Name: Bestimmung der mikrobiellen Biomasse im Boden mittels Digital Droplet PCR (ddPCR) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-24T14:20:00.000+00:00
Duration: 7 min 46 s
Description: Erfahren Sie die Quantifizierung mikrobieller Biomasse im Boden mittels Digital Droplet PCR. Diese Methode ermöglicht die absolute Bestimmung von 16S- und 18S-rRNA-Genkopien sowie die Berechnung des mikrobiellen Biomassekohlenstoffs in verschiedenen Bodentypen.

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<ol><li>Jobbágy, E. G., Jackson, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+vertical+distribution+of+soil+organic+carbon+and+its+relation+to+climate+and+vegetation%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol+Appl%22%5BJournal%5D)">The vertical distribution of soil organic carbon and its relation to climate and vegetation.</a> Ecol Appl. 10 (2), 423-436 (2000).</li>
<li>Sanderman, J., Hengl, T., Fiske, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Soil+carbon+debt+of+12%2C000+years+of+human+land+use%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Soil carbon debt of 12,000 years of human land use.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 114 (36), 9575-9580 (2017).</li>
<li>He, Y., Li, J., Siemann, E., Li, B., Xu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+invasion+increases+soil+microbial+biomass+carbon%3A+meta-analysis+and+empirical+tests%5BTitle%5D)+AND+%22Glob+Change+Biol%22%5BJournal%5D)">Plant invasion increases soil microbial biomass carbon: meta-analysis and empirical tests.</a> Glob Change Biol. 31 (3), e70109(2025).</li>
<li>de Menezes, A. B., Richardson, A. E., Thrall, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Linking+fungal-bacterial+co-occurrences+to+soil+ecosystem+function%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Linking fungal-bacterial co-occurrences to soil ecosystem function.</a> Curr Opin Microbiol. 37, 135-141 (2017).</li>
<li>Wang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ddPCR+surpasses+classical+qPCR+technology+in+quantitating+bacteria+and+fungi+in+the+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">ddPCR surpasses classical qPCR technology in quantitating bacteria and fungi in the environment.</a> Mol Ecol Resour. 22 (7), 2587-2598 (2022).</li>
<li>Djemiel, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biogeographical+patterns+of+the+soil+fungal%3Abacterial+ratio+across+France%5BTitle%5D)+AND+%22mSphere%22%5BJournal%5D)">Biogeographical patterns of the soil fungal:bacterial ratio across France.</a> mSphere. 8 (5), e0036523(2023).</li>
<li>Bailey, V. L., Smith, J. L., Bolton, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungal-to-bacterial+ratios+in+soils+investigated+for+enhanced+C+sequestration%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Fungal-to-bacterial ratios in soils investigated for enhanced C sequestration.</a> Soil Biol Biochem. 34 (7), 997-1007 (2002).</li>
<li>Vance, E. D., Brookes, P. C., Jenkinson, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+biomass+measurements+in+forest+soils%3A+the+use+of+the+chloroform+fumigation-incubation+method+in+strongly+acid+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Microbial biomass measurements in forest soils: the use of the chloroform fumigation-incubation method in strongly acid soils.</a> Soil Biol Biochem. 19 (6), 697-702 (1987).</li>
<li>Frostegård, Å, Bååth, E., Tunlio, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shifts+in+the+structure+of+soil+microbial+communities+in+limed+forests+as+revealed+by+phospholipid+fatty+acid+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Shifts in the structure of soil microbial communities in limed forests as revealed by phospholipid fatty acid analysis.</a> Soil Biol Biochem. 25 (6), 723-730 (1993).</li>
<li>Cao, Z., Li, D., Han, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+fungal+to+bacterial+ratio+in+soil+food+webs%2C+and+its+measurement%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Ecol+Sin%22%5BJournal%5D)">The fungal to bacterial ratio in soil food webs, and its measurement.</a> Acta Ecol Sin. 31 (20), 6050-6058 (2011).</li>
<li>Frossard, A., Hammes, F., Gessner, M. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flow+cytometric+assessment+of+bacterial+abundance+in+soils%2C+sediments+and+sludge%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Flow cytometric assessment of bacterial abundance in soils, sediments and sludge.</a> Front Microbiol. 7, 903(2016).</li>
<li>Joergensen, R. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+hitchhiker%E2%80%99s+guide%3A+Estimates+of+microbial+biomass+and+microbial+gene+abundance+in+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Fertil+Soils%22%5BJournal%5D)">A hitchhiker’s guide: Estimates of microbial biomass and microbial gene abundance in soil.</a> Biol Fertil Soils. 60 (4), 457-470 (2024).</li>
