Name: Identifizierung von Transkription Faktor Olig2 genomische Bindungsstellen in akut PDGFRα + Zellen durch Low-Zelle Chromatin Immunopräzipitation Sequenzierung Analyse gereinigt (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-16T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 29 s
Description: Erfahren Sie die Analyse genomweiter Olig2-Bindungsstellen in akut gereinigten Oligodendrozyten-Vorläuferzellen mittels Low-Cell-ChIP-Sequenzierung. Diese Methode ermöglicht die Untersuchung transkriptioneller Regulation und epigenetischer Mechanismen bei der Zelldifferenzierung.

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JQW, XD, RCDD und YY wurden durch Zuschüsse aus den nationalen Instituten der Gesundheit R01 NS088353 gestützt; NIH Grant 1R21AR071583-01; die Staman Ogilvie Fonds-Memorial Hermann Foundation; die UTHealth Gehirn Initiative und CTSA UL1 TR000371; und ein Stipendium an der University of Texas System Neurowissenschaften und Neurotechnologie Research Institute (Grant #362469).

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Die Autoren erklären, dass sie keine finanziellen Interessenkonflikte.

Säugetier-gen Verordnung Netzwerke sind sehr komplex. ChIP-Seq ist eine leistungsfähige Methode zur genomweiten Protein-DNA-Wechselwirkungen zu untersuchen. Dieses Protokoll enthält Olig2 ChIP-Seq ausführen mithilfe von eine geringe Anzahl von gereinigten OPCs aus mäusegehirnen (so niedrig wie 20 Tausend Zellen pro Reaktion). Der erste wichtige Schritt für dieses Protokoll ist die Reinigung des OPCs von mäusegehirnen durch Immunopanning mit PDGFRα-Antikörper. Für positive Selektion der OPCs mit PDGFRα beschichteten Platt...

Es ist wichtig zu untersuchen, das Protein (oder Protein-Komplex) DNA-Bindung und die epigenetischen Markierungen transkriptionelle regulationsnetzwerke in verschiedenen biologischen Prozesse zu bauen. Insbesondere können die Bindungen von Transkriptionsfaktoren, die genomische DNA eine wichtige Rolle bei der Genregulation, die Zelldifferenzierung und das Gewebeentwicklung spielen. Es ist ein leistungsfähiges Werkzeug für das studieren der transcriptional Regelung und epigenetischen Mechanismen Chromatin Immunopräzipitation (ChIP). Aufgrund der rasanten Fortschritte in der Technologie der nächsten Generation Sequenzierung dient die Analysen der Protein-DNA-Bindung und epigenetischen Markierungen1ChIP gepaart mit Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung (ChIP-Seq). Ein standard-ChIP-Seq-Protokoll erfordert jedoch etwa 20 Millionen Zellen pro Reaktion, die die Anwendung dieser Technik erschwert, wenn die Zelle begrenzt, wie isolierte Primärzellen und seltene Zellpopulationen ist.
Oligodendrozyt Linie Zellen einschließlich Oligodendrozyt Vorläuferzellen (OPCs) und Oligodendrozyten sind weit verbreitet im gesamten Gehirn und sind unerlässlich für die Entwicklung und Funktion des Gehirns. Als eine Art von Vorläuferzellen können OPCs Selbsterneuerung und Differenzierung. OPCs nicht nur als Stammväter für Oligodendrozyten dienen, sondern auch eine wichtige Rolle in der Ausbreitung der neuronalen Signalisierung durch die Kommunikation mit anderen Arten von Gehirn Zellen2. Frühere Studien haben vorgeschlagen, dass Geschlecht-spezifische Transkriptionsfaktoren wie Olig2 und Sox103,4Oligodendrozyt Entwicklung geregelt ist. Diese Transkriptionsfaktoren befanden sich an den Veranstalter oder Enhancer Regionen einige entscheidende Gene binden ihren Ausdruck während Oligodendrozyt Spezifikation und Differenzierung zu beeinflussen. Allerdings ist es schwierig, DNA-bindende Protein (oder Protein-Komplex) Interesse an akut gereinigte primäre OPCs mit einer sehr begrenzten Anzahl von Zellen zu identifizieren.
Dieses Protokoll beschreibt, wie die genomische DNA-Immunoprecipitated von Olig2 in gereinigten Maus OPCs Genom-weite Ebene mit ChIP-Seq-Technik systematisch zu erforschen. OPCs von mäusegehirnen waren akut durch Immunopanning gereinigt und in einem ChIP Experiment ohne Verbreitung in Vitro. Eine begrenzte Anzahl von OPCs erhalten Sie durch Immunopanning und reicht für standard-ChIP-Seq-Experimente. Hierin ist ein Low-Zelle-ChIP-Seq-Protokoll mit so niedrig wie 20 Tausend Zellen pro ChIP Reaktion für Transkriptionsfaktoren beschrieben. Kurz gesagt, waren vernetzte Zellen lysiert und beschallt durch ein Ultraschall-Gerät, das Chromatin zu scheren. Das geschert Chromatin wurde mit Olig2 Antikörper sowie Protein A-beschichtete Kugeln, um Olig2 Antikörper gebunden genomischer DNA auszufällen inkubiert. Nach der Elution von Protein A-beschichtete Perlen und umgekehrte Vernetzung war genomischer DNA durch Olig2 Antikörper ausgefällt durch Phenol-Chloroform Extraktion gereinigt. Das resultierende Produkt wurde quantifiziert und T-Tailing unterworfen, Grundierung glühen Vorlage Schalt- und Erweiterung, die Zugabe von Adaptern und Verstärkung, Bibliothek Größenauswahl und Reinigung Schritte für ChIP-Seq Bibliotheksbau.
Nach der Sequenzierung wurde die Qualität der raw liest aus der Probe vorbereitet mit Olig2 Transkription Faktor Antikörper und die Kontrollprobe analysiert. Minderwertige Basenpaare und Adapter mit lesen, dass Fragmente getrimmt wurden. Nächste, getrimmte liest wurden auf das Maus-Referenz-Genom ausgerichtet. Die genomischen Regionen, die wesentlich bereichert wurden, für ChIP liest, im Vergleich zu der Kontrollprobe als Peaks erkannt wurden. Bedeutende Gipfel, repräsentieren mögliche Transkription Faktor Bindungsstellen wurden gefiltert und in einem Genom-Browser visualisiert.
In diesem Protokoll beschriebene Methode ist vor allem im großen und ganzen für ChIP-Seq von anderen Transkriptionsfaktoren mit jeden Zelltyp der begrenzten Stückzahlen einsetzbar.

