La embriogénesis es un proceso dinámico que se estudia mejor mediante técnicas que permiten documentar los cambios del desarrollo in vivo. El uso de proteínas fluorescentes codificadas genéticamente ha demostrado ser una estrategia valiosa para elucidar los procesos morfogenéticos dinámicos tal como ocurren en el organismo intacto. Durante la última década, el desarrollo de proteínas fluorescentes fotoactivables y fotoconvertibles ha abierto la posibilidad de investigar el destino de subpoblaciones discretas de proteínas marcadas1. A diferencia de las proteínas fotoactivables, las proteínas fluorescentes fotoconvertibles (PCFP) pueden rastrearse e imagenarse fácilmente en su estado de emisión nativo antes de la fotoconversión, lo que facilita la identificación y selección de regiones mediante inspección óptica. Las PCFP, como Kaede2, KikGR3, Dendra4 y EosFP5, pueden cambiar de verde a rojo tras la exposición a luz UV o azul debido a una secuencia tripeptídica His-Tyr-Gly que forma un cromóforo verde que puede fotoconvertirse en uno rojo mediante una β-eliminación catalizada por luz y posterior extensión de un sistema π-conjugado3. Las PCFP y sus variantes monoméricas son herramientas útiles para el seguimiento de células6-10 y el estudio de la dinámica de proteínas11-14, respectivamente. En los últimos años, las PCFP se han expresado en diferentes modelos animales, como el pez cebra6, el pollo7,8 y el ratón9,10, para el seguimiento del destino celular. Aquí presentamos un protocolo para la fotoconversión específica de células mediante PCFP en embriones vivos de pez cebra y el posterior seguimiento de las proteínas fotoconvertidas en etapas posteriores del desarrollo. Esta metodología permite estudiar, de manera específica para cada tejido, los eventos biológicos celulares que subyacen a la morfogénesis en el modelo animal del pez cebra.