Name: 2D-HELS MS Seq: Eine allgemeine LC-MS-basierte Methode zur direkten und de novo Sequenzierung von RNA-Gemischen mit unterschiedlichen Nukleotidmodifikationen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-07-10T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 41 s
Description: Erfahren Sie die direkte LC-MS-basierte RNA-Sequenzierung ohne cDNA-Zwischenstufe für Epitranskriptomik. Diese Methode ermöglicht die gleichzeitige Analyse verschiedener RNA-Modifikationen mit Einzelbasengenauigkeit.

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<ol><li>Addepalli, B., Venus, S., Thakur, P., Limbach, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+ribonuclease+activity+of+cusativin+from+Cucumis+sativus+for+mapping+nucleoside+modifications+in+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+and+Bioanalytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Novel ribonuclease activity of cusativin from Cucumis sativus for mapping nucleoside modifications in RNA.</a> Analytical and Bioanalytical Chemistry. 409 (24), 5645-5654 (2017).</li>
<li>Gao, H., Liu, Y., Rumley, M., Yuan, H., Mao, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequence+confirmation+of+chemically+modified+RNAs+using+exonuclease+digestion+and+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Communications+in+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Sequence confirmation of chemically modified RNAs using exonuclease digestion and matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 23 (21), 3423-3430 (2009).</li>
<li>McLuckey, S. A., Van Berkel, G. J., Glish, G. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tandem+mass+spectrometry+of+small%2C+multiply+charged+oligonucleotides%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+The+American+Society+for+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Tandem mass spectrometry of small, multiply charged oligonucleotides.</a> Journal of The American Society for Mass Spectrometry. 3 (1), 60-70 (1992).</li>
<li>Fountain, K. J., Gilar, M., Gebler, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+native+and+chemically+modified+oligonucleotides+by+tandem+ion-pair+reversed-phase+high-performance+liquid+chromatography%2Felectrospray+ionization+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Rapid+Communications+in+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Analysis of native and chemically modified oligonucleotides by tandem ion-pair reversed-phase high-performance liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometry.</a> Rapid Communications in Mass Spectrometry. 17 (7), 646-653 (2003).</li>
<li>Taucher, M., Breuker, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+modified+RNA+by+top-down+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition+in+English%22%5BJournal%5D)">Characterization of modified RNA by top-down mass spectrometry.</a> Angewandte Chemie International Edition in English. 51 (45), 11289-11292 (2012).</li>
<li>Kellner, S., Burhenne, J., Helm, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+RNA+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22RNA+Biology%22%5BJournal%5D)">Detection of RNA modifications.</a> RNA Biology. 7 (2), 237-247 (2010).</li>
<li>Thomas, B., Akoulitchev, A. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry+of+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Biochemical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry of RNA.</a> Trends in Biochemical Sciences. 31 (3), 173-181 (2006).</li>
<li>Bjorkbom, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bidirectional+direct+sequencing+of+noncanonical+RNA+by+two-dimensional+analysis+of+mass+chromatograms%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Bidirectional direct sequencing of noncanonical RNA by two-dimensional analysis of mass chromatograms.</a> Journal of the American Chemical Society. 137 (45), 14430-14438 (2015).</li>
<li>Zhang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+general+LC-MS-based+RNA+sequencing+method+for+direct+analysis+of+multiple-base+modifications+in+RNA+mixtures%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A general LC-MS-based RNA sequencing method for direct analysis of multiple-base modifications in RNA mixtures.</a> Nucleic Acids Research. 47 (20), 125(2019).</li>
<li>Zhang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Direct+sequencing+of+tRNA+by+2D-HELS-AA+MS+Seq+reveals+its+different+isoforms+and+dynamic+base+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Direct sequencing of tRNA by 2D-HELS-AA MS Seq reveals its different isoforms and dynamic base modifications.</a> ACS Chemical Biology. 15 (6), 1464-1472 (2020).</li>
