Los embriones de pez cebra (Danio rerio) se utilizan cada vez más como modelo de infección para estudiar la función del sistema inmune innato de los vertebrados en las interacciones huésped-patógeno. La facilidad de obtener un gran número de embriones, su accesibilidad debido al desarrollo externo, su transparencia óptica, así como la disponibilidad de una amplia panoplia de herramientas genéticas/inmunológicas y colecciones de líneas reporteras transgénicas, En este sentido, el presente manuscrito describe el uso del pez cebra como sistema modelo in vivo para investigar la cronología de la infección por Mycobacterium abscessus. Este patógeno humano puede existir como variantes lisas (S) o rugosas (R), dependiendo de la composición de la pared celular, y su virulencia respectiva puede visualizarse y compararse en embriones y larvas de pez cebra. La microinyección de variantes fluorescentes S o R directamente en la circulación sanguínea a través de la vena caudal, conduce a infecciones crónicas o agudas/letales, respectivamente. Este sistema biológico permite la visualización y el análisis de alta resolución del papel de las cuerdas micobacterianas en la promoción de la formación de abscesos. Además, el uso de bacterias fluorescentes junto con líneas de peces cebra transgénicos que albergan macrófagos fluorescentes produce una oportunidad única para obtener imágenes multicolor de las interacciones huésped-patógeno. Este artículo describe protocolos detallados para la preparación de inóculo homogéneo de M. abscessus y para la inyección intravenosa de embriones de pez cebra para la posterior obtención de imágenes de fluorescencia de la interacción con los macrófagos. Estas técnicas abren la vía para futuras investigaciones que involucren mutantes defectuosos en la formación de cordones y se dedican a comprender cómo esto impacta en la patogenicidad de M. abscessus en un vertebrado completo.