll wird verwendet, um Proteome aus bestimmten Gewebebereichen in archivierten formalinfixierten, paraffineingebetteten Gewebeschnitten zu analysieren.

Ein optimierter Ansatz für die massenspektrometrische Proteomik unter Verwendung ausgewählter Geweberegionen

Dieses Protokoll bereitete erfolgreich ausreichend hochwertiges neovaskuläres Gewebe aus Gliomproben mittels Laser-Capture-Mikrodissektion für eine quantitative proteomische Analyse der Tumorangiogenese vor, überwand die Einschränkungen von Studien, die traditionell hauptsächlich auf angiogene Faktoren fokussiert sind, und lieferte ein großflächiges proteomisches Profil der Gliomangiogenese.

Präparation von neovaskulären Geweben aus humanen Gliomgeweben für quantitative proteomische Analyse der Tumorangiogenese

Lernen Sie die zweidimensionale Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie zur Analyse des Proteoms menschlicher Hypophysenadenome. Diese Methode ermöglicht die Identifizierung niedrig abundanter Proteine.

Zweidimensionaler Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie Methoden für eine Analyse der menschlichen Hypophyse Adenom Gewebe Proteom (Video) | JoVE Journal

Zweidimensionaler Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie Methoden für eine Analyse der menschlichen Hypophyse Adenom Gewebe Proteom

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