Name: Ganzgenom-Deoxyribonukleinsäureextraktion aus Mycobacterium-Arten mittels der Cetyltrimethylammoniumbromid-Technik (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-12T12:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 46 s
Description: Lernen Sie die CTAB-Methode zur Ganzgenom-DNA-Extraktion aus Mycobacterium-Arten. Diese Technik liefert hochreine DNA für genetische Charakterisierung und molekulare Analysen.

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<ol><li>FBouso, J. M., Planet, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+non-tuberculous+mycobacteria+whole+genomes+using+an+optimized+DNA+extraction+protocol+for+long-read+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Complete non-tuberculous mycobacteria whole genomes using an optimized DNA extraction protocol for long-read sequencing.</a> BMC Genomics. 20 (1), 793(2019).</li>
<li>Daffé, M., Marrakchi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+structure+of+the+mycobacterial+envelope%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Unraveling the structure of the mycobacterial envelope.</a> Microbiol Spectr. 7 (4), 7.4.1(2019).</li>
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<li>Van Soolingen, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Occurrence+and+stability+of+insertion+sequences+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+strains%3A+Evaluation+of+an+insertion+sequence-dependent+DNA+polymorphism+as+a+tool+in+the+epidemiology+of+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Occurrence and stability of insertion sequences in Mycobacterium tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis.</a> J Clin Microbiol. 29 (11), 2578-2586 (1991).</li>
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<li>Warren, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Safe+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+extraction+method+that+does+not+compromise+integrity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Safe Mycobacterium tuberculosis DNA extraction method that does not compromise integrity.</a> J Clin Microbiol. 44 (1), 254-256 (2006).</li>
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<li>Arslan, N., Demiray-Gurbuz, E., Ozkutuk, N., Esen, N., Özkütük, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+four+different+DNA+isolation+methods+from+MGIT+culture+for+long-read+whole+genome+sequencing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Jundishapur+J+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of four different DNA isolation methods from MGIT culture for long-read whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis.</a> Jundishapur J Microbiol. 17 (9), e148070(2024).</li>
<li>Opperman, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mycobacterium+avium+DNA+extraction%3A+Implications+for+NTM+identification+and+amplicon+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22South+Afr+J+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Mycobacterium avium DNA extraction: Implications for NTM identification and amplicon sequencing.</a> South Afr J Infect Dis. 40 (1), 5(2025).</li>
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<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Droplet-based+whole+genome+amplification+for+sequencing+minute+amounts+of+purified+Mycobacterium+tuberculosis+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Droplet-based whole genome amplification for sequencing minute amounts of purified Mycobacterium tuberculosis DNA.</a> Sci Rep. 14, 9931(2024).</li>
<li>Doig, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat-killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat-killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Li, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+systematic+investigation+of+key+factors+of+nucleic+acid+precipitation+toward+optimized+DNA%2FRNA+isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">A systematic investigation of key factors of nucleic acid precipitation toward optimized DNA/RNA isolation.</a> Biotechniques. 68 (4), 191-199 (2020).</li>
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<li>Van Soolingen, D., Hermans, P. W., De Haas, P. E., Van Embden, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insertion+element+IS1081-associated+restriction+fragment+length+polymorphisms+in+Mycobacterium+tuberculosis+complex+species%3A+A+reliable+tool+for+recognizing+Mycobacterium+bovis+BCG%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Insertion element IS1081-associated restriction fragment length polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis complex species: A reliable tool for recognizing Mycobacterium bovis BCG.</a> J Clin Microbiol. 30 (7), 1772-1777 (1992).</li>
<li>Doig, C., Seagar, A. L., Watt, B., Forbes, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+efficacy+of+the+heat+killing+of+Mycobacterium+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Pathol%22%5BJournal%5D)">The efficacy of the heat killing of Mycobacterium tuberculosis.</a> J Clin Pathol. 55 (10), 778-779 (2002).</li>
