Name: Onkogen-Expressionsanalyse mit Veränderungen des pH-Werts in einer duktalen Pankreaszelllinie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: Erfahren Sie, wie RNA-seq-Analyse die Onkogen-Expression in Pankreasgangzellen bei verändertem pH-Wert untersucht. Diese Methode liefert Erkenntnisse über Zelladaptation an saure Mikroumgebungen und unterstützt die Krebsforschung.

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<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
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<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>15 mL graduierte Zentrifugenröhrchen (Falcon) &nbsp;</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500031</td><td>für die Probenvorbereitung verwendet&nbsp;</td></tr><tr><td>50 mL Messzentrifugenröhrchen (Falcon)</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500041</td><td>für die Probenvorbereitung verwendet&nbsp;</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalysegerät</td><td>Agilent</td><td>Agilent G2938A</td><td>Instrument zur Bewertung der RNA-Qualität&nbsp;</td></tr><tr><td>Antibiotische Antimykotische Lösung 100x flüssig</td><td>Himedia</td><td>A002-100 mL</td><td>Zur Vermeidung von Kontaminationen&nbsp;</td></tr><tr><td>Zellschaber mit drehbarer Klinge</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>Schaben und Sammeln der Zellen</td></tr><tr><td>CO2 Inkubator&nbsp;</td><td>New Brunswick</td><td>Galaxy 170 S</td><td>Wird für die Inkubation der Kultur verwendet&nbsp;</td></tr><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM), hoher Glukose- &nbsp;</td><td>Himedia</td><td>AL007S-500 mL</td><td>Medium für die Kultivierung der</td></tr><tr><td>Zellen Dulbecco's Phosphat gepufferte Kochsalzlösung 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>Zellwäsche</td></tr><tr><td>Galaxy&nbsp;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>Online-Tool zur Verarbeitung von NSG-Daten&nbsp;</td></tr><tr><td>HI FBS (Herkunft: Australien)</td><td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>Wird für das Wachstum von Zellen verwendet&nbsp;</td></tr><tr><td>Humane duktale Epithelzelllinie der Bauchspeicheldrüse (HPDEC/ H6C7)</td><td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>duktale Pankreaszelllinie</td></tr><tr><td>Ion Total RNA-Seq Kit v2</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>4475936</td><td>RNA Probenvorbereitungskit</td></tr><tr><td>Laminar Air Flow</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Na2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>Natriumphosphat Vorbereitung des Puffers&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 Monobasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>Natriumphosphat-Puffer Vorbereitung&nbsp;</td></tr><tr><td>NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td>3376672</td><td>Sequenzer&nbsp;</td></tr><tr><td>Nunclon Delta Surface (6-Well-Platte)</td><td>Thermo Scientific</td><td>140675</td><td>Kultivierung der Zellen&nbsp;</td></tr><tr><td>Gekühlte Tischzentrifuge</td><td>Thermo Scientific</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>Wird für die Zentrifugation</td></tr><tr><td>verwendet RiboMinus Eukaryote System v2</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA Depletion Kit&nbsp;</td></tr><tr><td>Rneasy Mini Bausatz&nbsp;</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Kit zur Isolierung von Gesamt-RNA aus Zellen</td></tr><tr><td>Thermocycler</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025 PCR-Reaktion</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>Wasserbad&nbsp;</td><td>Equitron</td><td>#8406M</td><td>Auftauen der Probe</td></tr></tbody></table>

onkogen-expressionsanalyse mit veränderungen des ph-werts in einer duktalen pankreaszelllinie

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

Morphologische Veränderungen Die Inkubation von humanen Pankreas-Gangzellen in einem sauren Medium veränderte die Morphologie der Zellen. Ein konfluentes und dicht gepacktes Zellmuster führte unter sauren Bedingungen zu dispergierten Zellen, und der Zelltod wird mit der Zeit prominent. Im Vergleich zu normalen mediumhaltigen Zellen schrumpften und verkleinerten sich duktale Zellen. Eine drastische Veränderung der Sterberate wurde nach 6 Stunden Inkubation beobachtet. Nach 24 Stunden nahm die Zellzahl ...

Onkogen-Expressionsanalyse mit Veränderungen des pH-Werts in einer duktalen Pankreaszelllinie

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

oncogene-expression-analysis-with-alterations-ph-pancreatic-ductal

Research

Forschung

JoVE Journal

Cancer Research

Krebsforschung

Verbessertes Verständnis von Bauchspeicheldrüsenkrebs Biologie ist dringend erforderlich, um die Entwicklung von besseren therapeutischen Optionen zur Behandlung von Bauchspeicheldrüsenkrebs zu ermöglichen. Um diesen Bedarf zu demonstrieren wir eine orthotopic Modell von Bauchspeicheldrüsenkrebs, die nicht-invasive Überwachung der Tumorprogression ermöglicht...

Bioluminescent orthotopen Modell von Bauchspeicheldrüsenkrebs Progression

Hier beschreiben wir ein Verfahren zur Isolierung von Zellen in der Bauchspeicheldrüse Mikroumgebung aus embryonalen, neonatalen und adulten Mausgewebe, auf die Isolierung von mesenchymalen Zellen konzentriert. Dieses Verfahren ermöglicht Profilieren von Zell Genexpression und Proteinabsonderung, um die extrinsische Signale zu erläutern, die Pankreas-Entwicklung, Funktion und tumorigenesis regulieren.

