Name: Ein Workflow zur quantitativen Bewertung der endophytischen und epiphytischen bakteriellen Mikrobiome der Rinde von Populus trichocarpa (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-27T14:20:00.000+00:00
Duration: 12 min 5 s
Description: Erfahren Sie einen Workflow zur quantitativen Bewertung endophytischer und epiphytischer bakterieller Mikrobiome der Rinde von Populus trichocarpa. Diese Methode nutzt Next-Generation-Sequencing für umfassende mikrobiologische Analysen.

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<ol><li>Aguirre-Von-Wobeser, E., Alonso-Sanchez, A., Mendez-Bravo, A., Villanueva Espino, L. A., Reverchon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barks+from+avocado+trees+of+different+geographic+locations+have+consistent+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Archs+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Barks from avocado trees of different geographic locations have consistent microbial communities.</a> Archs Microbiol. 203 (7), 4593-4607 (2021).</li>
<li>Konopka, B., Pajtik, J., Seben, V., Merganicova, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+bark+thickness+and+bark+biomass+on+stems+of+four+broadleaved+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Modeling bark thickness and bark biomass on stems of four broadleaved tree species.</a> Plants (Basel). 11 (9), 1148(2022).</li>
<li>Rosell, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+in+woody+plants%3A+Understanding+the+diversity+of+a+multifunctional+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Integr+Comp+Biol%22%5BJournal%5D)">Bark in woody plants: Understanding the diversity of a multifunctional structure.</a> Integr Comp Biol. 59 (3), 535-547 (2019).</li>
<li>Kobayashi, K., Aoyagi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+structure+analysis+inacer+palmatumbark+and+isolation+of+novel+bacteria+IAD-21+of+the+candidate+division+FBP%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Microbial community structure analysis inacer palmatumbark and isolation of novel bacteria IAD-21 of the candidate division FBP.</a> PeerJ. 7, e7876(2019).</li>
<li>Pellitier, P. T., Zak, D. R., Salley, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+filtering+structures+fungal+endophyte+communities+in+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Environmental filtering structures fungal endophyte communities in tree bark.</a> Mol Ecol. 28 (23), 5188-5198 (2019).</li>
<li>Dreyling, L., Schmitt, I., Dal Grande, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+size+drives+diversity+and+community+structure+of+microbial+communities+on+the+bark+of+beech+%28fagus+sylvatica%29%5BTitle%5D)+AND+%22Front+For+Glob+Change%22%5BJournal%5D)">Tree size drives diversity and community structure of microbial communities on the bark of beech (fagus sylvatica).</a> Front For Glob Change. 5, 858382(2022).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+microbial+community+structure+in+response+to+gummosis+in+peach+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Changes in microbial community structure in response to gummosis in peach tree bark.</a> Plants (Basel). 11 (21), 2834(2022).</li>
<li>Dong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((core+microbiota%2C+and+function+of+the+rhizosphere+soil+and+bark+microbiota+in+Eucommia+ulmoides%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">core microbiota, and function of the rhizosphere soil and bark microbiota in Eucommia ulmoides.</a> Front Microbiol. 13, 855317(2022).</li>
<li>Bodenhausen, N., Bortfeld-Miller, M., Ackermann, M., Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+synthetic+community+approach+reveals+plant+genotypes+affecting+the+phyllosphere+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">A synthetic community approach reveals plant genotypes affecting the phyllosphere microbiota.</a> PLoS Genet. 10 (4), e1004283(2014).</li>
<li>Bodenhausen, N., Horton, M. W., Bergelson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+communities+associated+with+the+leaves+and+the+roots+of+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana.</a> PLoS One. 8 (2), e52369(2013).</li>
<li>Stone, B. W. G., Weingarten, E. A., Jackson, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Role+of+the+phyllosphere+microbiome+in+plant+health+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+plant+reviews%22%5BJournal%5D)">The Role of the phyllosphere microbiome in plant health and function.</a> Annual plant reviews. 1, 1-24 (2018).</li>
<li>Lambais, M. R., Lucheta, A. R., Crowley, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+community+assemblages+associated+with+the+phyllosphere%2C+dermosphere%2C+and+rhizosphere+of+tree+species+of+the+atlantic+forest+are+host+taxon+dependent%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Bacterial community assemblages associated with the phyllosphere, dermosphere, and rhizosphere of tree species of the atlantic forest are host taxon dependent.</a> Microb. Ecol. 68 (3), 567-574 (2014).</li>
