Name: Kartierung der Infant-Immunität mit minimalem Input: Integratives Einzelzell- und multiomisches Profiling (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:35:00.000+00:00
Duration: 10 min 29 s
Description: Erfahren Sie, wie hochdimensionales Immunprofiling aus minimalen Blutvolumina bei Neugeborenen durchgeführt wird. Diese Methode ermöglicht die longitudinale Analyse der Immunentwicklung bei Frühgeborenen.

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<ol><li>Kollmann, T. R., Kampmann, B., Mazmanian, S. K., Marchant, A., Levy, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protecting+the+newborn+and+young+infant+from+infectious+diseases%3A+lessons+from+immune+ontogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Immunity%22%5BJournal%5D)">Protecting the newborn and young infant from infectious diseases: lessons from immune ontogeny.</a> Immunity. 46 (3), 350-363 (2017).</li>
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<li>Martino, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+methylation+signatures+underpinning+blood+neutrophil+to+lymphocyte+ratio+during+first+week+of+human+life%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">DNA methylation signatures underpinning blood neutrophil to lymphocyte ratio during first week of human life.</a> Nat Commun. 15, 8157(2024).</li>
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<li>Lee, A. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+molecular+changes+during+the+first+week+of+human+life+follow+a+robust+developmental+trajectory%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dynamic molecular changes during the first week of human life follow a robust developmental trajectory.</a> Nat Commun. 10, 1092(2019).</li>
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<li>Park, L. M., Lannigan, J., Jaimes, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OMIP-069%3A+forty-color+full+spectrum+flow+cytometry+panel%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">OMIP-069: forty-color full spectrum flow cytometry panel.</a> Cytometry A. 97 (10), 1044-1051 (2020).</li>
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<li>Meryman, H. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryopreservation+of+living+cells%3A+principles+and+practice%5BTitle%5D)+AND+%22Transfusion%22%5BJournal%5D)">Cryopreservation of living cells: principles and practice.</a> Transfusion. 47 (5), 935-945 (2007).</li>
<li>Wohnhaas, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+integrity+in+cryopreserved+immune+cells+enables+robust+single-cell+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Immunol%22%5BJournal%5D)">RNA integrity in cryopreserved immune cells enables robust single-cell transcriptomics.</a> Front Immunol. 10, 204(2019).</li>
<li>Daae, L. N. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+haematological+parameters+in+capillary+and+venous+blood+samples+from+hospitalized+children%5BTitle%5D)+AND+%22Scand+J+Clin+Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Comparison of haematological parameters in capillary and venous blood samples from hospitalized children.</a> Scand J Clin Lab Invest. 51 (7), 651-654 (1991).</li>
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<li>Waaijer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spectral+flow+cytometry+panel+for+comprehensive+immunophenotyping%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Spectral flow cytometry panel for comprehensive immunophenotyping.</a> Cytometry A. 107 (4), 226-232 (2025).</li>
<li>Thieme-Ehlert, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OMIP-114%3A+a+36-color+spectral+flow+cytometry+panel%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">OMIP-114: a 36-color spectral flow cytometry panel.</a> Cytometry A. 107 (6), 364-371 (2025).</li>
<li>Yamawaki, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+high-throughput+single-cell+RNA-seq+methods%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods.</a> BMC Genomics. 22, 66(2021).</li>
<li>Stoeckius, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simultaneous+epitope+and+transcriptome+measurement+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells.</a> Nat Methods. 14 (9), 865-868 (2017).</li>
