Name: Räumlich kompakte Anordnung von Zebrafischlarvenschnitten für die räumliche Transkriptomanalyse (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-16T12:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 40 s
Description: Erfahren Sie eine Methode zur räumlichen Transkriptomanalyse von Zebrafischlarven mit optimiertem Kryoschnitt und Probenanordnung. Diese kosteneffiziente Technik minimiert Batch-Effekte und ermöglicht großangelegte Analysen ganzer Organe.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Longo, S. K., Guo, M. G., Ji, A. L., Khavari, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+and+spatial+transcriptomics+to+elucidate+intercellular+tissue+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics.</a> Nat Rev Genet. 22, 627-644 (2021).</li>
<li>Duhan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics%3A+background%2C+technologies%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges.</a> Mol Biol Rep. 51, 600(2024).</li>
<li>Ståhl, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li>
<li>Colman, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+and+targeted+sequencing+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+on+the+iSeq100+and+MiSeq%3A+A+performance%2C+ease-of-use%2C+and+cost+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Med%22%5BJournal%5D)">Whole-genome and targeted sequencing of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis on the iSeq100 and MiSeq: A performance, ease-of-use, and cost evaluation.</a> PLOS Med. 16 (4), e1002194(2019).</li>
<li>Marques, I. J., Lupi, E., Mercader, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model+systems+for+regeneration%3A+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Model systems for regeneration: zebrafish.</a> Development. 146 (18), dev167692(2019).</li>
<li>Mohideen, M. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histology-based+screen+for+zebrafish+mutants+with+abnormal+cell+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Histology-based screen for zebrafish mutants with abnormal cell differentiation.</a> Dev Dyn. 228 (3), 414-423 (2003).</li>
<li>Copper, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+fixation+and+embedding+techniques+for+optimized+histological+preparation+of+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+C+Toxicol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of fixation and embedding techniques for optimized histological preparation of zebrafish.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 208, 38-46 (2018).</li>
<li>Stock, R. J., Labudovich, M., Ducatman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Asymptomatic+first-trimester+liver+cell+adenoma%3A+diagnosis+by+fine-needle+aspiration+cytology+with+cytochemical+and+ultrastructural+study%5BTitle%5D)+AND+%22Obstet+Gynecol%22%5BJournal%5D)">Asymptomatic first-trimester liver cell adenoma: diagnosis by fine-needle aspiration cytology with cytochemical and ultrastructural study.</a> Obstet Gynecol. 66 (2), 287-290 (1985).</li>
<li>Petukhov, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+segmentation+in+imaging-based+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (3), 345-354 (2022).</li>
<li>Meyer, T., Tiburcy, M., Zimmermann, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cardiac+macrotissues-on-a-plate+models+for+phenotypic+drug+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Cardiac macrotissues-on-a-plate models for phenotypic drug screens.</a> Adv Drug Deliv Rev. 140, 93-100 (2019).</li>
<li>Kimmel, C. B., Ballard, W. W., Kimmel, S. R., Ullmann, B., Schilling, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203 (3), 253-310 (1995).</li>
<li>Yu, K., Xing, J., Zhang, J., Zhao, R., Zhang, Y., Zhao, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+multiple+cycles+of+freeze-thawing+on+the+RNA+quality+of+lung+cancer+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Tissue+Bank%22%5BJournal%5D)">Effect of multiple cycles of freeze-thawing on the RNA quality of lung cancer tissues.</a> Cell Tissue Bank. 18 (3), 433-440 (2017).</li>
<li>Yang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decontamination+of+ambient+RNA+in+single-cell+RNA-seq+with+DecontX%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX.</a> Genome Biol. 21 (1), 57(2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 L Becherglas</td><td></td><td>Pyrex 1003</td><td></td></tr><tr><td>200 Proof reines Ethanol</td><td>Koptec</td><td>V1001</td><td></td></tr><tr><td>Essigsäure, Eiszeit</td><td>VWR</td><td>0714</td><td>angesäuerter</td></tr><tr><td>Alkohol Aluminiumfolie</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Deckgläser</td><td>Epredia</td><td>24X50-1.5-001G</td><td></td></tr><tr><td>Einweg-Basisform</td><td>Fisher HealthCare</td><td>22-363-556</td><td></td></tr><tr><td>Destilliertes Wasser</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DPX Eindeckmittel</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06522</td><td>Eindeckmittel für die Histologie</td></tr><tr><td>Trockeneispellets</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Dumont #5SF Pinzette</td><td>Fine Science Tools</td><td>11252-00</td><td></td></tr><tr><td>Eosin-Y Alkoholische</td><td>Epredia</td><td>71204</td><td>Eosin Y 1%</td></tr><tr><td>Kieme 1 Hämatoxylin</td><td>Epredia</td><td>72411</td><td>Hämatoxylin</td></tr><tr><td>Kimwipe</td><td>Kimberly-Clark Professional</td><td>34120</td><td>saugfähiges, fusselfreies Tuch</td></tr><tr><td>Labor-Beschriftungsband</td><td>VWR</td><td>89097-934</td><td></td></tr><tr><td>Mikrotom-Klinge MX35 Ultra</td><td>Epredia</td><td>3053835</td><td></td></tr><tr><td>Mikrotom-Kryostat</td><td>Thermo Scientific</td><td>Microme HM 525</td><td></td></tr><tr><td>O.C.T. Compound</td><td>Fisher HealthCare</td><td>23-730-571</td><td>Gefriermedium</td></tr><tr><td>Paraformaldehyd</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>158127</td><td>PFA</td></tr><tr><td>Permanent Marker</td><td>VWR</td><td>52877-886</td><td></td></tr><tr><td>Winkelmesser</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SafeClear Xylol-Ersatz</td><td>Fisherbrand</td><td>68551-16-6</td><td>Xylol-Ersatz</td></tr><tr><td>Einschneidige Klingen</td><td>American Line</td><td>66-0407</td><td></td></tr><tr><td>Steriomikroskop</td><td>Zeiss</td><td>4350639000</td><td>Stemi 305 mit Double-Spot-LED (4355259020) und Stativ K lab (4354259010)</td></tr><tr><td>Superfrost Plus Micro Slides</td><td>VWR</td><td>48311-703</td><td></td></tr><tr><td>Transferpipette</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Xenium V1 Slide</td><td>10X/Xenium</td><td>3000941</td><td>räumliche Transkriptom-Bildgebung</td></tr></tbody></table>

