El ensayo Casp3 tal como se presenta en este protocolo está destinado a ser sencillo y, si se realiza como se indica en este documento, debería dar lugar a una relación señal-ruido sólida. Los pasos críticos de este protocolo incluyen el uso de tampón PDT fresco 1x para todos los lavados, una longitud suficiente de los pasos de lavado en el tampón PDT después de la incubación de embriones en el anticuerpo primario, un manejo cuidadoso de los embriones y una contabilidad meticulosa de todos los embriones dentro de tubos o pipetas de transferencia durante todos los pasos del protocolo.
En nuestra experiencia, las siguientes son las razones más comunes de la falta de una señal en los controles positivos: 1) 1x PBST se sustituye por 1x PDT durante los pasos de lavado, 2) 1x tampón PDT tiene más de un mes, 3) se utilizó el anticuerpo secundario incorrecto, 4) los embriones tienen más de 32 hpf y/o 5) se analizaron más de 40 embriones en un tubo. Cuando surgen resultados inconsistentes o variabilidad dentro de las muestras, esto generalmente se debe a que 1) no se tuvo cuidado para garantizar que todos los embriones permanecieran dentro del líquido en todo momento durante el procedimiento, y / o 2) los embriones no se incubaron con suficiente balanceo. Los altos niveles de ruido de fondo a menudo se visualizan como una neblina fluorescente general que surge en todo el tejido animal del embrión (ver Figura 4, "fluorescencia de fondo"). Puede surgir una mala relación señal-ruido cuando 1) los embriones no se lavaron durante el tiempo suficiente después del anticuerpo primario, y / o 2) los embriones se dejaron en PFA o metanol durante más tiempo del recomendado. Si los embriones no permanecen intactos al final del ensayo: 1) las soluciones no se agregaron gota a gota después de la fijación con PFA, y / o 2) la velocidad del balancín durante los pasos de incubación se estableció demasiado alta.
La visualización de montaje completo inherente al ensayo Casp3 es útil para la localización espacial de células apoptóticas. Sin embargo, la especificidad del tejido es aproximada y probablemente dependerá de técnicas de coetiquetado (ver Figura 5) y / o seccionamiento de embriones para identificar la identidad exacta de las células que experimentan apoptosis. En el protocolo descrito aquí, el comarcaje está limitado por el requisito del anticuerpo específico derivado de conejo utilizado en nuestro ensayo. No hemos identificado un anticuerpo anti-Caspasa 3 antiactivado no derivado de conejo disponible comercialmente que marque específicamente las células apoptóticas mediante inmunofluorescencia de montaje completo en embriones de pez cebra. Por lo tanto, los anticuerpos específicos del tipo celular que se crían en conejos no serán compatibles con el ensayo Casp3 para experimentos de coetiquetado. Una alternativa es realizar un ensayo TUNEL que requiere un anticuerpo derivado de ratón para marcar células apoptóticas6. Sin embargo, hemos encontrado que el ensayo TUNEL de montaje completo realizado en embriones de pez cebra es muy sensible a una serie de variables en la reacción, incluida la concentración de la enzima TdT, la duración de la incubación del embrión en la enzima TdT y el número de embriones presentes por tubo (nuestras observaciones no publicadas). Por lo tanto, es un desafío encontrar un equilibrio de enzimas que brinde una interpretación consistente de los resultados. Por lo tanto, una alternativa preferible es analizar células apoptóticas en embriones de pez cebra transgénicos que expresan un fluoróforo (con anticuerpos robustos disponibles comercialmente) como GFP en un tipo de célula específico. Luego, se pueden realizar experimentos de coetiquetado utilizando un anticuerpo primario anti-Gfp de ratón seguido de un anticuerpo secundario anti-ratón fluorescente verde. Consulte la Figura 5 para ver un ejemplo.
Si bien el protocolo Casp3 proporciona una tinción robusta y confiable de células apoptóticas en embriones desde la etapa de 4 células hasta 32 hpf, tiene una aplicación limitada más allá de 32 hpf debido a la incapacidad de los anticuerpos para penetrar en la piel de embriones más viejos. Las técnicas adicionales para permeabilizar los embriones, incluido el tratamiento con colagenasa, tripsina, acetona o etanol, podrían optimizarse para adaptar este ensayo al análisis de embriones más viejos. Sin embargo, la tinción con AO se puede realizar en peces cebra vivos hasta al menos 5 días de edad9. Por lo tanto, el ensayo AO elude la restricción de la etapa embrionaria y representa un ensayo rápido para analizar células apoptóticas (1-2 horas). Por el contrario, el ensayo Casp3 requiere la fijación nocturna de los embriones y tarda de 2 a 4 días en completarse. Las desventajas del ensayo AO incluyen que la documentación fotográfica eficiente de los embriones puede ser un desafío con múltiples muestras, ya que los embriones están vivos y las células apoptóticas se forman y eliminan rápidamente. Esto puede ser especialmente problemático si es necesario montar embriones para obtener una orientación específica para la documentación. Además, hemos encontrado que la tinción de AO disminuye después de la fijación con PFA, por lo que no es compatible con experimentos de comarcaje que involucran inmunofluorescencia.
El análisis cuantitativo de la caspasa 3 activada se puede realizar utilizando programas de software que miden la intensidad de fluorescencia de las imágenes documentadas. Hemos cuantificado la apoptosis inducida por IR en el tejido neural, un método que hemos descrito en detalle en otra parte10. Dependiendo del experimento, el análisis cuantitativo de la caspasa 3 activada puede requerir una manipulación adicional de los embriones, como el montaje plano, para obtener la orientación adecuada para un análisis óptimo de los tejidos. Además, la linealidad del análisis dependerá del grosor del tejido que se esté analizando. Por ejemplo, analizamos la apoptosis inducida por IR en el tejido neural midiendo la inmunofluorescencia de caspasa 3 activa en el tejido neural poco profundo de la médula espinal en lugar del tejido denso en neuronas del cerebro4,10.
En nuestra experiencia, el ensayo Casp3 es el ensayo más robusto y confiable disponible para analizar la apoptosis en embriones de pez cebra entre la etapa de 4 células y 32 hpf cuando el análisis requiere mucho tiempo para la documentación. Cuando se dispone de anticuerpos o líneas transgénicas apropiadas para identificar células específicas, este ensayo también es muy susceptible de comarcaje para identificar los tipos específicos de células que sufren apoptosis.