<li>Bakin, A., Ofengand, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Four+newly+located+pseudouridylate+residues+in+Escherichia+coli+23S+ribosomal+RNA+are+all+at+the+peptidyltransferase+center%3A+analysis+by+the+application+of+a+new+sequencing+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Four newly located pseudouridylate residues in Escherichia coli 23S ribosomal RNA are all at the peptidyltransferase center: analysis by the application of a new sequencing technique.</a> Biochemistry. 32 (37), 9754-9762 (1993).</li>
<li>Cantara, W. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RNA+Modification+Database%2C+RNAMDB%3A+2011+update%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update.</a> Nucleic Acids Research. 39 (Database issue), D195-D201 (2011).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>5' DNA-Adenylierungskit</td><td>New England Biolabs</td><td>E2610S</td><td>50uM Konzentration</td></tr><tr><td>6550 Q-TOF Massenspektrometer</td><td>Agilent Technologies</td><td>5991-2116EN</td><td>Gekoppelt an ein 1290 Infinity LC System</td></tr><tr><td>A(5&acute;)pp(5&akut;)Cp-TEG-Biotin-3&akut;</td><td>ChemGenes</td><td>91718</td><td>HPLC gereinigtes</td></tr><tr><td>ATP&gamma; S</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>11162306001</td><td>Lithiumsalz</td></tr><tr><td>Bicine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>B8660</td><td>BioXtra, &ge; 99% (Titration)</td></tr><tr><td>Biotinmaleimid</td><td>Vector Laboratories</td><td>SP-1501 C18</td> Säule <td>mit langem Arm</td></tr><tr><td></td><td>Wasser</td><td>186003532</td><td>50 mm & mal 2,1 mm Xbridge C18 Säule mit einer Partikelgröße von 1,7 &mu; m</td></tr><tr><td>Zentrifugal-Vakuumkonzentrator</td><td>Labconco</td><td>Refrig 115V/60Hz 7310022</td><td>Labconco CentriVap</td></tr><tr><td>ChemBioDraw</td><td>PerkinElmer</td><td>ChemDraw Prime</td><td>Generieren Sie eine chemische Struktur und Eigenschaftsdaten von Strukturen & Fragmenten</td></tr><tr><td>CMC (N-Cyclohexyl-N?-(2-Morpholinoethyl)-carbodiimid-metho-p-toluolsulfonat)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>2491-17-0</td><td>95% Reinigung</td></tr><tr><td>Cyanin3-maleimid (Cy3)</td><td>Lumiprobe</td><td>11080</td><td>Wasserunlösliches</td></tr><tr><td>DEPC-behandeltes Wasser</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9906</td><td>Autoklaviertes, zertifiziertes nukleasefreies</td></tr><tr><td>Diisopropylamin (DIPA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>108-18-9</td><td>99% Alfa Aesar</td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>276855</td><td>wasserfreies Dimethylsulfoxid, 99,9%</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E6758</td><td>Wasserfrei, kristallin, BioReagenz, geeignet für Zellkultur</td></tr><tr><td>Ameisensäure</td><td>Merck</td><td>64-18-6</td><td>98-100%, ACS reag, Ph Eur</td></tr><tr><td>Hexafluor-2-propanol (HFIP)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>920-66-1</td><td>99% Acros Organics</td></tr><tr><td>LC-MS Probenfläschchen</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C4000-11</td><td>Fläschchen mit Schraubgewinde</td></tr><tr><td>aus Kunststoff LC-MS Fläschchenkappen</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C5000-54A</td><td>Autosampler Fläschchen-Schraubverschlüsse mit Gewinde</td></tr><tr><td>Na2CO3 Puffer</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>88975</td><td>BioUltra, >0,1 M Na2CO3, >0,2 M NaHCO3</td></tr><tr><td>Oligo Clean & Konzentrator</td><td>Zymo Research</td><td>D4060</td><td>Spin-Säule</td></tr><tr><td>OriginLab</td><td>OriginLab OriginPro</td><td></td><td>Datenanalyse- und Grafiksoftware</td></tr><tr><td>pCp-Biotin</td><td>TriLink BioTechnologies</td><td>NU-1706-BIO</td><td>20 ul (1 mM)</td></tr><tr><td>RNA #1--#6</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>Custom RNA Oligos</td><td>19nt-21nt einzelsträngige RNAs, die ohne weitere Aufreinigung verwendet</td></tr><tr><td>werden Plattformschüttler</td><td>VWR</td><td>Orbital Shaker Standard 1000</td><td>Drehzahlbereich 40 bis 300 U/min</td></tr><tr><td>Streptavidin-Magnetkügelchen</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>88816</td><td>Bindung ca. 55ug biotinyliertes Kaninchen lgG pro mg Kügelchen</td></tr><tr><td>Sulfoniertes Cyanin 3 Maleimid</td><td>Lumiprobe</td><td>11380</td><td>Wasserlösliches</td></tr><tr><td>T4 DNA-Ligase 1</td><td>New England Biolabs</td><td>M0202S</td><td>400 Einheiten/μl</td></tr><tr><td>T4 Polynukleotidkinase</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T4PNK-RO</td><td>Aus Phagen T4 am N81 pse T1 infizierten Escherichia coli BB</td></tr><tr><td>Tris-HCl Puffer</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6455</td><td>Tris-HCl Puffer, pH 10, 10&times;, Antigen Retriever</td></tr><tr><td>Harnstoff</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>81871</td><td>Harnstoff für die Synthese. CAS-Nr. 57-13-6, EG-Nummer 200-315-5.</td></tr></tbody></table>

