Name: Ein klinischer Metaproteomik-Workflow, der innerhalb der Galaxy Bioinformatics-Plattform implementiert ist, um Wirt-Mikrobiom-Interaktionen zu analysieren, die menschlichen Krankheiten zugrunde liegen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T14:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 52 s
Description: Erfahren Sie klinische Metaproteomik mit Massenspektrometrie und Bioinformatik-Workflows zur Analyse mikrobieller Proteine. Diese Methode unterstützt Forscher bei der Untersuchung von Wirt-Mikrobiom-Interaktionen in menschlichen Krankheiten.

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<meta charset="utf8"></head><body>Galaxiengestützte Metaproteomik: Einblicke in die Wirt-Mikrobiom-Interaktion

<table><tbody><tr><td>Sammlung einklappen</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 5.1.1</td><td>Kombiniert eine Datensatzlistensammlung in einer einzigen Datei (in der Reihenfolge der Liste)</td></tr><tr><td>Datensätze verketten</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 0.1.1</td><td>Dateien von Kopf bis Kopf verketten</td></tr><tr><td>Ausschneiden</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.2</td><td>Ausschneiden (Auswählen) bestimmter Spalten aus einer Datei</td></tr><tr><td>FASTA Dateien zusammenführen und eindeutige Sequenzen</td> <td>filternGalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.2.0</td><td>Verketten von FASTA-Datenbankdateien</td></tr><tr><td>FastaCLI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Hängt Ködersequenzen an FASTA-zu-Tablular</td></tr><tr><td></td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.1.0</td><td>Konvertieren von FASTA-formatierten Sequenzen in ein durch Tabulatorzeichen getrenntes Format</td></tr><tr><td>Filtern von</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.1.1</td><td>Filtern von Spalten mit einfachen Ausdrücken</td></tr><tr><td>Tabelliertisch filtern</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.3.0</td><td>Filtern Sie eine tabellarische Datei über Zeilenfilter</td></tr><tr><td>Galaxy Europe (EU) Server</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://usegalaxy.eu/</td></tr> <tr><td>Group</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.1.4</td><td>Gruppieren Sie eine Datei nach einer bestimmten Spalte und führen Sie Aggregatfunktionen</td></tr><tr><td>aus Identifikationsparameter</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Festlegen von Identifikationsparametern für SearchGUI/PeptideShaker</td></tr><tr><td>Learning Pathway: Klinische Metaproteomik-Workflows innerhalb von Galaxy</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://training.galaxyproject.org/training-material/learning-pathways/clinical-metaproteomics.html</td></tr><tr><td>MaxQuant</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.3.0+galaxy0 (Discovery-Modul); Galaxy Version 1.6.17.0+galaxy4 (Quantifizierungsmodul)</td><td>Quantitatives Proteomik-Softwarepaket zur Analyse großer massenspektrometrischer Datendateien</td></tr><tr><td>MetaNovo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.9.4+galaxy4</td><td>Durchsuchen Sie MS/MS-Daten mit einer FASTA-Datenbank (von bekannten Proteinen), um eine gezielte Datenbank (mit übereinstimmenden Proteinen) für die Massenspektrometrie-Analyse zu erstellen</td></tr><tr><td>msconvert</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.0.20287.2</td><td>Massenspektrometrie-Dateien konvertieren und/oder filtern</td></tr><tr><td>MSstatsTMT</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.0+galaxy1</td><td>R-basiertes Paket zum Nachweis von unterschiedlich häufigen Proteinen in Shotgun-Massenspektrometrie-basierten Proteom-Experimenten unter Verwendung der Tandem-Massen-Tag-Markierung</td></tr><tr><td>PepQuery2</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.2+galaxy0</td><td>Peptidzentrierte Suchmaschine zur Identifizierung und/oder Validierung bekannter und neuartiger Peptide von Interesse</td></tr><tr><td>PeptideShaker</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.33+galaxy1</td><td>Interpretieren Sie die Ergebnisse der SearchGUI zur Proteinidentifizierung</td></tr><tr><td>Proteindatenbank-Downloader</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 0.3.4</td><td>Laden Sie bestimmte Proteinsequenzen als FASTA-Datei herunter</td></tr><tr><td>Abfrage Tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.3.0</td><td>Laden Sie tabellarische Dateien in... nbsp; SQLite-Datenbank</td></tr><tr><td>Anfang entfernen</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.0</td><td>Entfernen Sie die angegebene Anzahl von (Kopf-)Zeilen aus einer Datei</td></tr><tr><td>SearchGUI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Führen Sie Suchmaschinen für MGF-Peaklisten aus und bereiten Sie die Ergebnisse für die Eingabe in den Peptide Shaker</td></tr><tr><td>vor Wählen Sie</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.4</td><td>Wählen Sie Zeilen aus, die einem Ausdruck</td></tr><tr><td>entsprechen Unipept</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.5.1</td><td>Abrufen von UniProt-Einträgen und taxonomischen Informationen für tryptische Peptide</td></tr><tr><td>UniProt</td><td>GalaxyP Galaxy</td><td>Version 2.3.0</td><td>Herunterladen des Proteoms als XML- (UniProtXML) oder FASTA-Datei von UniProtKB</td></tr></tbody></table>

