ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Mattick JS, et al. Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations. Nat Rev Mol Cell Biol. 2023;24(6):430-447.</li>
	<li>Chen LL, Kim VN. Small and long non-coding RNAs: past, present, and future. Cell. 2024;187(23):6451-6485.</li>
	<li>Ferr&#232; F, Colantoni A, Helmer-Citterich M. Revealing protein-lncRNA interaction. Brief Bioinform. 2016;17(1):106-116.</li>
	<li>Yi W, Yan J. Decoding RNA-protein interactions: Methodological advances and emerging challenges. Adv Genet (Hoboken). 2025;6(2):2500011.</li>
	<li>Elguindy MM, Mendell JT. NORAD-induced PUMILIO phase separation is required for genome stability. Nature. 2021;595(7866):303-308.</li>
	<li>Gr&#228;we C, Stelloo S, Van Hout FAH, Vermeulen M. RNA-centric methods: Toward the interactome of specific RNA transcripts. Trends Biotechnol. 2021;39(9):890-900.</li>
	<li>Chu C, Chang HY. ChIRP-MS: RNA-directed proteomic discovery. Methods Mol Biol. 2018;1861:37-45.</li>
	<li>Chu C, et al. Systematic discovery of Xist RNA binding proteins. Cell. 2015;161(2):404-416.</li>
	<li>Suryo Rahmanto A, et al. K6-linked ubiquitylation marks formaldehyde-induced RNA-protein crosslinks for resolution. Mol Cell. 2023;83(23):4272-4289.e10.</li>
	<li>Sun W, et al. Genetically encoded chemical crosslinking of RNA in vivo. Nat Chem. 2023;15(1):21-32.</li>
	<li>Esteban-Serna S, McCaughan H, Granneman S. Advantages and limitations of UV cross-linking analysis of protein-RNA interactomes in microbes. Mol Microbiol. 2023;120(4):477-489.</li>
	<li>Welp LM, et al. Chemical crosslinking extends and complements UV crosslinking in analysis of RNA/DNA nucleic acid-protein interaction sites by mass spectrometry. Nucleic Acids Res. 2025;53(15).</li>
	<li>McHugh CA, Guttman M. RAP-MS: A method to identify proteins that interact directly with a specific RNA molecule in cells. Methods Mol Biol. 2018;1649:473-488.</li>
	<li>Lewandowski JP, et al. The Tug1 lncRNA locus is essential for male fertility. Genome Biol. 2020;21(1):237.</li>
	<li>Wang S, et al. LncRNA Tug1 maintains blood-testis barrier integrity by modulating ccl2 expression in high-fat diet mice. Cell Mol Life Sci. 2022;79(2):114.</li>
	<li>Li Y, et al. The landscape of RNA binding proteins in mammalian spermatogenesis. Science. 2024;386(6720).</li>
	<li>Xu Q, et al. Enhanced Crosslinking Immunoprecipitation (eCLIP) Method for Efficient Identification of Protein-bound RNA in Mouse Testis. J Vis Exp. 2019;(147):59681.&#160;</li>
	<li>Raj A, Van Den Bogaard P, Rifkin SA, Van Oudenaarden A, Tyagi S. Imaging individual mRNA molecules using multiple singly labeled probes. Nat Methods. 2008;5(10):877-879.</li>
	<li>Urdaneta EC, et al. Purification of cross-linked RNA-protein complexes by phenol-toluol extraction. Nat Commun. 2019;10(1):990.</li>
	<li>Van Nostrand EL, et al. Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP). Nat Methods. 2016;13(6):508-514.</li>
	<li>Van Nostrand EL, et al. A large-scale binding and functional map of human RNA-binding proteins. Nature. 2020;583(7818):711-719.</li>
	<li>Dun MD, Aitken RJ, Nixon B. The role of molecular chaperones in spermatogenesis and the post-testicular maturation of mammalian spermatozoa. Hum Reprod Update. 2012;18(4):420-435.</li>
	<li>Urdaneta EC, Beckmann BM. Fast and unbiased purification of RNA-protein complexes after UV cross-linking. Methods. 2020;178:72-82.</li>