2d-hels ms seq: eine allgemeine lc-ms-basierte methode zur direkten und de novo sequenzierung von rna-gemischen mit unterschiedlichen nukleotidmodifikationen

2D-HELS MS Seq: A General LC-MS-Based Method for Direct and de novo Sequencing of RNA Mixtures with Different Nucleotide Modifications

Einführung eines Biotin-Tags am 3'-Ende der RNA, um leicht identifizierbare Leiterleitern der Stärke tR herzustellen. Der Arbeitsablauf des 2D-HELS MS Seq-Ansatzes ist in Abbildung 1a dargestellt. Die hydrophobe Biotinmarkierung, die an das 3'-Ende der RNA eingeführt wird (siehe Abschnitt 2), erhöht die Massen undt Rs der 3'-markierten Leiterkomponenten im Vergleich zu denen ihrer unmarkierten Gegenstücke. Somit wird die 3'-Kontaktkurve im 2D-Masse-tR-D...

2D-HELS MS Seq: Eine allgemeine LC-MS-basierte Methode zur direkten und de novo Sequenzierung von RNA-Gemischen mit unterschiedlichen Nukleotidmodifikationen

Mass spectrometry (MS)-based sequencing approaches have been shown to be useful in&#160;direct&#160;sequencing&#160;RNA without the need for a ...

