Estudiar la heterogeneidad de las células individuales es crucial para muchas cuestiones biológicas, pero es técnicamente difícil. Por lo tanto, existe la necesidad de un método simple, pero de alto rendimiento, para realizar experimentos de cultivo de una sola célula. Aquí, informamos sobre una estrategia basada en chips microfluídicos para el aislamiento de una sola célula de alta eficiencia (~77%) y demostramos su capacidad para realizar análisis de heterogeneidad celular y cultivo de una sola célula a largo plazo (hasta 7 d) mediante ensayos clonogénicos. Estas aplicaciones se demostraron con células madre neurales de ratón KT98 y células cancerosas humanas A549 y MDA-MB-435. La alta eficiencia de aislamiento de una sola célula y la capacidad de cultivo a largo plazo se logran mediante el uso de diferentes tamaños de micropocillos en la parte superior e inferior del canal microfluídico. La matriz de micropocillos pequeña está diseñada para aislar con precisión células individuales, y la matriz de micropocillos grande se utiliza para el cultivo clonal de células individuales en el chip microfluídico. Esta plataforma microfluídica constituye un enfoque atractivo para aplicaciones de cultivo unicelular, debido a su flexibilidad de espacios de cultivo celular ajustables para diferentes estrategias de cultivo, sin disminuir la eficiencia del aislamiento.