Name: Screening von Wirkstoffen der traditionellen chinesischen Medizin zur Hemmung der UCHL3-Aktivität basierend auf molekularer Docking- und Deubiquitinierungsenzymsondentechnologie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-22T14:40:00.000+00:00
Duration: 10 min 25 s
Description: Erfahren Sie molekulares Docking zur Identifizierung von UCHL3-Inhibitoren aus traditioneller chinesischer Medizin. Diese computergestützte Methode nutzt Bioinformatik und Sondentechnologie für die Arzneimittelforschung.

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<meta charset="utf8"></head><body>Virtuelles Screening und Validierung von UCHL3-Inhibitoren mittels molekularem Docking

<table><tbody><tr><td>30% Acrylamid</td><td>Beijing Lablead Biotech Co., Ltd</td><td>A3291</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumpersulfat</td><td>China National Medicines Corporation Ltd</td><td>10002616</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Kaninchen-IgG, HRP-gebundener Antikörper&nbsp;#7074</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>7074P2</td><td></td></tr><tr><td>BeyoECL Plus</td><td>Beyotime</td><td>P0018S</td><td></td></tr><tr><td>Bradford Protein Assay Kit</td><td>Beyotime</td><td>P0006</td><td></td></tr><tr><td>ClonExpress Ultra One Step Cloning Kit</td><td>Vazyme</td><td>C115-01</td><td></td></tr><tr><td>Danshensu</td><td>Shanghai yuanye Bio-Technology Co., Ltd</td><td>B20254</td><td></td></tr><tr><td></td><td>DMSO Ameresco, Inc.</td><td>21K2356571</td><td></td></tr><tr><td>Elektrophorese-System</td><td>Liuyi Biotechnology</td><td>112-0630</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma</td><td>H3375</td><td></td></tr><tr><td>Aufreinigungskit für His-markierte Proteine (NTA-Ni-Agarose-Magnetbeads)</td><td>Beyotime</td><td>P2247S</td><td></td></tr><tr><td>Immun-Blot-PVDF-Membran, Rolle, 26 cm x 3,3 m</td><td>Bio-Rad Laboratories (Shanghai) Co., Ltd</td><td>1620177</td><td></td></tr><tr><td>Isopropyl Alkohol</td><td>Macklin</td><td>I811925</td><td></td></tr><tr><td>M5 Prestained Protein Ladder</td><td>Mei5 Biotechnology Co.Ltd</td><td>MF-212-01</td><td></td></tr><tr><td>Maestro</td><td>Schr&ouml; dinger' s</td><td>https://www.schrodinger.com/platform/products/maestro/</td><td></td></tr> <tr><td>Methylalkohol</td><td>China National Medicines Corporation Ltd</td><td>10014108</td><td></td></tr><tr><td>MF-Millipore</td><td>Millipore</td><td>HAWP04700</td><td></td></tr><tr><td>MyFug&nbsp; Mini-Zentrifuge</td><td>Sigma</td><td>Z764183</td><td></td></tr><tr><td>Pierce Verdünnungsfreier Rapid Gold BCA Protein Assay</td><td>Thermo Scientific</td><td>A55860</td><td></td></tr><tr><td>PR-619</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>26065S</td><td></td></tr><tr><td>Primärer Antikörper-Verdünnungspuffer für Western Blot</td><td>Macklin</td><td>P917820</td><td></td></tr><tr><td>rekombinantes humanes HA-Ubiquitin-Vinylsulfon-Protein, CF</td><td>R& D Systems</td><td>U-212-025</td><td></td></tr><tr><td>Rekombinantes humanes Ubiquitin AMC-Protein, CF</td><td>F& T & D Systems</td><td>U-550-050</td><td></td></tr><tr><td>Magermilch</td><td>Becton, Dickinson and Company</td><td>232100</td><td></td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfat (SDS)</td><td>Ameresco, Inc.</td><td>205-788-1</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Ameresco, Inc.</td><td>2545C134</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Beijing Lablead Biotech Co., Ltd</td><td>0777-1</td><td></td></tr><tr><td>UCHL3 (D25E6) Kaninchen-mAb-Zellsignaltechnologie</td><td></td><td>8141T</td><td></td></tr></tbody></table>

screening von wirkstoffen der traditionellen chinesischen medizin zur hemmung der uchl3-aktivität basierend auf molekularer docking- und deubiquitinierungsenzymsondentechnologie

Screening Traditional Chinese Medicine Compounds for Inhibiting UCHL3 Activity Based on Molecular Docking and Deubiquitinating Enzyme Probe Technology

Um die kleinen Moleküle in der Salvia miltiorrhiza Bge herauszufiltern, die UCHL3 effektiv hemmen können, haben wir ein molekulares Andocken zwischen den kleinen Molekülen aus der TCMSP-Website mit UCHL3 durchgeführt. Die Top 30 der kleinen Moleküle in den Andockergebnissen und ihre Ergebnisse sind in Tabelle 1 dargestellt. Die Andockergebnisse für alle kleinen Moleküle sind in der ergänzenden Tabelle 1 dargestellt. Wir wählten Danshensu als repräsentatives kleines Molekül für d...

Screening von Wirkstoffen der traditionellen chinesischen Medizin zur Hemmung der UCHL3-Aktivität basierend auf molekularer Docking- und Deubiquitinierungsenzymsondentechnologie

Deubiquitinating enzymes&#160;(DUBs) play a pivotal role in modulating ubiquitination homeostasis, with UCHL3 being an archetypal cysteine DUB intricately ...

screening-traditional-chinese-medicine-compounds-for-inhibiting-uchl3

Research

Forschung

JoVE Journal

Medicine

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Hier beschreiben wir einen zellbasierten Reportergen-Assay als wertvolles Werkzeug zum Screening chemischer Bibliotheken auf Verbindungen, die posttranskriptionelle Kontrollmechanismen modulieren, die durch 3' UTR ausgeübt werden.

