Name: ATAC-Seq-Bibliothek Präparation von aus dem Knochenmark gewonnenen Neutrophilen der Maus (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-03T14:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 44 s
Description: Lernen Sie die ATAC-Seq-Bibliothekpräparation von murinen Knochenmark-Neutrophilen. Diese Methode nutzt immunmagnetische Sortierung zur Gewährleistung hoher Zellviabilität und Bibliotheksqualität für epigenetische Studien.

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<meta charset="utf8"></head><body>Skalierbares ATAC-seq-Protokoll für die Zugänglichkeit von Chromatin in Nagetier-Neutrophilen

<ol><li>Mortaz, E., Alipoor, S. D., Adcock, I. M., Mumby, S., Koenderman, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Update+on+neutrophil+function+in+severe+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">Update on neutrophil function in severe inflammation.</a> Front Immunol. 9, 2171(2018).</li>
<li>Lehrer, R. I., Ganz, T., Selsted, M., Babior, B. M., Curnutte, J. T. Neutrophils and host defense. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLehrer%2C+RI+%22Ann+Intern+Med%22">Ann Intern Med</a>. 109 (2), 127-142 (1988).</li>
<li>De Oliveira, S., Rosowski, E. E., Huttenlocher, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil+migration+in+infection+and+wound+repair%3A+Going+forward+in+reverse%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Neutrophil migration in infection and wound repair: Going forward in reverse.</a> Nat Rev Immunol. 16 (6), 378-391 (2016).</li>
<li>Herrera-Uribe, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+profiling+of+gene+expression+and+chromatin+accessibility+elucidates+specific+transcriptional+networks+in+porcine+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Integrative profiling of gene expression and chromatin accessibility elucidates specific transcriptional networks in porcine neutrophils.</a> Front Genet. 14, 1107462(2023).</li>
<li>Kipnis, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophils+in+sepsis%3A+Battle+of+the+bands%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Care+Med%22%5BJournal%5D)">Neutrophils in sepsis: Battle of the bands.</a> Crit Care Med. 41 (3), 925-926 (2013).</li>
<li>Kong, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sepsis-induced+thymic+atrophy+is+associated+with+defects+in+early+lymphopoiesis%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cells%22%5BJournal%5D)">Sepsis-induced thymic atrophy is associated with defects in early lymphopoiesis.</a> Stem Cells. 34 (12), 2902-2915 (2016).</li>
<li>Cassatella, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil-derived+proteins%3A+Selling+cytokines+by+the+pound%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Immunol%22%5BJournal%5D)">Neutrophil-derived proteins: Selling cytokines by the pound.</a> Adv Immunol. 73, 369-509 (1999).</li>
<li>Tecchio, C., Cassatella, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil-derived+cytokines+involved+in+physiological+and+pathological+angiogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Immunol+Allergy%22%5BJournal%5D)">Neutrophil-derived cytokines involved in physiological and pathological angiogenesis.</a> Chem Immunol Allergy. 99, 123-137 (2014).</li>
<li>Newburger, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Autoimmune+and+other+acquired+neutropenias%5BTitle%5D)+AND+%22Hematology+Am+Soc+Hematol+Educ+Program%22%5BJournal%5D)">Autoimmune and other acquired neutropenias.</a> Hematology Am Soc Hematol Educ Program. 2016 (1), 38-42 (2016).</li>
<li>Skokowa, J., Dale, D. C., Touw, I. P., Zeidler, C., Welte, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Severe+congenital+neutropenias%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Dis+Primers%22%5BJournal%5D)">Severe congenital neutropenias.</a> Nat Rev Dis Primers. 3, 17032(2017).</li>
<li>Burn, G. L., Foti, A., Marsman, G., Patel, D. F., Zychlinsky, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neutrophil%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">The neutrophil.</a> Immunity. 54 (7), 1377-1391 (2021).</li>
<li>Wang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sepsis+induces+non-classic+innate+immune+memory+in+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Sepsis induces non-classic innate immune memory in neutrophils.</a> Cell Rep. 42 (9), 113044(2023).</li>
<li>Dinauer, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primary+immune+deficiencies+with+defects+in+neutrophil+function%5BTitle%5D)+AND+%22Hematology+Am+Soc+Hematol+Educ+Program%22%5BJournal%5D)">Primary immune deficiencies with defects in neutrophil function.</a> Hematology Am Soc Hematol Educ Program. 2016 (1), 43-50 (2016).</li>
