Name: RNA-assoziierte Chromatin-DNA-Interaktionsmethode (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-30T13:10:00.000+00:00
Duration: 11 min 1 s
Description: Erfahren Sie die RDD-Methode zur Kartierung RNA-verankerter Chromatin-Interaktionen mit biotinylierten Sonden und Proximity-Ligation. Diese Technik ermöglicht hochauflösende Analysen dreidimensionaler Genomarchitektur und regulatorischer Netzwerke.

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<ol><li>Rao, S. S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+3D+map+of+the+human+genome+at+kilobase+resolution+reveals+principles+of+chromatin+looping%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping.</a> Cell. 159 (7), 1665-1680 (2014).</li>
<li>Fullwood, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oestrogen-receptor-%CE%B1-bound+human+chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An oestrogen-receptor-α-bound human chromatin interactome.</a> Nature. 462 (7269), 58-64 (2009).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GRID-seq+reveals+the+global+RNA-chromatin+interactome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.</a> Nat Biotechnol. 35 (10), 940-950 (2017).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3D+chromatin+structures+associated+with+ncRNA+roX2+for+hyperactivation+and+coactivation+across+the+entire+X+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">3D chromatin structures associated with ncRNA roX2 for hyperactivation and coactivation across the entire X chromosome.</a> Sci Adv. 10 (30), eado5716(2024).</li>
<li>Rinn, J., Guttman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+and+dynamic+nuclear+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">RNA and dynamic nuclear organization.</a> Science. 345 (6202), 1240-1241 (2014).</li>
<li>Chu, C., Qu, K., Zhong, F. L., Artandi, S. E., Chang, H. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+Maps+of+Long+Noncoding+RNA+Occupancy+Reveal+Principles+of+RNA-Chromatin+Interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Genomic Maps of Long Noncoding RNA Occupancy Reveal Principles of RNA-Chromatin Interactions.</a> Mol Cell. 44 (4), 667-678 (2011).</li>
<li>Simon, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genomic+binding+sites+of+a+noncoding+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">The genomic binding sites of a noncoding RNA.</a> Proc Natl Acad Sci. 108 (51), 20497-20502 (2011).</li>
<li>Yan, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+colocalization+of+RNA-DNA+interactions+and+fusion+RNA+pairs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci%22%5BJournal%5D)">Genome-wide colocalization of RNA-DNA interactions and fusion RNA pairs.</a> Proc Natl Acad Sci. 116 (8), 3328-3337 (2019).</li>
<li>Quinodoz, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+promotes+the+formation+of+spatial+compartments+in+the+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">RNA promotes the formation of spatial compartments in the nucleus.</a> Cell. 184 (23), 5775-5790 (2021).</li>
<li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-read+ChIA-PET+for+base-pair-resolution+mapping+of+haplotype-specific+chromatin+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Long-read ChIA-PET for base-pair-resolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions.</a> Nat Protoc. 12 (5), 899-915 (2017).</li>
<li>Fang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+long-range+chromatin+interactions+by+proximity+ligation-assisted+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.</a> Cell Res. 26 (12), 1345-1348 (2016).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">HiChIP: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Meth. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
<li>Lee, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIA-PIPE%3A+A+Fully+Automated+Pipeline+for+Comprehensive+ChIA-PET+Data+Analysis+and+Visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">ChIA-PIPE: A Fully Automated Pipeline for Comprehensive ChIA-PET Data Analysis and Visualization.</a> Sci Adv. 6 (28), eaay2078(2020).</li>
<li>Meller, V. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ordered+Assembly+of+roX+RNAs+into+MSL+Complexes+on+the+Dosage-Compensated+X+Chromosome+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Ordered Assembly of roX RNAs into MSL Complexes on the Dosage-Compensated X Chromosome in Drosophila.</a> Curr Biol. 10 (3), 136-143 (2000).</li>
