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Las células endoteliales sinusoidales del hígado son la puerta de entrada al hígado, sus fenestraciones transcelulares permiten la transferencia sin obstáculos de sustancias pequeñas y disueltas de la sangre al parénquima hepático para su metabolismo y procesamiento. Las fenestraciones son estructuras dinámicas: tanto su tamaño como su número pueden alterarse en respuesta a diversos estados fisiológicos, fármacos y enfermedades, lo que las convierte en un objetivo importante para la modulación. La comprensión de cómo la morfología del LSEC se ve influenciada por diversos estados patológicos, tóxicos y fisiológicos y cómo estos cambios afectan a la función hepática requiere una medición precisa del tamaño y el número de fenestraciones. En este artículo, describimos las técnicas de fijación y procesamiento de microscopía electrónica de barrido utilizadas en nuestro laboratorio para garantizar la preparación de muestras reproducibles y una interpretación precisa. Los métodos incluyen la fijación por perfusión, la fijación secundaria y la deshidratación, la preparación para el microscopio electrónico de barrido y el análisis. Finalmente, proporcionamos un método paso a paso para el análisis estandarizado de imágenes que beneficiará a todos los investigadores en el campo.