<li>Shaul, M. E., Fridlender, Z. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumour-associated+neutrophils+in+patients+with+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">Tumour-associated neutrophils in patients with cancer.</a> Nat Rev Clin Oncol. 16 (10), 601-620 (2019).</li>
<li>Hong, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+understanding+in+neutrophil+differentiation+and+heterogeneity%5BTitle%5D)+AND+%22Immune+Netw%22%5BJournal%5D)">Current understanding in neutrophil differentiation and heterogeneity.</a> Immune Netw. 17 (5), 298-306 (2017).</li>
<li>Carvalho, L. O., Aquino, E. N., Neves, A. C., Fontes, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neutrophil+nucleus+and+its+role+in+neutrophilic+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Biochem%22%5BJournal%5D)">The neutrophil nucleus and its role in neutrophilic function.</a> J Cell Biochem. 116 (9), 1831-1836 (2015).</li>
<li>Tamassia, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cutting+edge%3A+An+inactive+chromatin+configuration+at+the+il-10+locus+in+human+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22J+Immunol%22%5BJournal%5D)">Cutting edge: An inactive chromatin configuration at the il-10 locus in human neutrophils.</a> J Immunol. 190 (5), 1921-1925 (2013).</li>
<li>Shiraishi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biophysical+forces+mediated+by+respiration+maintain+lung+alveolar+epithelial+cell+fate%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Biophysical forces mediated by respiration maintain lung alveolar epithelial cell fate.</a> Cell. 186 (7), 1478-1492.e15 (2023).</li>
<li>Chang, C. C., Sun, J. T., Chu, F. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+sepsis%2C+neutrophils+and+intracellular+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22QJM%22%5BJournal%5D)">Bacterial sepsis, neutrophils and intracellular organisms.</a> QJM. 110 (6), 393-394 (2017).</li>
<li>Walling, B. L., Murphy, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protean+regulation+of+leukocyte+function+by+nuclear+lamins%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Immunol%22%5BJournal%5D)">Protean regulation of leukocyte function by nuclear lamins.</a> Trends Immunol. 42 (4), 323-335 (2021).</li>
<li>Sollberger, G., Tilley, D. O., Zychlinsky, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil+extracellular+traps%3A+The+biology+of+chromatin+externalization%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Neutrophil extracellular traps: The biology of chromatin externalization.</a> Dev Cell. 44 (5), 542-553 (2018).</li>
<li>Klemm, S. L., Shipony, Z., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+and+the+regulatory+epigenome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility and the regulatory epigenome.</a> Nat Rev Genet. 20 (4), 207-220 (2019).</li>
<li>Grandi, F. C., Modi, H., Kampman, L., Corces, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+profiling+by+ATAC-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq.</a> Nat Protoc. 17 (6), 1518-1552 (2022).</li>
<li>Khoyratty, T. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinct+transcription+factor+networks+control+neutrophil-driven+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Immunol%22%5BJournal%5D)">Distinct transcription factor networks control neutrophil-driven inflammation.</a> Nat Immunol. 22 (9), 1093-1106 (2021).</li>
<li>Fischer, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safeguard+function+of+pu.1+shapes+the+inflammatory+epigenome+of+neutrophils%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Immunol%22%5BJournal%5D)">Safeguard function of pu.1 shapes the inflammatory epigenome of neutrophils.</a> Nat Immunol. 20 (5), 546-558 (2019).</li>
<li>Ram-Mohan, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+chromatin+accessibility+responses+in+human+neutrophils+with+sensitive+pathogen+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Life+Sci+Alliance%22%5BJournal%5D)">Profiling chromatin accessibility responses in human neutrophils with sensitive pathogen detection.</a> Life Sci Alliance. 4 (8), e202000976(2021).</li>
<li>Wei, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+single-cell+rna-seq+and+atac-seq+data+across+treatment+time+points+in+pediatric+AML%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of single-cell rna-seq and atac-seq data across treatment time points in pediatric AML.</a> Blood. 136 (1), 29(2020).</li>
<li>Kolaczkowska, E., Kubes, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neutrophil+recruitment+and+function+in+health+and+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Neutrophil recruitment and function in health and inflammation.</a> Nat Rev Immunol. 13 (3), 159-175 (2013).</li>