<table><tbody><tr><td>Reagenz/ Ausrüstung</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Banderiaea simplicifolia Lectin 1</td><td>Vector Laboratories</td><td># L-1100</td><td></td></tr><tr><td>Ratte anti-PDGFRa Antikörper</td><td>BD Bioscience</td><td># 558774</td><td></td></tr><tr><td>Neural tissue dissoziation Kit (P)</td><td>MACS Miltenyi Biotec</td><td># 130-092-628</td><td></td></tr><tr><td>Accutase</td><td>STEMCELL technologies</td><td># 07920</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15596026</td><td></td></tr><tr><td>Anti-NG2 Chondroitinsulfat Proteoglykan Antikörper</td><td>Millipore</td><td># AB5320</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Pico Beschallungsgerät</td><td>Diagenode</td><td># B01060001</td><td></td></tr><tr><td>True MicroChIP Kit</td><td>Diagenode</td><td># C01010130</td><td></td></tr><tr><td>Phenol:Chloroform:Isoamylalkohol (25:24:1, v/v)</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15593031</td><td></td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel und PCR Clean-Up Kit</td><td>MACHEREY-NAGEL</td><td># 740609</td><td></td></tr><tr><td>Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit</td><td>Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>DNA SMART ChIP-Seq Kit</td><td>Clontech Laboratories</td><td># 634865</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP</td><td>Beckman Voulter</td><td># A63880</td><td></td></tr><tr><td>GlycoBlue</td><td>Thermo Fisher</td><td># AM9516</td><td></td></tr><tr><td>Pico-Grün</td><td>Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>D-PBS</td><td>Thermo Fisher</td><td># 14190-144</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Grün Master Mix</td><td>Bio-Rad Laboratories</td><td># 1725124</td><td></td></tr><tr><td>DMEM/F12</td><td>Fisher Scientific</td><td># 11-320-033</td><td></td></tr><tr><td>Penicillin-Streptomycin (P/S)</td><td>Fisher Scientific</td><td># 15140122</td><td></td></tr><tr><td>N-2 Supplement</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17502048</td><td></td></tr><tr><td>B-27 Supplement</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17504044</td><td></td></tr><tr><td>Insulin</td><td>Sigma</td><td># I6634</td><td>0,5 mg/ml Insulinlösung durch Auflösen von 5 mg Insulin in 10 ml Wasser und 50 μ; l von 1 N HCl.</td></tr><tr><td>Rinderserumalbumin, geeignet für Zellkulturen (BSA)</td><td>Sigma</td><td># A4161</td><td>Bereiten Sie eine 4%ige BSA-Lösung vor, indem Sie 4 g BSA in 100 ml D-PBS auflösen und den pH-Wert auf 7,4 einstellen</td></tr>. <tr><td>Fibroblasten-Wachstumsfaktor, basisches Protein, humane rekombinante (bFGF)</td><td>EMD-Millipore</td><td># GF003</td><td></td></tr><tr><td>HUMANES PDGF-AA</td><td>VWR</td><td># 102061-188</td><td></td></tr><tr><td>Poly-D-Lysin</td><td>VWR</td><td># IC15017510</td><td>Bereiten Sie 1 mg/ml Poly-D-Lysin-Lösung vor, indem Sie 10 mg Poly-D-Lysin in 10 ml Wasser auflösen und bei Verwendung 100-mal verdünnen.</td></tr><tr><td>Falcon Einweg-Petrischale, steril, Corning, 100x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-100</td><td></td></tr><tr><td>Falcon Einweg-Petrischale, steril, Corning, 150x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-187</td><td></td></tr><tr><td>HBSS, 10X, kein Kalzium, kein Magnesium, kein Phenol Red</td><td>Fisher Scientific</td><td># 14185-052</td><td></td></tr><tr><td>Trypan Blue</td><td>Stemcell Technologies</td><td># 07050</td><td></td></tr><tr><td>Protease-Inhibitor-Cocktail</td><td>Sigma</td><td># 