Name: Strukturbiologie und analytische Chemie: Ansätze zur Charakterisierung von C-Glykosid-Stoffwechselenzymen in der menschlichen Darmmikrobiota (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-23T12:50:00.000+00:00
Duration: 13 min 35 s
Description: Erfahren Sie Methoden zur Charakterisierung von C-Glykosid-Stoffwechselenzymen in der menschlichen Darmmikrobiota mittels Strukturbiologie und analytischer Chemie. Diese Techniken ermöglichen Einblicke in enzymatische Reaktionsketten.

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<ol><li>Gomaa, E. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+gut+microbiota%2Fmicrobiome+in+health+and+diseases%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Antonie+Van+Leeuwenhoek%22%5BJournal%5D)">Human gut microbiota/microbiome in health and diseases: a review.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 113 (12), 2019-2040 (2020).</li>
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<li>Zhang, S. -J., Guo, J. -R., Kang, A., Di, L. -Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advance+in+studies+on+gut+microbiota+in+de-glycosylation+of+traditional+Chinese+medicine+glycosides%5BTitle%5D)+AND+%22Zhongguo+Zhong+yao+za+zhi%3D+Zhongguo+Zhongyao+ZazhiChina+Journal+of+Chinese+Materia+Medica%22%5BJournal%5D)">Advance in studies on gut microbiota in de-glycosylation of traditional Chinese medicine glycosides.</a> Zhongguo Zhong yao za zhi= Zhongguo Zhongyao ZazhiChina Journal of Chinese Materia Medica. 38 (10), 1459-1466 (2013).</li>
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<li>Braune, A., Blaut, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deglycosylation+of+puerarin+and+other+aromatic+C-glucosides+by+a+newly+isolated+human+intestinal+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Deglycosylation of puerarin and other aromatic C-glucosides by a newly isolated human intestinal bacterium.</a> Environ Microbiol. 13 (2), 482-494 (2011).</li>
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<li>Hasanah, U., Miki, K., Nitoda, T., Kanzaki, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aerobic+bioconversion+of+C-glycoside+mangiferin+into+its+aglycone+norathyriol+by+an+isolated+mouse+intestinal+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22Biosci+Biotechnol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Aerobic bioconversion of C-glycoside mangiferin into its aglycone norathyriol by an isolated mouse intestinal bacterium.</a> Biosci Biotechnol Biochem. 85 (4), 989-997 (2021).</li>
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<li>Tao, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+identification+of+Enterococcus+gallinarum+P581a%2C+a+strain+of+intestinal+bacteria+deglycosylating+flavone+C-glycosides%5BTitle%5D)+AND+%22J+Gen+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and identification of Enterococcus gallinarum P581a, a strain of intestinal bacteria deglycosylating flavone C-glycosides.</a> J Gen Appl Microbiol. 68 (3), 125-133 (2022).</li>
<li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+newly+isolated+human+intestinal+strain+deglycosylating+flavonoid+C-glycosides%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A newly isolated human intestinal strain deglycosylating flavonoid C-glycosides.</a> Arch Microbiol. 204 (6), 310(2022).</li>
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<table><tbody><tr><td>2,6-Dichlorindophenol (DCPIP)</td><td>Solarbio Science and Technology</td><td>D6350</td><td></td></tr><tr><td>2-Mercaptoethanol(&beta;-ME)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>08168</td><td></td></tr><tr><td>&nbsp; 5 &nbsp; Protein Loading Dye</td><td>Sangon Biotech</td><td>C508320</td><td></td></tr><tr><td>Essigsäure</td><td>Shanghai MACKLIN</td><td>A111247</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitril</td><td>Thermo Fisher Scientific&trade;? Invitrogen</td><td>A12147</td><td></td></tr><tr><td>Bruker Avance III HD 700 MHz NMR Spektrometer</td><td>Bruker</td><td>AVANCE III HD 700MHz</td><td></td></tr><tr><td>Bruker Ultrashield 400 Plus 400MHz</td><td>Bruker</td><td>AVANCE III 400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge 5424R</td><td>Eppendorf</td><td>022620601</td><td></td></tr><tr><td>Chirascan&trade plus CD Spektrometer</td><td>Angewandte Photophysik</td><td>Chirascan&trade; &nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Daidzein</td><td>Shanghai Yuanye Bio-Technology</td><td>B20227</td><td></td></tr><tr><td>Daidzin</td><td>Shanghai Yuanye