<li>Fierer, N., Wood, S. A., Bueno de Mesquita, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+microbes+can%2C+and+cannot%2C+be+used+to+assess+soil+health%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">How microbes can, and cannot, be used to assess soil health.</a> Soil Biol Biochem. 153, 108111(2021).</li>
<li>Laine, M. B., Taipale, S. J., Tiirola, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+methods+for+assessing+fungi-to-bacteria+ratio+of+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Fertil+Soils%22%5BJournal%5D)">Comparison of methods for assessing fungi-to-bacteria ratio of soil.</a> Biol Fertil Soils. 61 (5), 941-954 (2025).</li>
<li>De Filippis, F., Laiola, M., Blaiotta, G., Ercolini, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Different+amplicon+targets+for+sequencing-based+studies+of+fungal+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Different amplicon targets for sequencing-based studies of fungal diversity.</a> Appl Environ Microbiol. 83 (17), e00905-e00917 (2017).</li>
<li>Liu, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FungiQuant%3A+A+broad-coverage+fungal+quantitative+real-time+PCR+assay%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">FungiQuant: A broad-coverage fungal quantitative real-time PCR assay.</a> BMC Microbiol. 12, 255(2012).</li>
<li>Lofgren, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-based+estimates+of+fungal+rDNA+copy+number+variation+across+phylogenetic+scales+and+ecological+lifestyles%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Genome-based estimates of fungal rDNA copy number variation across phylogenetic scales and ecological lifestyles.</a> Mol Ecol. 28 (4), 721-730 (2019).</li>
<li>Angly, F. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((W.+CopyRighter%3A+A+rapid+tool+for+improving+the+accuracy+of+microbial+community+profiles+through+lineage-specific+gene+copy+number+correction%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">W. CopyRighter: A rapid tool for improving the accuracy of microbial community profiles through lineage-specific gene copy number correction.</a> Microbiome. 2 (1), 11(2014).</li>
<li>Kembel, S. W., Wu, M., Eisen, J. A., Green, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incorporating+16S+gene+copy+number+information+improves+estimates+of+microbial+diversity+and+abundance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Incorporating 16S gene copy number information improves estimates of microbial diversity and abundance.</a> PLoS Comput Biol. 8 (10), e1002743(2012).</li>
<li>Pan, P., Gu, Y., Sun, D. L., Wu, Q. L., Zhou, N. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+diversity+biased+estimation+caused+by+intragenomic+heterogeneity+and+interspecific+conservation+of+16S+rRNA+genes%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial diversity biased estimation caused by intragenomic heterogeneity and interspecific conservation of 16S rRNA genes.</a> Appl Environ Microbiol. 89 (5), e0210822(2023).</li>
<li>Chacón-Vargas, K., Torres, J., Giles-Gómez, M., Escalante, A., Gibbons, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+profiling+of+bacterial+and+fungal+communities+and+their+predictive+functionality+during+pulque+fermentation+by+whole-genome+shotgun+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Genomic profiling of bacterial and fungal communities and their predictive functionality during pulque fermentation by whole-genome shotgun sequencing.</a> Sci Rep. 10 (1), 15115(2020).</li>
<li>Bahram, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+assessment+of+the+global+diversity+and+distribution+of+bacteria+and+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Metagenomic assessment of the global diversity and distribution of bacteria and fungi.</a> Environ Microbiol. 23 (1), 316-326 (2021).</li>
<li>Smith, C. J., Osborn, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advantages+and+limitations+of+quantitative+PCR+%28Q-PCR%29-based+approaches+in+microbial+ecology%3A+Application+of+Q-PCR+in+microbial+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Advantages and limitations of quantitative PCR (Q-PCR)-based approaches in microbial ecology: Application of Q-PCR in microbial ecology.</a> FEMS Microbiol Ecol. 67 (1), 6-20 (2009).</li>
<li>Hindson, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+droplet+digital+PCR+system+for+absolute+quantitation+of+DNA+copy+number%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">High-throughput droplet digital PCR system for absolute quantitation of DNA copy number.</a> Anal Chem. 83 (22), 8604-8610 (2011).</li>