<li>Arrigoni, E., Antonielli, L., Pindo, M., Pertot, I., Perazzolli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+age+and+plant+genotype+affect+the+microbiota+of+apple+and+pear+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Tissue age and plant genotype affect the microbiota of apple and pear bark.</a> Microbiol Res. 211, 57-68 (2018).</li>
<li>Germain, H., Séguin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+immunity%3A+Has+poplar+made+its+bed%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Innate immunity: Has poplar made its bed.</a> New Phytol. 189 (3), 678-687 (2011).</li>
<li>Varnagirytė-Kabašinskienė, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+shoot+collection+timing+and+hormonal+treatment+on+seedling+rooting+and+growth+in+four+poplar+genomic+groups%5BTitle%5D)+AND+%22Forests%22%5BJournal%5D)">Evaluation of shoot collection timing and hormonal treatment on seedling rooting and growth in four poplar genomic groups.</a> Forests. 15 (9), (2024).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ptr-mir397a+is+a+negative+regulator+of+laccase+genes+affecting+lignin+content+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Ptr-mir397a is a negative regulator of laccase genes affecting lignin content in Populus trichocarpa.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110 (26), 10848-10853 (2013).</li>
<li>Krabel, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+root+and+aboveground+biomass+development+of+hybrid+poplars+%28populus+spp.%29+under+drought+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Can+J+For+Res%22%5BJournal%5D)">Early root and aboveground biomass development of hybrid poplars (populus spp.) under drought conditions.</a> Can J For Res. 45 (10), 1289-1298 (2015).</li>
<li>Vitulo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+and+grape+microbiome+of+vitis+vinifera%3A+Influence+of+geographic+patterns+and+agronomic+management+on+bacterial+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bark and grape microbiome of vitis vinifera: Influence of geographic patterns and agronomic management on bacterial diversity.</a> Front Microbiol. 9, 3203(2018).</li>
<li>Aschenbrenner, I. A., Cernava, T., Erlacher, A., Berg, G., Grube, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+sharing+and+distinct+co-occurrence+networks+among+spatially+close+bacterial+microbiota+of+bark%2C+mosses+and+lichens%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Differential sharing and distinct co-occurrence networks among spatially close bacterial microbiota of bark, mosses and lichens.</a> Mol Ecol. 26 (10), 2826-2838 (2017).</li>
<li>Liang, X., Wan, D., Tan, L., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+changes+of+endophytic+bacteria+in+the+bark+and+leaves+of+medicinal+plant+eucommia+ulmoides+in+different+seasons%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Dynamic changes of endophytic bacteria in the bark and leaves of medicinal plant eucommia ulmoides in different seasons.</a> Microbiol Res. 280, 127567(2024).</li>
<li>De Muinck, E. J., Trosvik, P., Gilfillan, G. D., Hov, J. R., Sundaram, A. Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+ultra+high-throughput+16s+rRNA+gene+amplicon+sequencing+library+preparation+method+for+the+illumina+Hiseq+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A novel ultra high-throughput 16s rRNA gene amplicon sequencing library preparation method for the illumina Hiseq platform.</a> Microbiome. 5 (1), 68(2017).</li>
<li>Anguita-Maeso, M., Haro, C., Navas-Cortes, J. A., Landa, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer+choice+and+xylem-microbiome-extraction+method+are+important+determinants+in+assessing+xylem+bacterial+community+in+olive+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Primer choice and xylem-microbiome-extraction method are important determinants in assessing xylem bacterial community in olive trees.</a> Plants (Basel). 11 (10), 1320(2022).</li>
<li>Wang, C., Liu, D. W., Bai, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decreasing+soil+microbial+diversity+is+associated+with+decreasing+microbial+biomass+under+nitrogen+addition%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Decreasing soil microbial diversity is associated with decreasing microbial biomass under nitrogen addition.</a> Soil Biol Biochem. 120, 126-133 (2018).</li>
<li>Almeida, A., Mitchell, A. L., Tarkowska, A., Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+taxonomic+assignments+based+on+16s+rRNA+gene+profiling+of+the+microbiota+from+commonly+sampled+environments%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Benchmarking taxonomic assignments based on 16s rRNA gene profiling of the microbiota from commonly sampled environments.</a> GigaScience. 7 (5), giy54(2018).</li>