	<li>Greenberg JR. Ultraviolet light-induced crosslinking of mRNA to proteins. Nucleic Acids Res. 1979;6(2):715-732.</li>
	<li>Rinn JL, et al. Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell. 2007;129(7):1311-1323.</li>
	<li>Clemson CM, et al. An architectural role for a nuclear noncoding RNA: NEAT1 RNA is essential for the structure of paraspeckles. Mol Cell. 2009;33(6):717-726.</li>
	<li>Chen H, et al. Dissecting mammalian spermatogenesis using spatial transcriptomics. Cell Rep. 2021;37(5):109915.</li>
	<li>Hafner M, et al. CLIP and complementary methods. Nat Rev Methods Primers. 2021;1(1):20.</li>
	<li>Ramanathan M, Porter DF, Khavari PA. Methods to study RNA-protein interactions. Nat Methods. 2019;16(3):225-234.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,25% Trypsin-EDTA-Lösung</td><td>Gibco</td><td>25200056</td><td>zur Gewebedissoziation und Herstellung von Einzelzellsuspensionen</td></tr><tr><td>100% Ethanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>459844</td><td>zur RNA-Aufreinigung</td></tr><tr><td>AffinityScript Reverse Transkriptase</td><td>Agilent</td><td>600107</td><td>für eCLIP-cDNA-Synthese</td></tr><tr><td>Anti-CCT3-Antikörper</td><td>Abcam</td><td>Ab225878</td><td>Antikörper für eCLIP</td></tr><tr><td>Anti-PABPC1-Antikörper</td><td>Abcam</td><td>Ab312314</td><td>Antikörper für eCLIP&nbsp;</td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C2432</td><td>zur RNA-Extraktion</td></tr><tr><td>Kollagenase Typ IV</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C5138</td><td>zur enzymatischen Dissoziation von Hodengewebe</td></tr><tr><td>Dephosphorylierungsreagenzien (T4 PNK)</td><td>New England Biolabs</td><td>M0201S</td><td>zur Dephosphorylierung von eCLIP-RNA</td></tr><tr><td>DMEM-Medium mit hohem Glukosegehalt</td><td>Gibco</td><td>11965092</td><td>zur Zellkultur und als Puffer für Gewebedissoziation</td></tr><tr><td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1 Magnetische Perlen</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>65001</td><td>zur Kapselung von biotinylierten Probe-RNA-Protein-Komplexen</td></tr><tr><td>DynaMag-15 Magnet</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12301D</td><td>zur magnetischen Perlenabtrennung</td></tr><tr><td>DynaMag-2 Magnet</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12321D</td><td>zur magnetischen Perlenabtrennung</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E9884</td><td>zur Chelatierung von zweiwertigen Kationen in Lysis- und Waschpuffern</td></tr><tr><td>Exonuklease I</td><td>New England Biolabs</td><td>M0293S</td><td>zur eCLIP-cDNA-Reinigung</td></tr><tr><td>Fötales Rinderserum (FBS)</td><td>Gibco</td><td>10099141C</td><td>zum Stoppen der Trypsinverdauung</td></tr><tr><td>Formamid</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9342</td><td>zur Hybridisierungspufferzubereitung</td></tr><tr><td>Hybridisierungsofen</td><td>TUOHE</td><td>LF-I</td><td>zur Hybridisierung von Sonden und zum Waschen der Perlen</td></tr><tr><td>Agarose mit niedriger Schmelztemperatur</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A9414</td><td>zur Größenselektion von eCLIP-Bibliotheken</td></tr><tr><td>MinElute Gel-Extraktions-Kit</td><td>Qiagen</td><td>28604</td><td>zur Größenselektion von eCLIP-Bibliotheken</td></tr><tr><td>miRNeasy Mini-Kit</td><td>Qiagen</td><td>217004</td><td>zur RNA-Reinigung</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td>zur Herstellung