Dieses Protokoll deckt alle wesentlichen Schritte ab, die bei der Verwendung der neuen Methode zur direkten Sequenzierung von RNA erforderlich sind, unabhängig davon, ob es sich um eine einzelsträngige, gemischte oder modifizierte RNA-Probe handelt. Die Methode wird nicht durch enzymatische Fehler oder Basenkomplementarität beeinflusst. Es bietet einen direkten Arbeitsablauf und eine allgemeine Lösung, die es ermöglicht, verschiedene RNA-Modifikationen gleichzeitig zu sequenzieren, anstatt jeweils eine spezifische Modifikation zu sequenzieren.Diese Technologie kann zu einem diagnostischen Werkzeug entwickelt werden, um Signatur-RNA-Segmente zu bestimmen, um sie mit menschlichen Krankheiten in Verbindung zu bringen, und zu einem genauen Werkzeug zur Untersuchung von RNA-Modifikationen auf epitranskriptomischer Ebene. Die Methode stützt sich auf keine vorherige Sequenzierungsmethode. Stattdessen handelt es sich um einen völlig neuen Ansatz, und wir streben an, ihn zur Methode der Wahl für die Sequenzierung jeder modifizierten RNA zu machen.Einige Teile dieses Protokolls enthalten kritische Aspekte, die durch visuelle Demonstration genauer vermittelt werden können, wie z. B. die Beschriftung des 3'-Endes der RNA-LC-MS-Datenerfassung und die Datenanalyse durch die MassHunter-Software. Ich werde dieses Verfahren demonstrieren und das LC-MS einrichten und unsere RNA-Proben messen. Um eine einstufige Markierungsreaktion durchzuführen, kombinieren Sie 2 Mikroliter 150 mikromolare AppCp-Biotin, 3 Mikroliter 10x Ligase-Reaktionspuffer, 1,5 Mikroliter 100 mikromolare RNA-Probe, 3 Mikroliter wasserfreies DMSO, 10 Einheiten T4-RNA-Ligase und 19,5 Mikroliter DEPC-behandeltes Wasser für ein Gesamtvolumen von 30 Mikrolitern.Inkubieren Sie die Reaktion über Nacht bei 16 Grad Celsius und führen Sie dann eine Säulenreinigung gemäß den Anweisungen des Manuskripts durch. Nachdem Sie die RNA in drei Aliquots aufgeteilt und ein gleiches Volumen Ameisensäure hinzugefügt haben, inkubieren Sie die Reaktionen bei 40 Grad Celsius. Sobald jede Reaktion abgeschlossen ist, frieren Sie die Probe sofort auf Trockeneis ein, um den Säureabbau zu unterdrücken.Verwenden Sie einen Zentrifugal-Vakuumkonzentrator, um die Probe etwa 30 Minuten lang zu trocknen. Die getrockneten Proben werden in 20 Mikrolitern DEPC-behandeltem Wasser resuspendiert und kombiniert. Lagern Sie die Proben bis zur LC-MS-Messung bei 20 Grad Celsius.Übertragen Sie die RNA-Probe in das LC-MS-Probenfläschchen, nachdem Sie die mobilen Phasen vorbereitet haben. Jede Injektion sollte 100 bis 400 Pikomole RNA und 20 Mikroliter enthalten. Verwenden Sie nach der Erfassung der Daten den Workflow zur Extraktion molekularer Merkmale, um Verbindungsinformationen zu extrahieren, einschließlich Masse, Retentionszeit, Volumen und Qualitätsfaktor.Verwenden Sie das Schwerpunkt-Datenformat in den Einstellungen für kleine Moleküle. Legen Sie die Spitzenhöhe auf mindestens 100, aber weniger als 1.000 und die Qualitätsbewertung auf mindestens 50 fest. Exportieren Sie abschließend die Daten als Excel-Datei.Die Trennung der 3'-Leiter von der 5'-Leiter und anderen unerwünschten Fragmenten ist hier auf einem 2D-Massenretentionszeitdiagramm dargestellt. Es ist auch möglich, gemischte Proben, die zwei unterschiedlich lange RNA-Stränge enthalten, mit einer 5'-Biotin-Markierung an jeder RNA zu sequenzieren. Zur Unterscheidung von Uridin und Pseudouridin wurde die RNA mit CMC behandelt, das ein Pseudouridin in ein CMC-Pseudouridin-Addukt umwandelt.Das Addukt hat in einem Uridin eine andere Masse und kann im 2D-HELS MS Seq unterschieden werden. Das HPLC-Profil des Rohprodukts der Reaktion, das Pseudouridin in sein CMC-Addukt umwandelt, wurde verwendet, um die prozentuale Umwandlung zu berechnen, die 42% betrug. Eine Mischung aus fünf verschiedenen RNA-Strängen wurde mit dem 2D-HELS MS Seq-Ansatz mit 3'-End-Markierung sequenziert und zur besseren Visualisierung mehrerer RNA-Sequenzen normalisiert. Ohne die Normalisierung würden die Buchstabencodes für die Sequenzen der fünf RNAs zusammengedrängt werden.Während Sie dieses Verfahren versuchen, richten Sie die Markierungsreaktion sorgfältig ein, um eine hohe Ausbeute an markierten RNA-Proben zu erhalten. Überwachen Sie außerdem die Abbauzeit sorgfältig, um zuverlässige Massenleitern zu erstellen und die maximale Menge an getrockneten Proben mit 20 Mikrolitern Wasser zu sammeln. Eine Frage, die nach der Durchführung dieses Protokolls gestellt werden kann, ist, wie die Breite, Länge und der Durchsatz der Sequenzierungsmethode erhöht werden können.Ein besserer Algorithmus und ein fortschrittlicheres Instrument mit höherer Auflösung und Empfindlichkeit können helfen. Nach der Entwicklung dieses Protokolls wurde es möglich, ein breiteres Spektrum von RNA-Proben, die sowohl kanonische als auch modifizierte Nukleotide enthalten, direkt zu sequenzieren, ohne dass es zu Fehlern im Zusammenhang mit der CDA-basierten RNA-Sequenzierung kommt.

2d-hels-ms-seq-general-lc-ms-based-method-for-direct-de-novo

Research

Forschung

JoVE Journal

Genetics

Genetik

MicroRNAs (miRNAs) sind eine weit verbreitete Klasse von regulatorischen Molekülen. Hier beschreiben wir eine miRNA-Klonierungsmethode, die auf zwei potenten Ligationsschritten beruht, gefolgt von einer Hochdurchsatz-Sequenzierung. Unsere Methode ermöglicht eine genaue genomweite Quantifizierung von miRNAs.

Hoch effiziente Ligation kleine RNA-Moleküle für MicroRNA Quantifizierung von Hochdurchsatz-Sequenzierung

Wir beschreiben eine zielgerichtete RNA-Sequenzierungsmethode, die die Vorbereitung indizierter cDNA-Bibliotheken, Hybridisierung und Erfassung mit benutzerdefinierten Sonden und Datenanalyse umfasst, um ausgewählte Transkripte auf Genexpression, Mutationen und Genfusionen zu untersuchen. Targeted RNAseq ermöglicht die kostengünstige und schnelle Auswertung ausgewählter Transkripte auf einem Desktop-Sequenzierer.

