Name: Das schwimmende Labor: Standardverfahren zum Sammeln und Filtern von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren für die Umwelt-DNA-Analyse (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 22 s
Description: Erfahren Sie ein reproduzierbares Protokoll zur Umwelt-DNA-Sammlung von Fähren für die Meeresbiologie. Diese Methode ermöglicht die Überwachung von Walen in abgelegenen Offshore-Gebieten und unterstützt den Schutz mariner Säugetiere.

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<ol><li>Andruszkiewicz, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomonitoring+of+marine+vertebrates+in+Monterey+Bay+using+eDNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Biomonitoring of marine vertebrates in Monterey Bay using eDNA metabarcoding.</a> PLoS One. 12 (4), e0176343(2017).</li>
<li>Djurhuus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+reveals+seasonal+shifts+and+potential+interactions+in+a+marine+community%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community.</a> Nat Commun. 11 (1), 254(2020).</li>
<li>DiBattista, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+can+act+as+a+biodiversity+barometer+of+anthropogenic+pressures+in+coastal+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA can act as a biodiversity barometer of anthropogenic pressures in coastal ecosystems.</a> Sci Rep. 10 (1), 8365(2018).</li>
<li>Beng, K. C., Corlett, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+environmental+DNA+%28eDNA%29+in+ecology+and+conservation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Biodivers+Conserv%22%5BJournal%5D)">Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: Opportunities, challenges, and prospects.</a> Biodivers Conserv. 29 (7), 2089-2121 (2020).</li>
<li>He, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eDNA+metabarcoding+enriches+traditional+trawl+survey+data+for+monitoring+biodiversity+in+the+marine+environment%5BTitle%5D)+AND+%22ICES+J+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment.</a> ICES J Mar Sci. 80 (5), 1529-1538 (2023).</li>
<li>Pawlowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+future+of+biotic+indices+in+the+ecogenomic+era%3A+Integrating+%28e%29DNA+metabarcoding+in+biological+assessment+of+aquatic+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems.</a> Sci Total Environ. 637 - 638, 1295-1310 (2018).</li>
<li>Arcangeli, A., Marini, L., Crosti, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+cetacean+presence%2C+relative+abundance+and+distribution+over+20+years+along+a+trans-regional+fixed+line+transect+in+the+central+Tyrrhenian+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Ecol%22%5BJournal%5D)">Changes in cetacean presence, relative abundance and distribution over 20 years along a trans-regional fixed line transect in the central Tyrrhenian sea.</a> Mar Ecol. 34 (1), 112-121 (2013).</li>
<li>Matear, L., Robbins, J. R., Hale, M., Potts, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cetacean+Biodiversity+in+the+Bay+of+Biscay%3A+Suggestions+for+environmental+protection+derived+from+citizen+science+data%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Policy%22%5BJournal%5D)">Cetacean Biodiversity in the Bay of Biscay: Suggestions for environmental protection derived from citizen science data.</a> Mar Policy. 103672, 109(2019).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ferries+and+environmental+DNA%3A+Underway+sampling+from+commercial+vessels+provides+new+opportunities+for+systematic+genetic+surveys+of+marine+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Ferries and environmental DNA: Underway sampling from commercial vessels provides new opportunities for systematic genetic surveys of marine biodiversity.</a> Front Mar Sci. 8, 704786(2021).</li>
<li>Boyse, E., Beger, M., Valsecchi, E., Goodman, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sampling+from+commercial+vessel+routes+can+capture+marine+biodiversity+distributions+effectively%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Sampling from commercial vessel routes can capture marine biodiversity distributions effectively.</a> Ecol Evol. 13 (2), e9810(2023).</li>
<li>Arcangeli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+indicators+for+trend+assessment+of+range+and+habitat+of+low-density+cetacean+species+in+the+Mediterranean+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Testing indicators for trend assessment of range and habitat of low-density cetacean species in the Mediterranean Sea.</a> Front Mar Sci. 10, 1116829(2023).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+universal+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+surveys+of+marine+mammals+and+other+marine+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Novel universal primers for metabarcoding environmental DNA surveys of marine mammals and other marine vertebrates.</a> Environ DNA. 2 (4), 460-476 (2020).</li>
<li>Hunter, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+eDNA+yield+and+inhibitor+reduction+through+increased+water+volumes+and+multi-filter+isolation+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Improving eDNA yield and inhibitor reduction through increased water volumes and multi-filter isolation techniques.</a> Sci Rep. 9 (1), 5259(2019).</li>
<li>Capo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+filtration+methods+and+water+volume+on+the+quantification+of+brown+trout+%28Salmo+trutta%29+and+Arctic+char+%28Salvelinus+alpinus%29+eDNA+concentrations+via+droplet+digital+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Effects of filtration methods and water volume on the quantification of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus) eDNA concentrations via droplet digital PCR.</a> Environ DNA. 2 (2), 152-160 (2020).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+filtration+method+on+the+efficiency+of+environmental+DNA+capture+and+quantification+via+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">The effect of filtration method on the efficiency of environmental DNA capture and quantification via metabarcoding.</a> Mol Ecol Resour. 18 (5), 1102-1114 (2018).</li>
<li>Collins, R. A., Wangensteen, O. S., O'Gorman, E. J., Mariani, S., Sims, D. W., Genner, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Persistence+of+environmental+DNA+in+marine+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Persistence of environmental DNA in marine systems.</a> Commun Biol. 1, 185(2018).</li>
<li>Kelly, R. P., Gallego, R., Jacobs-Palmer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+tides+on+nearshore+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">The effect of tides on nearshore environmental DNA.</a> PeerJ. 6, e4521(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Filtermembranen mit einem Durchmesser von 4,7 cm Biosigma</td><td>S.p.A.</td><td>https://www.biosigma.com/</td> <td>Filtermembranen von 0,45 &mu; m Porosität, einzeln verpackt&nbsp;</td></tr><tr><td>4/5 L Isolierflaschen</td><td>Duran</td><td>https://www.duran-bottle-system.com/</td> <td>5 L Glaskolben mit Stopfen</td></tr><tr><td>Saugfähige Papierpads</td><td>Advantec MFS, Inc.</td><td>https://www.advantecmfs.com/category/absorbent-pads-1</td><td>Saugpads für Filterpapier, Größe 47 mm.</td></tr><tr><td>Bag-in-Box (BiB)</td><td>G.M.V. Agricenter S.r.l.</td><td>https://www.gmvagricenter.it/</td> <td>10 Liter Bags-in-Box mit Wasserhahn</td></tr><tr><td>Filterzylinder&nbsp;</td><td>Sartorius AG</td><td>https://shop.sartorius.com/in/industrial-microbiology-filtration-devices/biosart-100-monitors/p/M_Biosart_100_Monitors#</td><td>Biostart 100 Monitorzylinder, mit 0,45 &mu; M Membran enthalten&nbsp;</td></tr><tr><td>Siegelfolie</td><td>Merck</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/product/sigma/hs234526a?utm_source=bing&utm_medium= cpc& utm_campaign=Alle+product_ dsa_WW_%28bing+ebizpfs%29& utm_id=626946489& utm_content= 1166583023365595& msclkid= d2b55b82440b1aef56fc3ca803c 6486f& utm_term=%2Fproduct%2F</td><td>4 Zoll x 125 Fuß Rolle Labor-Siegelfolie</td></tr><tr><td>Vakuumpumpe</td><td>KNF Group</td><td>https://knf.com/en/us</td><td>Laboport tragbare Vakuumpumpe N. 96&nbsp;</td></tr></tbody></table>