ein klinischer metaproteomik-workflow, der innerhalb der galaxy bioinformatics-plattform implementiert ist, um wirt-mikrobiom-interaktionen zu analysieren, die menschlichen krankheiten zugrunde liegen

A Clinical Metaproteomics Workflow Implemented within Galaxy Bioinformatics Platform to Analyze Host-Microbiome Interactions Underlying Human Disease

Das hier beschriebene allgemeine Protokoll wurde an MS/MS-Dateien demonstriert, die aus einer Teilmenge von PTF-Proben21 gewonnen wurden. Do et al.21 analysierten vier MS/MS-Dateien aus PTF-Proben, die nach den von Boylan et al.29und Afiuni-Zadel et al.30 beschriebenen Verfahren entnommen wurden. Dieser Arbeitsablauf priorisiert mikrobielle Proteine, bietet aber die Flexibilität für die Charakterisierung menschlicher Proteine ...

Ein klinischer Metaproteomik-Workflow, der innerhalb der Galaxy Bioinformatics-Plattform implementiert ist, um Wirt-Mikrobiom-Interaktionen zu analysieren, die menschlichen Krankheiten zugrunde liegen

Clinical metaproteomics reveals host-microbiome interactions underlying diseases. However, challenges to this approach exist. In particular, the ...

a-clinical-metaproteomics-workflow-implemented-within-galaxy

Research

Forschung

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie und Infektion

Dieses Protokoll ist für die Extraktion und Konzentration von Protein und DNA aus mikrobieller Biomasse, die aus Meerwasser gesammelt wurde, gefolgt von der Erzeugung von tryptischen Peptiden, die für die Tandem-Massenspektrometrie-basierte Proteomanalyse geeignet sind.

Ein Aquatic Microbial Metaproteomik Workflow: Von der Zelle zum tryptischen Peptide Geeignet für Tandem-Massenspektrometrie-basierte Analyse

Dieses Protokoll beschreibt einen einzigen Durchsatz für ergänzende analytische und Omics Techniken, die ihren Höhepunkt in einer voll gepaart Charakterisierung von natürlichen organischen Stoffen und mikrobielle Proteomics in verschiedenen Ökosystemen. Dieser Ansatz ermöglicht die robuste Vergleiche zur Identifizierung von Stoffwechselwegen und Transformationen für Treibhausgasproduktion Beschreibung und Vorhersage Reaktionen auf Veränderungen der Umwelt wichtig.

Single-Durchsatz ergänzende hochauflösende Analysetechniken für die Charakterisierung von komplexen natürlichen organischen Substanz Mischungen

OpenProt ist eine frei zugängliche Datenbank, die eine Polycistronic Modell der eukaryotic Genome erzwingt. Hier präsentieren wir ein Protokoll für die Verwendung von OpenProt Datenbanken bei der Massenspektrometrie Datasets zu verhören. Mit OpenProt kann Datenbank zur Auswertung von Proteomic Experimenten für Entdeckung von Roman und bisher nicht nachweisbar Proteinen.

Massenspektrometrie-basierte Proteomics Analysen mithilfe der OpenProt-Datenbank zu enthüllen neue Proteine übersetzt aus dem nicht-kanonischen Open Reading Frames

Hier wird ein vereinfachtes Standard-Betriebsverfahren für die Mikrobiom-Profilierung mit 16S rRNA metagenomischer Sequenzierung und Analyse mit frei verfügbaren Werkzeugen beschrieben. Dieses Protokoll wird Forschern helfen, die neu im Mikrobiom-Bereich sind, sowie solchen, die Aktualisierungen von Methoden benötigen, um bakterielleS Profiling mit einer höheren Auflösung zu erreichen.