Bio-Technology</td><td>B20226</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>Solarbio Science and Technology</td><td>D8220</td><td></td></tr><tr><td>E. coli BL21 (DE3) kompetente Zellen</td><td>Thermo Fisher Scientific&trade;? Invitrogen</td><td>EC0114</td><td></td></tr><tr><td>Genistein</td><td>Shanghai Yuanye Bio-Technology</td><td>S31565</td><td></td></tr><tr><td>Genistein-8-C-Glucosid</td><td>Shanghai Yuanye Bio-Technology</td><td>BP2095</td><td></td></tr><tr><td>Genistin</td><td>Shanghai Yuanye Bio-Technology</td><td>S31591</td><td></td></tr><tr><td>Glukose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8270</td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism 9</td><td>GraphPad Software</td><td>Version? Prism 9</td><td>Berechnen Sie die kinetischen Parameter Km und kcat</td></tr><tr><td>HiLoad Superdex 200 pg präparative SEC-Säulen</td><td>Cytiva</td><td>28989335</td><td></td></tr><tr><td>HisTrap HP His Tag Proteinreinigungssäulen</td><td>Cytiva</td><td>17524802</td><td></td></tr><tr><td>HiTrap Q FF Säule für Anionenaustauschchromatographie</td><td>Cytiva</td><td>17515601</td><td></td></tr><tr><td>HKL-3000</td><td>HKL research Inc</td><td>&nbsp; Version 723</td><td></td></tr><tr><td>HPLC-Säule TC-C18(2), 170&Aring;, 5 &micro; m, 4,6 x 250 mm</td><td>Agilent Technologies</td><td>518925-902</td><td></td></tr><tr><td>Isopropyl &beta;-D-1-thiogalactopyranosid? IPTG)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>PHG0010</td><td></td></tr><tr><td>Lactose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>17814</td><td></td></tr><tr><td>LC-20AT, Hochleistungsflüssigkeitschromatographie</td><td>Shimadzu</td><td>LC20AT</td><td></td></tr><tr><td>Maltose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47288</td><td></td></tr><tr><td>Maltotriose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>443713</td><td></td></tr><tr><td>Manganchlorid</td><td>Shanghai Yuanye Bio-Technology</td><td>S31112</td><td></td></tr><tr><td>Methanol</td><td>Thermo Fisher Scientific&trade;? Invitrogen</td><td>M23142</td><td></td></tr><tr><td>NAD+</td><td>Solarbio Wissenschaft und Technologie</td><td>N8110</td><td></td></tr><tr><td>Olympus SZX12 Stereomikroskop</td><td>OLYMPUS&nbsp;</td><td>SZX7</td><td></td></tr><tr><td>Phenylmethylsulfonylfluorid (PMSF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P7626&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Phenix</td><td>Das Phenix-Entwicklungsteam</td><td>1.21.2</td><td>Phenix ist eine umfassende Software-Suite für die Bestimmung der Proteinkristallstruktur, die SAD- (Single-wavelength Anomalous Dispersion) und MR-Methoden (Molecular Replacement) mit Phaser-Software integriert.</td></tr><tr><td>Präparativer Hochleistungsflüssigkeitschromatograph</td><td>Waters</td><td>2545/2998</td><td></td></tr><tr><td>Proteinkristall-Screening-Kit</td><td>Hampton Research</td><td>HR2-110/HR2-112/HR2-144/HR2-126/HR2-098</td><td></td></tr><tr><td>Puerarin</td><td>Shanghai Yuanye Bio-Technology</td><td>B20446</td><td></td></tr><tr><td>Schüttelinkubator</td><td>Shanghai Zhichu Instrument Co., Ltd</td><td>&nbsp; ZQZY-AF8</td><td></td></tr><tr><td>SnakeSkin&Handel; Dialysemembran, 10 kDa MWCO, 35 mm</td><td>Thermo Fisher Scientific&trade;? Invitrogen</td><td>88245</td><td></td></tr><tr><td>Lösliche Stärke</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9765</td><td></td></tr><tr><td>Sorvall LYNX 6000 Superspeed-Zentrifuge</td><td>Thermo Fisher Scientific&trade;</td><td></td><td></td>75006590</tr><tr><td>SpectraMax i3x Multi-Mode Mikroplatten-Reader</td><td>MOLEKULARE GERÄTE</td><td>SpectraMax i3x</td><td></td></tr><tr><td>SpectraMax QuickDrop Mikrovolumen-Spektralphotometer Spezifikationen</td><td>MOLEKULARE GERÄTE</td><td>QuickDrop</td><td></td></tr><tr><td>Saccharose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S5016</td><td></td></tr><tr><td>SunFire C18 OBD-Vorbereitung</td><td>Säulenwasser</td><td>186002741</td><td></td></tr><tr><td>Thermo Fisher Scientific Q EXACTIVE</td><td>Thermo Fisher Scientific&trade;? Invitrogen</td><td>IQLAAEGAAPFALGMBDK</td><td></td></tr><tr><td>Ubiquitin-ähnliche Protease 1</td><td>Thermo Fisher Scientific&trade;? Invitrogen</td><td>12588018</td><td></td></tr><tr><td>Ultratiefkühlschrank</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>905GP-ULTS</td><td></td></tr><tr><td>Vakuum-Zentrifugalkonzentrator</td><td>Beijing JM Technology</td><td>CV600</td><td></td></tr><tr><td>Vitexin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>49513</td><td></td></tr></tbody></table>

