El timo es un órgano vital para el desarrollo de linfocitos T. De las células del estroma tímico, células epiteliales del timo (TEC) son particularmente cruciales en múltiples etapas de desarrollo de células T: compromiso de las células T, la selección positiva y selección negativa. Sin embargo, la función de TEC en el timo sigue siendo incompleta entendido. En el artículo, se proporciona un método para aislar los subconjuntos TEC de timo de ratón fresco con una combinación de alteración mecánica y digestión enzimática. El método permite que las células del estroma tímico y timocitos a ser liberados de manera eficiente de célula-célula y célula-matriz conexiones extracelular y para formar una suspensión de una sola célula. Uso de las células aisladas, citometría de flujo multiparamétrica se puede aplicar a la identificación y caracterización de TEC y las células dendríticas. Debido TEC son una rara población de células en el timo, también se describe una forma eficaz para enriquecer y purificar TEC por el agotamiento de los timocitos, el tipo de célula más abundante en el timo. Folloala el enriquecimiento, el tiempo de clasificación de células se puede disminuir de modo que la pérdida de viabilidad celular puede reducirse al mínimo durante la purificación de TEC. Las células purificadas son adecuados para diversos análisis aguas abajo como el Real Time-PCR, Western blot y perfiles de expresión génica. El protocolo promoverá la investigación de la función de TEC y así como el desarrollo de la reconstitución in vitro de células T.