Name: Kartierung der Infant-Immunität mit minimalem Input: Integratives Einzelzell- und multiomisches Profiling (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:35:00.000+00:00
Duration: 10 min 29 s
Description: Erfahren Sie, wie hochdimensionales Immunprofiling aus minimalen Blutvolumina bei Neugeborenen durchgeführt wird. Diese Methode ermöglicht die longitudinale Analyse der Immunentwicklung bei Frühgeborenen.

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<ol><li>Kollmann, T. R., Kampmann, B., Mazmanian, S. K., Marchant, A., Levy, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protecting+the+newborn+and+young+infant+from+infectious+diseases%3A+lessons+from+immune+ontogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Protecting the newborn and young infant from infectious diseases: lessons from immune ontogeny.</a> Immunity. 46 (3), 350-363 (2017).</li>
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<li>Martino, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation+signatures+underpinning+blood+neutrophil+to+lymphocyte+ratio+during+first+week+of+human+life%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">DNA methylation signatures underpinning blood neutrophil to lymphocyte ratio during first week of human life.</a> Nat Commun. 15, 8157(2024).</li>
<li>Jones, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation+differences+between+cord+and+adult+white+blood+cells+reflect+postnatal+immune+cell+maturation%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">DNA methylation differences between cord and adult white blood cells reflect postnatal immune cell maturation.</a> Commun Biol. 8, 237(2025).</li>
<li>Lee, A. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+molecular+changes+during+the+first+week+of+human+life+follow+a+robust+developmental+trajectory%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dynamic molecular changes during the first week of human life follow a robust developmental trajectory.</a> Nat Commun. 10, 1092(2019).</li>
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<li>Park, L. M., Lannigan, J., Jaimes, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OMIP-069%3A+forty-color+full+spectrum+flow+cytometry+panel%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">OMIP-069: forty-color full spectrum flow cytometry panel.</a> Cytometry A. 97 (10), 1044-1051 (2020).</li>
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<li>Tang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mRNA-seq+whole-transcriptome+analysis+of+a+single+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">mRNA-seq whole-transcriptome analysis of a single cell.</a> Nat Methods. 6, 377-382 (2009).</li>
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<li>Meryman, H. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryopreservation+of+living+cells%3A+principles+and+practice%5BTitle%5D)+AND+%22Transfusion%22%5BJournal%5D)">Cryopreservation of living cells: principles and practice.</a> Transfusion. 47 (5), 935-945 (2007).</li>
<li>Wohnhaas, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+integrity+in+cryopreserved+immune+cells+enables+robust+single-cell+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">RNA integrity in cryopreserved immune cells enables robust single-cell transcriptomics.</a> Front Immunol. 10, 204(2019).</li>
<li>Daae, L. N. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+haematological+parameters+in+capillary+and+venous+blood+samples+from+hospitalized+children%5BTitle%5D)+AND+%22Scand+J+Clin+Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Comparison of haematological parameters in capillary and venous blood samples from hospitalized children.</a> Scand J Clin Lab Invest. 51 (7), 651-654 (1991).</li>
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<li>Waaijer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spectral+flow+cytometry+panel+for+comprehensive+immunophenotyping%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Spectral flow cytometry panel for comprehensive immunophenotyping.</a> Cytometry A. 107 (4), 226-232 (2025).</li>
<li>Thieme-Ehlert, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OMIP-114%3A+a+36-color+spectral+flow+cytometry+panel%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">OMIP-114: a 36-color spectral flow cytometry panel.</a> Cytometry A. 107 (6), 364-371 (2025).</li>
<li>Yamawaki, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+high-throughput+single-cell+RNA-seq+methods%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods.</a> BMC Genomics. 22, 66(2021).</li>
<li>Stoeckius, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+epitope+and+transcriptome+measurement+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells.</a> Nat Methods. 14 (9), 865-868 (2017).</li>
<li>Grandi, F. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+profiling+by+ATAC-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq.</a> Nat Protoc. 17 (6), 1518-1552 (2022).</li>
<li>Kim, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspectives+on+single-nucleus+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pathol+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Perspectives on single-nucleus RNA sequencing.</a> J Pathol Transl Med. 57 (1), 52-59 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,5 M EDTA, pH 8,0</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>15575-038&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>1x RBC Lysis Buffer&nbsp;</td><td>Invitrogen&nbsp;</td><td>3177165&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>BCA Protein Assay Kit &nbsp;</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab287853&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>BD Microtainer MAP Microtube</td><td>Fisher Scientific&nbsp;</td><td>22-253-270</td><td></td></tr><tr><td>Bel-Art Cryo-Safe -1&deg; C Freeze Controller&nbsp;</td><td>Millipore Sigma&nbsp;</td><td>41122800&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Rinderserum-Albumin (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>A9647-100G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Ultra Violet 496 Anti-Human CD3&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>364-0038-42&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Ultra Violet 661 anti-Human CD11c&nbsp;</td><td>BD BioScience&nbsp;</td><td>612968&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Vil750 Anti-Human CD14&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>367135&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Violet 570 Anti-Human CD8a&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>301038&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Violet 711 Anti-Mensch CD56 &nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>318336&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>cOmplete, Mini, EDTA-freier Protease-Inhibitor-Cocktail</td><td>Millipore Sigma&nbsp;</td><td>11836170001&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Kit zur Entfernung von toten Zellen;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-090-101&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Dimethylsulfoxid (DMSO)&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>BP231-100&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco' s Phosphatgepufferte Kochsalzlösung (DPBS), kein Kalzium, kein Magnesium & Nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14190144&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum (FBS)&nbsp;</td><td>Gibco&nbsp;</td><td>A5256801&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Fisherbrand Digital Vortex Mixer&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>02215418&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Fixationspuffer&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>420801&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>GlutaMAX-Ergänzungsmittel</td><td>Gibco&nbsp;</td><td>35050061&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>MACS MultiStand&nbsp;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-042-303&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>MS-Kolumnen&nbsp;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-042-201&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Gesellschaft</td><td>Katalognummer</td><td></td></tr><tr><td>OctoMACS Separator&nbsp;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-042-109&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Pazifikblau Anti-Mensch CD4&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>344619&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Penicillin-Streptomycin (10.000 U/mL)</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>15140-122&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>RB780 Anti-Mensch CD33&nbsp;</td><td>BD Biosciences&nbsp;</td><td>755606&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Rierdge 3mm Metallpuncher&nbsp;</td><td>Rierdge&nbsp;</td><td>SDD231031PC-01&NBSP;</td><td></td></tr><tr><td>RPMI 1640 Mittel</td><td>Gibco&nbsp;</td><td>11875-093&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Spark UV 387 Anti-Human CD19&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>302289&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Tasso Collection Kits</td><td>Tasso&nbsp;</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Thermowissenschaftliche Schraubkappen-Mikroröhren</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14-755-287&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Whatman 309 Proteinsaver</td><td>Cytiva&nbsp;</td><td>41111700&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Zombie NIR Wirksamkeitskit&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>423105&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td><stark>Software und Pakete</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Adobe Illustrator</td><td>2024</td><td></td><td></td></tr><tr><td>bbknn</td><td>1.5.1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>FlowJo</td><td>10.8.1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GraphPad-Prisma</td><td>9.4.0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Version</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Scanpy</td><td>1.9.1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Srublet</td><td>0.2.3</td><td></td><td></td></tr><tr><td><starke>kommerzielle Assays</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Chrom-Einzelzelle 5' Trikot</td><td>10X-Genomik</td><td>PN-1000263</td><td></td></tr><tr><td>Olink&nbsp; Enthüllen oder Ziel-96-Entzündungspanel</td><td>Olink</td><td>https://olink.com/products/olink-target-96</td><td></td></tr></tbody></table>