<li>Dippenaar, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+potential+of+Oxford+Nanopore+Technologies+sequencing+for+Mycobacterium+tuberculosis+sequencing%3A+An+assessment+of+R10+flowcells+and+V14+chemistry%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">Exploring the potential of Oxford Nanopore Technologies sequencing for Mycobacterium tuberculosis sequencing: An assessment of R10 flowcells and V14 chemistry.</a> PLOS ONE. 19 (6), e0303938(2024).</li>
<li>Chang, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+DNA+sequencing+to+quantify+Mycobacterium+tuberculosis+DNA+and+diagnose+tuberculosis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Metagenomic DNA sequencing to quantify Mycobacterium tuberculosis DNA and diagnose tuberculosis.</a> Sci Rep. 12, 16972(2022).</li>
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<li>Marshall, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+of+isolation+and+identification+of+non-tuberculous+mycobacteria+from+environmental+samples%3A+A+scoping+review%5BTitle%5D)+AND+%22Tuberculosis%22%5BJournal%5D)">Methods of isolation and identification of non-tuberculous mycobacteria from environmental samples: A scoping review.</a> Tuberculosis. 138, 102291(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1-mL-Pipettenspitzen</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 & Mikro; L-Pipettenspitzen</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 % Natriumdodecylsulfat (SDS)</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>71736-100 ML</td><td></td></tr><tr><td>15-mL-Polypropylenrohre</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2-ml-Röhrchen und 1,5-ml-Röhrchen</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>200 & Mikro; L-Pipettenspitzen</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2-PROPANOL, BIOREAGENZ, FÜR MOLEKULARE B&</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>I9516-1L&nbsp;</td><td>Kaufen Sie in -20 °C; C</td></tr><tr><td>37 Grad; C-Inkubator</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>S6546 - 100 ML</td><td></td></tr><tr><td>65 Grad; C-Inkubator</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Agarosegel</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bio-Rad UV-Gel-Dokumentationssystem,</td><td>BioRad</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Zentrifuge (für 15-ml-Röhren oder 50 ml) und Mikrofuge (für 2-ml-Röhren)</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CHLOROFORM ZUR ANALYSE EMPARTA&reg; ACS</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>1070242500</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform/Isoamylalkohol (24:1)</td><td></td><td></td><td>In einer Abzughaube 384 ml Chloroform und 16 ml Isoamylalkohol mischen</td></tr><tr><td>CTAB/NaCl-Lösung</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>52370-100 G</td><td>4,1 g NaCl in 80 ml destilliertem Wasser auflösen. Beim Rühren 10 g CTAB hinzufügen. Wärmelösung in 65°F; C-Inkubator. Stell das Volumen mit destilliertem Wasser auf 100 ml ein. Lagere bis zu 6 Monate bei Zimmertemperatur.</td></tr><tr><td>DNA 1 Kb Leiter</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ETHYLALKOHOL, REIN, 200 PROOF, FÜR MOL&</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>E7023-500ML</td><td>Mische 75 ml Absolute Ethanol und 25 ml destilliertes Wasser</td></tr><tr><td>Lysozym (10 mg/ml)</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>10837059001</td><td>Rekonstituierte das lyophilisierte Lysozym (auf Zimmertemperatur gebracht) mit destilliertem Wasser auf 10 mg/ml</td></tr><tr><td>Middlebrook 7H9 Medien</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>M0178</td><td>Folgen Sie den Herstellerrichtlinien zur Herstellung des flüssigen Mediums</td></tr><tr><td>MIDDLEBROOK OADC ANREICHERUNG 6 x 100 ml F&nbsp;</td><td>BD</td><td>212240</td><td></td></tr><tr><td>Mycobacteria Growth Indicator Tube (MGIT)-Medien</td><td>BD</td><td>245122</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop-System</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P10-Pipette</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P1000-Pipette</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P200-Pipette</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K, Recomb, PCR grd 2x250mg&nbsp;</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>3115801001</td><td>Rekonstituierte das Fläschchen der lyophilisierten Proteinase K mit destilliertem Wasser auf 10 mg/ml. Aliquots in 2-ml-Röhrchen bei -20 °C einfrieren; C</td></tr><tr><td>SYBR-sicher</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tris/EDTA (TE) Puffer pH 8,0</td><td>Merck (Sigma-Aldrich)</td><td>8890-OP oder 382499997</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>Jeder Anbieter</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