<li>Pillay, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+labeling+with+2H20+reveals+a+human+neutrophil+lifespan+of+5.4+days%5BTitle%5D)+AND+%22Blood%22%5BJournal%5D)">In vivo labeling with 2H20 reveals a human neutrophil lifespan of 5.4 days.</a> Blood. 116 (4), 625-627 (2010).</li>
<li>Orchard, P., Kyono, Y., Hensley, J., Kitzman, J. O., Parker, S. C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification%2C+dynamic+visualization%2C+and+validation+of+bias+in+ATAC-seq+data+with+ataqv%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">Quantification, dynamic visualization, and validation of bias in ATAC-seq data with ataqv.</a> Cell Syst. 10 (3), 298-306.e4 (2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,4 % Trypanblau</td><td>Scientific</td><td>T10282</td><td></td></tr><tr><td>1x phosphatgepufferte Kochsalzlösung</td><td>Biosharp</td><td>BL302A</td><td></td></tr><tr><td>20 bp&ndash; 5000 bp Alignment-Marker</td><td>Bioptischer</td><td>C109102-100A</td><td>DNA-Fragment-Analysator unterstützt Produkte</td></tr><tr><td>5k Größenmarker (Standard 50 bp Ladder)</td><td>Bioptischer</td><td>C109101-100A</td><td>DNA-Fragment-Analysator unterstützt Produkte</td></tr><tr><td>Amplikons Aufreinigungsperlen</td><td>Beckman</td><td>A63881</td><td>Amplicons Purification Beads ist ein Nukleinsäure-Aufreinigungskit zur Gewinnung hochwertiger DNA-Produkte.</td></tr><tr><td>Anti-Ly6G MicroBeads Ultrapure, Maus</td><td>miltenyi</td><td>130-120-337</td><td>Die Anti-Ly-6G MicroBeads UltraPure, Maus wurden für die positive Selektion oder Depletion von Maus-Neutrophilen aus Einzelzellsuspensionen aus Mausknochenmark entwickelt.</td></tr><tr><td>Anti-Maus CD11b-BV605 (1:200)</td><td>BD</td><td>Cat#563015</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Maus CD48-PE-Cy7 (1:400)</td><td>BD</td><td>Cat#560731</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Maus Ly6G-BV510 (1:200)</td><td>BD</td><td>Cat#740157</td><td></td></tr><tr><td>C57BL/6J Mäuse, Wildtyp, 8 Wochen alt, männlich</td><td>Das Institut für Labortierwissenschaften, Chinesische Akademie der Medizinischen Wissenschaften</td><td>Das Institut für Labortierwissenschaften, Chinesische Akademie für Medizin Sciences</td><td></td></tr><tr><td>DNA Separation Buffer</td><td>Bioptischer</td> C104406 <td>DNA-Fragment-Analysator zur Unterstützung von Produkten</td><td></td></tr><tr><td>aus E. coli abgeleitetes ultrareines LPS (serotype0111: B4)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Cat#L-2630</td><td></td></tr><tr><td>DNA Quantitatives Reagenz</td><td>Vazyme</td><td>EQ111</td><td>DNA Quantitative Reagentt ist ein einfaches, empfindliches und genaues quantitatives Fluoreszenz-Assay-Kit für doppelsträngige DNA (dsDNA).</td></tr><tr><td>Erythrozyten-Lysepuffer (10x)</td><td>BioLegend</td><td>Cat#420301</td><td></td></tr><tr><td>Fötales Rinderserum</td><td>Gibco</td><td>Cat#10099141C</td><td></td></tr><tr><td>MS Trennsäulen</td><td>miltenyi</td><td>130-042-201</td><td>MS Säulen sind für die positive Selektion von Zellen konzipiert.</td></tr><tr><td>RPMI 1640 mittel</td><td>Gibco</td><td>C11875500BT</td><td></td></tr><tr><td>S2 Gel-Elektrophoresenadel</td><td>Unterstützende Produkte für bioptische</td><td>C105101</td><td>DNA-Fragmentanalysatoren</td></tr><tr><td>Chirurgische Instrumente: Skalpell, Präparierschere, Mikrodissektionsschere, feine Pinzette, stumpfe anatomische Pinzette, Nadelhalter</td><td>Fisher Scientific</td><td>https://www.fishersci.com/us/en/browse/90184247/surgical-tools</td><td>Kann bei anderen qualifizierten Lieferanten erworben werden</td></tr><tr><td>Spritze (1&nbsp; mL)</td><td>Fisher Scientific&nbsp;</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sterile-syringes-single-use-12/14955464</td><td>Kann von anderen qualifizierten Lieferanten erworben werden</td></tr><tr><td>TruePrepTM DNA Library Prep Kit V2 für Illumina</td><td>vazyme</td><td>TD501-01</td><td>Das TruePrep DNA Library Prep Kit V2 für Illumina ist ein speziell für die Hochdurchsatz-Sequenzierungsplattform von Illumina entwickeltes Kit. Mit dem Kit kann DNA in Sequenzierungsbibliotheken aufbereitet werden, die für die Hochdurchsatz-Sequenzierungsplattform von Illumina vorgesehen sind.</td></tr><tr><td>TruePrepTM Index Kit V2 für Illumina</td><td>vazyme</td><td>TD202</td><td>TruePrep Index Kit V2 für Illumina ist ein Kit für das TruePrep DNA Library Prep Kit V2 für Illumina. Es kann verwendet werden, um 96 verschiedene doppelseitige Indexbibliotheken vorzubereiten.</td></tr></tbody></table>