11697498001</td><td></td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FastQC</td><td>[10] http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/</td><td></td> <td>Abrufen von Qualitätskontrollmetriken für rohe und getrimmte Lesevorgänge</td></tr><tr><td>Trimmomatic 0,33</td><td>[11] http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic</td><td></td><td>Trimmen und Filtern von Rohmesswerten</td></tr><tr><td>GENCODE mm10</td><td>ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_mouse/release_M15/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz</td><td></td><td>Maus-Referenzgenom</td></tr><tr><td>Bowtie2 2.2.4</td><td>[12] http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml</td><td></td><td>Ausrichten von Reads an ein Referenzgenom</td></tr><tr><td>SAMTools 1.5</td><td>[13] http://samtools.sourceforge.net/</td> <td>Konvertieren einer SAM-Datei in das BAM-Format</td><td></td></tr> <tr><td>HOMER 4.9.1</td><td>[14] http://homer.ucsd.edu/homer/</td> <td>Erstellen eines Tag-Verzeichnisses und Annotieren angereicherter genomischer Regionen mit Gensymbolen</td>R 3.2.2[15] https://www.R-project.org/ Programmieren von Skripten und Ausführen von Funktionen SPP 1.13[16] https://github.com/hms-dbmi/spp Erstellen eines Strangkreuzkorrelationsdiagramms MACS2 2.2.4[17] https://github.com/taoliu/MACS <td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td>Auffinden von Regionen der ChIP-Anreicherung über die Kontrolle</td></tr><tr><td>BEDTools 2.25</td><td>[18] http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/</td><td></td> <td>Genomarithmetik</td></tr><tr><td>bedGraphToBigWig</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/</td><td></td> <td>Konvertieren einer bedGraph-Datei in</td></tr> einen <tr><td>Bigwig IGV-Browser 2.3.58</td><td>[19] http://software.broadinstitute.org/software/igv/</td><td></td> <td>Visualisierung und Durchsuchen von signifikante ChIP-seq-Peaks</td></tr><tr><td>Microsoft Excel</td><td></td><td></td><td>Spreasheet-Programm</td></tr><tr><td>ENCODE's Blacklist</td><td>https://sites.google.com/site/anshulkundaje/projects/blacklists</td><td></td><td>Filtern von Peaks</td></tr><tr><td>mm10.chrom.sizes</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/mm10.chrom.sizes.</td><td></td><td>Konvertieren der bedGraph-Datei in</td></tr><tr><td>die Motivdatenbank von Bigwig ENCODE</td><td>[25] http://compbio.mit.edu/encode-motifs/</td><td></td> <td>Umfassende Motivdatenbank, die für die Motivanreicherung erforderlich</td></tr><tr><td>MEME-ChIP</td><td>[20] http://meme-suite.org/index.html</td><td></td><td>Motivanreicherungsanalyse und Motiventdeckung</td></tr><tr><td>Primernamen für qPCR</td><td></td><td></td><td>Primer-Sequenzen für qPCR</td></tr><tr><td>Mbp-F:</td><td></td><td></td><td>CTATAAATCGGCTCAAGG</td></tr><tr><td>Mbp-R:</td><td></td><td></td><td>AGGCGGTTATATTAAGAAGC</td></tr><tr><td>Iba1-F:</td><td></td><td></td><td>ACTGCCAGCCTAAGACAACC</td></tr><tr><td>Iba1-R:</td><td></td><td></td><td>GCTTTTCCTCCTGCAAATCC</td></tr><tr><td>Mog-F:</td><td></td><td></td><td>GGCTTCTTGGAGGAAGGGAC</td></tr><tr><td>Mog-R:</td><td></td><td></td><td>TGAATTGTCCTGCATAGCTGC</td></tr><tr><td>GAPDH-F</td><td></td><td></td><td>ATGACATCAAGAAGGTGGTG</td></tr><tr><td>GAPDH-R</td><td></td><td></td><td>CATACCAGGAAATGAGCTTG</td></tr><tr><td>Tuj1-F</td><td></td><td></td><td>TTTTCGTCTCTAGCCGCGTG</td></tr><tr><td>Tuj1-R</td><td></td><td></td><td>GATGACCTCCCAGAACTTGGC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha;-F</td><td></td><td></td><td>AGAGTTACACGTTTGAGCTGTC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha;-R</td><td></td><td></td><td>GTCCCTCCACGGTACTCCT</td></tr></tbody></table>