von Hochsalz-Waschpuffer</td></tr><tr><td>Nitrozellulosemembran</td><td>GE Healthcare / Amersham</td><td>10600002</td><td>zur Western Blot Übertragung von eCLIP</td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>85125</td><td>für Waschpufferdetergentien</td></tr><tr><td>Nukleasen- und Protease-freies Wasser</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10977035</td><td>zur Herstellung nucleasenfreier Lösungen</td></tr><tr><td>NuPAGE 4-12% Bis-Tris-Gel</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>NP0322BOX</td><td>zur Größenselektion von eCLIP</td></tr><tr><td>NuPAGE Bis-Tris-Fertiggele</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>NP0321BOX</td><td>zur SDS-PAGE-Proteintrennung</td></tr><tr><td>PBS (pH 7,4)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10010023</td><td>zum Zellwaschen und Resuspendieren</td></tr><tr><td>Phenylmethylsulfonylfluorid (PMSF)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P7626</td><td>Serinprotease-Inhibitor für Zelllysepuffer; frisch vor der Verwendung zugegeben</td></tr><tr><td>Proteaseinhibitor-Cocktail</td><td>Roche</td><td>4693132001</td><td>Breitspektrum-Proteaseinhibitor für Zelllysepuffer; frisch vor der Verwendung zugegeben</td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P4850</td><td>zur Proteinverdauung bei RNA-Extraktion</td></tr><tr><td>qRT-PCR-Mastermix</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11704044</td><td>zur quantitativen RT-PCR zur Bestätigung der RNA-Anreicherung</td></tr><tr><td>RNase/Protease-freie DNase I-Lösung</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>EN0521</td><td>zur Gewebedissoziation</td></tr><tr><td>RNeasy Mini-Kit</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>zur RNA-Reinigung</td></tr><tr><td>SDS-PAGE-Probenfärbemittel</td><td>Beyotime</td><td>P0286</td><td>zur Proteinprobenvorbereitung</td></tr><tr><td>Shrimp Alkaline Phosphatase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0371S</td><td>zur eCLIP-cDNA-Reinigung</td></tr><tr><td>Silberfärbe-Kit</td><td>Beyotime</td><td>P00175</td><td>zur Visualisierung von Proteinen in SDS-PAGE-Gelen</td></tr><tr><td>Natriumdeoxycholat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D6750</td><td>für Waschpufferdetergentien</td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfat (SDS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L3771</td><td>zur Zelllyse und Proteindenaturation</td></tr><tr><td>Superase-in RNase-Inhibitor</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2694</td><td>spezialisierter RNase-Inhibitor; frisch vor der Verwendung zugegeben</td></tr><tr><td>T4-RNA-Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0204</td><td>zur eCLIP-Adapterligierung</td></tr><tr><td>Tris–HCl (pH 7,0)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T5941</td><td>zur Herstellung von Lyse-, Hybridisierungs- und Waschpuffern</td></tr><tr><td>TRIzol-Reagenz</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15596026CN</td><td>zur RNA-Extraktion</td></tr><tr><td>Ultraschall-Zellbrecher</td><td>ATPIO</td><td>ATPIO-650D</td><td>zur Zelllyse und DNA-Fragmentierung</td></tr><tr><td>Ultraviolett-Quervernetzer</td><td>Analytik Jena</td><td>UVP CL-1000</td><td>zur UV-Quervernetzung von RNA-Protein-Interaktionen</td></tr><tr><td>Harnstoff</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U5128</td><td>zur eCLIP-Proteindegradation auf der Membran</td></tr></tbody></table>

