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Un solo organismo puede contener miles de proteínas diferentes, y la mayoría de estas proteínas deben interactuar con otras proteínas para realizar sus funciones.
Muchas proteínas tienen múltiples socios de unión, lo que da lugar a una compleja red de interacciones proteicas.
Varias técnicas de laboratorio, incluidos los métodos bioquímicos y computacionales, ayudan a los científicos a comprender estas redes de proteínas.
El marcaje de afinidad es un método que se utiliza a menudo para aislar una proteína junto con cualquier otra molécula que interactúe. Una etiqueta de afinidad es un motivo de aminoácido que se añade genéticamente a la proteína de interés. Esta etiqueta se puede utilizar para aislar la proteína objetivo junto con otras proteínas asociadas a ella.
Las proteínas que interactúan con la proteína marcada se pueden analizar para determinar su identidad y nuevas interacciones.
Un método para analizar estas interacciones de proteínas desconocidas es dividir las proteínas en segmentos cortos y analizarlas con un espectrómetro de masas para determinar las secuencias de aminoácidos. Estas secuencias se pueden comparar con las bases de datos de secuencias de proteínas existentes para identificar proteínas asociadas desconocidas.
Además, las bases de datos de libre acceso, como IntAct, tienen datos de interacción proteína-proteína cargados por investigadores de todo el mundo disponibles para su comparación. Otras bases de datos, junto con un número creciente de herramientas bioinformáticas avanzadas, se pueden utilizar para predecir las interacciones moleculares de una proteína desconocida
Los mapas de redes de interacción proteína-proteína se utilizan para visualizar estas interacciones entre las proteínas de una célula. Los círculos son nodos, que representan una proteína en particular, y las líneas son bordes, que conectan una proteína con las otras proteínas que interactúan.
El examen de los mapas de interacción de las proteínas puede ayudar a predecir las funciones de las proteínas. Si el patrón de interacción de los bordes de conexión de una proteína desconocida es similar al de otro nodo, estos dos nodos pueden actuar de manera similar.
Algunos nodos aparecerán como centros altamente conectados, cuyo estudio puede conducir al descubrimiento de mecanismos fundamentales para mantener la salud de la célula, ayudando así en el desarrollo de fármacos.
Un organismo puede tener miles de proteínas diferentes y estas proteínas deben cooperar para garantizar la salud de un organismo. Las proteínas se une…
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