identifizierung von transkription faktor olig2 genomische bindungsstellen in akut pdgfrα + zellen durch low-zelle chromatin immunopräzipitation sequenzierung analyse gereinigt

Identifying Transcription Factor Olig2 Genomic Binding Sites in Acutely Purified PDGFR&#945;+ Cells by Low-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Analysis

In Säugetierzellen ist Gentranskription die Interaktionen der transcriptional Faktoren mit genomischer DNA in einer Zelle Art bestimmten Weise geregelt. Geschlecht-spezifische Transkriptionsfaktoren gelten als wesentliche Rollen in der Zelle Spezifikation und Differenzierung während der Entwicklung spielen. ChIP, gepaart mit Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierung (ChIP-Seq) ist weit verbreitet genomweite Bindungsstellen der Transkriptionsfaktoren (oder seinen zugehörigen Komplex) für die genomische DNA analysieren. Eine große Anzahl von Zellen sind jedoch erforderlich für einen standard ChIP-Reaktion, die es schwierig macht, die begrenzte Anzahl von isolierten Primärzellen oder seltene Zellpopulationen zu studieren. Um zu verstehen, der Regulierungsmechanismus Oligodendrozyt Abstammung-spezifische Transkription Faktor Olig2 in akut gereinigten Maus OPCs, eine detaillierte Methode mit ChIP-Seq um zu identifizieren, die genomweite Bindungsstellen des Olig2 (oder Olig2 Komplex) angezeigt wird. Das Protokoll erklärt zunächst, wie Platelet-derived Wachstumsfaktor-Rezeptor Alpha (PDGFRα) zu reinigen positive OPCs von mäusegehirnen. Als nächstes Olig2 Antikörper vermittelten ChIP und Bibliotheksbau erfolgen. Der letzte Teil beschreibt die bioinformatische Software und Verfahren für die Olig2 ChIP-Seq-Analyse verwendet. Zusammenfassend lässt sich sagen meldet dieses Papier eine Methode, die genomweite Bindungen der transcriptional Faktor Olig2 bei akut gereinigte Brain OPCs zu analysieren.

Low-Cell ChIP-Seq durchgeführt wurde und bioinformatische Analysen wurden durchgeführt, um die potenziellen Wechselwirkungen der transcriptional Faktor Olig2 mit genomischer DNA in akut gereinigte Brain OPCs zu untersuchen. Abbildung 1 zeigt einen allgemeine Workflow von der experimentellen und der Daten-Analyse-Verfahren. In diesem Protokoll wurden postnatale Mäuse Gehirne in einem einzelligen Suspension getrennt. Nach Gewebe Dissoziation wurde Immunopanning...