eine uv-basierte chirp-methode zur verifizierbaren identifikation von proteinen, die direkt mit lncrna interagieren: von kultivierten zellen bis zum maus-hoden

A UV-Based ChIRP Method For The Verifiable Identification of Proteins That Directly Interact With LncRNA: From Cultured Cells To Mouse Testis

Eine UV-basierte ChIRP-Methode zur verifizierbaren Identifikation von Proteinen, die direkt mit LncRNA interagieren: Von kultivierten Zellen bis zum Maus-Hoden

Long non-coding RNAs (lncRNAs) have emerged as important regulators of diverse biological processes. However, the molecular mechanisms underlying the ...

Unsere Forschung hat cPDiRT entwickelt, eine UV-Vernetzungsmethode, um RNA-Protein-Interaktionen direkt sowohl in Kulturzellen als auch in nativen Geweben wie Hoden abzubilden und so die molekularen Mechanismen von TUG1 in der Spermatogenese aufzuklären. Dieses Protokoll ermöglicht die direkte Abbildung von RNA-Protein-Interaktionen in einem breiteren Spektrum an Systemen, von Kulturzellen bis hin zu intakten, nativen Geweben. Beginnen Sie damit, die GC2-Zellen dreimal mit PBS zu waschen, um das restliche Kulturmedium zu entfernen.Anschließend drei Milliliter PBS zur Platte hinzufügen und gleichmäßig verteilen, bevor die Vernetzung erfolgt. Die Zellen in einem 254-Nanometer-Ultraviolett-Vernetzungsgerät mit einer Dosis von 4.000 Millijoule pro Quadratzentimeter bestrahlen. Die Zellen in PBS sammeln und die Zellsuspension bei vier Grad Celsius mit 3000G fünf Minuten lang zentrifugieren.Nach dem Verwerfen des Überstandes das Pellet wiegen und eine Mindestmasse von 500 Milligramm pro Probe bestätigen. Hoden von vierwöchigen männlichen C57BL6-Mäusen sammeln. Das entkapselte Hodengewebe zweimal mit 5 bis 10 Milliliter DMEM waschen.Anschließend inkubieren Sie 100 Milligramm Gewebe mit 10 Milliliter DMEM, das ein Milligramm pro Milliliter Kollagenase IV enthält, bei 37 Grad Celsius. Setzen Sie die Verdauung 5 bis 15 Minuten lang fort, bis die Samenkanälchen freigesetzt sind. Danach zentrifugieren Sie die Suspension bei 1000G für eine Minute bei vier Grad Celsius und entfernen Sie den Überstand.Waschen Sie das Pellet mit 5 bis 10 Milliliter DMEM. Zentrifugieren Sie die Suspension erneut bei 1000×g für eine Minute bei vier Grad Celsius. Und resuspendieren Sie das Pellet in 0,25 % Trypsin, das ein Milligramm pro Milliliter Desoxyribonuklease I enthält. Inkubieren Sie die Suspension bei 37 Grad Celsius für 5 bis 15 Minuten.Anschießend eine gleiche Menge DMEM mit 10 % FBS hinzufügen, um die enzymatische Verdauung zu stoppen. Die Suspension durch einen 70-Mikrometer-Zellsieb filtern. Die Zellen bei 2000 × g fünf Minuten bei vier Grad Celsius zentrifugieren.Entfernen Sie den Überstand und waschen Sie das Pellet mit 5 bis 10 Milliliter PBS. Zentrifugieren Sie die Suspension erneut bei 2000G für fünf Minuten bei vier Grad Celsius. Resuspendieren Sie die Einzelzell-Suspension in PBS und verteilen Sie sie gleichmäßig auf eine 15 cm große Kulturschale.Vernetzen Sie die Hodenzellen wie zuvor für GC2-Zellen gezeigt. Lassen Sie bei den Kontrollzellen die Bestrahlung aus. Sammeln Sie die vernetzten Zellen ein.Zentrifugieren Sie die Suspension bei 3000G für fünf Minuten bei vier Grad Celsius und verwerfen Sie den Überstand. Stellen Sie eine Mindestpelletmasse von 500 Milligramm sicher, indem Sie aus mindestens 10 bis 12 Mäusen isolierte Hodenzellen sammeln. Nach dem Wiegen des Pellets suspendieren Sie diesen erneut in Zelllysepuffer im Verhältnis von 100 Milligramm Pellet pro ein Milliliter Puffer.Nach dem Wirbeln das Probenmaterial mit einem fokussierten Ultraschallzerreißer oder einem Ultraschallbad so lange sonizieren, bis das Lysat optisch klar erscheint. Anschließend etwa 10 Mikroliter des Lysats für die RNA- und Proteinanalyse in Mikrozentrifugenröhrchen portionieren. 