atac-seq-bibliothek präparation von aus dem knochenmark gewonnenen neutrophilen der maus

ATAC-Seq Library Preparation of Murine Bone Marrow-Derived Neutrophils

Das skizzierte Protokoll wurde verwendet, um Neutrophile aus dem Knochenmark von C57BL/6-Mäusen zu isolieren und ihre jeweilige Varianz in der Chromatinzugänglichkeit vor und nach der Lipopolysaccharidstimulation (LPS) über ATAC-seq zu vergleichen. Typischerweise können 2 x 107 BMCs aus beiden Femuren einer 6-8 Wochen alten C57BL/6-Maus entnommen werden, und anschließend können 2-5 x 106 Neutrophile isoliert werden. Davon werden 1 x 105 Zellen für ATAC-seq verwendet, während die überschüs...

ATAC-Seq-Bibliothek Präparation von aus dem Knochenmark gewonnenen Neutrophilen der Maus

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing (ATAC-seq) is a powerful, high-throughput technique for assessing chromatin accessibility and ...

atac-seq-library-preparation-of-murine-bone-marrow-derived-neutrophils

Research

Forschung

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie und Infektion

Wir beschreiben ein Protokoll für die Isolierung und Reinigung von Neutrophilen aus Maus-Knochenmark durch Dichtegradientenzentrifugation und Neutrophilen-Kennzeichnung mit CellTracker Farbstoffe. Dies stellt eine einfache, schnelle, reproduzierbare und kostengünstige Methode zur Gewinnung einer großen Anzahl von Neutrophilen für nachgeschaltete funktionelle Studien oder Adoptiv-Transfer-und Tracking-Experimenten.

Isolierung, Reinigung und Kennzeichnung von Knochenmark der Maus Neutrophile für funktionelle Studien und Experimente adoptiven Transfer

Diese Handschrift stellt ein technisches Verfahren , das verwendet werden kann , C1498 - Zellkulturen in vitro und der akuten Leukämie induziert in Mäusen nach der Injektion zu charakterisieren. Die phänotypische und funktionelle Analysen werden mit Hilfe der Durchflusszytometrie, Immunfluoreszenzmikroskopie, Zytochemie und May-Grünwald Giemsa Färbung durchgeführt.

Ein detailliertes Protokoll der murinen C1498-Zelllinie und der damit verbundenen Leukämie Maus-Modell für Charakterisieren

Test für Transposase zugänglichen Chromatin gepaart mit Hochdurchsatz-Sequenzierung (ATAC-Seq) ist eine genomweite Methode zugänglich Chromatin aufzudecken. Dies ist ein Schritt für Schritt ATAC-Seq-Protokoll von molekularen bis die abschließende computergestützte Analyse, optimiert für menschlichen Lymphozyten (Th1/Th2). Dieses Protokoll kann von Wissenschaftlern ohne Vorkenntnisse in Next Generation Sequencing Methoden übernommen werden.

Mapping genomweite zugänglich Chromatin in primären menschlichen T-Lymphozyten durch ATAC-Seq

Hier präsentieren wir Ihnen ein Protokoll zur Gen-silencing murine NK-Zellen durch ein Feeder-freie Unterscheidung System für mechanistischen Studie in Vitro und in Vivoin Serienfertigung herzustellen.

