EasyFiji: Eine grafische Oberfläche für benutzerfreundliche Fluoreszenzbildverarbeitung in Fiji

Wenn du Fiji jemals benutzt, weißt du, wie mächtig es ist und wie schnell du dich in all diesen Menüs und Einstellungen verlieren kannst. EasyFiji nimmt der Bildverarbeitung den Stress mit einfachen Tasten, Reglern und intelligenten Werkzeugen, die einfach funktionieren. Es ist Fiji, aber freundlich.

Der empfohlene Weg, EasyFiji zu installieren, ist über die Fiji Update Site. Klicken Sie einfach auf Hilfe, aktualisieren, klicken Sie auf Seite verwalten aktualisieren und geben Sie EasyFiji ein. Denken Sie daran, darauf zu klicken und auf Apply und Schließen zu klicken.

Ändere dich und starte dann EasyFiji neu. Fortgeschrittene Nutzer konnten die JAR-Dateien auch von der GitHub-Webseite herunterladen. Für die Farbkanalanpassung können wir beliebige Mehrkanalbilder öffnen, und mit dem Kanalfarben-Tab können wir hier verschiedene Nachschlagetabellen auswählen.

Wir können rot, grün, blau, extra wählen oder den schwarzen, um den spezifischen Kanal zu deaktivieren. Wir können alle Kanäle verwenden, um alle Kanalfarben anzuzeigen, oder wir können jeden Kanal nur für einen bestimmten Kanal verwenden. Für die Gain-Schieberegler können wir die Bilder heller machen.

Wenn das Bild zu dunkel ist, können wir es heller machen. Und für den Offset können wir die minimale Intensität des Bildes einstellen. Wir können also alle Kanalfarben oder nur bestimmte Kanäle anpassen.

Für die Kanalansicht öffnen Sie das interessante Bild. Das hier ist ein Mehrkanal-Bild. Jeder einzelne Kanal hat also unterschiedliche Intensitäten und einen anderen Ort.

Für den Colocalization-Button erzeugt er die RGB-Bilder mithilfe von zwei Kanälen. Er hebt Bereiche hervor, in denen beide Kanäle ähnliche Intensitäten haben, indem diese Pixel in Gelb angezeigt werden. Die FFMerge-Taste kombiniert außerdem zwei Kanäle zu einem RGB-Display, jedoch auf andere Weise.

Hier bleibt jeder Kanal gleichermaßen sichtbar. Dadurch lassen sich überlappende Regionen leichter interpretieren, ohne die Kanalbalance zu verlieren. Die FGMerge-Taste überlagert einen oder mehrere Kanäle auf einen grünen Tonleiterkanal.

Es ist nützlich bei der Kombination mit Grünstufenbildern wie DIC oder EM. Kanäle werden durch die Grünskalen-Kanalgröße erhalten, der Gesamtkontrast kann zu einer deutlich besseren Bildqualität führen. Hier sind weitere Beispielbilder mit FGMerge. Für die Stack-Ansichten bietet das EasyFiji-Plugin Funktionen wie maximale Intensitätsprojektion, orthogonale Schnittansichten und den Kymographen.

Bildverarbeitungs-Reiter. Öffne ein Bild, klicke auf die Aufnahme-Taste, um die Aufnahme zu starten. Die Glattfunktion wendet eine Gaußsche Unschärfe an, die Denoise-Funktion einen Medianfilter, die Schärfungstaste setzt eine 2D-Unschärfermaske an, und der Motivhintergrund verwendet den Rolling-Ball-Signal-Rolling-Ball-Algorithmus zum Entfernen des Hintergrunds.

Und die angewandte Lookup-Tabelle ändert die Verstärkung und den Offset, wie im Anzeigepanel angegeben. Hier konnten wir sehen, dass nach Anwendung dieses Verarbeitungsbefehls die Bildqualität viel besser wurde. Hier zeige ich ein Beispiel für die Verwendung des Local Correction-Buttons, um einen Korrekturfaktor anzuwenden, sodass die mittlere Intensität jedes Bildes lokal zum Wert der Passkurve wird.

Lokale und globale Korrektur können sequentiell auf denselben Datensatz angewendet werden. Hier wird das Intensitätsprofil vor und nach der Korrektur des Bleichmittels angezeigt. Wir konnten sehen, dass das Signal korrigiert wurde.

Hier zeigen wir verschiedene Sparoptionen. Das Speicherfeld ist für einen Nicht-Experten für die Auswahl des passenden Dateiformats für seinen Gebrauch ausgerichtet. Wir können die Bilder als Rohdatensatz speichern.

Es enthält alle Bildinformationen. Wir können als JPEG für die Präsentation speichern oder die Bilder im PNJ-Format. Und wir können den Bildstapel auch als Filme speichern.

Das Bildinformationspanel, dieses Panel, zeigt herstellerspezifische Erfassungsmetadaten auf menschlich lesbare Weise für die so aufgenommenen Bilder. Nach diesem Video sollten Sie ein gutes Verständnis dafür haben, wie man dieses Plugin zur Visualisierung und Verarbeitung biomedizinischer Bilder verwendet. Unser Ziel bei der Entwicklung von EasyFiji ist es, die Bildanalyse für Lebenswissenschaftler einfacher, schneller und zugänglicher zu machen.

Egal, ob Sie Kontraste kartieren, Filter anwenden oder Bildmetadaten erkunden – EasyFiji sorgt dafür, dass Ihre Arbeit mit Fiji reibungsloser und angenehmer wird.