<li>Liland, K. H., Vinje, H., Snipen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microclass%3A+An+R-package+for+16s+taxonomy+classification%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Microclass: An R-package for 16s taxonomy classification.</a> BMC Bioinform. 18 (1), 172(2017).</li>
<li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+AREb1+transcription+factor+influences+histone+acetylation+to+regulate+drought+responses+and+tolerance+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The AREb1 transcription factor influences histone acetylation to regulate drought responses and tolerance in Populus trichocarpa.</a> Plant Cell. 31 (3), 663-686 (2019).</li>
<li>Cregger, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Populus+holobiont%3A+Dissecting+the+effects+of+plant+niches+and+genotype+on+the+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The Populus holobiont: Dissecting the effects of plant niches and genotype on the microbiome.</a> Microbiome. 6 (1), 31(2018).</li>
<li>Maria Rodríguez, J. O., Ziani, K., Maté, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combined+effect+of+plasticizers+and+surfactants+on+the+physical+properties+of+starch+based+edible+films%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Combined effect of plasticizers and surfactants on the physical properties of starch based edible films.</a> Food Res Int. 39 (8), 840-846 (2006).</li>
<li>Beckers, B., De Beeck, M. O., Weyens, N., Boerjan, W., Vangronsveld, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+variability+and+niche+differentiation+in+the+rhizosphere+and+endosphere+bacterial+microbiome+of+field-grown+poplar+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees.</a> Microbiome. 5 (1), 25(2017).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+patterns+of+16s+rrna+diversity+at+a+depth+of+millions+of+sequences+per+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Global patterns of 16s rrna diversity at a depth of millions of sequences per sample.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 108, 4516-4522 (2011).</li>
<li>Mcpherson, M. R., Wang, P., Marsh, E. L., Mitchell, R. B., Schachtman, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+analysis+of+microbial+communities+in+soil%2C+rhizosphere%2C+and+roots+in+perennial+grass+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Isolation and analysis of microbial communities in soil, rhizosphere, and roots in perennial grass experiments.</a> J Vis Exp. 24 (137), e57932(2018).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dada2%3A+High-resolution+sample+inference+from+illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dada2: High-resolution sample inference from illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Pruesse, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comprehensive+online+resource+for+quality+checked+and+aligned+ribosomal+RNA+sequence+data+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.</a> Nucleic Acids Res. 35 (21), 7188-7196 (2007).</li>
<li>Ginestet, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ggplot2%3A+Elegant+graphics+for+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+R+Stat+Soc+Ser+A+Stat+Soc%22%5BJournal%5D)">Ggplot2: Elegant graphics for data analysis.</a> J R Stat Soc Ser A Stat Soc. 174, 245-245 (2011).</li>
<li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stamp%3A+Statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinform%22%5BJournal%5D)">Stamp: Statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinform. 30 (21), 3123-3124 (2014).</li>
<li>Holmes, S. P., McMurdie, P. J., Callahan, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exact+sequence+variants+should+replace+operational+taxonomic+units+in+marker-gene+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis.</a> ISME J. 11, 2639-2643 (2017).</li>
<li>Chernov, T. I., Tkhakakhova, A. K., Kutovaya, O. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+diversity+indices+for+the+characterization+of+the+soil+prokaryotic+community+by+metagenomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Eurasian+Soil+Sci%22%5BJournal%5D)">Assessment of diversity indices for the characterization of the soil prokaryotic community by metagenomic analysis.</a> Eurasian Soil Sci. 48 (4), 410-415 (2015).</li>
<li>Li Yu, X., Hu, X. Y., Wang, X. X., Zhang, X. Y., Du, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protocol+specialized+for+microbial+DNA+extraction+from+living+poplar+wood%5BTitle%5D)+AND+%22Not+Bot+Horti+Agrobot+Cluj+Napoca%22%5BJournal%5D)">A protocol specialized for microbial DNA extraction from living poplar wood.</a> Not Bot Horti Agrobot Cluj Napoca. 50 (4), (2022).</li>