ganzgenom-deoxyribonukleinsäureextraktion aus mycobacterium-arten mittels der cetyltrimethylammoniumbromid-technik

Whole-Genome Deoxyribonucleic Acid Extraction from Mycobacterium Species via the Cetyltrimethylammonium Bromide Technique

Ganzgenom-Deoxyribonukleinsäureextraktion aus Mycobacterium-Arten mittels der Cetyltrimethylammoniumbromid-Technik

Efficient and reliable DNA extraction is a fundamental step in molecular biology, providing high-quality genetic material for downstream applications such ...

whole-genome-deoxyribonucleic-acid-extraction-from-mycobacterium

Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Wir beschreiben ein Verfahren zur Gewinnung von hohem Molekulargewicht von genomischer DNA aus planktonischen Biomasse auf 0,22 um Sterivex Filter, durch Cäsiumchlorid-Dichtegradientenzentrifugation zur Reinigung folgte konzentriert.

DNA-Extraktion von 0,22 pM Sterivex Filter und Cäsiumchlorid-Dichtegradientenzentrifugation

Eine Methodik, um mit hohem Molekulargewicht und hoher Qualität genomischer DNA aus mikrobiellen Gemeinschaft zu isolieren beschrieben.

Extraktion von High Molecular Weight genomischer DNA aus Böden und Sedimenten

Dieses Video zeigt das Protokoll für die DNA-Extraktion aus Formalin-fixierten Paraffin-eingebetteten Material. Dies ist eine mehrtägige Prozedur, in der Gewebeschnitte werden deparaffinierten mit Xylol, rehydriert mit Ethanol und mit Proteinase K zu reinigen und zu isolieren DNA für die nachfolgende Gen-spezifischen oder genomweite Analyse.

DNA-Extraktion aus in Paraffin eingebettete Material für genetische und epigenetische Analysen

Wir bieten ein verbessertes Protokoll zur Extraktion von DNA mit hohem Molekulargewicht aus hypersaline mikrobielle Matten. Mikrobielle Zellen sind von der Matte Matrix vor der DNA-Extraktion und Reinigung getrennt. Dies erhöht die Konzentration, Qualität und Größe der DNA. Das Protokoll kann für andere feuerfeste Proben verwendet werden.

Extraktion von DNA mit hohem Molekulargewicht von mikrobiellen Matten

Probenvorbereitung von<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; Extrakte für Nuclear Magnetic Resonance Metabolomic Studies

Hier präsentieren wir einen neuen Ansatz zur Identifizierung von Pflanzenviren mit Doppel-Strang DNA Genom. Wir verwenden standard-Methoden zu extrahieren von DNA und RNA aus den infizierten Blättern und Next Generation Sequencing durchzuführen. Bioinformatische Werkzeuge montieren Sequenzen in Contigs, Contigs Vertretung Virus Genome zu identifizieren und Genome taxonomischen Gruppen zuweisen.

Kombination von Analyse von DNA in eine grobe Virion-Extraktion mit der Analyse der RNA aus den infizierten Blättern, entdecken neue Virus-Genom

Hier wird ein DNA-Extraktionsprotokoll mit magnetischen Perlen beschrieben, um qualitativ hochwertige DNA-Extraktionen aus Moskitos herzustellen. Diese Extraktionen eignen sich für einen nachgelagerten Next-Generation-Sequencing-Ansatz.

Ein magnetperlenbasiertes Moskito-DNA-Extraktionsprotokoll für die Sequenzierung der nächsten Generation

Wir stellen den Prozess der Isolierung, Vermehrung und Charakterisierung von Kohlenwasserstoff-abbauenden Bakterien aus aquatischen Lebensräumen vor. Das Protokoll beschreibt die Isolierung von Bakterien, die Identifizierung mit der 16S-rRNA-Methode und die Prüfung ihres Kohlenwasserstoffabbaupotenzials. Dieser Artikel würde Forschern helfen, die mikrobielle Biodiversität in Umweltproben zu charakterisieren und insbesondere nach Mikroben mit Bioremediationspotenzial zu suchen.

Isolierung, Vermehrung und Identifizierung von Bakterienarten mit kohlenwasserstoffmetabolisierenden Eigenschaften aus aquatischen Lebensräumen

Dieses Protokoll zeigt, dass das Bead-Beating in Kombination mit der DNA-Capture-Bead-Reinigung eine schnelle und konsistente Methode zur Extraktion von DNA aus Mycobacterium tuberculosis-Proben bietet, was es zu einer effektiven Wahl für Next-Generation-Sequencing-Anwendungen macht.

Extraktion mykobakterieller DNA mittels Bead-Beating in kundenspezifischem Puffer, gefolgt von NGS-Workflow

Wir stellen eine optimierte Methode zur DNA-Extraktion aus dekontaminiertem Sputum vor, bei der eine matrixbasierte Extraktionsmethode in Kombination mit einer magnetischen Bead-Aufreinigung für die nachgelagerte gezielte Next-Generation-Sequenzierung von Mycobacterium tuberculosis verwendet wird.

Matrixbasierte DNA-Extraktion für gezieltes Next-Generation-Sequencing an dekontaminierten Sputumproben

Hier stellen wir eine DNA-Microarray-Chip-Methode zur Identifizierung von Mycobacterium-Spezies vor, die die diagnostische Genauigkeit und Effizienz verwandter Krankheiten für den klinischen Einsatz verbessern wird.

Identifizierung von Mycobacterium-Spezies mittels DNA-Microarray-Chip-Methode

Lernen Sie die CTAB-Methode zur Ganzgenom-DNA-Extraktion aus Mycobacterium-Arten. Diese Technik liefert hochreine DNA für genetische Charakterisierung und molekulare Analysen.

Ganzgenom-Deoxyribonukleinsäureextraktion aus Mycobacterium-Arten mittels der Cetyltrimethylammoniumbromid-Technik

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