das schwimmende labor: standardverfahren zum sammeln und filtern von meerwasserproben von in betrieb befindlichen fähren für die umwelt-dna-analyse

The Floating Lab: Standard Operational Procedure for Collecting and Filtering Seawater Samples from Operating Ferries for Environmental DNA Analysis

Wenn Sie das Protokoll wie beschrieben ausführen, wird vom Operator eine Anzahl von Filtern gesammelt, die der Anzahl der FSS multipliziert mit 3 Replikaten entspricht. Jeder Filter hält biologische Spuren (Umwelt-DNA) auf einer der beiden Seiten zurück. Die analytischen Schritte nach der eDNA-Extraktion hängen stark von der Fragestellung, dem Ziel und dem Ziel der Forschung ab. In der Pilotstudie von Valsecchi et al.9 beispielsweise ermöglichte das beschriebene eDNA-Erfassungsprotokoll das Design...

Das schwimmende Labor: Standardverfahren zum Sammeln und Filtern von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren für die Umwelt-DNA-Analyse

Genetic tools to retrieve information from environmental DNA traces are well-established for both targeted and taxonomically broad biodiversity ...

the-floating-lab-standard-operational-procedure-for-collecting

Research

Forschung

JoVE Journal

Environment

Umwelt

Das Video dokumentiert Methoden zur Erhebung Coastal Marine Wasserproben und deren Verarbeitung für verschiedene Downstream-Anwendungen einschließlich Biomasse-Konzentration, Aufreinigung von Nukleinsäuren, Zell-Hülle und Fülle, Nährstoff-und Spurengasen analysiert.

