Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Shailesh  K. Shahi; Kasra Zarei; Natalya  V. Guseva; Ashutosh K. Mangalam

doi:10.3791/59980

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Biologie

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Mikrobiota-Analyse mit zweistufiger PCR- und 16S-rRNA-Gensequenzierung der nächsten Generation

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

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Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Mikrobiota-Analyse mit zweistufiger PCR- und 16S-rRNA-Gensequenzierung der nächsten Generation

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11:22 min

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October 15, 2019

DOI:

10.3791/59980-v

DOI:

10.3791/59980-v

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11:22 min

October 15, 2019

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Shailesh K. Shahi¹, Kasra Zarei², Natalya V. Guseva¹, Ashutosh K. Mangalam^1,2,3,4

¹Department of Pathology,University of Iowa ²Medical Scientist Training Program,University of Iowa ³Graduate Program in Immunology,University of Iowa ⁴Graduate Program in Molecular Medicine,University of Iowa

Summary

Hier wird ein vereinfachtes Standard-Betriebsverfahren für die Mikrobiom-Profilierung mit 16S rRNA metagenomischer Sequenzierung und Analyse mit frei verfügbaren Werkzeugen beschrieben. Dieses Protokoll wird Forschern helfen, die neu im Mikrobiom-Bereich sind, sowie solchen, die Aktualisierungen von Methoden benötigen, um bakterielleS Profiling mit einer höheren Auflösung zu erreichen.