Name: Wir danken den C-REAL-Mitgliedern für ihre Unterstützung bei der Feldbeobachtung und bei Laboranalysen.Visualisierung der mikrobiellen Dynamik des Methankreislaufs in Küstenfeuchtgebieten (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: Erfahren Sie die Visualisierung mikrobieller Methankreislauf-Dynamik in Küstenfeuchtgebieten mit optimierten PCR-Methoden und GIS-Kartierung. Dieses Protokoll erfasst räumliche und saisonale Genverteilung unter Umwelteinflüssen.

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<table><tbody><tr><td>0,2 mL PCR-Röhrchen</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>0,5 mL PCR-Röhrchen</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &mu; L-Spitzen</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipettenspitze mit Rack- oder Nachladesystemspitzen Natur; 10&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>15 mL Zentrifugenröhrchen</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu; L-Spitzen</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipettenspitze mit Rack- oder Reload-Systemspitzen Natur; 200&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>1000 &mu; L Spitzen</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! 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wir danken den c-real-mitgliedern für ihre unterstützung bei der feldbeobachtung und bei laboranalysen.visualisierung der mikrobiellen dynamik des methankreislaufs in küstenfeuchtgebieten

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

Um die Verteilung und Häufigkeit von CH 4-Zyklus-bezogenen Genen (mcrA, pmoA1, pmoA2 und mmoX) in den Küstenfeuchtgebieten von Südtexas zu verstehen, wurde die extrahierte eDNA aus jeder Probe mittels cPCR und qPCR analysiert. Für die Durchführung der cPCR aus früheren Studien wurden universelle Primer für jeden Biomarker ausgewählt (Tabelle 1)22,34,35,36,37, und es wurden Modifikationen vorgenommen, um die Glühtemperaturen und -konzentrationen basierend auf...

Wir danken den C-REAL-Mitgliedern für ihre Unterstützung bei der Feldbeobachtung und bei Laboranalysen.Visualisierung der mikrobiellen Dynamik des Methankreislaufs in Küstenfeuchtgebieten

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

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Research

Forschung

JoVE Journal

Environment

Umwelt

Durchflusszytometrischen Analyse hat für die Untersuchung von Reinkulturen und Überwachung der mikrobiellen Gemeinschaft Dynamik bewährt. Wir präsentieren jeweils drei umfassende Arbeitsabläufe, von der Probenahme zur Datenanalyse, Reinkulturen und komplexen Gemeinschaften in klare Medium ebenso wie anspruchsvolle Matrizen.

Kennzeichnenden Microbiome Dynamik – Durchflusszytometrie basierten Workflows von Reinkulturen zu natürlichen Gemeinschaften

Dieses Protokoll beschreibt einen einzigen Durchsatz für ergänzende analytische und Omics Techniken, die ihren Höhepunkt in einer voll gepaart Charakterisierung von natürlichen organischen Stoffen und mikrobielle Proteomics in verschiedenen Ökosystemen. Dieser Ansatz ermöglicht die robuste Vergleiche zur Identifizierung von Stoffwechselwegen und Transformationen für Treibhausgasproduktion Beschreibung und Vorhersage Reaktionen auf Veränderungen der Umwelt wichtig.

Single-Durchsatz ergänzende hochauflösende Analysetechniken für die Charakterisierung von komplexen natürlichen organischen Substanz Mischungen

Ein Protokoll zur Erzeugung dynamischer chemischer Landschaften durch Photolyse in mikrofluidischen und millifluidischen Setups wird vorgestellt. Diese Methode eignet sich zur Untersuchung verschiedener biologischer Prozesse, einschließlich des Motilverhaltens, der Nährstoffaufnahme oder der Anpassung an Chemikalien von Mikroorganismen, sowohl auf Einzelzell- als auch auf Populationsebene.

Generieren kontrollierter, dynamischer chemischer Landschaften zur Untersuchung des mikrobiellen Verhaltens

Hier wollen wir die Zonierung der biologischen Produktivität in Narragansett Bay, Rhode Island, basierend auf dem Stickstoffmassenbilanzmodell visualisieren. Die Ergebnisse werden das Nährstoffmanagement in den Küstenregionen beeinflussen, um Hypoxie und Eutrophierung zu reduzieren.

