Síntesis Split-y-piscina y caracterización del péptido Terciario Amida Biblioteca

Summary

Amidas terciarias péptido (PTA) son una superfamilia de peptidomiméticos que incluyen pero no se limitan a péptidos, peptoides y péptidos N-metilado. Aquí se describe un método de síntesis que combina estrategias de sub-monómero división y piscina y para sintetizar un solo grano de la biblioteca de un compuesto de las PTA.

Abstract

Peptidomiméticos son una gran fuente de proteínas ligandos. La naturaleza oligomérica de estos compuestos nos permite acceder a las grandes bibliotecas sintéticos en fase sólida mediante el uso de la química combinatoria. Una de las clases más estudiados de peptidomiméticos es peptoides. Los peptoides son fáciles de sintetizar y han demostrado ser resistentes a la proteolisis-y-permeable a las células. Durante la última década, muchos ligandos proteicos útiles han sido identificados a través de la selección de bibliotecas de peptoides. Sin embargo, la mayoría de los ligandos identificados a partir de las bibliotecas de peptoides Excluir alta afinidad, salvo raras excepciones. Esto puede ser debido, en parte, a la falta de centros quirales y restricciones conformacionales en moléculas de peptoides. Recientemente, hemos descrito una nueva ruta sintética para acceder amidas terciarias de péptidos (ACP). PTA son una superfamilia de peptidomiméticos que incluyen pero no se limitan a péptidos, peptoides y péptidos N-metilado. Con cadenas laterales en ambos principales átomos de nitrógeno de la cadena α-carbono y,la conformación de estas moléculas se ven limitados en gran medida por impedimento estérico y alílico 1,3 cepa. (Figura 1) Nuestro estudio sugiere que estas moléculas PTA están altamente estructurados en solución y pueden ser utilizados para identificar ligandos de proteínas. Creemos que estas moléculas pueden ser una futura fuente de ligandos de proteínas de alta afinidad. A continuación se describe el método sintético que combina el poder de ambos estrategias sub-monómero división y piscina y para sintetizar una muestra de una perla de un compuesto (OBOC) Biblioteca de los ACP.

Introduction

Los peptidomiméticos son compuestos que imitan la estructura de los péptidos naturales. Están diseñados para retener la bioactividad, mientras que superar algunos de los problemas asociados con los péptidos naturales, incluyendo la permeabilidad celular y estabilidad frente a la proteolisis ^1-3. Debido a la naturaleza oligomérica de estos compuestos, grandes bibliotecas sintéticas se puede acceder fácilmente a través de rutas sintéticas monoméricos o sub-monoméricos ^4-7. Una de las clases más estudiados de peptidomiméticos es peptoides. Los peptoides son oligómeros de glicinas N-alquilados que se pueden sintetizar fácilmente usando una estrategi....

Protocol

1. Fundamentos de Split-y-piscina Síntesis

Con el fin de generar eficientemente un gran número de compuestos en fase sólida, la síntesis de división y la piscina se emplea a menudo como una estrategia general. Como se muestra en la Figura 4, TentaGel perlas son primero se dividió en tres porciones. Cada porción se hace reaccionar con un reactivo diferente, generando el primer residuo sobre perlas. Después de la primera reacción, todas las tres porciones se combinaron juntos, se mezclan, y después se dividieron de nuevo en tres porciones. Cada porción volverá a reaccionar con un reactivo diferente, generando el segundo resid....

Results

Aquí mostramos tres espectros MALDI representativas de un trímero PTA con enlazador. Como se muestra en la Figura 6A, cuando se escinde en condiciones de temperatura ambiente con solución de TFA / DCM al 50%, se observa una degradación significativa. En la figura 6A, el pico 593 y 484 se corresponden con el enlazador y el trímero PTA respectivamente, muestran que la molécula se sintetiza con éxito en grano pero degradó durante la segmentación. Cuando escindido bajo condiciones de baja t.......

