Name: Eine schrittweise Anleitung zur Isolierung und Analyse von Blattoberfläche und apoplastischer RNA mit Hilfe von Arabidopsis-Rosetten (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Lernen Sie die Isolierung extrazellulärer RNA aus Blattoberfläche und Apoplast von Arabidopsis mit hochauflösender Elektrophorese und Sequenzierung. Diese Methode ermöglicht die Untersuchung von RNA-Dynamik unter biotischem Stress.

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<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>14-30 nt ssRNA-Leitermarker</td><td>Takara</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>1,5 mL Mikrozentrifugenröhrchen</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>10 mL nadellose Spritze</td><td>BD</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>15 mL Falken-Röhrchen</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15% Mini-PROTEAN FSME-Urea Gel, 10 Well/12 Well, 30 & Mikro; L/20 & Mikro; L</td><td>Bio-Rad</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>36-Zellen-Tray-Einsätze</td><td>Echter Blattmarkt</td><td></td><td></td></tr><tr><td>40%ige Acrylamid- und Bis-Acrylamid-Lösung, 37,5:1</td><td>Bio-Rad</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>Runde 4-Zoll-Töpfe</td><td>Echter Blattmarkt</td><td></td><td></td></tr><tr><td>50 mL Falcon Röhrchen</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>50 mL nadellose Spritze</td><td>BD</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>96-Well-Platte mit schwarzem Boden</td><td>Grenier</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.22 &mu; M Spritzenvorsatzfilter</td><td>Bahrtuch</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0,45 μm M Spritzenvorsatzfilter</td><td>Bahrtuch</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumpersulfat (APS) &nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Nr. A3678</td><td></td></tr><tr><td>Calciumchlorid&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Nr. C1016</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform (RNase-frei)</td><td>Macron Feinchemikalien</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>Durchsichtige Kunststoffkuppeln</td><td>Hummert International</td><td>11 3348</td><td>Jede Kunststoffkuppel kann verwendet werden, um die Pflanzen abzudecken und die Feuchtigkeit aufrechtzuerhalten</td></tr><tr><td>Medizinischer Stick mit Baumwollspitze</td><td>Uline</td><td>Nr. S-21102</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol (Rnase-frei)</td><td>Decon Laboratories, Inc.</td><td>2716GEA</td><td></td></tr><tr><td>French Press Kaffeemaschine, 24 fl oz</td><td>Schneegipfel</td><td>CS-111</td><td></td></tr><tr><td>Anzuchtschale ohne Löcher 10 x 20</td><td>Echter Blattmarkt</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Eiskübel&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech, Spongex</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Thermo Scientific</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>JA-14 Festwinkelrotor</td><td>Beckman Coulter; Modell: JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>Kimwipes</td><td>KCWW, Kimberly-Clark</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>ssRNA-Lader mit niedriger Reichweite</td><td>SCHNABEL</td><td>Nr. N0364S</td><td></td></tr><tr><td>MES-Hydrat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M8250</td><td></td></tr><tr><td>Mikroplatten-Reader</td><td>BioTek</td><td>&nbsp; Synergie H1</td><td></td></tr><tr><td>Wunder-Gro</td><td>Wunder-Gro</td><td>24-8-16</td><td>Es ist ein Allzweck-Pflanzenfutter. Abhängig von der Bodenquelle, die für den Anbau der Pflanzen verwendet wird, kann die Anwendung angepasst werden.</td></tr><tr><td>Nalgene Zentifugenflasche 250 mL (ohne Verschluss)</td><td>Nalgene</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>Papierhandtücher</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ParaFilm&nbsp; M Lab Film</td><td>Parafilm</td><td>Nr. S-25929</td><td></td></tr><tr><td>Kunststoffbecher (500 mL)</td><td>Uline</td><td>Nr. S-21658</td><td></td></tr><tr><td>RNase-freies Glykogen (20 mg/ml)</td><td>Thermo Scientific</td><td>Nr. R0561</td><td></td></tr><tr><td>RootShield Plus WP Biologisches Fungizid</td><td>BioWorks</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>Schere</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silwet L-77</td><td>Phytotech-Labore</td><td>Nr. S7777</td><td>Silwet L-77 jeder Marke kann verwendet werden. Allerdings verliert Silwet mit der Zeit an Wirksamkeit. Es ist ideal, es einmal im Jahr auszutauschen.</td></tr><tr><td>Natriumchlorid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Nr. S7653</td><td></td></tr><tr><td>Weicher Haarpinsel aus Nylon</td><td>UNS. Kunstbedarf</td><td>Nr. 6</td><td></td></tr><tr><td>Sprühflasche</td><td>Uline</td><td>Nr. S-7272</td><td>Jede Sprühflasche kann verwendet werden, aber die Sprüheinstellungen sollten auf der Dusche sein.</td></tr><tr><td>Sungro Professionelle Anbaumischung</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sungro Anzuchtmischung</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYBR Gold Nukleinsäure-Gel-Färbung (10.000x Konzentrat in DMSO)</td><td>Thermo Scientific</td><td>Nr. S11494</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Thermo Scientific</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol-Reagenz</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>Hochreines Dnase/Rnase-freies Wasser</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>Harnstoff</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Nr. U5378</td><td></td></tr><tr><td>Vakuumkammer, 0,20 Kubikfuß</td><td>SP Scienceware - Bel-Art Produkte - H-B Instrument</td><td>Nr. F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>Vakuumpumpe, 3,5 CFM</td><td>Ideale Vakuumprodukte</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>Waage</td><td>Escali</td><td>WBB480535</td><td>Dies ist nur ein Beispiel. Jede Waage kann verwendet werden.</td></tr></tbody></table>

eine schrittweise anleitung zur isolierung und analyse von blattoberfläche und apoplastischer rna mit hilfe von arabidopsis-rosetten