räumlich kompakte anordnung von zebrafischlarvenschnitten für die räumliche transkriptomanalyse

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis

Bei dieser Methode (Abbildung 1) wird der Zebrafisch als Tiermodell verwendet, um nach räumlich aufgelösten Genexpressionsmustern zu suchen. Die effiziente Kryosektion von Zebrafischlarven für die räumliche Bildgebung ist eine Herausforderung. Die Schnitte müssen von hoher Qualität sein, um die Gewebestruktur und die nachweisbaren Gene zu erhalten (Abbildung 4). Schnitte mit mehreren Proben für eine räumlich effiziente Bildgebung müssen präzise ausgerichtet werd...

Räumlich kompakte Anordnung von Zebrafischlarvenschnitten für die räumliche Transkriptomanalyse

Spatial transcriptomic techniques are a sophisticated tool in biomedical research to visualize spatially registered gene expression patterns. Imaging and ...

spatially-compact-arrangement-larval-zebrafish-sections-for-spatial

Research

Forschung

JoVE Journal

Developmental Biology

Entwicklungsbiologie

Whole mount in situ Hybridisierung ist eine der am häufigsten verwendeten Techniken in der Entwicklungsbiologie. Hier präsentieren wir ein hochauflösendes Doppel-Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung Protokoll zur Analyse der genauen Expressionsmuster eines einzelnen Gens und zur Bestimmung der Überlappung der Ausdruck Domains von zwei Genen. Wir gehören eine Propidiumiodid nukleare Gegenfärbung des Gewebes Organisation hervorzuheben.

Zebrafisch Whole Mount High-Resolution Doppel Fluorescent In-situ Hybridisierung

Somitogenese ist eine rhythmische Entwicklungsprozess, die räumlich Muster die Körperachse von Wirbeltierembryonen. Bisher haben wir transgenen Zebrafischlinien, die fluoreszierenden Reporter nutzen, um die zyklischen Gene, die dieser Prozess vorangetrieben beobachten. Hier wir Kultur verteilt Zellen aus diesen Linien und Bild ihre Schwingungen über die Zeit in vitro.

Generierung von Dispersed präsomitischen Mesoderm Zellkulturen für Imaging der Zebrafisch-Segmentierung Uhr in Einzelzellen

Unser Labor eine neuartige automatisiertes Hochdurchsatz-Bildgebungssystem, die nützlich für die Detektion von verschiedenen Verhaltensweisen in 7 Tage alten Larven Zebrafisch ist. Das System kann zum Erfassen geringfügige Änderungen im Verhalten nach der Larven für Umweltgifte oder Arzneimitteln ausgesetzt wurden verwendet werden.

