Macrodisección de tejido tumoral FFPE: una técnica para obtener tejido tumoral específico a partir de muestras sin teñir

Resumen

Fuente: Sugimoto, K. et al. Análisis de todo el genoma de la metilación del ADN en el cáncer gastrointestinal. J. Vis. Exp. (2020)

Este video describe un método para la macrodisección manual de tejido canceroso a partir de muestras de tejido sin teñir para obtener un tejido canceroso específico. La sección de tejido se puede procesar aún más para obtener ADN para estudios de todo el genoma en cánceres gastrointestinales.

Protocolo

1. Raspando las diapositivas

1. Prepare tampón de digestión/lisis con 650 mL de agua tratada con dietilpirocarbonato (DEPC), 100 mL de ácido etilendiaminotetraacético (EDTA), 50 ml de clorhidrato de Tris (Tris-HCL) 2 M pH 8.8 y 200 mL de dodecil sulfato de sodio (SDS) al 10% (ver Tabla de Materiales).
2. Llene un tubo de polipropileno de un solo uso de 1,5 mL con 80 μL de tampón de digestión/lisis (consulte la tabla de materiales).
3. Coloque una punta de pipeta limpia en el tampón.
4. Identificar los tejidos cancerosos de la zona tumoral más adecuados para la macrodisección de acuerdo con la sección apropiada teñida con H&E.
5. Macrodiseccionar el tejido canceroso a partir de la sección marcada con tinción de H y E.
   1. Tome una hoja de afeitar limpia y raspe suavemente el tejido canceroso del portaobjetos, tratando de mantenerlo en una sola pieza para que sea más fácil trabajar con él.
   2. Saque la punta de la pipeta de un tubo de polipropileno de un solo uso que contenga tampón y utilícela para transferir el tejido desechado al vial tampón (consulte la Tabla de materiales).
      NOTA: La punta mojada debe atraer el tejido, lo que facilita la transferencia.
6. Repita el paso 1.5 con el resto de las diapositivas.
7. Después de que todo el tejido esté en el tubo de polipropileno de un solo uso, use la punta para asegurarse de que el tejido esté completamente sumergido y no esté pegado a la pared del tubo.
8. Añada 20 μL de una serina proteasa relacionada con la subtilisina al vial y agite suavemente para mezclar (consulte la tabla de materiales).
9. Coloque el vial en un bloque de calor a 55 °C durante al menos 4 h o toda la noche. Asegúrese de hacer un vórtice ligeramente después de 2 h.

Materiales

Lista de materiales utilizados en este artículo

Nombre	Empresa	Número de catálogo	Comentarios
10% Dodecil sulfato de sodio (SDS)	Calidad Biológica	351-032-721 EA
Agua tratada con DEPC	Calidad Biológica	351-068-131
Ácido etilendiaminotetraacético (EDTA)	Corning	46-034-CL
Clorhidrato de tris (Tris-HCL) 2 m pH 8,8	Calidad Biológica	351-092-101
Proteinasa K	Biolaboratorios de Nueva Inglaterra	P8107S
Tubo de polipropileno (Eppendorf) de un solo uso	Eppendorf	24533495