<li>Jeffrey, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark-dwelling+methanotrophic+bacteria+decrease+methane+emissions+from+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Bark-dwelling methanotrophic bacteria decrease methane emissions from trees.</a> Nat Commun. 12 (1), 2127(2021).</li>
<li>Chelius, M. K., Triplett, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+archaea+and+bacteria+in+association+with+the+roots+of+zea+mays+l%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">The diversity of archaea and bacteria in association with the roots of zea mays l.</a> Microb Ecol. 41 (3), 252-263 (2001).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Ausrüstung:</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bead Beater</td><td>DHS Life Science</td><td>401265</td><td></td></tr><tr><td>Zentrifuge für 1,5 mL Röhrchen</td><td>Thermo Scientific</td><td>75002440</td><td></td></tr><tr><td>Zentrifuge für PCR Röhrchen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mikroplatten-Reader</td><td>BioTek</td><td>8040528</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop</td><td>DHS Life Science & Verifizierter Lieferant - Technology Co., Ltd.</td><td>2010/2020&nbsp;</td><td>Mikrovolumen-Spektralphotometer</td></tr><tr><td>Qubit 3.0 Fluorometer&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>Q33216</td><td>Fluorometer&nbsp;</td></tr><tr><td>Kühlschrank (-80)</td><td>Panasonic Healthcare Co., Ltd</td><td>17060107</td><td></td></tr><tr><td>T100 Thermocycler</td><td>Bio-Rad</td><td>1861096</td><td>Thermocycler</td></tr><tr><td>Tanon EPS-600&nbsp;</td><td>Tanon</td><td>A-179047-2313</td><td>Für die Elektrophorese</td></tr><tr><td>LabChip GX Touch HT</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS138625</td><td>Bibliothek, Nachweis der DNA-Fragmentverteilung, Analyse der Nukleinsäure-Qualitätskontrolle</td></tr><tr><td>Applied Biosystems QuantStudio 12K</td><td>Applied Biosystems</td><td>4485694</td><td>Quantifizierungsbibliothek</td></tr><tr><td>Illumina Novaseq6000</td><td>Illumina&nbsp;</td><td></td> Materialien für <td>die Sequenzierung in der Bibliothek</td></tr><tr><td>:</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Handschuhe</td><td>Jede</td><td></td> NA-Aerosolbarriere <td></td></tr><tr><td>Spitze 10 &mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-300-R-S</td><td></td></tr><tr><td>Aerosol-Barrierespitze 20&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-20-R-S</td><td></td></tr><tr><td>Aerosol-Barrierespitze 200&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-200-R-S</td><td></td></tr><tr><td>Aerosol-Barriere Tipr 1000&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-1000-R-S</td><td></td></tr><tr><td>Zentrifugenröhrchen 1,5 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-150-C</td><td></td></tr><tr><td>Corning 96-well Schwarz/Transparent Mikroplatte mit flachem Boden</td><td>Corning</td><td>3631</td><td></td></tr><tr><td>Wattestäbchen</td><td>ZHENDE MEDICAL</td><td>76606</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil Kit</td><td>QIAGEN&nbsp;</td><td>12888-100</td><td>Für die DNA-Extraktion</td></tr><tr><td>enzymfreies Zentrifugenröhrchen 1,5 ml</td><td>USA SCIENTIFIC</td><td>1415-2600</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Tianjin Yongda Chemical Reagent Company Limited</td><td>64-17-5</td><td></td></tr><tr><td>harte Röhrchen (5 ml)</td><td>DHS Life Science</td><td>0401261-17</td><td></td></tr><tr><td>Hot Master Mix&nbsp;</td><td>Quanta Bio</td><td>2200400</td><td></td></tr><tr><td>Mikrozentrifugenröhrchen 2,0 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-200-C-S</td><td></td></tr><tr><td>PCR Wasser</td><td>QIAGEN</td><td>17000-10</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick Gel-Extraktionskit&nbsp;</td><td>QIAGEN</td><td>28704</td><td>Für die Gelextraktion</td></tr><tr><td>Quant-iT dsDNA Assay Kits, Broad Range</td><td>Invitrogen</td><td>Q33130</td><td>Für die Konzentrationsbestimmung der amplifizierten Produkte und der gereinigten Amplikonbibliotheken</td></tr><tr><td>quadratische Petrischale</td><td>Changde Bkman Biotechnology Co., Ltd</td><td>110301014</td><td></td></tr><tr><td>Stahlperlen</td><td>Shangyu Yixin Ball Industry Co., Ltd.</td><td></td><td></td>YXB36985</tr><tr><td>Natriumhypochloritlösung</td><td>Tianjin Beilian Fine Chemicals Development Co., Ltd&nbsp;</td><td>7681-52-9</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Nachuan Biotechnology Studio</td><td>9005-64-5</td><td></td></tr><tr><td>Dual-Protokoll-DNA-High-Sens-Reagenzienkit</td><td>PerkinElmer</td> CLS760672 <td>Nachweis von DNA-Bibliotheken</td><td></td></tr><tr><td>VAHTS-Bibliotheksquantifizierungskit für Illumina</td><td>Vazyme Biotech Co., Ltd</td><td>NQ104</td><td>Quantifizierungsbibliothek</td></tr></tbody></table>