RNA-Sequenzierung Assay Gezieltes Genexpression und Genomic Änderungen an Charakterisieren

Wir beschreiben ein Protokoll zur RNA-bindende Proteine und RNA-bindende Regionen in lebenden Zellen mit UV-vermittelten Photocrosslinking und Massenspektrometrie.

Probenvorbereitung für Masse Spektrometrie-basierte Identifikation der RNA-bindende Regionen

Dieses Protokoll beschreibt eine Methode für die Zuordnung Pre-mRNA 3' End-Verarbeitung Websites.

3' Ende Sequenzierung Bibliothek Vorbereitung mit A-seq2

Wir präsentieren ein detailliertes reparaturbasiertes Analyseprotokoll für kleine RNA-Bibliotheken mit weniger Voreingenommenheit als Standardmethoden und einer erhöhten Empfindlichkeit für 2'-O-Methyl-RNAs. Dieses Protokoll kann mit hausgemachten Reagenzien befolgt werden, um Kosten zu sparen oder Kits für die Bequemlichkeit zu verwenden.

Verbesserung der kleinen RNA-Seq: Weniger Voreingenommenheit und bessere Detektion von 2'-O-Methyl RNAs

Wir präsentieren ein Protokoll zur Messung der Mikro- bis Millisekundendynamik auf 13C/15N-markierter und unmarkierter RNA mit 1H R1ρ  Relaxationsdispersion Kernspinresonanzspektroskopie (NMR). Der Fokus dieses Protokolls liegt in der hochreinen Probenvorbereitung und dem Aufbau von NMR-Experimenten.

Praktische Aspekte der Probenvorbereitung und des Aufbaus von 1H R1ρ Relaxationsdispersionsexperimenten von RNA

Posttranskriptionelle Modifikationen der RNA stellen eine wenig untersuchte Schicht der Translationsregulation dar, die kürzlich mit der Plastizität des zentralen Nervensystems in Verbindung gebracht wurde. Hier wird die Probenvorbereitung und der Flüssigkeitschromatographie-Tandem-Massenspektrometrie-Ansatz zur gleichzeitigen Charakterisierung zahlreicher RNA-Modifikationen in einzelnen Neuronen beschrieben.

Charakterisierung von RNA-Modifikationen in einzelnen Neuronen mittels Massenspektrometrie

Das Protokoll enthält Anweisungen zur Modifizierung von RNA mit Dimethylsulfat für Mutationsprofilierungsexperimente. Es umfasst in vitro und in vivo Sondierung mit zwei alternativen Bibliothekspräparationsmethoden.

Untersuchung der RNA-Struktur mit Dimethylsulfat-Mutationsprofilierung mit Sequenzierung in vitro und in Zellen

Die absolute Quantifizierung der RNA-Sequenzierung (AQRNA-seq) ist eine Technologie, die entwickelt wurde, um die Landschaft aller kleinen RNAs in biologischen Gemischen zu quantifizieren. Hier werden sowohl die Bibliotheksvorbereitung als auch die Datenverarbeitungsschritte von AQRNA-seq demonstriert, wobei Veränderungen im Transfer-RNA (tRNA)-Pool in Mycobacterium bovis BCG während der hungerinduzierten Dormanzphase quantifiziert werden.

AQRNA-seq zur Quantifizierung kleiner RNAs

Dieses Protokoll beschreibt einen vergleichenden Arbeitsablauf für die Assemblierung und Annotation von De-novo-Transkriptomen für unerfahrene Bioinformatiker. Der Workflow ist vollständig über CyVerse kostenlos verfügbar und über den Data Store verbunden. Es werden Befehlszeilen und grafische Benutzeroberflächen verwendet, aber der gesamte benötigte Code steht zum Kopieren und Einfügen zur Verfügung.

Nutzung von CyVerse Resources für<em&gt; De Novo</em&gt; Vergleichende Transkriptomik von unversicherten (Nicht-Modell-) Organismen

Erfahren Sie die direkte LC-MS-basierte RNA-Sequenzierung ohne cDNA-Zwischenstufe für Epitranskriptomik. Diese Methode ermöglicht die gleichzeitige Analyse verschiedener RNA-Modifikationen mit Einzelbasengenauigkeit.

2D-HELS MS Seq: Eine allgemeine LC-MS-basierte Methode zur direkten und de novo Sequenzierung von RNA-Gemischen mit unterschiedlichen Nukleotidmodifikationen (Video) | JoVE Journal

2D-HELS MS Seq: Eine allgemeine LC-MS-basierte Methode zur direkten und de novo Sequenzierung von RNA-Gemischen mit unterschiedlichen Nukleotidmodifikationen

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