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<li>Kim, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perspectives+on+single-nucleus+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pathol+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Perspectives on single-nucleus RNA sequencing.</a> J Pathol Transl Med. 57 (1), 52-59 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,5 M EDTA, pH 8,0</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>15575-038&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>1x RBC Lysis Buffer&nbsp;</td><td>Invitrogen&nbsp;</td><td>3177165&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>BCA Protein Assay Kit &nbsp;</td><td>Abcam&nbsp;</td><td>ab287853&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>BD Microtainer MAP Microtube</td><td>Fisher Scientific&nbsp;</td><td>22-253-270</td><td></td></tr><tr><td>Bel-Art Cryo-Safe -1&deg; C Freeze Controller&nbsp;</td><td>Millipore Sigma&nbsp;</td><td>41122800&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Rinderserum-Albumin (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>A9647-100G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Ultra Violet 496 Anti-Human CD3&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>364-0038-42&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Ultra Violet 661 anti-Human CD11c&nbsp;</td><td>BD BioScience&nbsp;</td><td>612968&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Vil750 Anti-Human CD14&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>367135&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Violet 570 Anti-Human CD8a&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>301038&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Brilliant Violet 711 Anti-Mensch CD56 &nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>318336&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>cOmplete, Mini, EDTA-freier Protease-Inhibitor-Cocktail</td><td>Millipore Sigma&nbsp;</td><td>11836170001&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Kit zur Entfernung von toten Zellen;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-090-101&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Dimethylsulfoxid (DMSO)&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>BP231-100&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Dulbecco' s Phosphatgepufferte Kochsalzlösung (DPBS), kein Kalzium, kein Magnesium & Nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14190144&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum (FBS)&nbsp;</td><td>Gibco&nbsp;</td><td>A5256801&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Fisherbrand Digital Vortex Mixer&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>02215418&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Fixationspuffer&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>420801&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>GlutaMAX-Ergänzungsmittel</td><td>Gibco&nbsp;</td><td>35050061&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>MACS MultiStand&nbsp;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-042-303&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>MS-Kolumnen&nbsp;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-042-201&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Gesellschaft</td><td>Katalognummer</td><td></td></tr><tr><td>OctoMACS Separator&nbsp;</td><td>Miltenyi Biotec&nbsp;</td><td>130-042-109&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Pazifikblau Anti-Mensch CD4&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>344619&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Penicillin-Streptomycin (10.000 U/mL)</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>15140-122&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>RB780 Anti-Mensch CD33&nbsp;</td><td>BD Biosciences&nbsp;</td><td>755606&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Rierdge 3mm Metallpuncher&nbsp;</td><td>Rierdge&nbsp;</td><td>SDD231031PC-01&NBSP;</td><td></td></tr><tr><td>RPMI 1640 Mittel</td><td>Gibco&nbsp;</td><td>11875-093&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Spark UV 387 Anti-Human CD19&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>302289&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Tasso Collection Kits</td><td>Tasso&nbsp;</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Thermowissenschaftliche Schraubkappen-Mikroröhren</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>14-755-287&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Whatman 309 Proteinsaver</td><td>Cytiva&nbsp;</td><td>41111700&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Zombie NIR Wirksamkeitskit&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>423105&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td><stark>Software und Pakete</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Adobe Illustrator</td><td>2024</td><td></td><td></td></tr><tr><td>bbknn</td><td>1.5.1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>FlowJo</td><td>10.8.1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GraphPad-Prisma</td><td>9.4.0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Name</td><td>Version</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Scanpy</td><td>1.9.1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Srublet</td><td>0.2.3</td><td></td><td></td></tr><tr><td><starke>kommerzielle Assays</stark></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Chrom-Einzelzelle 5' Trikot</td><td>10X-Genomik</td><td>PN-1000263</td><td></td></tr><tr><td>Olink&nbsp; Enthüllen oder Ziel-96-Entzündungspanel</td><td>Olink</td><td>https://olink.com/products/olink-target-96</td><td></td></tr></tbody></table>