<li>Egloff, S., Studniarek, C., Kiss, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((7SK+small+nuclear+RNA%2C+a+multifunctional+transcriptional+regulatory+RNA+with+gene-specific+features%5BTitle%5D)+AND+%22Transcription%22%5BJournal%5D)">7SK small nuclear RNA, a multifunctional transcriptional regulatory RNA with gene-specific features.</a> Transcription. 9 (2), 95-101 (2018).</li>
<li>Tian, S. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Landscape+of+the+Epstein-Barr+virus-host+chromatin+interactome+and+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Landscape of the Epstein-Barr virus-host chromatin interactome and gene regulation.</a> EMBO J. 44 (13), 3872-3915 (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,5 M EDTA</td><td>Invitrogen</td><td>AM9260G</td><td></td></tr><tr><td>1 M Magnesiumacetat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>63052-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 7,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9851</td><td></td></tr><tr><td>1 M Tris-HCl pH 8,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9856</td><td></td></tr><tr><td>1,5-mL-Röhren</td><td>Eppendorf</td><td>30108051</td><td></td></tr><tr><td>10 mM dATP</td><td>Invitrogen</td><td>18252015</td><td></td></tr><tr><td>10 % SDS (Wt/vol)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9822</td><td></td></tr><tr><td>10&Times; A-Tailing-Puffer</td><td>NEB</td><td>B7002S</td><td></td></tr><tr><td>10&Times; End-Reparaturpuffer</td><td>NEB</td><td>B6002S</td><td></td></tr><tr><td>10&Times; T4-DNA-Ligasepuffer</td><td>NEB</td><td>B0202S</td><td></td></tr><tr><td>10&Times; TBE-Puffer</td><td>Invitrogen</td><td>AM9863</td><td></td></tr><tr><td>14-mL Rundboden-Reagenzgläser</td><td>Corning</td><td>352057</td><td></td></tr><tr><td>2& Male; PCR-Mastermix</td><td>NEB</td><td>M0541</td><td></td></tr><tr><td>20& Mal; SSC-Puffer</td><td>Invitrogen</td><td>AM9770</td><td></td></tr><tr><td>200-&mu; L-PCR-Röhren</td><td>Sangon Biotech</td><td>F611541-0010</td><td></td></tr><tr><td>250-mL quadratische PET-Aufbewahrungsflaschen</td><td>Corning</td><td>431531</td><td></td></tr><tr><td>2-Mercaptoethanol (&beta;-ME)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250-100mL</td><td>! VORSICHT &beta;-ME ist toxisch; Benutze es immer in einer Abzugsgube.</td></tr><tr><td>2-mL-Röhren</td><td>Eppendorf</td><td>22431048</td><td></td></tr><tr><td>3 M Natriumacetat pH 5,5</td><td>Invitrogen</td><td>AM9740</td><td></td></tr><tr><td>5 M NaCl&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>AM9759</td><td></td></tr><tr><td>5 M Kaliumacetat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>95843-100ML-F</td><td></td></tr><tr><td>500-mL quadratische PET-Aufbewahrungsflaschen</td><td>Corning</td><td>431532</td><td></td></tr><tr><td>Analytisches Gleichgewicht</td><td>Sartorius</td><td>BP211D</td><td></td></tr><tr><td>Automatisierter Zellzähler</td><td>Gegenstern</td><td>IC1000</td><td></td></tr><tr><td>Automatisches Kapillarelektrophoresesystem</td><td>Bioptik</td><td>C100100</td><td></td></tr><tr><td>Biotinylierte Sonden</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Siehe Tabelle 1</td></tr><tr><td>Blockpulver</td><td>Invitrogen</td><td>T2015</td><td></td></tr><tr><td>Brückenlink-Oligos</td><td>GENEWIZ</td><td></td><td>Siehe Tabelle 1</td></tr><tr><td>CO2 Inkubator</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>51033549</td><td></td></tr><tr><td>Dimethylsulfoxidid (DMSO)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D2650-100mL</td><td></td></tr><tr><td>DNA-Bibliotheksvorbereitungskit V2 für Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD501</td><td></td></tr><tr><td>DNA-Reinigungskit</td><td>Zymo</td><td>D4013</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco' s phosphatgepufferte Kochsalzlösung (DPBS) (1& mal;)</td><td>Gibco</td><td>14190250</td><td></td></tr><tr><td>EDTA-freier Proteaseinhibitor-Cocktail</td><td>Roche</td><td>11836170001</td><td></td></tr><tr><td>EGS (Ethylenglykol bis[succiniMidylsuccinat])</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>21565</td><td></td></tr><tr><td>Elutionspuffer</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>Reiner Ethylalkohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023-500mL</td><td></td></tr><tr><td>Formaldehydlösung</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>47608-250mL-F</td><td>! VORSICHT: Formaldehyd ist giftig; Benutze es immer in einer Abzugsgube.