Ein neuartiges Feeder-freie System für die Massenproduktion von murinen Natural Killer Cells In Vitro

Hier bieten wir eine Methode zum Identifizieren und isolieren große Zahlen von GM-CSF myeloische Zellen unter Verwendung von high-Speed Zellsortierung angetrieben. Fünf verschiedene Populationen (gemeinsame myeloischen Vorläuferzellen, Vorläuferzellen der Granulozyten/Makrophagen, Monozyten, Monocyte abgeleitet Makrophagen und Monocyte abgeleitet DCs) können identifiziert werden, basierend auf Ly6C und CD115 Ausdruck.

Erzeugung einer großen Zahl von myeloischen Vorläuferzellen und dendritischen Zellen Vorstufen aus murinen Knochenmark mit einer neuartigen Zelle Sortieren Strategie

Hier präsentieren wir ein Protokoll, um eine Probe für Transposase zugänglichen Chromatin Sequenzierung (ATAC-Seq) auf aktivierten CD4 + menschlichen Lymphozyten durchführen. Das Protokoll wurde modifiziert, um Kontamination mitochondriale DNA liest von 50 % auf 3 % durch die Einführung eines neuen Lyse-Puffers zu minimieren.

ATAC-Seq-Assay mit niedrigen mitochondriale DNA Kontamination von primären menschlichen CD4 + T-Lymphozyten

Hier stellen wir ein Protokoll zur Verarbeitung von frischem Knochenmark (BM) vor, das von der Maus oder dem Menschen isoliert ist, um die analyse von Neutrophilenzellen durch die hochdimensionale Massenzytometrie (Cytometrie durch Time-Of-Flight, CyTOF) zu verarbeiten.

Vorbereitung des ganzen Knochenmarks für die Mass Cytometry Analyse von Neutrophilen-Linienzellen

Diese Forschung skizziert zwei Techniken zur Isolierung reichlich neutrophiler extrazellulärer Fallen (NETs) aus dem Knochenmark von Ratten. Eine Methode kombiniert ein kommerzielles Neutrophilen-Isolationskit mit einer Dichtegradientenzentrifugation, während die andere nur eine Dichtegradientenzentrifugation verwendet. Beide Ansätze liefern funktionelle NETs, die die von peripheren Blutneutrophilen übertreffen.

Einzigartiger Ansatz zur Isolierung von Neutrophilen im Knochenmark von Ratten mit vergleichbarer Kapazität

Der Erfolg von Einzelzell-/Einzelkern-Transkriptomik und Multi-Omics hängt weitgehend von der Qualität der Zellen/Zellkerne ab. Daher muss die Isolierung von Zellen/Zellkernen aus Gewebe und deren Aufreinigung hochgradig standardisiert sein. Dieses Protokoll beschreibt die Präparation von Zellkernen aus Gehirn und Knochenmark für den nachgeschalteten Einzelkern-Multiom-Assay.

Hochwertige Präparation von Hirn- und Knochenmarkkernen für Einzelkern-Multiom-Assays

Hier wird ein detailliertes Protokoll zur Isolierung und Charakterisierung von Knochenmark-Mikroumgebungspopulationen aus murinen Modellen myelodysplastischer Syndrome und akuter myeloischer Leukämie vorgestellt. Mit dieser Technik werden Veränderungen in der nicht-hämatopoetischen Knochenmarknische, einschließlich der endothelialen und mesenchymalen Stromazellen, mit Fortschreiten der Erkrankung identifiziert.

Identifizierung von Knochenmark-Mikroumgebungspopulationen beim myelodysplastischen Syndrom und der akuten myeloischen Leukämie

Dieses Protokoll beschreibt eine nicht-enzymatische und unkomplizierte Methode zur Isolierung von 7-9 Tage alten neonatalen Knochenmarkzellen der Maus und zur Erzeugung differenzierter Makrophagen unter Verwendung eines Überstands von L929-Zellen als Quelle für den Granulozyten-Kolonie-stimulierenden Faktor (M-CSF). Die aus dem Knochenmark stammenden Makrophagen wurden weiterhin auf die Oberflächenantigene F4/80, CD206, CD11b und funktionelle Kompetenz analysiert.

Isolierung und Aufbereitung von Knochenmarkmakrophagen aus Knochenmark bei Neugeborenen

Lernen Sie die ATAC-Seq-Bibliothekpräparation von murinen Knochenmark-Neutrophilen. Diese Methode nutzt immunmagnetische Sortierung zur Gewährleistung hoher Zellviabilität und Bibliotheksqualität für epigenetische Studien.

ATAC-Seq-Bibliothek Präparation von aus dem Knochenmark gewonnenen Neutrophilen der Maus

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