kartierung der infant-immunität mit minimalem input: integratives einzelzell- und multiomisches profiling

Mapping Infant Immunity with Minimal Input: Integrative Single-Cell and Multiomic Profiling

Kartierung der Infant-Immunität mit minimalem Input: Integratives Einzelzell- und multiomisches Profiling

At birth, the neonatal immune system is abruptly confronted with a radically different environment, rich in microbial and environmental stimuli. ...

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Research

Forschung

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie und Infektion

Dieses Protokoll beschreibt, wie die Expression einer großen Reihe von Genen auf der klonalen Ebene zu bewerten. Einzellige RT-qPCR produziert höchst zuverlässige Ergebnisse mit einer starken Empfindlichkeit für Hunderte von Proben und Gene.

Einzellige Gene Expression Mit Multiplex-RT-qPCR zum Charakterisieren Heterogene Rare Lymphatische Populations

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Bulk-gen Ausdruck Messungen Wolke Einzelzelle Unterschiede in heterogenen Zellpopulationen. Hier beschreiben wir ein Protokoll wie einzellige gen Expressionsanalyse und Index Sortierung durch die Blüte aktiviert Zelle sortieren (FACS) kann kombiniert werden, um die Heterogenität zu umreißen und immunophenotypisch charakterisieren molekular unterschiedliche Zellpopulationen.

Eine kombinatorische einzellige Ansatz zur molekularen Charakterisierung und Immunophenotypic Heterogenität der menschlichen Stammzellen und Vorläuferzellen Populationen

Quantitative Multiplex Immunoprecipitation (QMI) verwendet Durchflusszytometrie zum empfindlichen Nachweis von Unterschieden in der Häufigkeit gezielter Protein-Protein-Wechselwirkungen zwischen zwei Proben. QMI kann mit einer kleinen Menge an Biomaterial durchgeführt werden, erfordert keine gentechnisch veränderten Tags und kann für jedes zuvor definierte Protein-Interaktionsnetzwerk angepasst werden.

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Die Verwendung eines RNA-basierten Ansatzes zur Bestimmung quantitativer Immunprofile von soliden Tumorgeweben und zur Nutzung klinischer Kohorten für die Entdeckung von bioonkologischen Biomarkern wird durch molekulare und informatikische Protokolle beschrieben.

Predictive Immune Modeling von Solid Tumoren

Hier beschreiben wir eine einfache und zugängliche Strategie zur Visualisierung, Quantifizierung und Kartierung von Immunzellen in formalinfixierten Paraffin-eingebetteten Tumorgewebeabschnitten. Diese Methode kombiniert vorhandene Bildgebungs- und digitale Analysetechniken mit dem Ziel, die Multiplexing-Fähigkeit und die Multiparameteranalyse von Imaging-Assays zu erweitern.

Visualisierung, Quantifizierung und Kartierung von Immunzellpopulationen in der Tumormikroumgebung

Im Zeitalter der Immuntherapie und des genomischen Profilings von Einzelzellen erfordert die Krebsbiologie neuartige In-vitro- und Computerwerkzeuge, um die Tumor-Immun-Schnittstelle in einem geeigneten raumzeitlichen Kontext zu untersuchen. Wir beschreiben Protokolle zur Nutzung von mikrofluidischen Kokulturen des Tumor-Immunsystems in 2D- und 3D-Umgebungen, die mit einer dynamischen, multiparametrischen Überwachung zellulärer Funktionen kompatibel sind.

Mikrofluidische Co-Kulturmodelle zur Analyse der Immunantwort in in vitro Tumormikroumgebungen

Dieses Protokoll kombiniert Durchflusszytometrie und Einzelzell-RNA-Sequenzierung, um Mikrogliazellzustände im Kleinhirn von frühen postnatalen Mäusegehirnen zu isolieren und zu charakterisieren. Es verwendet enzymatische Dissoziation, Percoll-Zentrifugation und Immunfärbung, um die Heterogenität der Mikroglia aufzudecken und das Verständnis ihrer Rolle bei der Kleinhirnentwicklung und -erkrankung zu verbessern.

Durchflusszytometrie und Einzelzellanalyse zur Charakterisierung der Mikroglia-Aktivierung in der frühen postnatalen Entwicklung des Gehirns von Mäusen

Auswahl der Plasmodium falciparum Parasiten für Cytoadhesion zu Human Brain Endothelial Cells

Neutrophile sind die am häufigsten vorkommende Art von weißen Blutkörperchen. Die Isolierung von Neutrophilen aus menschlichem Blut durch die Dichtegradiententrennungsmethode und die Differenzierung von humanen promyelozytären (HL60) Zellen entlang des granulozytären Weges werden hier beschrieben; ihre Rolle bei der Empfindlichkeit von Lymphomzellen gegenüber Anti-Lymphom-Wirkstoffen zu testen.

Neutrophilen-Isolierung und Analyse zur Bestimmung ihrer Rolle in der Lymphom-Zellempfindlichkeit therapeutische Mittel

Erfahren Sie, wie hochdimensionales Immunprofiling aus minimalen Blutvolumina bei Neugeborenen durchgeführt wird. Diese Methode ermöglicht die longitudinale Analyse der Immunentwicklung bei Frühgeborenen.

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