</td></tr><tr><td>Formamid</td><td>Invitrogen</td><td>AM9342</td><td></td></tr><tr><td>Gelbildgebungssystem</td><td>Tanon</td><td>3500R</td><td></td></tr><tr><td>Glycin</td><td>Invitrogen</td><td>50046-1kg</td><td></td></tr><tr><td>Glykogen mit blauem Farbstoff</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td></td></tr><tr><td>Hochempfindliche Patrone</td><td>Bioptik</td><td>C105105</td><td></td></tr><tr><td>Hochdichte Phasensperrrohre (1,5 mL)</td><td>Qiagen</td><td>129046</td><td></td></tr><tr><td>Hochempfindliches dsDNA-fluorometrisches Testkit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>Index-Kit V2 für Illumina</td><td>Vazyme</td><td>TD202</td><td></td></tr><tr><td>Iodoacetyl-PEG2-Biotin (IPB)</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>21334</td><td></td></tr><tr><td>Isopropylalkohol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I9030</td><td>! VORSICHT: Isopropylalkohol ist giftig; Benutze es immer in einer Abzugsgube.</td></tr><tr><td>Kilo-Basispatrone</td><td>Bioptik</td><td>C105106</td><td></td></tr><tr><td>Klenow-Fragment (3' &rarr; 5' exo-)&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0212L</td><td></td></tr><tr><td>Magnetische Perlen</td><td>Beckman</td><td>A63881</td><td></td></tr><tr><td>Magnetisches Trennrack&nbsp; für 15-mL-Röhre</td><td>Invitrogen</td><td>12301D</td><td></td></tr><tr><td>Magnetisches Trennrack&nbsp; für 2-mL-Röhre</td><td>Invitrogen</td><td>12321D</td><td></td></tr><tr><td>Magnetisches Trenngitter für PCR-Röhre</td><td>NEB</td><td>S1515S</td><td></td></tr><tr><td>Mikrobiologischer Inkubator</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>IMH180</td><td></td></tr><tr><td>Mikroskop</td><td>Nikon</td><td>Eclipse TS2</td><td></td></tr><tr><td>Mixer</td><td>ELMI</td><td>RM-2L</td><td></td></tr><tr><td>N,N-Dimethylformamid (DMF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>227056-100ML</td><td>! VORSICHT: DMF ist toxisch; Benutze es immer in einer Abzugsgube.</td></tr><tr><td>Nicht-gekühlte Mikrozentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5405000204</td><td></td></tr><tr><td>Nukleasefreies Wasser (nicht DEPC-behandelt, 1000 ml)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>Nukleasefreies Wasser (nicht DEPC-behandelt, 50 ml)</td><td>Invitrogen</td><td>AM9937</td><td></td></tr><tr><td>Nukleinsäurequantor</td><td>Invitrogen</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>Orbitalshaker</td><td>Kristall</td><td>SYC-2102</td><td></td></tr><tr><td>Phenol: Chloroform: IAA</td><td>Solarbio</td><td>P1012-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase-K-Lösung</td><td>Invitrogen</td><td>AM2548</td><td></td></tr><tr><td>Gekühlte Zentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>22628180</td><td></td></tr><tr><td>Gekühlter Brutkasten</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>IMP180</td><td></td></tr><tr><td>Gekühlte Mikrozentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5404F1621754</td><td></td></tr><tr><td>Kühlschrank</td><td>Haier</td><td>DW-25L262</td><td></td></tr><tr><td>RNase-Inhibitor</td><td>Ambion</td><td>AM2696</td><td></td></tr><tr><td>RNase-freie 15-mL-Röhren</td><td>Invitrogen</td><td>AM12500</td><td></td></tr><tr><td>RNase-freie 50-mL-Röhren</td><td>Invitrogen</td><td>AM12502</td><td></td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Sonics & Materialien</td><td>VCX130</td><td></td></tr><tr><td>Streptavidin-beschichtete Magnetperlen C1</td><td>Invitrogen</td><td>65001</td><td></td></tr><tr><td>Streptavidin-beschichtete magnetische Perlen M-280&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>11205D</td><td></td></tr><tr><td>T4-DNA-Ligase&nbsp;</td><td>NEB</td><td>M0202S</td><td></td></tr><tr><td>T4-DNA-Polymerase</td><td>NEB</td><td>M0203S</td><td></td></tr><tr><td>TE-Puffer pH 8,0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9849</td><td></td></tr><tr><td>Thermischer Zykler</td><td>Bio-Rad</td><td>1851148</td><td></td></tr><tr><td>Thermomixer</td><td>Eppendorf</td><td>5382000023</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Acros Organics</td><td>327371000-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Ultra-Niedrigtemperatur-Gefrierschrank</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>995</td><td></td></tr><tr><td>Vakuumkonzentrator</td><td>TOMY</td><td>MV-100</td><td></td></tr></tbody></table>

