Demonstration der Sequenzausrichtung zur Vorhersage über Spezies hinweg Suszeptibilitätstool zur schnellen Bewertung der Proteinkonservierung

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10. Februar 2023

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Sara M. F. Vliet¹ , Monique Hazemi² , Donovan Blatz² , Marissa Jensen³ , Sally Mayasich⁴ , Thomas R. Transue⁵ , Cody Simmons⁵ , Audrey Wilkinson⁵ , Carlie A. LaLone⁶

¹Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Scientific Computing and Data Curation Division, U.S. Environmental Protection Agency, ²Oak Ridge Institute for Science and Education, ³Swenson College of Science and Engineering, Department of Biology, University of Minnesota Duluth, ⁴University of Wisconsin-Madison Aquatic Sciences Center, ⁵General Dynamics Information Technology, Research Triangle Park, ⁶Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Great Lakes Toxicology and Ecology Division, U.S. Environmental Protection Agency

Hier stellen wir ein Protokoll vor, um die neueste Version des SeqAPASS-Tools (Sequence Alignment to Predict Across Species Susceptibility) der US Environmental Protection Agency zu verwenden. Dieses Protokoll demonstriert die Anwendung des Online-Tools zur schnellen Analyse der Proteinkonservierung und zur Bereitstellung anpassbarer und leicht interpretierbarer Vorhersagen der chemischen Empfindlichkeit über Spezies hinweg.

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