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Quantitative PCR von Bakteriophagen T7 aus Biopanning
Quantitative PCR von Bakteriophagen T7 aus Biopanning
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Immunology and Infection
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JoVE Journal Immunology and Infection
Quantitative PCR of T7 Bacteriophage from Biopanning

Quantitative PCR von Bakteriophagen T7 aus Biopanning

Full Text
11,655 Views
05:42 min
September 27, 2018

DOI: 10.3791/58165-v

Xiujuan Peng1, Jasmim Leal1, Rashmi Mohanty1, Melissa Soto1, Debadyuti Ghosh1

1Division of Molecular Pharmaceutics and Drug Delivery, College of Pharmacy,University of Texas at Austin

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This article describes a reproducible and efficient quantitative PCR (qPCR) method for enumerating T7 bacteriophage. The protocol includes genomic DNA preparation, PCR reaction setup, cycling conditions, and data analysis.

Key Study Components

Area of Science

  • Virology
  • Microbiology
  • Diagnostics

Background

  • Enumeration of bacteriophages is crucial for various applications.
  • Traditional assays may not be feasible for large sample sizes.
  • Accurate quantification aids in diagnostics and therapeutics.
  • This method addresses key challenges in the field.

Purpose of Study

  • To provide a time-efficient method for quantifying T7 bacteriophage.
  • To enhance the accuracy of bacteriophage enumeration.
  • To facilitate research in phage display biopanning experiments.

Methods Used

  • Preparation of phage genomic DNA.
  • Designing specific primers for PCR.
  • Serial dilution of reference T7 phage DNA.
  • Setting up qPCR reactions and analyzing data.

Main Results

  • The method allows for accurate quantification of bacteriophages.
  • It supports the analysis of multiple samples efficiently.
  • Demonstrated by graduate students in a laboratory setting.
  • Facilitates advancements in bacteriophage-based diagnostics.

Conclusions

  • The qPCR method is a valuable tool in virology and microbiology.
  • It addresses limitations of traditional bacteriophage assays.
  • Promotes further research and application of bacteriophages.

Frequently Asked Questions

What is the main advantage of this qPCR method?
The main advantage is its time efficiency and accuracy in quantifying large numbers of samples.
Who demonstrated the procedure?
The procedure was demonstrated by graduate students Rashmi Mohanty and Jasmim Leal.
What is the significance of enumerating bacteriophages?
Enumerating bacteriophages is crucial for diagnostics and therapeutic applications in virology.
How is the T7 phage DNA prepared?
T7 phage DNA is prepared by obtaining a stock concentration and performing serial dilutions.
What are the applications of this method?
This method can be applied in phage display biopanning experiments and bacteriophage-based diagnostics.
What challenges does this method address?
It addresses the challenges of accurate quantification and analysis of complex samples.

Eine reproduzierbare und genaue Zeit effizientere quantitative PCR (qPCR) Methode aufzuzählenden T7 Bakteriophagen wird hier beschrieben. Das Protokoll beschreibt klar Phagen genomische DNA-Vorbereitung, PCR Reaktion Vorbereitung, qPCR Radsport Bedingungen und qPCR Datenanalyse.

Diese Methode könnte helfen, Schlüsselprobleme in den Bereichen Virologie und Mikrobiologie im Zusammenhang mit der Aufzählung von Bakteriophagen aus komplexen Proben und Bakteriophagen basierenden Diagnostiken und Therapeutika zu lösen. Der Hauptvorteil dieser Technik besteht darin, dass sie eine zeiteffiziente und genaue Quantifizierung einer großen Anzahl von Proben aus Phagen-Display-Biopanning-Experimenten ermöglicht, die mit herkömmlichen Assays nicht möglich sind. Demonstriert wird das Verfahren von Rashmi Mohanty und Jasmim Leal, Absolventen meines Labors.

Nach dem Entwerfen der Primer und der Erstellung einer Lagerkonzentration erhalten Sie Referenz T7 Phagen-DNA in einer Konzentration von 0,1 Mikrogramm pro Mikroliter. Mit Reinstwasser verdünnen Sie diese DNA seriell verzehnfacht, von einer Million Femtogrammen pro Mikroliter auf ein Femtogramm pro Mikroliter in 0,2 Milliliter PCR-Röhren. Bereiten Sie 20 Mikroliter jeder Konzentration vor, stellen Sie sicher, dass Diepipe-Spitzen und Wirbel der Rohre zwischen jeder Stufe der Verdünnung zu ändern.

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