Name: Extraktion von Histonen aus klinischen Proben für epigenetische Profilierung mittels Massenspektrometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: Lernen Sie die effiziente Histon-Extraktion aus klinischen Proben für epigenetische Profilierung mittels Massenspektrometrie. Diese Methode ermöglicht die Quantifizierung von bis zu 50 Histon-PTMs aus nur 1000 Zellen für Biomarker-Entdeckung.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td><stark>Chemikalien</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Histolemon RS für Histologie</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Acetonitril (ACN)</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>Ammoniumbicarbonat (AmBic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Ammoniumpersulphat (APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Aprotinin-Proteaseinhibitor</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Benzonase-Nuklease</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>Bisacrylamid 30 % 37,5 m</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Puffer A 0,1 % Ameisensäure in ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10229884</td><td>500 mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Puffer B 0,1 % Ameisensäure /80 % Acetonitril in ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>C18-Harz</td><td>Merck</td><td>66883-U</td><td>47 mm Durchmesser</td></tr><tr><td>Coomassie Instant Blue</td><td>Abcam</td><td>ab119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Dithiotreitol (DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Leupeptin&nbsp; Proteaseinhibitor</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime;,N&prime;-Tetramethylethylendiamin (TEMED)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>NuPAGE LDS-Samplepuffer</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS – Phosphatgepufferte Kochsalzlösung &nbsp;</td><td>MicroGem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Phenil-Isocyanat (PIC)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Phenylmethylsulfonylfluorid (PMSF)-Proteaseinhibitor</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>Propionanhydrid (PRO)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>Rekombinanter Histon H3.1 Mensch</td><td>New England Biolabs</td><td>M2503</td><td>1 & Mikro; g/&micro; L</td></tr><tr><td>Sequencing-Grade Trypsin</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 μg</td></tr><tr><td>Natriumbutyrat (NaBut) Histondeacetlyase-Inhibitor</td><td>Merck</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfat (SDS)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Triethylammoniumbicarbonat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Trifluoressigsäure (TFA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28904</td><td>1x10mL</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Triton X-100 Waschmittel</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td><stark>Kits/ Ausrüstung/Software</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>96-Bohrloch-Mikroplatten</td><td>Corning</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>Nicht-pyrogen, frei von Rnase/Dnase</td></tr><tr><td>Gleichgewicht</td><td>Kern</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>Tischzentrifuge</td><td>Hareus Biofuge Labor</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor-Sonikationsgerät</td><td>Diagenode</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Branson Digital Sonifier 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Zellsieb 100 & Mikro; m</td><td>Falke</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>Konzentrator Plus</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Dounce-Homogenisator (z.B. &nbsp; Dounce, Wheaton...)</td><td>Spring, Wheaton</td><td></td><td>1 mL Tissue Grinder</td></tr><tr><td>EASY-nLC 1200 Flüssigchromatographie</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EASY-Spray HPLC C18 Säule</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES902</td><td>2 & Mikro; m, 100&nbsp; &Aring;, 75 &Micro; m x 25 cm</td></tr><tr><td>EpiProfile2.0-Skript</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fidschi-Software</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MaxQuant-Suchmaschine</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel A (locker)</td><td>Spring, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B (eng)</td><td>Spring, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Orbitrap LC-MS/MS System</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rotierendes Rad</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>Skalpell</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>Schere</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>Versiegelungsmatte</td><td>Corning</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>Automatisierungskompatibel</td></tr><tr><td>Ausschwenkrotor-Zentrifuge</td><td>Beckman Coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Thermomixer-Kompakt</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>Wirbel</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur-Software</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

extraktion von histonen aus klinischen proben für epigenetische profilierung mittels massenspektrometrie

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Extraktion von Histonen aus klinischen Proben für epigenetische Profilierung mittels Massenspektrometrie

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

extraction-histones-from-clinical-specimens-for-epigenetic-profiling

Research

Forschung

JoVE Journal

Cancer Research

Krebsforschung

Durch die Kombination von nativen und Vernetzungs Chromatinimmunpräzipitation mit hochauflösender Massenspektrometrie ermöglicht ChroP Ansatz, um die Verbund Proteom-Architektur der Histon-Modifikationen, Varianten und Nicht-Histon-Proteine ​​synergizing bei funktionell unterschiedlichen Chromatindomänen sezieren.

Der Ansatz kombiniert ChroP ChIP und Massenspektrometrie zu sezieren Locus-spezifische Proteomik Landschaften des Chromatin

Dieses Protokoll beschreibt einen voll integrierten Workflow für die Charakterisierung von Histon-post-translationale Modifikationen mittels Massenspektrometrie (MS). Der Workflow umfasst Histon-Reinigung aus Zellkulturen oder Geweben, Histon-Derivatisierung und Verdauung, MS-Analyse unter Verwendung von Nano-Flow-Flüssigkeitschromatographie und Anweisungen für die Datenanalyse. 3 Tage - Das Protokoll wird innerhalb von 2 für die Fertigstellung konzipiert.