Hier präsentieren wir ein Protokoll, das entwickelt ist, um die genomweite Bindung des Transkriptionsfaktors Oligodendrozyt 2 (Olig2) in akut gereinigte Brain Oligodendrozyt Vorläuferzellen (OPCs) analysieren durch Ausführen von niedrig-Zelle Chromatin Immunopräzipitation (ChIP) , Bibliothek-Vorbereitung, Hochdurchsatz-Sequenzierung und bioinformatische Analyse der Daten.

Identifizierung von Transkription Faktor Olig2 genomische Bindungsstellen in akut PDGFRα + Zellen durch Low-Zelle Chromatin Immunopräzipitation Sequenzierung Analyse gereinigt

In mammalian cells, gene transcription is regulated in a cell type specific manner by the interactions of transcriptional factors with genomic DNA. ...

Das übergeordnete Ziel dieses Experiments ist es, die genomweite Bindung des Oligodendrozyten-Transkriptionsfaktors zwei in akut gereinigten Oligodendrozyten-Vorläuferzellen des Gehirns zu analysieren, indem Immunpanning, Low-Cell-Chromatin-Immunpräzipitation, Hochdurchsatz-Sequenzierung und bioinformatische Datenanalyse durchgeführt werden. Diese Methode ist ein leistungsfähiges Werkzeug zur Untersuchung der genomweiten Transkriptionsregulation und epigenetischer Mechanismen, die eine wichtige Rolle bei der Zelldifferenzierung und -entwicklung spielen. Der Hauptvorteil dieser Technik besteht darin, dass sie bei der ChIP-seq anderer Transkriptionsfaktoren mit jedem Zelltyp mit begrenzter Anzahl, einschließlich akut gereinigter Primärzellen ohne Proliferation in vitro, breit anwendbar ist.Das Verfahren wird von Yanan You, einem Postdoc aus meinem Labor, demonstriert. Sie ist Mitautorin dieser Arbeit. Um die PDGFR-alpha-positiven Zellen auszuwählen, bereiten Sie eine Platte für das Immunpanning vor.Bereiten Sie zwei weitere Platten für die Depletion von Endothelzellen und Mikroglia vor. Beschichten Sie dann eine 10 Zentimeter große Petrischale mit 30 Mikrolitern Ziegen-Anti-Ratten-Im

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Hier präsentieren wir eine Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP) Verfahren zur genomweiten Ort Analyse von Protein-Isoformen, die in einer Histon-bindende Domäne unterscheiden. Wir wenden es ChIP-Seq-Analyse, um die Ziele des KDM5A/JARID1A/RBP2 Histon-Demethylase zu identifizieren.

Genomweite Analyse mittels ChIP zu Isoform-spezifische Gene-Targets zu identifizieren

Chirp ist eine neuartige und schnelle Technik, um genomische Bindungsstellen der langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs) abzubilden. Die Methode nutzt die Spezifität der anti-sense-Oligonukleotide Fliesen um die Auszählung von lncRNA-gebundene genomische Stellen zu ermöglichen.

Chromatin Isolierung von RNA-Reinigung (Chirp)

Dieses Video beschreibt das Protokoll für den Chromatin-Immunpräzipitations-Assay (ChIP), der eine klassische Technik zum Nachweis von Protein-DNA-Wechselwirkungen ist. Diese Technik wird verwendet, um Zielgene in menschlichen chronischen lymphatischen Leukämiezellen zu identifizieren.

Chromatin-Immunpräzipitationsassay: Eine Technik zur Untersuchung von Protein-DNA-Wechselwirkungen in Zellen

In diesem Video demonstrieren wir die Chromatin-Immunpräzipitationstechnik zur Identifizierung von Proteinbindungsstellen an spezifischen Regionen der genomischen DNA von Oligodendrozyten-Vorläuferzellen durch die selektive Immunpräzipitation von proteingebundenen Chromatinfragmenten. Diese Methode hilft, das Zusammenspiel mehrerer regulatorischer Proteine zu untersuchen, einschließlich Transkriptionsfaktoren, die an der Genregulation beteiligt sind.

Chromatin-Immunpräzipitation zur Identifizierung von Zielprotein-Bindungsstellen auf genomischer DNA

Wir beschreiben eine robuste Methode zur Chromatinimmunpräzipitation mit primären T-Zellen. Die Methode basiert auf Standard-Ansätzen gegründet, nutzt aber einen bestimmten Satz von Bedingungen und Reagenzien, die Effizienz für begrenzte Mengen von Zellen einer zu verbessern. Wichtig ist, dass auf eine detaillierte Beschreibung des Datenanalysephase dargestellt.