Visualisierung von Produktivitätszonen basierend auf einem Stickstoffmassenbilanzmodell in Narragansett Bay, Rhode Island

Diese Studie demonstriert einen Ansatz zur Messung von Methangaskonzentrationen in wässrigen Proben mit tragbaren optischen Analysatoren, die in einem geschlossenen Kreislauf mit einer Injektionskammer gekoppelt sind. Die Ergebnisse ähneln denen der konventionellen Gaschromatographie und stellen eine praktische und kostengünstige Alternative dar, die sich besonders für Fernfeldstudien eignet.

Messung von gelöstem Methan in aquatischen Ökosystemen mit einem Gasanalysator mit optischer Spektroskopie

Es wird ein Protokoll zur Erstellung eines einfachen Modellökosystems beschrieben, das den Methan-Sauerstoff-Gegengradienten im natürlichen Lebensraum von aeroben Methan-oxidierenden Bakterien nachbildet und so die Untersuchung ihrer Physiologie in einem räumlich aufgelösten Kontext ermöglicht. Modifikationen an gängigen biochemischen Assays für die Verwendung mit dem Agarose-basierten Modellökosystem werden ebenfalls beschrieben.

Agarose-basiertes Modellökosystem für die Kultivierung von Methanotrophen in einem Methan-Sauerstoff-Gegengradienten

Hier präsentieren wir ein Protokoll, das beschreibt, wie Holzproben für die Gesamtbewertung ihrer Wachstumsstrukturen beprobt werden. Makro- und mikroskopische Präparations- und Visualisierungstechniken, die zur Generierung eines gut replizierten und hochaufgelösten anatomischen und dendroökologischen Holzdatensatzes erforderlich sind, werden beschrieben und beschrieben.

Technischer Sicht in Modern Jahrringforschung - Wie Dendroökologische und Holz anatomische Herausforderungen zu meistern

Dieses Manuskript beschreibt einen automatisierten Ansatz zur Auswahl der Gelgröße zur Aufreinigung von DNA-Fragmenten für die Next-Generation-Sequenzierung. Die Ranger-Technologie ermöglicht die vollständige Automatisierung des gesamten Prozesses der Beladung des Agarosegels, der elektrophoretischen Analyse und der Rückgewinnung von DNA-Zielfragmenten und ermöglicht so einen hohen Durchsatz und eine hohe Qualität der Sequenzierungsbibliotheken der nächsten Generation.

Automatisierte Gel Größenauswahl, um die Qualität der nächsten Generation Sequencing Libraries von Umweltwasserproben vorbereitet verbessern

Ein Protokoll zur Quantifizierung von bakteriellen 16S rRNA-Genen und Transkripten aus Küstensedimenten mittels Echtzeit-PCR wird bereitgestellt. Die Methodik umfasst die Co-Extraktion von DNA und RNA; Herstellung von DNA-freier RNA; und Quantifizierung von 16S rRNA-Genen und -Transkripten mittels RT-q-PCR, einschließlich Standardkurvenkonstruktion.

Gleichzeitige DNA-RNA-Extraktion aus Küstensedimenten und Quantifizierung von 16S rRNA-Gene und Transkripte von Real-time PCR

Phospholipid-Fettsäuren liefern Informationen über die Struktur des Bodens mikrobiellen Gemeinschaften. Wir stellen Verfahren zur Extraktion aus Bodenproben mit einem einphasigen Gemisch von Chloroform, Fraktionierung des extrahierten Lipiden Festphasenextraktionssäulen verwendet und Methanolyse Fettsäuremethylester zu erzeugen, die durch Kapillar-Gaschromatographie analysiert.

Extraktion und Analyse von Microbial Phospholipidfettsäuren in Böden

Erfahren Sie die Visualisierung mikrobieller Methankreislauf-Dynamik in Küstenfeuchtgebieten mit optimierten PCR-Methoden und GIS-Kartierung. Dieses Protokoll erfasst räumliche und saisonale Genverteilung unter Umwelteinflüssen.

Wir danken den C-REAL-Mitgliedern für ihre Unterstützung bei der Feldbeobachtung und bei Laboranalysen.Visualisierung der mikrobiellen Dynamik des Methankreislaufs in Küstenfeuchtgebieten (Video) | JoVE Journal

Wir danken den C-REAL-Mitgliedern für ihre Unterstützung bei der Feldbeobachtung und bei Laboranalysen.Visualisierung der mikrobiellen Dynamik des Methankreislaufs in Küstenfeuchtgebieten

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