30 Mikroliter vorgewaschene magnetische Kügelchen zum Lysat hinzufügen.Inkubieren Sie die Proben 30 Minuten bei 37 Grad Celsius mit sanftem Mischen in einem Hybridisierofen. Stellen Sie die Proben etwa eine Minute lang oder bis die Lösung klar wird auf einen Magnethalter. Überführen Sie das geklärte Lysat in ein frisches Röhrchen.Stellen Sie das neue Röhrchen auf den Magnethalter. Überführen Sie dann das Lysat in ein anderes Röhrchen, um eventuelle Reste von Perlen zu entfernen. Geben Sie zwei Volumina Hybridisierungspuffer, der auf 37 Grad Celsius temperiert ist, zu jeder Probe hinzu.Fügen Sie biotinylierte DNA-Sonden im Verhältnis von einem Mikroliter 100-Mikromolar-Sondenstammlösung pro Milliliter Lyssat hinzu. Inkubieren Sie die Proben 12 bis 16 Stunden bei 37 Grad Celsius mit End-over-End-Rotation in einem Hybridisierungsbrutschrank. Spülen Sie unmittelbar vor der Verwendung 100 Mikroliter Streptavidin-Magnetkugeln dreimal mit Zelllysepuffer.Entfernen Sie nach der letzten Waschung den restlichen Puffer. Zentrifugieren Sie die Hybridisierungsreaktionsgefäße kurz. Geben Sie dann die hybridisierte Probe zu den gewaschenen Kügelchen und mischen Sie vorsichtig.Bringen Sie die Beadsuspension in das ursprüngliche Röhrchen zurück und inkubieren Sie sie 30 bis 40 Minuten bei 37 Grad Celsius unter Rühren. Nach der Inkubation zentrifugieren Sie die Proben kurz. Stellen Sie die Röhrchen ein bis zwei Minuten auf einen Magnethalter, oder bis die Lösung klar wird.Danach die Überstände verwerfen. Zum Waschen der Kügelchen ein Milliliter Waschpuffer hinzufügen und die Röhrchen fünf Minuten lang im Hybridisierofen bei 37 Grad Celsius inkubieren. Nach fünf Waschschritten 1–10 % der Kügelchen zur RNA-Analyse in ein frisches Röhrchen überführen.Schließlich 40 µL 1X SDS-Probenpuffer zu den verbleibenden Perlen hinzufügen. Die Proben 30 Minuten bei 95 °C auskochen, um die Proteine zu eluieren und die Vernetzungen rückgängig zu machen. Die Proteine für die nachgeschaltete Massenspektrometrie-Analyse gewinnen.Die ChIRP-Massenspektrometrie-Analyse identifizierte in GC2-Zellen mehr als 190 Proteine, die im Vergleich zur negativen Kontrolle angereichert waren. Bei einer UV-Dosis von 4.000 Millijoule pro Quadratzentimeter identifizierte cPDiRT-MS eine selektivere Proteingruppe. Mehr als zwei Drittel dieser Proteine überlappten sich mit denjenigen, die mittels herkömmlicher ChIRP-MS identifiziert wurden.Die meisten Proteine, die mit mindestens zwei eindeutigen Peptiden identifiziert wurden, wurden reproduzierbar in biologischen Wiederholungen sowohl in GC2-Zellen als auch in Maustestes nachgewiesen. Die Genontologie-Analyse der reproduzierbar identifizierten Proteine ergab biologische Prozesse, die im Allgemeinen mit den bekannten Funktionen von TUG1 übereinstimmen. Der Vergleich der Datensätze aus GC2-Zellen und Maustestes identifizierte 15 Proteine, die gemeinsam angereichert waren.Die verbesserte Cross-Linking-Immunpräzipitationsequenzierung zeigte klare und spezifische Bindungsspitzen auf dem TUG1-Transkript für PABPC1 und CCT3. cPDiRT ermöglicht es Forschern, Proteine zu identifizieren und zu quantifizieren, die direkt mit einer bestimmten verknüpften RNA in Kulturzellen sowie in nativen Geweben interagieren. Die größte Herausforderung besteht darin, eine effiziente UV-Vernetzung zu erreichen, während gleichzeitig eine hohe Spezifität für direkte RNA-Protein-Interaktionen gewährleistet wird.Unser Protokoll wird zukünftige Studien unterstützen, diesen Ansatz auf andere RNAs und Gewebe anzuwenden, um die direkte Umsetzung von RNA in Proteine während der Entwicklung und der Fortpflanzung zu untersuchen.