<li>Le Geay, M., Mayers, K., Küttim, M., Lauga, B., Jassey, V. E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+digital+droplet+PCR+approach+for+the+quantification+of+soil+micro-organisms+involved+in+atmospheric+CO2+fixation%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Development of a digital droplet PCR approach for the quantification of soil micro-organisms involved in atmospheric CO2 fixation.</a> Environ Microbiol. 26 (6), e16666(2024).</li>
<li>Hansen, P. M., Semenova-Nelsen, T. A., Platt, W. J., Sikes, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recurrent+fires+do+not+affect+the+abundance+of+soil+fungi+in+a+frequently+burned+pine+savanna%5BTitle%5D)+AND+%22Fungal+Ecol%22%5BJournal%5D)">Recurrent fires do not affect the abundance of soil fungi in a frequently burned pine savanna.</a> Fungal Ecol. 42, 100852(2019).</li>
<li>Ovreås, L., Forney, L., Daae, F. L., Torsvik, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distribution+of+bacterioplankton+in+meromictic+Lake+Saelenvannet%2C+as+determined+by+denaturing+gradient+gel+electrophoresis+of+PCR-amplified+gene+fragments+coding+for+16S+rRNA%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Distribution of bacterioplankton in meromictic Lake Saelenvannet, as determined by denaturing gradient gel electrophoresis of PCR-amplified gene fragments coding for 16S rRNA.</a> Appl Environ Microbiol. 63 (9), 3367-3373 (1997).</li>
<li>Whitman, W. B., Coleman, D. C., Wiebe, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prokaryotes%3A+The+unseen+majority%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Prokaryotes: The unseen majority.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (12), 6578-6583 (1998).</li>
<li>Cheng, J. Y. W., Chan, C. K., Lee, C. T., Lau, A. P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbon+content+of+common+airborne+fungal+species+and+fungal+contribution+to+aerosol+organic+carbon+in+a+subtropical+city%5BTitle%5D)+AND+%22Atmos+Environ%22%5BJournal%5D)">Carbon content of common airborne fungal species and fungal contribution to aerosol organic carbon in a subtropical city.</a> Atmos Environ. 43 (17), 2781-2787 (2009).</li>
<li>Wood, D. E., Lu, J., Langmead, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+metagenomic+analysis+with+Kraken+2%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Improved metagenomic analysis with Kraken 2.</a> Genome Biol. 20 (1), 257(2019).</li>
<li>Rousk, J., Brookes, P. C., Bååth, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Contrasting+soil+pH+effects+on+fungal+and+bacterial+growth+suggest+functional+redundancy+in+carbon+mineralization%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Contrasting soil pH effects on fungal and bacterial growth suggest functional redundancy in carbon mineralization.</a> Appl Environ Microbiol. 75 (6), 1589-1596 (2009).</li>
<li>Xie, Z., Canalda-Baltrons, A., d’Enfert, C., Manichanh, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shotgun+metagenomics+reveals+interkingdom+association+between+intestinal+bacteria+and+fungi+involving+competition+for+nutrients%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Shotgun metagenomics reveals interkingdom association between intestinal bacteria and fungi involving competition for nutrients.</a> Microbiome. 11 (1), 275(2023).</li>
<li>Větrovský, T., Baldrian, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+variability+of+the+16S+rRNA+gene+in+bacterial+genomes+and+its+consequences+for+bacterial+community+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The variability of the 16S rRNA gene in bacterial genomes and its consequences for bacterial community analyses.</a> PLoS One. 8 (2), e57923(2013).</li>
<li>Doyle, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Absolute+quantification+of+prokaryotes+in+the+microbiome+by+16S+rRNA+qPCR+or+ddPCR%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Absolute quantification of prokaryotes in the microbiome by 16S rRNA qPCR or ddPCR.</a> Nat Protoc. 20, 3471-3476 (2025).</li>
<li>Frostegård, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+bias+related+to+the+extraction+of+DNA+directly+from+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantification of bias related to the extraction of DNA directly from soils.</a> Appl Environ Microbiol. 65 (12), 5409-5420 (1999).</li>
<li>Lee, E., Lim, H. J., Son, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discrepancies+in+qPCR-based+gene+quantification+and+their+dependencies+on+soil+properties%2C+inhibitor+presence%2C+and+DNA+extraction+kit+types%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Adv%22%5BJournal%5D)">Discrepancies in qPCR-based gene quantification and their dependencies on soil properties, inhibitor presence, and DNA extraction kit types.</a> RSC Adv. 15 (25), 19656-19664 (2025).</li>