Meerwasser Probenahme und Sammlung

Das Video dokumentiert großes Volumen (≥ 20 L) Filtration von mikrobieller Biomasse, die zwischen 0,22 &amp;mgr; m und 2.7μm im Durchmesser, aus der Wassersäule.

Large Volume (20L +) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

Das Video dokumentiert kleines Volumen (~ 1 L) Filtration von mikrobieller Biomasse aus der Wassersäule.

Small Volume (1-3L) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

Hier präsentieren wir ein umfassendes Protokoll zur Bewertung der Verfügbarkeit organischer und anorganischer Nährstoffe sowie der Häufigkeit und Struktur von mikrobiellen und viralen Gemeinschaften in abgelegenen Meeresumgebungen.

Entwirren der unsichtbaren Spieler im Ozean - ein Feld Führer zu Wasserchemie und Marine Mikrobiologie

Besondere Sorgfalt bei der Verwendung von "sauberen Techniken" ist erforderlich, um Wasserproben für Spurenmetallstudien in aquatischen Umgebungen ordnungsgemäß zu sammeln und zu verarbeiten. Es wird ein Protokoll für Probenahme-, Verarbeitungs- und Analyseverfahren mit dem Ziel vorgestellt, zuverlässige Umweltüberwachungsdaten und -ergebnisse mit hoher Sensitivität für detaillierte Spurenmetallstudien zu erhalten.

Saubere Probenahme und Analyse von River und Estuarine Waters für Spurenmetallforschung

Wir stellen das VacuSIP vor, eine einfache, unaufdringliche und zuverlässige Methode zur sauberen und genauen Punktprobenahme von Wasser. Das System wurde für die gleichzeitige Sammlung des ein- und ausgeatmeten Wassers durch benthische Suspensionsdosierer in situ entwickelt und evaluiert, um die Entfernung und Ausscheidung von partikulären und gelösten Verbindungen sauber zu messen.

VACUSIP eine verbesserte Inex Methode für<em&gt; In Situ</em&gt; Messung von partikulären und gelösten Verbindungen, die durch Active Suspension Feeders Verarbeitet

Wir beschreiben ein Protokoll für die Filtration von Wasserproben mit einer Filterpatrone und die Extraktion von Umwelt-DNA (eDNA), ohne dass das Gehäuse aufgeschnitten werden muss, um den Filter zu entfernen. Dieses Protokoll wurde für das Metabarcoding von eDNA von Fischen entwickelt, ist aber auch auf eDNA aus anderen Organismen anwendbar.

Die Verwendung einer Filterpatrone für die Filtration von Wasserproben und Extraktion von Umwelt-DNA

Plankton und Schwebeteilchen spielen eine wichtige Rolle in den biogeochemischen Zyklen im Ozean. Hier bieten wir eine Ultra-clean, low-Stress-Methode für die Sammlung verschiedener Größen von Partikeln und Plankton auf hoher See mit der Fähigkeit zur Handhabung großer Mengen von Meerwasser.

Eine Ultra-clean Multilayer Vorrichtung zum Sammeln von Größe fraktioniert Meeresplankton und Schwebeteilchen

Hier beschreiben wir Methoden der Probenahme aus den euphotischen Zonen von Meeres- und Süßwasserökosystemen zur Isolierung von Cyanophagen (und ihren Wirten) und Post-Sampling-Prozesse, die einzelne Genotypen anreichern und die Dynamik der Virus-Wirt-Interaktion charakterisieren.

Umweltproben von photosynthetischen Mikroben und ihren Viren: Vom Feld ins Labor

Dieses Protokoll beschreibt einen standardisierten Workflow zur Sammlung von Umwelt-DNA-Proben von Walbeobachtungsschiffen. Die Machbarkeit für Forscher und ausgebildete Bürgerwissenschaftler wird priorisiert, während Umweltbedingungen, Filtrationszeit, Trübung und Bordlogistik die praktischen Grenzen ihrer Anwendung definieren.

Umwelt-DNA-Probenahme von Walbeobachtungsschiffen zur Überwachung von Walwalen

Erfahren Sie ein reproduzierbares Protokoll zur Umwelt-DNA-Sammlung von Fähren für die Meeresbiologie. Diese Methode ermöglicht die Überwachung von Walen in abgelegenen Offshore-Gebieten und unterstützt den Schutz mariner Säugetiere.

Das schwimmende Labor: Standardverfahren zum Sammeln und Filtern von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren für die Umwelt-DNA-Analyse (Video) | JoVE Journal

Das schwimmende Labor: Standardverfahren zum Sammeln und Filtern von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren für die Umwelt-DNA-Analyse

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