a-uv-based-chirp-method-for-verifiable-identification-proteins-that

Research

Forschung

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Eine Schritt für Schritt-Protokoll zur Isolierung und Identifizierung von RNA assoziiert Komplexe durch RIP-Chip.

Verfahren zur Isolierung und Identifizierung von mRNAs, microRNAs und Protein-Komponenten des Ribonucleoprotein Komplexe aus Zellextrakten mit RIP-Chip

Chirp ist eine neuartige und schnelle Technik, um genomische Bindungsstellen der langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs) abzubilden. Die Methode nutzt die Spezifität der anti-sense-Oligonukleotide Fliesen um die Auszählung von lncRNA-gebundene genomische Stellen zu ermöglichen.

Chromatin Isolierung von RNA-Reinigung (Chirp)

Wir präsentieren eine Variation der QUICK (quantitativen Immunpräzipitation mit Knockdown kombiniert) Ansatz, der zuvor wurde eingeführt, um zwischen wahr und falsch Protein-Protein-Wechselwirkungen zu unterscheiden. Unser Ansatz basiert...

Ein Protokoll für die Identifizierung von Protein-Protein-Wechselwirkungen Basierend auf<sup&gt; 15</sup&gt; N Metabolische Markierung, Immunpräzipitation, Quantitative Massenspektrometrie und Affinity Modulation

Dieses Video zeigt die eCLIP-Methode (Enhanced Crosslinking Immunoprecipitation) zur Identifizierung von RNA-bindenden Proteinen in Maushoden. eCLIP ermöglicht die präzise Identifizierung von Bindungsstellen, an denen RNA-bindende Proteine (RBPs) mit ihren Ziel-RNAs interagieren.

Eine verbesserte Crosslinking-Immunpräzipitationsmethode zur effizienten Identifizierung von proteingebundener RNA in Maushoden

SILAC Immunpräzipitationsexperimenten stellt ein wirksames Mittel zur Entdeckung neuer Protein-Protein-Interaktionen. Dadurch, dass die genaue relative Quantifizierung von Protein Hülle und Fülle in den Kontroll-und Testproben, true Wechselwirkungen können leicht von experimentellen Verunreinigungen unterschieden werden, und niedriger Affinität Wechselwirkungen durch die Verwendung von weniger strengen Pufferbedingungen erhalten.

Identifizierung von Protein-Interaktionspartner in Säugetierzellen mit SILAC-Immunpräzipitation Quantitative Proteomics

Lumineszierende Identifizierung von funktionellen Elementen in 3' untranslatierten Regionen (3'UTRs) (3'LIFE) ist eine Technik zur Identifizierung der funktionellen Regulation in 3'UTRs durch miRNAs oder andere regulatorische Faktoren. Dieses Protokoll verwendet Hochdurchsatzmethoden wie 96-Well-Transfektion und Luciferase-Assays, um Hunderte von mutmaßlichen Wechselwirkungen auf funktionelle Repression zu untersuchen.

Nachweis von miRNA Targets in Hochdurchsatz-Verwendung des 3&#39;LIFE Assay

Wir haben ein Verfahren zur Reinigung von Koregulierung Wechselwirkung Proteine ​​etabliert unter Verwendung der LC-MS / MS-System.

Ein Protein Herstellungsverfahren für die Hochdurchsatz-Identifizierung von Proteinen Interagieren mit nuklearen Cofaktor LC-MS / MS-Analyse

Diese RNA Pulldown-Methode ermöglicht es, die RNA-Ziele eine lange nicht-kodierende RNA (LncRNA) zu identifizieren. Basierend auf der Hybridisierung von hausgemachten, gestaltete Gegenstrang DNA-Oligonukleotid Sonden spezifisch für diese LncRNA in einem entsprechend festen Gewebe oder Zell-Linie, ermöglicht es effizient die Erfassung aller RNA-Ziele von der LncRNA.

RNA-Pulldown-Verfahren, RNA-Ziele eine lange nicht-kodierende RNA zu identifizieren

Dieser Bericht beschreibt eine schnelle und zuverlässige Methode zur Validierung von mRNA Ziele der zellulären MiRNAs. Die Methode verwendet, die synthetische biotinylierte gesperrt Nukleinsäure LNA-basierte MiRNA imitiert erfassen gezielt mRNA. Anschließend Streptavidin beschichteten magnetische Beads werden eingesetzt, um Pulldown das Ziel mRNA zur Quantifizierung von qPCR-Polymerase-Kettenreaktion.

Biotin-basierte Pulldown Assay, Validate mRNA Ziele der zellulären miRNAs

Hier stellen wir ein eCLIP-Protokoll vor, um die wichtigsten RNA-Ziele von RBP-Kandidaten in Hoden zu ermitteln.

Verbesserte Vernetzung der Immunoptierungsmethode (eCLIP) zur effizienten Identifizierung der proteingebundenen RNA in Mäusetestis

Nanjing Medical University.  Eine UV-basierte ChIRP-Methode zur Identifizierung direkter lncRNA-Protein-Interaktionen.

Eine UV-basierte ChIRP-Methode zur verifizierbaren Identifikation von Proteinen, die direkt mit LncRNA interagieren: Von kultivierten Zellen bis zum Maus-Hoden

Weitere Videos entdecken