Komplette Workflow zur Analyse von Histon-post-translationale Modifikationen Mit Bottom-up-Massenspektrometrie: Von Histone Extraktion in Datenanalyse

Der Zweck dieses Artikels ist es, eine umfassende, systematische Leitfaden für die effiziente Reinigung der Histone H3 und H4 und die Quantifizierung von Schimmelpilzschäden Histon-Rückständen.

Reinigung des H3 und H4-Histon-Proteine und die Quantifizierung der acetylierte Histone Noten in Zellen und Hirngewebe

Das Protokoll wurde entwickelt, um intakte Histone effektiv aus Sorghumblattmaterialien für die Profilierung von histonenposttranslationalen Modifikationen zu extrahieren, die als potenzielle epigenetische Marker dienen können, um die Konstruktion von dürreresistenten Kulturen zu unterstützen.

Isolierung von Histon von Sorghum Blattgewebe für Top Down Mass Spektrometrie Profilierung von potenziellen epigenetischen Markern

Dieses Protokoll beschreibt, wie ein dreidimensionales Zellkultursystem verwendet werden kann, um Chromatinmodifikationen in einem nahezu physiologischen Zustand zu modellieren, zu behandeln und zu analysieren.

Globale Quantifizierung von posttranslationalen Histonmodifikationen in einem 3D-Zellkulturmodell von Lebergewebe

Ein analytischer Arbeitsablauf, der auf Flüssigkeitschromatographie, Mobilitätsspektrometrie mit gefangenen Ionen und Flugzeit-Massenspektrometrie (LC-TIMS-ToF MS/MS) basiert, für eine hochzuverlässige und hochgradig reproduzierbare "Bottom-up"-Analyse von Histonmodifikationen und -identifizierung basierend auf Hauptparametern (Retentionszeit [RT], Kollisionsquerschnitt [CCS] und genaues Masse-zu-Ladungs-Verhältnis [m/z]).

Histonmodifikations-Screening mittels Flüssigkeitschromatographie, Ionenmobilitätsspektrometrie und Flugzeit-Massenspektrometrie

Diese Methode beschreibt eine einfache und schnelle Strategie zur Charakterisierung und Untersuchung von Histon-Proteoformen.

Enthüllung von Histon-Proteoformen mit 2D-TAU-Gelelektrophorese

Hier präsentieren wir ein Protokoll zur Automatisierung der posttranslationalen Analyse einzelzelliger Histon-Modifikationen unter Verwendung einer isotopischen Zweiplex-Markierungsstrategie und der ArgC-Verdauung. Dieser Workflow ermöglicht quantitative, reproduzierbare und hochsensible Profilierung der Chromatinheterogenität und epigenetischen Antworten bei Einzelzellauflösung.

Automatisierte Probenvorbereitung für die multiplexierte Analyse einzelzelliger Histon-Posttranslationalen Modifikationen (sc-hPTM2)

Hier präsentieren wir Ihnen eine zweidimensionale Gelelektrophorese (2DE) gekoppelt mit Massenspektrometrie (MS) zu trennen und menschlichen Hypophysen Adenom Gewebe Proteom, stellt eine gute und reproduzierbare 2DE Muster identifizieren. Viele Proteine werden in jedem 2DE Fleck beobachtet, bei der Analyse von komplexen Krebs Proteome mit dem Einsatz von hochempfindlichen MS.

Zweidimensionaler Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie Methoden für eine Analyse der menschlichen Hypophyse Adenom Gewebe Proteom

Erhalten qualitativ hochwertige genomischen DNA von Tumorgewebe ist ein wichtiger erster Schritt für die Analyse von genetischer Veränderungen, die Sequenzierung der nächsten Generation. In diesem Artikel präsentieren wir Ihnen eine einfache und schnelle Methode, um Tumorzellen zu bereichern und intakte DNA von Touch Impressum Zytologische Proben erhalten.

Einfache und schnelle Methode, um qualitativ hochwertige Tumor DNA von klinischen pathologischen Proben mit Touch Impressum Zytologie zu erhalten

Lernen Sie die effiziente Histon-Extraktion aus klinischen Proben für epigenetische Profilierung mittels Massenspektrometrie. Diese Methode ermöglicht die Quantifizierung von bis zu 50 Histon-PTMs aus nur 1000 Zellen für Biomarker-Entdeckung.

Extraktion von Histonen aus klinischen Proben für epigenetische Profilierung mittels Massenspektrometrie

Weitere Videos entdecken