Hochdurchsatz-Screening für Chemische Modulatoren der Post-transkriptionell regulierten Genen

Auf den aktuellen Protokollinformationen ein Verfahren zur Messung der Aktivität der funktionell homolog Deubiquitinierungsenzyme. Specialized-Sonden, die das Enzym kovalent modifizieren und lassen für die Erkennung. Dieses Verfahren hält das Potenzial, neue therapeutische Targets zu identifizieren.

Verfahren zur Messung der Aktivität von Deubiquitinierungsenzyme in Zelllinien und Gewebeproben

Die Wechselwirkung zwischen HCN-Kanäle und deren Hilfsuntereinheit als ein therapeutisches Ziel in der Major Depressive Disorder identifiziert worden. Hier wird eine Fluoreszenzpolarisationsgestütztes Verfahren zur Identifizierung von Kleinmolekül-Inhibitoren dieser Protein-Protein-Interaktion, dargestellt.

Verfahren zur Identifizierung von niedermolekularen Inhibitoren des Protein-Protein-Wechselwirkung zwischen HCN1- und TRIP8b

Dieses Papier verwendet ein Flow-Zytometrie-based Assays auf Bildschirm Bibliotheken chemische Inhibitoren für die Identifizierung von Inhibitoren und ihre Ziele, die T-Zell-Rezeptor Signalisierung beeinflussen. Die hier beschriebenen Methoden können auch für Hochdurchsatz-Screenings erweitert werden.

Identifikation von Mediatoren der T-Zell-Rezeptor Signalgebung über das Screening von chemischen Inhibitors Bibliotheken

Die vorliegende Studie liefert detaillierte In-vitro-Ubiquitylierungs-Assay-Protokolle für die Analyse der katalytischen Aktivität der E3-Ubiquitin-Ligase.  Rekombinante Proteine wurden mit prokaryotischen Systemen wie der Escherichia coli-Kultur exprimiert.

In vitro Analyse der E3-Ubiquitin-Ligase-Funktion

In diesem Protokoll wird erläutert, wie die Wirkung genetischer Variation, die mit neurologischen Entwicklungsstörungen verbunden ist, auf die deubiquitylierende Enzymaktivität gemessen werden kann, indem die rekombinante Proteinreinigung mit Ubiquitin-Kettenspaltungsassays kombiniert wird.

Messung der enzymatischen Aktivität von Enzymen, die mit neurologischen Entwicklungsstörungen assoziiert sind, mittels eines in vitro Ubiquitin-Kettenspaltungsassays

Dieses Protokoll führt eine fluorometrische Screening-Methodik ein, die zur Identifizierung von Inhibitoren der Proteinsynthese von Naturprodukten oder kleinen Molekülen optimiert ist. Seine Praktikabilität eignet es sowohl für die Grundausbildung in Arzneimittelforschungstechniken als auch für die Anwendung in Kampagnen der Arzneimittelchemie.

Ein fluoreszenzbasiertes Protokoll zur vorläufigen Screening von Proteinsyntheseinhibitoren aus natürlichen Quellen

Dieses Protokoll beschreibt den Einsatz der ultraleistungsfähigen Flüssigkeitschromatographie in Verbindung mit hybrider Quadrupol-Orbitrap-Hochauflösungs-Massenspektrometrie (UHPLC-Q-Orbitrap HRMS), kombiniert mit Netzwerkpharmakologie und molekularem Andocken, um die materielle Grundlage der Yiqi-Qingjie-Formel (YQQJ) zur Behandlung der IgA-Nephropathie (IgAN) vorherzusagen und zu validieren.

Aufklärung der materiellen Grundlage der Yiqi-Qingjie-Formel gegen IgA-Nephropathie mit UHPLC-Q-Orbitrap HRMS integriert in Netzwerkpharmakologie

Ein Einlauf ist eine Therapie der Traditionellen Chinesischen Medizin (TCM), die zur Behandlung einer schweren akuten Pankreatitis (SAP) eingesetzt wird. Bei der Therapie wird eine TCM-Flüssigkeit durch den Anus in das Rektum und den Dickdarm einträufelt, um die Flüssigkeit im Darm zu halten und über die Darmschleimhaut aufzunehmen. Ziel dieser Studie ist es, das Einlaufverfahren bei SAP-Patienten zu standardisieren.

Einlauf der Traditionellen Chinesischen Medizin bei Patienten mit schwerer akuter Pankreatitis

In dieser Studie wird eine Reihe von Methoden zur Aufbereitung von DESI-MSI-Proben aus Pflanzen vorgestellt und ein Verfahren der DESI-Montageinstallation, MSI-Datenerfassung und -verarbeitung detailliert beschrieben. Dieses Protokoll kann unter verschiedenen Bedingungen angewendet werden, um räumliche Metabolominformationen in Pflanzen zu erhalten.

Visualisierung von Metaboliten, die im räumlichen Metabolom der Traditionellen Chinesischen Medizin mit DESI-MSI identifiziert wurden

Erfahren Sie molekulares Docking zur Identifizierung von UCHL3-Inhibitoren aus traditioneller chinesischer Medizin. Diese computergestützte Methode nutzt Bioinformatik und Sondentechnologie für die Arzneimittelforschung.

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Screening von Wirkstoffen der traditionellen chinesischen Medizin zur Hemmung der UCHL3-Aktivität basierend auf molekularer Docking- und Deubiquitinierungsenzymsondentechnologie

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