rna-assoziierte chromatin-dna-interaktionsmethode

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method

RNA-assoziierte Chromatin-DNA-Interaktionsmethode

RNA-Associated Chromatin DNA-DNA Interaction Method (RDD) is a targeted strategy for mapping chromatin interactions anchored by a specific RNA. It ...

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Research

Forschung

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Biology

Biologie

Die Hallo-C-Methode ermöglicht unvoreingenommene, genomweite Identifizierung von Chromatin-Wechselwirkungen (1). Hallo-C Paare Ligationssysteme und massiv parallele Sequenzierung. Die resultierenden Daten können verwendet werden, um genomische Architektur auf mehreren Skalen zu studieren: die ersten Ergebnisse identifizierten Features wie Chromosom Gebiete, Segregation von offenen und geschlossenen Chromatin und Chromatin-Struktur an der Megabasen.

Hallo-C: eine Methode, um die dreidimensionale Architektur des Genoms Study.

Die damit verbundenen Chromosom Trap (ACT)-Assay ist ein neuartiges unvoreingenommene Verfahren zur Identifizierung von Langstrecken-DNA-Wechselwirkungen. Die Charakterisierung der Long Range DNA-Wechselwirkungen wird es uns ermöglichen, die Beziehung der nuklearen Architektur, um die Genexpression zu bestimmen, sowohl die normale Physiologie und in krankhaften Zuständen.

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Chromatin Interaction Analysis gepaart mit End-Tag-Sequenzierung (Chia-PET) zur Abbildung von Chromatin-Wechselwirkungen zu verstehen und Transkriptionsregulation

Dieses Video beschreibt das Protokoll für den Chromatin-Immunpräzipitations-Assay (ChIP), der eine klassische Technik zum Nachweis von Protein-DNA-Wechselwirkungen ist. Diese Technik wird verwendet, um Zielgene in menschlichen chronischen lymphatischen Leukämiezellen zu identifizieren.