Automatisierte Hochdurchsatz-Analysen in Behavioral Zebrafischlarven

Die Verwendung eines automatischen 3D-Videosystems, das einzelne und Gruppen von Zebrafischen verfolgen kann, wird beschrieben. Als Anwendungsbeispiel untersuchen wir die Auswirkungen des NMDA-Rezeptor-Antagonisten MK-801 auf Zebrafischschwärme.

Mit einem automatisierten 3D-Tracking-System werden Individuen und Schwärme von erwachsenen Zebrafischen erfasst

Entwicklungsprozesse wie Proliferation, Strukturieren, Differenzierung und Axon Führung leicht im Zebrafisch Rückenmark modelliert werden. In diesem Artikel beschreiben wir ein Verfahren zur Montage Zebrafisch-Embryonen, die Visualisierung dieser Ereignisse optimiert.

Dissection und seitlicher Anbau von Zebrafisch-Embryonen: Analyse der Rückenmarksentwicklung

Herzgenexpressionsprofile bei Zebrafisch Herzentwicklung zu analysieren, wurde Gesamt-RNA aus isolierten Herzen gewonnen werden. Hier präsentieren wir ein Protokoll für das Sammeln von Funktions / klopfenden Herzen durch schnelle manuelle Dissektion von Zebrafischembryonen zu herzspezifischen mRNA zu erhalten.

Großzebrafisch Embryonale Herz Dissection für Transkriptionsanalyse

Hier beschreiben wir eine Methode, um die Größe von Zebrafisch-Embryonen zu reduzieren, ohne die normalen Entwicklungsprozesse zu stören. Diese Technik ermöglicht das Studium der Musterskalierung und der Entwicklungsrobuste gegen Größenwechsel.

Chirurgische Größenreduktion von Zebrafischen für die Erforschung der embryonalen Muster Skalierung

Dieses Protokoll beschreibt, wie Bilder durch die Kombination von In-situ-Hybridisierung und Immunhistochemie von Zebrafisch-Embryonalschnitten erhalten werden können. Vor der Kryosektion wurde eine In-situ-Hybridisierung durchgeführt, gefolgt von einer Antikörperfärbung. Es ist nützlich, die Expressionsmuster zweier Gene im Zebrafisch nachzuweisen, wenn ein Mangel an Antikörpern vorliegt.

In situ Hybridisierung kombiniert mit Immunhistochemie in kryogeschnittenen Zebrafischembryonen

Hier wird ein Protokoll für die in vivo Ganzhirnbildgebung von Zebrafischlarven mittels dreidimensionaler Fluoreszenzmikroskopie vorgestellt. Das experimentelle Verfahren umfasst die Probenvorbereitung, die Bildaufnahme und die Visualisierung.

Im lebenden Organismus Ganzhirnbildgebung von Zebrafischlarven mittels dreidimensionaler Fluoreszenzmikroskopie

Hier beschreiben wir eine Methode zur Darmisolierung von Zebrafischlarven 5 Tage nach der Befruchtung für die Einzelzell-RNA-Sequenzierungsanalyse.

Darmisolierung aus Zebrafischlarven für die Einzelzell-RNA-Sequenzierung

Eine Probenvorbereitungsstrategie für die Abbildung früher Zebrafischembryonen in einem intakten Chorion mit einem Lichtblattmikroskop wird beschrieben. Es analysiert die verschiedenen Orientierungen, die Embryonen innerhalb des Chorions in den 70% Epibolie- und Knospenstadien annehmen, und beschreibt bildgebende Strategien, um mit Hilfe des Lichtblattsystems eine zelluläre Auflösung im gesamten Embryo zu erzielen.

Lichtblattmikroskopie: Bildgebung und Montagestrategien für frühe Zebrafischembryonen

Erfahren Sie eine Methode zur räumlichen Transkriptomanalyse von Zebrafischlarven mit optimiertem Kryoschnitt und Probenanordnung. Diese kosteneffiziente Technik minimiert Batch-Effekte und ermöglicht großangelegte Analysen ganzer Organe.

Räumlich kompakte Anordnung von Zebrafischlarvenschnitten für die räumliche Transkriptomanalyse

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