Isolierung und Analyse von Zellen des Pankreas Mesenchyme durch Durchflusszytometrie

Primäre acinar Zelle isoliert, Protein-Expression oder Aktivität-Modulation, Kultur und Downstream-Anwendungen eignen sich reichlich in der Ex Vivo Studie des acinar-duktale Metaplasie (ADM), einem frühen Ereignis in der Entwicklung von Bauchspeicheldrüsenkrebs.

Nachahmung und Manipulation von pankreatischen Acinar-duktale Metaplasie im 3-dimensionalen Zellkultur

Dieses Protokoll verwendet eine sondenbasierte Echtzeit-Polymerase-Kettenreaktion (PCR), einen Sulforhodamin-B-Assay (SRB), 3' unübersetztes Klonen (3' UTR) und einen Luziferase-Assay, um die Zielgene einer miRNA von Interesse zu verifizieren und die Funktionen von miRNAs zu verstehen.

Ein In-Vitro-Protokoll zur Bewertung von MicroRNA-Spiegeln, -Funktionen und assoziierten Zielgenen in Tumorzellen

Dieser Artikel beschreibt eine Methode zur Identifizierung klonaler und subklonaler Veränderungen zwischen verschiedenen Proben eines bestimmten Patienten. Obwohl sich die hier beschriebenen Experimente auf einen bestimmten Tumortyp konzentrieren, ist der Ansatz im Großen und Ganzen auf andere solide Tumoren anwendbar.

Vergleichende Lesionsanalyse durch einen gezielten Sequenzierungsansatz

Hier stellen wir ein Protokoll vor, um die Wirksamkeit gezielter Therapien zu testen, die auf der Grundlage der genomischen Zusammensetzung eines Tumors ausgewählt wurden. Das Protokoll beschreibt die Identifizierung und Validierung struktureller DNA-Umlagerungen, die Einplage von Patiententumoren in Mäuse und die Erprobung von Reaktionen auf entsprechende Medikamente.

Testen von gezielten Krebstherapien mit struktureller DNA-Alterationsanalyse und patientenabgeleiteten Xenografts

Pankreassaft ist eine wertvolle Quelle von Biomarkern für menschlichen Bauchspeicheldrüsenkrebs. Wir beschreiben hier eine Methode für das intraoperative Sammelverfahren. Um die Herausforderung zu meistern, dieses Verfahren in Mausmodellen anzuwenden, schlagen wir eine alternative Probe, die interstitielle Tumorflüssigkeit, vor und beschreiben hier zwei Protokolle für ihre Isolierung.

Isolierung proximaler Flüssigkeiten zur Untersuchung der Tumormikroumgebung des Pankreas-Adenokarzinoms

Metaplastische Zellen der Bauchspeicheldrüse sind Vorläufer bösartiger Zellen, aus denen Pankreastumoren entstehen. Die Isolierung intakter, lebensfähiger Pankreaszellen ist jedoch eine Herausforderung. Hier stellen wir eine effiziente Methode zur Dissoziation von Pankreasgewebe vor. Die Zellen können dann für die Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) oder für die zwei- oder dreidimensionale Co-Kultivierung verwendet werden.

Pankreasgewebedissektion zur Isolierung lebensfähiger Einzelzellen

Das Ziel dieses Protokolls ist es, die autophagischen Konzentrationen bei Bauchspeicheldrüsenkrebs und Pankreasazinuszellen durch LC3-Immunfluoreszenz und LC3-Punktquantifizierung zu bestimmen.

Evaluierung der Autophagie in zwei verschiedenen Pankreaszellmodellen mittels LC3-Immunfluoreszenz

Das vorliegende Protokoll beschreibt die Reprogrammierung von duktalen Adenokarzinomen der Bauchspeicheldrüse (PDAC) und normalen duktalen Epithelzellen der Bauchspeicheldrüse in induzierte pluripotente Stammzellen (iPSCs). Wir bieten ein optimiertes und detailliertes Schritt-für-Schritt-Verfahren, von der Vorbereitung des Lentivirus bis zur Etablierung stabiler iPSC-Linien.

Umprogrammierung des duktalen Adenokarzinoms der Bauchspeicheldrüse zur Pluripotenz

Bauchspeicheldrüsenkrebs ist nach wie vor eine der am schwierigsten zu behandelnden Krebsarten. Daher ist es von entscheidender Bedeutung, dass präklinische Modelle zur Bewertung der Wirksamkeit der Behandlung reproduzierbar und klinisch relevant sind. Dieses Protokoll beschreibt ein einfaches Co-Kulturverfahren zur Erzeugung reproduzierbarer, klinisch relevanter desmoplastischer Sphäroide.

Züchtung von desmoplastischen dreidimensionalen Pankreaskrebs-Sphäroiden aus Co-Kultur

Erfahren Sie, wie RNA-seq-Analyse die Onkogen-Expression in Pankreasgangzellen bei verändertem pH-Wert untersucht. Diese Methode liefert Erkenntnisse über Zelladaptation an saure Mikroumgebungen und unterstützt die Krebsforschung.

Onkogen-Expressionsanalyse mit Veränderungen des pH-Werts in einer duktalen Pankreaszelllinie

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