Mikrobiota-Analyse mit zweistufiger PCR- und 16S-rRNA-Gensequenzierung der nächsten Generation

Hier stellen wir ein Protokoll vor, um das Zusammenspiel zwischen Wirt und Erreger während der Infektion durch Massenspektrometrie-basierte Proteomik zu profilieren. Dieses Protokoll verwendet die etikettenfreie Quantifizierung, um Veränderungen in der Proteinmenge sowohl von Wirten (z. B. Makrophagen) als auch von Erregern (z. B. Cryptococcus neoformans) in einem einzigen Experiment zu messen.

Etikettenfreier quantitativer Proteomik-Workflow für Discovery-gesteuerte Host-Pathogen-Interaktionen

Das hier vorgestellte Protokoll beschreibt eine komplette Pipeline zur Analyse von RNA-Sequenzierungs-Transkriptomdaten von Rohlesungen bis hin zur Funktionsanalyse, einschließlich Qualitätskontroll- und Vorverarbeitungsschritten bis hin zu fortschrittlichen statistischen Analyseansätzen.

Hochdurchsatz-Transkriptomanalyse zur Untersuchung von Wirt-Pathogen-Interaktionen

Ein<em&gt; In-vitro-</em&gt; Co-Infektion Modell zum Studium<em&gt; Plasmodium falciparum</em&gt; HIV-1-Wechselwirkungen in primären menschlichen Monozyten abgeleitete Immunzellen

Viren oder extrazelluläre Vesikel wurden mit 15 nm magnetischen Nanopartikeln immungefangen, die an Antikörper gekoppelt sind, die Oberflächenantigene erkennen. Die gefangenen Virionen oder Vesikel wurden mit fluoreszierenden Antikörpern gegen andere Oberflächenantigene markiert. Die resultierenden Komplexe wurden in einem hohen Magnetfeld getrennt und mit herkömmlichen Durchflusszytometern, die auf Fluoreszenz ausgelöst wurden, analysiert.

Fluss Virometry zur Analyse Antigenic Spektren von Virionen und extracellular Vesikeln

Dieser Artikel enthält detaillierte Methodik zur Identifizierung und funktionelle T-Lymphozyten-Untergruppen, die innerhalb Maus Niere, Aorta und der Lymphknoten durch die intrazelluläre Färbung und Durchflusszytometrie zu quantifizieren. Das Modell der Angiotensin-II-induzierte Hypertonie wurde zu erklären, ausgewählt, Schritt-für-Schritt, die Verfahren und die grundlegenden Prinzipien der Durchflusszytometrie und intrazelluläre Färbung.

Intrazelluläre Färbung und Durchflusszytometrie zu identifizieren Lymphozytensubpopulationen in Murine Aorta, Niere und Lymphknoten in einem Modell von Hypertonie

Infektion des menschlichen Gewebes mit Human Immunodeficiency Virus (HIV) ex Vivo bietet eine wertvolle 3D-Modell des Virus Pathogenese. Hier beschreiben wir ein Protokoll zu verarbeiten und infizieren Gewebeproben aus menschlichen Tonsillen und weiblichen genitalen Schleimhäute mit HIV-1 und in der Kultur an der Air liquide-Schnittstelle zu erhalten.

Ex-Vivo Infektion der lymphatischen Gewebe und weiblichen genitalen Schleimhaut mit Human Immunodeficiency Virus 1 und Histoculture

Erfahren Sie klinische Metaproteomik mit Massenspektrometrie und Bioinformatik-Workflows zur Analyse mikrobieller Proteine. Diese Methode unterstützt Forscher bei der Untersuchung von Wirt-Mikrobiom-Interaktionen in menschlichen Krankheiten.

Ein klinischer Metaproteomik-Workflow, der innerhalb der Galaxy Bioinformatics-Plattform implementiert ist, um Wirt-Mikrobiom-Interaktionen zu analysieren, die menschlichen Krankheiten zugrunde liegen (Video) | JoVE Journal

Ein klinischer Metaproteomik-Workflow, der innerhalb der Galaxy Bioinformatics-Plattform implementiert ist, um Wirt-Mikrobiom-Interaktionen zu analysieren, die menschlichen Krankheiten zugrunde liegen

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