Effiziente Chromatin Immunopräzipitation mit limitierende Mengen an Biomasse

Die Kombination von Chromatinimmunpräzipitation und ultra-Sequenzierung mit hohem Durchsatz (Chip-seq) zu identifizieren und abzubilden Protein-DNA-Wechselwirkungen in einem bestimmten Gewebe oder Zelllinie. Skizziert ist, wie man eine hohe Qualität ChIP Vorlage für anschließende Sequenzierung mit Erfahrung mit dem Transkriptionsfaktor TCF7L2 als Beispiel zu generieren.

Generierung von High Quality Chromatin Immunpräzipitation DNA Vorlage für Hochdurchsatz-Sequenzierung (ChIP-seq)

In dieser Arbeit stellen wir einen experimentellen Workflow zur Verfügung, wie aktive Enhancer identifiziert und experimentell validiert werden können.

Vorhersage und Validierung von Gen-regulatorischen Elementen Activated Während Retinsäure Induced Embryonic Stem Zelldifferenzierung

Dieses Protokoll beschreibt die kombinatorische Verwendung von ChIP-Seq, 4sU-Seq, total RNA-Seq und Ribosom profiling für Zelllinien und Primärzellen. Nachverfolgen von Änderungen im Transkriptionsfaktor verbindlich, de Novo Transkription, RNS-Verarbeitung, Umsatz und Übersetzung im Laufe der Zeit und zeigt den gesamten Verlauf der Ereignisse in aktivierten und/oder sich rasch verändernden Zellen ermöglicht.

Echtzeit-Analyse des Transkriptionsfaktors verbindlich, Transkription, Übersetzung und Umsatz, globale Ereignisse während der zellulären Aktivierung anzuzeigen

Chronische lymphatischer Leukämie (CLL) ist die häufigste Leukämie in der westlichen Welt. NFAT Transkriptionsfaktoren sind wichtige Regulatoren von Entwicklung und Aktivierung in zahlreichen Zelltypen. Hier präsentieren wir ein Protokoll für die Verwendung von Chromatin Immunopräzipitation (ChIP) in menschlichen CLL-Zellen, neuartige Zielgene des NFAT2 zu identifizieren.

Ein Chromatin Immunopräzipitation Assay, neuartige NFAT2 Zielgene in chronischer lymphatischer Leukämie zu identifizieren

Chromatin-Immunpräzipitation in Verbindung mit der Sequenzierung der nächsten Generation (ChIP-seq) ist eine Methode, die verwendet wird, um Wechselwirkungen zwischen Transkriptionsfaktoren und den von ihnen kontrollierten genomischen Sequenzen herzustellen. Dieses Protokoll skizziert Techniken zur Durchführung von ChIP-seq mit bakteriellen Biofilmen, wobei Salmonella enterica serovar Typhimurium bakterieller Biofilm als Beispiel verwendet wird.

Entdeckung von CsgD-Regulierungszielen im Salmonellen-Biofilm mit Chromatin-Immunpräzipitation und Hochdurchsatz-Sequenzierung (ChIP-seq)

Wir berichten über die Anwendung der quantitativen Chromosomenkonformationsaufnahme, gefolgt von einer Hochdurchsatzsequenzierung in embryonalen Körpern, die aus embryonalen Stammzellen erzeugt werden. Diese Technik ermöglicht es, die Kontakte zwischen vermeintlichen Enhancern und Promotorregionen eines bestimmten Gens während der embryonalen Stammzelldifferenzierung zu identifizieren und zu quantitieren.

Identifizierung von Enhancer-Promoter-Kontakten in embryoiden Körpern durch quantitative Chromosomenkonformationserfassung (4C)

Erfahren Sie die Analyse genomweiter Olig2-Bindungsstellen in akut gereinigten Oligodendrozyten-Vorläuferzellen mittels Low-Cell-ChIP-Sequenzierung. Diese Methode ermöglicht die Untersuchung transkriptioneller Regulation und epigenetischer Mechanismen bei der Zelldifferenzierung.

Identifizierung von Transkription Faktor Olig2 genomische Bindungsstellen in akut PDGFRα + Zellen durch Low-Zelle Chromatin Immunopräzipitation Sequenzierung Analyse gereinigt (Video) | JoVE Journal

Identifizierung von Transkription Faktor Olig2 genomische Bindungsstellen in akut PDGFRα + Zellen durch Low-Zelle Chromatin Immunopräzipitation Sequenzierung Analyse gereinigt

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