ein workflow zur quantitativen bewertung der endophytischen und epiphytischen bakteriellen mikrobiome der rinde von populus trichocarpa

A Workflow for the Quantitative Assessment of the Endophytic and Epiphytic Bacterial Microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa

Hochwertige genomische DNA der endophytischen und epiphytischen bakteriellen Mikrobiome der Rinde von P. Trichocarpa wurde unter Verwendung des optimierten Protokolls erhalten (Tabelle 1). Die PCR-Amplifikation aller 12 Proben ergab einzelne starke Banden mit der richtigen Größe (Abbildung 3). Beide Primerpaare 799F/1193R und 515F/806R amplifizierten erfolgreich die Zielprodukte aus endophytischen oder epiphytischen Rindengewebepr...

Ein Workflow zur quantitativen Bewertung der endophytischen und epiphytischen bakteriellen Mikrobiome der Rinde von Populus trichocarpa

Microorganisms colonizing plant surfaces and internal tissues may possess beneficial functions in promoting plant growth and health. However, information ...

a-workflow-for-quantitative-assessment-endophytic-epiphytic-bacterial

Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Wir bieten eine Technik an, um intaktes Baumphloem zu erhalten und es für die Beobachtung vorzubereiten.  Wir entwickeln eine Apparatur namens Phloem-Sandwich, die die Einführung und Beobachtung von Arthropoden, Mikroben und anderen Organismen ermöglicht, die Phloemgewebe bewohnen.

Technik zur Untersuchung Gliederfüßer und Mikrobielle Gemeinschaften im Baum Tissues

Whole-Cell-Assay mit Bioreporter Burkholderia sartisoli RP037-MCHe wurde entwickelt, um Bruchteile einer organischen Verunreinigung (dh fluoren) nach den aktiven Transport von Myzelien Überbrückungsluftgefüllten Poren in einer wasser ungesättigten Modellsystem für bakteriellen Abbau verfügbar zu detektieren.

Eine ganze Zelle Bioreporter Ansatz für Transport und Bioverfügbarkeit von organischen Schadstoffen in Wasser Ungesättigte Systeme Bewerten

Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Amplikons Sequenzdaten von Boden, Rhizosphäre und Wurzel Endosphere mikrobiome zu erhalten. Diese Informationen kann verwendet werden, um die Zusammensetzung und Vielfalt der Anlage verbundenen mikrobieller Gemeinschaften zu untersuchen, und eignet sich für den Einsatz mit einer Vielzahl von Pflanzenarten.

Die Wurzel Mikrobiom zu erkunden: Extrahieren von Bakteriengemeinschaft Daten aus dem Boden, die Rhizosphäre und die Wurzel Endosphere

Ausgrabung der Pflanzenwurzeln aus dem Bereich sowie Verarbeitung von Proben in Endosphere, Rhizosphäre und Boden sind im Detail beschrieben, einschließlich DNA-Extraktion und Analyse-Methoden. Dieses Papier soll anderen Labors, diese Techniken für die Untersuchung von Böden, Endosphere und Rhizosphäre mikrobiome zu ermöglichen.