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

Eine schrittweise Anleitung zur Isolierung und Analyse von Blattoberfläche und apoplastischer RNA mit Hilfe von Arabidopsis-Rosetten

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

a-stepwise-guide-to-isolation-analysis-leaf-surface-apoplastic-rna

Research

Forschung

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie und Infektion

Dieses Video zeigt ein Verfahren zur Isolierung von intakten Protoplasten aus Geweben des 14-Tage alte Keimlinge von Arabidopsis. Da die isolierten Protoplasten intakt bleiben für mindestens 96h und sind aus Sämlingen statt einer Monate alten reifen Pflanzen isoliert, beschleunigt dieses Verfahren Assays erfordert intakte Protoplasten.

Isolation von Protoplasten aus Geweben von 14-Tage alte Keimlinge von Arabidopsis thaliana</em

Zellspezifische Analyse<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Blätter mit Fluorescence Activated Cell Sorting

Wir berichten über eine effiziente und einfache Methode, um Embryonen in frühen Stadien der Entwicklung Isolat...

Effiziente und schnelle Isolierung von Frühphasen-Embryonen aus<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Seeds

Dieses Protokoll beschreibt eine einfache Methode zur Extraktion und Fraktionierung von Transkripten aus pflanzlichem Gewebe auf der Grundlage der Anzahl der gebundenen Ribosomen. Es ermöglicht eine globale Abschätzung der Translationsaktivität und die Bestimmung des Translationsstatus spezifischer mRNAs.

Eine einfache Methode für Pflanzen Polysomen Profilieren

Hier präsentieren wir ein Interaktom-Capture-Protokoll, das auf Arabidopsis thaliana Blatt-Mesophyll-Protoplasten angewendet wird. Diese Methode beruht kritisch auf in vivo UV-Vernetzung und ermöglicht die Isolierung und Identifizierung von p-mRNA-bindenden Proteinen aus einer physiologischen Umgebung.

MRNA Interactome Capture aus Pflanzenprotoplasten

Hier präsentieren wir Ihnen ein Protokoll für das Studium der Pflanze Wuchsverhalten und vor allem Phänotypen reproduzierbar. Wir zeigen wie Sie bieten Variable und in der gleichen Zeit stabilen Lichtverhältnissen. Richtige Analysen hängen ausreichend Probennummern und gültige statistische Auswertungen.

Analyse von Arabidopsis Thaliana Wuchsverhalten in verschiedenen Licht-Qualitäten

Hier stellen wir ein modifiziertes Screening-Verfahren vor, das ausgiebig eingesetzt werden kann, um RNA-Silencing-Suppressoren bei Pflanzenpathogenen schnell zu überprüfen.

Screening und Identifizierung von RNA-Silencing Suppressoren von sezernierten Effektoren von Pflanzenpathogenen

Die Übersetzung der Ribosomenaffinitätsreinigung (TRAP) bietet die Möglichkeit, Entwicklungsprogramme mit minimaler Verarbeitung von Organen und Geweben zu sezieren. Das Protokoll liefert hochwertige RNA aus Zellen, die mit einem grünen fluoreszierenden Protein (GFP)-markierten ribosomalen Untereinheit begezielt sind. Nachgeschaltete Analysewerkzeuge wie qRT-PCR oder RNA-seq zeigen Gewebe- und zelltypspezifische Expressionsprofile auf.

Übersetzen von Ribosome Affinity Purification (TRAP) zur Untersuchung der Arabidopsis thaliana Wurzelentwicklung in einer zelltypspezifischen Skala

Die Machbarkeit und Effektivität von Hochdurchsatz-scRNA-seq-Methoden läutet eine Einzelzell-Ära in der Pflanzenforschung ein. Hier wird ein robustes und vollständiges Verfahren zur Isolierung spezifischer Arabidopsis thaliana-Wurzelzelltypen und zum anschließenden Aufbau und zur Analyse von Transkriptombibliotheken vorgestellt.

Isolierung und Transkriptomanalyse pflanzlicher Zelltypen

Dieses Protokoll beschreibt eine optimierte Methode zur Isolierung extrazellulärer Vesikel (EVs) aus Arabidopsis-thaliana-Blättern , um nachgelagerte molekulare und funktionelle Analysen zu unterstützen.

Isolierung und Reinigung von extrazellulären Pflanzenvesikeln aus Arabidopsis-Blättern mit einer optimierten apoplastischen Waschabnahmemethode

Lernen Sie die Isolierung extrazellulärer RNA aus Blattoberfläche und Apoplast von Arabidopsis mit hochauflösender Elektrophorese und Sequenzierung. Diese Methode ermöglicht die Untersuchung von RNA-Dynamik unter biotischem Stress.

Eine schrittweise Anleitung zur Isolierung und Analyse von Blattoberfläche und apoplastischer RNA mit Hilfe von Arabidopsis-Rosetten (Video) | JoVE Journal

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