kartierung der infant-immunität mit minimalem input: integratives einzelzell- und multiomisches profiling

Mapping Infant Immunity with Minimal Input: Integrative Single-Cell and Multiomic Profiling

Kartierung der Infant-Immunität mit minimalem Input: Integratives Einzelzell- und multiomisches Profiling

At birth, the neonatal immune system is abruptly confronted with a radically different environment, rich in microbial and environmental stimuli. ...

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Research

Forschung

JoVE Journal

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Immunologie und Infektion

Dieses Protokoll beschreibt, wie die Expression einer großen Reihe von Genen auf der klonalen Ebene zu bewerten. Einzellige RT-qPCR produziert höchst zuverlässige Ergebnisse mit einer starken Empfindlichkeit für Hunderte von Proben und Gene.

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Quantitative Multiplex Immunoprecipitation (QMI) verwendet Durchflusszytometrie zum empfindlichen Nachweis von Unterschieden in der Häufigkeit gezielter Protein-Protein-Wechselwirkungen zwischen zwei Proben. QMI kann mit einer kleinen Menge an Biomaterial durchgeführt werden, erfordert keine gentechnisch veränderten Tags und kann für jedes zuvor definierte Protein-Interaktionsnetzwerk angepasst werden.

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Predictive Immune Modeling von Solid Tumoren

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Im Zeitalter der Immuntherapie und des genomischen Profilings von Einzelzellen erfordert die Krebsbiologie neuartige In-vitro- und Computerwerkzeuge, um die Tumor-Immun-Schnittstelle in einem geeigneten raumzeitlichen Kontext zu untersuchen. Wir beschreiben Protokolle zur Nutzung von mikrofluidischen Kokulturen des Tumor-Immunsystems in 2D- und 3D-Umgebungen, die mit einer dynamischen, multiparametrischen Überwachung zellulärer Funktionen kompatibel sind.

Mikrofluidische Co-Kulturmodelle zur Analyse der Immunantwort in in vitro Tumormikroumgebungen

Dieses Protokoll kombiniert Durchflusszytometrie und Einzelzell-RNA-Sequenzierung, um Mikrogliazellzustände im Kleinhirn von frühen postnatalen Mäusegehirnen zu isolieren und zu charakterisieren. Es verwendet enzymatische Dissoziation, Percoll-Zentrifugation und Immunfärbung, um die Heterogenität der Mikroglia aufzudecken und das Verständnis ihrer Rolle bei der Kleinhirnentwicklung und -erkrankung zu verbessern.

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Assay für Pathogen-Associated Molecular Pattern (PAMP)-Triggered Immunity (PTI) in Pflanzen

Auswahl der Plasmodium falciparum Parasiten für Cytoadhesion zu Human Brain Endothelial Cells

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