Isolierung und Analyse der mikrobiellen Lebensgemeinschaften im Boden, Rhizosphäre und Wurzeln in mehrjährige Grass Experimente

Hier beschreiben wir einen hydroponischen Pflanzenwachstumstest zur Quantifizierung des Artenvorkommens und zur Visualisierung der räumlichen Verteilung von Bakterien während der anfänglichen Besiedlung von Pflanzenwurzeln und nach deren Übertragung in verschiedene Wachstumsumgebungen.

Überwachung der bakteriellen Kolonisation und Erhaltung von Arabidopsis thaliana Roots in einem schwimmenden Hydroponischen System

Wir beschreiben, wie BlattbehausungShropoden quantifiziert werden, indem die Blätter und das Ende der Zweige in einem Beutel versiegelt, das verpackte Material abgeschnitten und eingefroren und das zuvor gefrorene Material in Wasser entspült wird, um Arthropoden zur Quantifizierung vom Substrat zu trennen.

Eine Methode zur Quantifizierung von Laub-Behausungs-Arthropoden

Wir beschreiben einen semi-quantitativen Ansatz zur Messung von Eigenschaften von korticolous (Rinden-Wohnung) Arthropoden-Gemeinschaften. Wir platzierten kommerziell hergestellte Klebrigenfallen auf Baumboles, um Überfluss, Gesamtlänge (ein Ersatz für Biomasse), Reichtum und Shannon-Vielfalt für den Vergleich zwischen Baumarten zu schätzen.

Quantifizierung von Corticolous Arthropoden mit Haftfallen

Glyphosat-basierte Produkte (GBP) sind die weltweit am weitesten verbreiteten Breitband-Herbizide. In diesem Artikel stellen wir allgemeine Richtlinien vor, um die Wirkung von GBP auf Mikrobiome zu quantifizieren, von Feldexperimenten bis hin zu bioinformatischen Analysen.

Quantifizierung des potenziellen Einflusses von Glyphosat-basierten Produkten auf Mikrobiome

Das Protokoll beschreibt hier die Methoden zur Beurteilung der arbuskulären Mykorrhiza-Besiedlungsmuster und -Strategien in Wurzeln für zwei Arten: Zea mays und Festuca rubra. Der Einsatz der MycoPatt-Methode ermöglicht die Berechnung von Parametern, die Umwandlung von Mykorrhizastrukturen in digitale Daten und die Kartierung ihrer realen Position in Wurzeln.

Mykorrhizakarten als Werkzeug zur Erforschung von Besiedlungsmustern und Pilzstrategien in den Wurzeln von Festuca rubra und Zea mays

Wir schlagen ein optimiertes Rasterelektronenmikroskopie-Protokoll vor, um sehr heterogene und empfindliche Proben zu visualisieren, die pflanzliche und pilzliche Biomasse zusammen mit Mikrobiota und Biofilm enthalten. Dieses Protokoll ermöglicht es, die räumlichen Dimensionen der Mikrobiota-Organisation zu beschreiben.

Mikrobiota von Attinanameisengärten: Visualisierung einer mikrobiellen Landschaft mit Hilfe der Rasterelektronenmikroskopie

Dieses Protokoll liefert einen modularen BSL-2-Workflow, der Kristall-Violett-Biomasse-Assays, Zeitraffer-Phasenkontrastkinetik, konfokale 3D/Matrix-Kartierung, SEM-Ultrastruktur und ein Modul zur Hamsterinfektion in vivo kombiniert, um die funktionelle Rolle des Leptospira-Biofilms zu kultivieren, quantifizieren, charakterisieren und untersuchen und so eine standardisierte Bewertung von Mutanten und Anti-Biofilm-Interventionen in Laboren ermöglicht.

Ein modularer Arbeitsablauf für quantitative, strukturelle und funktionale Analyse von Leptospira-Biofilmen

Erfahren Sie einen Workflow zur quantitativen Bewertung endophytischer und epiphytischer bakterieller Mikrobiome der Rinde von Populus trichocarpa. Diese Methode nutzt Next-Generation-Sequencing für umfassende mikrobiologische Analysen.

Ein Workflow zur quantitativen Bewertung der endophytischen und epiphytischen bakteriellen Mikrobiome der Rinde von Populus trichocarpa (Video) | JoVE Journal

Ein Workflow zur quantitativen Bewertung der endophytischen und epiphytischen bakteriellen Mikrobiome der Rinde von Populus trichocarpa

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