<li>Buell, Z. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interrelationships+among+methods+of+estimating+microbial+biomass+across+multiple+soil+orders+and+biomes%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Interrelationships among methods of estimating microbial biomass across multiple soil orders and biomes.</a> Soil Biol Biochem. 208, 109844(2025).</li>
<li>Carini, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Relic+DNA+is+abundant+in+soil+and+obscures+estimates+of+soil+microbial+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Relic DNA is abundant in soil and obscures estimates of soil microbial diversity.</a> Nat Microbiol. 2 (3), 16242(2016).</li>
<li>Child, H. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+environmental+metagenomics+using+Oxford+nanopore+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Automated environmental metagenomics using Oxford nanopore sequencing.</a> BMC Genomics. 26 (1), 835(2025).</li>
<li>Paliaga, S., Laudicina, V. A., Muscarella, S. M., Said-Pullicino, D., Badalucco, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+different+methods+for+estimating+microbial+biomass+in+biochar-amended+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Comparison of different methods for estimating microbial biomass in biochar-amended soils.</a> Soil Biol Biochem. 203, 109733(2025).</li>
<li>Setia, R., Verma, S. L., Marschner, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+microbial+biomass+carbon+by+direct+extraction%3A+comparison+with+chloroform+fumigation-extraction%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Soil+Biol%22%5BJournal%5D)">Measuring microbial biomass carbon by direct extraction: comparison with chloroform fumigation-extraction.</a> Eur J Soil Biol. 53, 103-106 (2012).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Bettersizer S3 Plus&nbsp;</td><td>Bettersize, China</td><td>BT-803</td><td></td></tr><tr><td>Zentrifuge</td><td>Thermowissenschaftlich&nbsp;</td><td>SL16&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform&nbsp;</td><td>ThermoScientific</td><td>L14759. AU&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>ddPCR 96-Well-Platten</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>12001925</td><td></td></tr><tr><td>ddPCR Tropfenlese-Öl&nbsp;</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>1863004</td><td></td></tr><tr><td>Dessicator&nbsp;</td><td>Davisil</td><td></td><td></td></tr><tr><td>DG8-Patronenhalter</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>1863051</td><td></td></tr><tr><td>DG8-Patronen für QX200/QX100 Tröpfchengenerator</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>1864008</td><td></td></tr><tr><td>DG8-Dichtungen für QX200/QX100 Tropfengenerator</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>Q33265</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy Power Soil pro kit&nbsp;</td><td>Qiagen, Deutschland</td><td>47017</td><td></td></tr><tr><td>Doppelsträngiges (dsDNA) Breitband-Assay-Kit (BR)</td><td>Invitrogen, Deutschland</td><td>Q33230</td><td></td></tr><tr><td>FastPrep-24 5G&nbsp;</td><td>MP Biomedizin, Großbritannien</td><td>116005500</td><td></td></tr><tr><td>GridION&nbsp;</td><td>Oxford Nanopore Technologies, Großbritannien</td><td>GRD-MK1CAPX</td><td></td></tr><tr><td>K2SO4</td><td>Merck, Großbritannien</td><td>7778-80-5</td><td></td></tr><tr><td>Mag-Bind-Magnetperlen</td><td>Omega Bio-tek, USA</td><td>M1378-01</td><td></td></tr><tr><td>MinION-Durchflusszelle</td><td>Oxford Nanopore Technologies, Großbritannien</td><td>FLO-MIN114</td><td></td></tr><tr><td>Gedämpfter Ofen</td><td>Carbolit&nbsp;</td><td>AAF1100</td><td></td></tr><tr><td>Natives Barcode-Kit 24</td><td>Oxford Nanopore Technologies, Großbritannien</td><td>SQK-NBD114.24</td><td></td></tr><tr><td>PCR-Platte Heißwasserdichtung, Folie, Pierceable&nbsp;</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>1814040</td><td></td></tr><tr><td>PX1 PCR-Plattenversiegelung</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>1814000</td><td></td></tr><tr><td>Qubit-Fluorometer</td><td>Invitrogen, Deutschland</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>QX200 Droplet Digital-PCR-System</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>1864001</td><td></td></tr><tr><td>QX200 ddPCR EvaGreen Supermix</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>186-4033</td><td></td></tr><tr><td>QX200 Tröpfchengenerierungsöl für EvaGreen&nbsp;</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>1864005</td><td></td></tr><tr><td>QXDx Tropfengenerator&nbsp;</td><td>Bio-Rad, Watford, Großbritannien</td><td>12001049</td><td></td></tr><tr><td>SENSOQUEST LABCYCLER&nbsp;</td><td>Geneflow, Deutschland</td><td>1120280125</td><td></td></tr></tbody></table>