Chromatin-Immunpräzipitationsassay: Eine Technik zur Untersuchung von Protein-DNA-Wechselwirkungen in Zellen

Hier beschreiben wir ein Protokoll zur gleichzeitigen Detektion von Histonmodifikationen durch Immunfluoreszenz und DNA-Sequenzen von DNA-FISH durch 3D-Mikroskopie und-Analysen (3D Immuno-DNA FISH) gefolgt.

Kombiniert Immunfluoreszenz und DNA FISH auf 3D erhaltene Interphase Nuclei, um Änderungen in 3D Nuclear Organization Study

Chromatinimmunpräzipitation ist eine leistungsstarke Technik zur Identifizierung von DNA-Bindungsstellen von Arabidopsis-Proteine ​​in vivo. Dieses Verfahren besteht aus Chromatin Vernetzung und Fragmentierung, Immunopräzipitation mit selektiver Antikörper gegen das Protein von Interesse und qPCR-Analyse der gebundenen DNA. Wir beschreiben eine einfache ChIP Assay für Arabidopsis-Pflanzen optimiert.

Chromatinimmunpräzipitation Assay zur Identifizierung von Arabidopsis-Protein-DNA-Wechselwirkungen<em&gt; In-vivo-</em

Sequentielle Salzgewinnung gebunden Chromatin Proteine ist ein nützliches Werkzeug für die Bestimmung der Bindungseigenschaften von großen Proteinkomplexen. Diese Methode kann verwendet werden, um die Rolle der einzelnen Untereinheiten oder Domänen in die allgemeine Affinität von einem Proteinkomplex, bulk-Chromatin zu bewerten.

Sequentielle Salz Extraktionen für die Analyse von Bulk-Chromatin bindenden Eigenschaften von Chromatin komplexe ändern

Dieses Protokoll konzentriert sich auf die Chromatinpräparation aus tiefgefrorenem Gewebe und eignet sich für die Vernetzung der Chromatin-Immunpräzipitation (X-ChIP), gefolgt von einer quantitativen PCR-Analyse (X-ChIP-qPCR) oder einem Next-Generation-Sequencing-Ansatz (X-ChIP-seq).

Chromatinextraktion aus gefrorenem chimärem Lebergewebe für die Chromatin-Immunpräzipitationsanalyse

Die Wechselwirkung eines ATP-abhängigen Chromatin-Remodelers mit einem DNA-Liganden wird mittels CD-Spektroskopie beschrieben. Die induzierten Konformationsänderungen an einem Genpromotor, die durch die erzeugten Peaks analysiert werden, können verwendet werden, um den Mechanismus der transkriptionellen Regulation zu verstehen.

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DNA-Vorhang, ein Hochdurchsatz-Einzelmolekül-Bildgebungsverfahren, bietet eine Plattform für die Echtzeit-Visualisierung verschiedener Protein-DNA-Interaktionen. Das vorliegende Protokoll verwendet die DNA-Vorhangtechnik, um die biologische Rolle und den molekularen Mechanismus von Abo1 zu untersuchen, einer Schizosaccharomyces pombe Bromodomänen-haltigen AAA+ ATPase.

Entschlüsselung des molekularen Mechanismus der Histonassemblierung mittels DNA-Vorhangtechnik

Wir präsentieren ein dreifarbiges Chromatin-Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopie-(SMLM)-Färbungs- und Analyseverfahren, das eine reproduzierbare Abbildung von Euchromatin, Heterochromatin und RNAP II für die räumliche Analyse ermöglicht. Dieses Protokoll ermöglicht eine effiziente mehrfarbige Markierung in dichten nuklearen Umgebungen, einschließlich chromatinassoziierter Ziele, und ermöglicht eine zuverlässige gleichzeitige Erkennung.

Ein mehrschichtiges Einzelmolekül-Lokalisationsmikroskopieprotokoll zur Untersuchung von Chromatin in der dichten Kernumgebung

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