Discussion

Amidas terciarias de péptidos (ACP) son una superfamilia de oligómeros peptidomiméticas. Además de los péptidos bien estudiadas, peptoides y péptidos N-metilado, una gran parte de compuestos dentro de esta familia sigue siendo poco estudiada, mayormente debido a la falta de método sintético para acceder a los péptidos N-alquiladas generales. Aquí se describe un método eficiente para sintetizar las PTA con bloques de construcción quirales derivados de aminoácidos. Anteriormente, hemos informado a usar una nueva ruta sub-.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2,4,6 trimetilpiridina	ACROS 161950010		CAS:108-75-8
2-morfolinoetanamina	Sigma-Aldrich	06680	CAS:2038-03-1
Solución de agua al 48% HBr	ALFA AESAR		AA14036AT CAS:10035-10-6
Acetaldehído	Sigma-Aldrich		402788 CAS:75-07-0
Acetonitrilo	Fisher	SR015AA-19PS	CAS:75-05-8
Tetrahidrofurano anhidro (THF)	EMD	EM-TX0277-6	CAS:109-99-9
Benzilamina	Sigma-Aldrich	185701	CAS:100-46-9
bis(Triclorometilo) carbonato (BTC)	ACROS	258950050	CAS:32315-10-9
Ácido bromoacético	ACROS	106570010	CAS:79-08-3
Cloranilo	Sigma-Aldrich	23290	CAS:118-75-2
Ciclohexanemetilamina	Sigma-Aldrich	101842	CAS:3218-02-8
D2O	Isótopo de Cambridge	DLM-4-99.8-1000	CAS:7789-20-0
D-Alanina	Anaspec	61387-100	CAS:338-69-2
Diclorometano (DCM)	Fisher	BJ-NS300-20	CAS:75-09-2
Dimetilformamida (DMF)	Fisher	BJ-076-4	CAS:68-12-2
Etilenglicol	Madera de roble	44710	CAS:107-21-1
Isopentilamina	Sigma-Aldrich	W321907	CAS:107-85-7
KBr	ACROS	424070025	CAS:7758-02-3
L-Alanina	Anaspec	61385-100	CAS:56-41-7
3-metoxipropilamina	Sigma-Aldrich	M25007	CAS:5332-73-0
2-metoxietilamina	Sigma-Aldrich	143693	CAS:109-85-3
N-(3-aminopropil)-2-pirrolidinona	Sigma-Aldrich	136565	CAS:7663-77-6
N,N'-diisopropilcarbodiimida (DIC)	ACROS	115211000	CAS:693-13-0
N,N-diisopropiletilamina (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS:7087-68-5
NaNO2	ACROS	424340010	CAS:7631-99-4
NAOD solución al 40% en agua	ACROS	200058-506	CAS:7732-18-5
Piperidina	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS:110-89-4
Piperonilamina	Sigma-Aldrich	P49503	CAS:2620-50-0
Propilamina	Sigma-Aldrich	240958	CAS:107-10-8
Ácido trifluoroacético	Sigma-Aldrich		299537 CAS:76-05-1
α-Ácido ciano-4-hidroxicinámico	Sigma-Aldrich	39468	CAS:28166-41-8
&alfa;-Cetoglutarato	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS:328-50-7
Resina de Tentagel con enlazador RINK	Rapp-Polymere	S30023
Alanina transaminasa	Roche	10105589001	AKA: Glutamato-Piruvato Transaminasa (GPT)
Incubadora	New Brunswick Scientific	Innova44
NMR	Bruker	400 MHz
Espectrómetro de masas MALDI	Applied Biosystems	4800 MALDI-TOF/TOF
Liofilizador	SP	Scientific VirTis de sobremesa K
Reactor de jeringa	INTAVIS	Columna de reacción	3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml
Colector de vacío	Promega	A7231	Vac-Man