strukturbiologie und analytische chemie: ansätze zur charakterisierung von c-glykosid-stoffwechselenzymen in der menschlichen darmmikrobiota

Structural Biology and Analytical Chemistry Approaches for Characterizing C-Glycoside Metabolic Enzymes in Human Gut Microbiota

Nach den in Abbildung 1exprimierten wir zuerst die Gene DgpA, DgpB und DgpC in E. coli BL21(DE3) Zellen. Da DgpB und DgpC einen stabilen Enzymkomplex (DgpB/C-Komplex) bilden,10,26,27,34wurden Zellen, die diese beiden Proteine exprimieren, zur Co-Reinigung kombiniert. Nach der Zelllyse wurde der Überstand durch Zentrifugatio...

Strukturbiologie und analytische Chemie: Ansätze zur Charakterisierung von C-Glykosid-Stoffwechselenzymen in der menschlichen Darmmikrobiota

The gut microbiota has emerged as a key modulator of host health, particularly because of its capacity to metabolize dietary glycosides. While ...

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Research

Forschung

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Eine spezifische und sensitive Methode, um Einblick in die Expression von Glykosphingolipid Antigene Immunsystem Organe und Zellen zu gewinnen beschrieben. Das Verfahren nutzt die Ionenfallenmassenspektrometer ermöglicht stufenweise Fragmentierung Glycosphingolipid Moleküle zur Strukturanalyse gegenüber chemisch synthetisierten Standard.

Massenspektrometrische Analyse Glycosphingolipid Antigene

Quelle: Hu, Y. et.al., Analyse der Wechselwirkungen zwischen Endobiotika und menschlicher Darmmikrobiota mittels In-vitro-Badefermentationssystemen. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video demonstriert die Analyse der kurzkettigen Fettsäureproduktion durch die menschliche Darmmikrobiota als Reaktion auf Exopolysaccharide. Dies unterstreicht die Trennung und Quantifizierung mikrobieller Fermentationsprodukte mittels Gaschromatographie. Die Ergebnisse zeigen, dass Exopolysaccharide mikrobielle Metabolite...

Untersuchung der mikrobiellen Aktivität des menschlichen Darms an Exopolysaccharide

Die aktive Bakteriengemeinschaft mit dem Darm von Spodoptera littoralis verbunden sind, wurde von stabilen Isotopen-Probing (SIP) zu Pyrosequenzierung gekoppelt bestimmt. Mit dieser Methode wurde die Identifizierung der metabolisch aktiven Bakterienarten innerhalb der Gemeinde mit hoher Auflösung und Genauigkeit durchgeführt.

