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La citometría de flujo ha permitido el análisis de alta velocidad de grandes números de células individuales, lo que contribuyó a nuestra comprensión de la heterogeneidad en las poblaciones clonales 6. Citometría de flujo regular no es factible para el análisis de los sedimentos miceliales multicelulares de estreptomicetos y hongos. Nuestro trabajo ha demostrado que el análisis de alto rendimiento de los pellets de Streptomyces es factible utilizando COPAS. El procedimiento que se describe aquí es simple, rápido y altamente reproducible. El parámetro fundamental a tener en cuenta durante el funcionamiento del instrumento es la velocidad de flujo, que no debe superar los 100 eventos / seg (paso 3.8 de este protocolo). Si la concentración de sedimento, y por lo tanto también la velocidad de flujo, se hace demasiado alta, los valores TOF se calcularon mal porque el instrumento no detecta gránulos individuales. Suficientemente dilución de la muestra por la adición de PBS que supera este problema.
Limitaciones
El uso COPAS Plus d aquí tiene un diámetro de boquilla de 1 mm, que es adecuado para la medición de partículas con un tamaño que varía desde 30 hasta 700 micras. Por tanto, esta boquilla permite la medición de gránulos formados por estreptomicetos. En el caso de los hongos filamentosos los micro-colonias pueden ser más grandes, lo que limita la aplicabilidad general de la COPAS Plus. El COPAS XL puede medir partículas de hasta 1500 m de tamaño, pero su sensibilidad en el rango inferior de diámetro es menor en comparación con la de la COPAS Plus. Tanto el COPAS Plus y el COPAS XL no pueden analizar las partículas menores de 30 micras. Esto implica que las esporas o células microbianas individuales no pueden ser analizados. Además, la COPAS no puede analizar con precisión pequeños agregados de células o esporas y las muy pequeñas micro-colonias. Para esto, se deben utilizar analizadores celulares regulares. Esta limitación se supera por la Biosorter de Unión Biometrica, que puede analizar partículas en el rango de 1-1,500 m. El premio compra sin embargo es mayor.
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Solución de problemas El COPAS es un instrumento robusto que es fácil de operar. Sin embargo, a veces granulado no se detectan después de cargar una muestra en la copa de muestra y de iniciar la medición. La causa suele ser un tubo de entrada obstruido, que puede ser resuelto fácilmente pulsando el comando "limpia". Esto obligará a los pellets de vuelta desde el sistema de tubería en la copa de muestra. Una razón alternativa podría ser que la tapa no está correctamente colocado en la copa de muestra. Esto conduce a la pérdida de presión y el fracaso concomitante para detectar gránulos.
Importancia y direcciones futuras
Nos centramos aquí en el análisis del tamaño del gránulo pero la configuración COPAS también es capaz de analizar y clasificar basado en la fluorescencia y la densidad. Detección de fluorescencia permite analizar la expresión de genes en base a los periodistas, como las buenas prácticas agrarias. Además, la composición de las células se puede evaluar. Aún más poderosa es la opción para separar pelets de acuerdo con estos parámetrostros. Gránulos Ordenado se pueden utilizar para los análisis posteriores, incluyendo estudios de todos-ómicas. De hecho, hemos ordenado previamente 60.000 gránulos grandes y 200.000 pequeñas, y demostramos que el proteoma fue significativamente diferente entre las grandes y pequeñas bolitas 4. Por tanto, esta tecnología proporciona nuevas pistas para mejorar streptomycetes como fábricas celulares.
La principal ventaja de la tecnología COPAS es el tiempo. Estudios anteriores sobre sedimentos celulares se realizaron utilizando microscopía, y esto limita el número de gránulos que se pueden analizar hasta varios cientos 16. Los estudios microscópicos ya se ha sugerido la existencia de dos poblaciones de gránulos en las culturas 16 Streptomyces líquidos de cosecha propia. De hecho, dos poblaciones de gránulos se detectaron independientemente de las condiciones de cultivo en un gran número de diferentes estreptomicetos 4. Esta heterogeneidad de tamaño no se limita a estreptomicetos filamentosos, pero también se observó en hongos filamentosos 12 </ Sup>. En todos los casos, aún no se conocen los mecanismos subyacentes de la heterogeneidad. La posibilidad de ordenar los pellets de acuerdo con el tamaño y la fluorescencia nos permite desentrañar esos mecanismos.