bestimmung der mikrobiellen biomasse im boden mittels digital droplet pcr (ddpcr)

Determination of Microbial Biomass in Soil using Digital Droplet PCR (ddPCR)

Bestimmung der mikrobiellen Biomasse im Boden mittels Digital Droplet PCR (ddPCR)

Soil represents the largest terrestrial pool of organic carbon, yet more than 133 Gt of carbon has been lost from soils over the past two centuries. ...

determination-microbial-biomass-soil-using-digital-droplet-pcr

Research

Forschung

JoVE Journal

Environment

Umwelt

Wir beschreiben einen digitalen Endpunkt-Assay zur Quantifizierung von Nukleinsäuren mit einer vereinfachten (analogen) Auslesung. Wir messen die Massenfluoreszenz von tröpfchenbasierten digitalen Assays mit einem Standard-qPCR-Gerät anstelle von speziellen Instrumenten und bestätigen unsere Ergebnisse durch Mikroskopie.

Einfache Massen Auslesen des digitalen Nukleinsäure Quantifizierung Assays

Diese Handschrift beschreibt eine Duplex digitalen PCR Assay , die gleichzeitig verwendet werden können , um Enterococcus spp quantifizieren. Und die HF183 genetischen Markern als Indikatoren für allgemeine und menschlichen assoziiertes fäkale Verunreinigung in Erholungsgewässern.

Eine Duplex-Digital-PCR-Assay für Simultaneous Quantifizierung der<em&gt; Enterococcus spp.</em&gt; Und das menschliche Fecal-assoziierte HF183 Marker in Waters

Es wird eine empfindliche und genaue Methode zur Quantifizierung zellfreier microRNAs unter Verwendung einer farbstoffbasierten Chemie und einer digitalen Tröpfchen-PCR-Technologie beschrieben.

Zirkulierende MicroRNA Quantifizierung der Basis von DNA-bindenden Farbstoff Chemie und Droplet Digital-PCR

Schnelle und präzise Erkennung von Krankheitserregern vor Ort, vor allem bodenbürtige Pflanzenpathogene, ist wichtig zur Vermeidung weiterer Inokulum Produktion und Verbreitung von Pflanzenkrankheiten im Feld. Die entwickelte Methode hier über eine tragbare Echtzeit-PCR-Detection-System ermöglicht vor Ort Diagnose unter Feldbedingungen.

