Elektrophoretische Analyse der Replikation durch strukturanfällige DNA-Wiederholungen innerhalb des SV40-basierten humanen Episoms

Im Folgenden wird das Verfahren zur Analyse des Replikationsverlaufs durch pathogene, strukturanfällige Wiederholungen mittels 2-dimensionaler Gelelektrophorese skizziert.

Ziel unserer Forschung ist es, die DNA-Replikation von instabilen pathogenen Wiederholungen in menschlichen Zellen zu charakterisieren. Wir hoffen, Fragen beantworten zu können, wie z. B. welche spezifischen Wiederholungen das Blockieren der Replikationsgabel verursachen. Welche einzigartigen Sekundärstrukturen bilden diese Wiederholungen?

Und wie dehnen sich diese Wiederholungen während der DNA-Replikation aus? Obwohl wir wissen, dass viele dieser strukturbildenden Wiederholungen die DNA-Replikation beeinträchtigen können, ist noch unklar, welche genauen Schritte als nächstes ablaufen. Wir hoffen, dass dieses Protokoll dazu beitragen wird, diese Frage zu beantworten und die Mechanismen zu beleuchten, wie sich diese pathogenen Wiederholungen ausbreiten.

2D-Gele bieten die einzigartige Möglichkeit, die Strukturen in relativen Populationen von Molekülen, die während der DNA-Replikation entstehen können, tatsächlich sichtbar zu machen. Innerhalb eines einzigen Experiments haben Sie im Wesentlichen die vollständige Karte, wie der Replikationsfortschritt durch eine bestimmte DNA-Sequenz aussieht.