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Los macrófagos son células inmunitarias innatas fagocíticas clave. Cuando los macrófagos se encuentran con un patógeno, producen proteínas y compuestos antimicrobianos para matar al patógeno, producen varias citocinas y quimiocinas para reclutar y estimular otras células inmunitarias, y presentan antígenos para estimular la respuesta inmunitaria adaptativa. Por lo tanto, ser capaz de manipular eficientemente los macrófagos con técnicas como el ARN de interferencia (ARNi) es fundamental para nuestra capacidad de investigar esta importante célula inmunitaria innata. Sin embargo, los macrófagos pueden ser técnicamente difíciles de transfectar y pueden exhibir una eliminación génica ineficiente inducida por ARNi. En este protocolo, describimos métodos para transfectar de manera eficiente dos líneas celulares de macrófagos de ratón (RAW264.7 y J774A.1) con siRNA utilizando el sistema de lanzadera de 96 pocillos Amaxa Nucleofector y describimos procedimientos para maximizar el efecto del siRNA en la eliminación de genes. Además, los métodos descritos están adaptados para trabajar en formato de 96 pocillos, lo que permite estudios de rendimiento medio y alto. Para demostrar la utilidad de este enfoque, describimos experimentos que utilizan ARNi para inhibir genes que regulan la producción de citocinas inducida por lipopolisacáridos (LPS).