Vor-Ort-molekulare Erkennung von bodenbürtige Phytopathogene mit einem tragbaren Echtzeit-PCR-System

Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Amplikons Sequenzdaten von Boden, Rhizosphäre und Wurzel Endosphere mikrobiome zu erhalten. Diese Informationen kann verwendet werden, um die Zusammensetzung und Vielfalt der Anlage verbundenen mikrobieller Gemeinschaften zu untersuchen, und eignet sich für den Einsatz mit einer Vielzahl von Pflanzenarten.

Die Wurzel Mikrobiom zu erkunden: Extrahieren von Bakteriengemeinschaft Daten aus dem Boden, die Rhizosphäre und die Wurzel Endosphere

Hier wird ein vereinfachtes Standard-Betriebsverfahren für die Mikrobiom-Profilierung mit 16S rRNA metagenomischer Sequenzierung und Analyse mit frei verfügbaren Werkzeugen beschrieben. Dieses Protokoll wird Forschern helfen, die neu im Mikrobiom-Bereich sind, sowie solchen, die Aktualisierungen von Methoden benötigen, um bakterielleS Profiling mit einer höheren Auflösung zu erreichen.

Mikrobiota-Analyse mit zweistufiger PCR- und 16S-rRNA-Gensequenzierung der nächsten Generation

Hier stellen wir ein Protokoll zur Messung der absoluten mitochondrialen (mt)DNA-Kopienzahl und der mtDNA-Deletionsheteroplasmie in einzelnen Zellen vor.

Messung der einzelligen mitochondrialen DNA-Kopienzahl und Heteroplasmie mittels digitaler Tröpfchenpolymerase-Kettenreaktion

In dieser Arbeit stellen wir ein Protokoll für die Entwicklung und Validierung guter Laborpraktiken bei der konformen Detektion von Adeno-assoziierten viralen Vektoren in menschlichen Tränen durch digitale Polymerase-Tröpfchenkettenreaktion zur Unterstützung der klinischen Entwicklung von Gentherapievektoren vor.

Ein validierbarer digitaler Tröpfchen-Polymerase-Kettenreaktions-Assay für den Nachweis von Adeno-assoziierten viralen Vektoren in Bioshedding-Studien an Tränen

Die genaue Quantifizierung von Vektorgenomkopien des Adeno-assoziierten Virus (AAV) ist von entscheidender Bedeutung, aber ein standardisiertes Protokoll muss noch etabliert werden. Dieses Protokoll beschreibt eine validierte Methode zur Aufbereitung gereinigter AAV-Proben und zur Durchführung einer digitalen Tröpfchenpolymerase-Kettenreaktion (dd_PCR), um den viralen Genomtiter zuverlässig zu quantifizieren.

Quantifizierung von Adeno-assoziierten viralen Genomen in gereinigten Vektorproben durch digitale Tröpfchenpolymerase-Kettenreaktion

Zuverlässige und präzise Formen der vor Ort einsetzbaren DNA-Analysen sind für viele Branchen entscheidend. Dieses Papier bietet zwei Methoden für die Umweltmikrobienanalyse im Feld: 1) die Isolierung mikrobieller DNA aus Umweltproben mittels eines biologischen Extraktions-Feldkits und 2) die Analyse der DNA über die Feld-qPCR-Einheit.

Mikrobielle DNA-Analyse im Feld mit einem biologischen Extraktions-Feldkit und einer Feld-qPCR-Einheit

Erfahren Sie die Quantifizierung mikrobieller Biomasse im Boden mittels Digital Droplet PCR. Diese Methode ermöglicht die absolute Bestimmung von 16S- und 18S-rRNA-Genkopien sowie die Berechnung des mikrobiellen Biomassekohlenstoffs in verschiedenen Bodentypen.

Bestimmung der mikrobiellen Biomasse im Boden mittels Digital Droplet PCR (ddPCR)

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