Bezeichnung des metabolisch aktiven Bakterien im Darm der Generalist<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; Über DNA Stable Isotope Probing Mit<sup&gt; 13</sup&gt; C-Glucose

Ein Hochdurchsatz-Assay für das Enzym-Screening wird beschrieben. Dieses gebrauchsfertige Multiplex-Assay-Kit besteht aus vorausgewählten C-hromogenen P-Olymer-H-Ydrogel-Substraten (CPH) und komplexenI-nlöslichen C-hromogenen B-iomasse(ICB)-Substraten. Zielenzyme sind Polysaccharid-abbauende Endoenzyme und Proteasen.

Hochdurchsatz-Screening von Kohlenhydrat-abbauenden Enzymen Neuartige Unlöslich chromogenen Assays Kits

Hier präsentieren wir Ihnen ein Protokoll für die Kultivierung der Darm Microbiota des Dickdarms in-vitro-, mit einer Reihe von Bioreaktoren, die die physiologischen Bedingungen des Magen-Darm-Trakt zu simulieren.

In-vitro-Kultivierung von Technologie, um den menschlichen Darm Microbiota studieren fortgeschrittene Anwendung

Wir beschreiben hier die Hochdurchsatz-Erkennung und Quantifizierung von Fucosylated Muttermilch-Oligosaccharide (HMOs) mit einer ganzen Zelle Biosensor. Wir zeigen auch hier, die Anpassung dieser Plattform zur Analyse von HMO Produktionsstämme, mit Schwerpunkt auf das Signal-Rausch-Verhältnis zu verbessern.

Analyse der Fucosylated menschlichen Milch Trisaccharides in biotechnologischen Zusammenhang mit genetisch codierte Biosensoren

Beschrieben ist hier ein Protokoll, um die Wechselwirkungen zwischen Endobiotika und menschlichen Darmmikrobiota mit In-vitro-Batch-Fermentationssysteme zu untersuchen.

Analyse von Wechselwirkungen zwischen Endobiotika und Human Gut Microbiota mit In-Vitro-Badfermentationssystemen

Hier wird ein vereinfachtes Standard-Betriebsverfahren für die Mikrobiom-Profilierung mit 16S rRNA metagenomischer Sequenzierung und Analyse mit frei verfügbaren Werkzeugen beschrieben. Dieses Protokoll wird Forschern helfen, die neu im Mikrobiom-Bereich sind, sowie solchen, die Aktualisierungen von Methoden benötigen, um bakterielleS Profiling mit einer höheren Auflösung zu erreichen.

Mikrobiota-Analyse mit zweistufiger PCR- und 16S-rRNA-Gensequenzierung der nächsten Generation

Die offene Suche ermöglicht die Identifizierung von Glykopeptiden, die mit bisher unbekannten Glykanzusammensetzungen verziert sind. In diesem Artikel wird ein optimierter Ansatz für die Durchführung einer offenen Suche und anschließende Glykan-fokussierte Glykopeptidsuche für Bakterienproben unter Verwendung von Acinetobacter baumannii als Modell vorgestellt.

Die Anwendung offener suchbasierter Ansätze zur Identifizierung von Acinetobacter baumannii O-verknüpften Glykopeptiden

Diese Studie etabliert eine Reihe von Standardarbeitsanweisungen (SOPs) für das effiziente Screening und die Isolierung von Darmbakterien, die in der Lage sind, C-Glykoside zu spalten.

Screening und Isolierung von C-Glykosid-spaltenden Darmbakterien

Erfahren Sie Methoden zur Charakterisierung von C-Glykosid-Stoffwechselenzymen in der menschlichen Darmmikrobiota mittels Strukturbiologie und analytischer Chemie. Diese Techniken ermöglichen Einblicke in enzymatische Reaktionsketten.

Strukturbiologie und analytische Chemie: Ansätze zur Charakterisierung von C-Glykosid-Stoffwechselenzymen in der menschlichen Darmmikrobiota (Video) | JoVE Journal

Strukturbiologie und analytische Chemie: Ansätze zur Charakterisierung von C-Glykosid-Stoffwechselenzymen in der menschlichen Darmmikrobiota

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