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Es importante comprender el papel de los factores que regulan la homeostasis del epitelio intestinal y la respuesta a las lesiones y la regeneración. La literatura actual describe varios enfoques metodológicos diferentes para obtener imágenes de tejidos intestinales para la validación de datos. En este artículo, delineamos un protocolo común relacionado con la derivación y el procesamiento de tejidos intestinales de ratón. Se discute la fijación adecuada de los tejidos intestinales y las técnicas de Swiss-roll que mejoran la morfología epitelial intestinal. El procesamiento posterior a la resección y la reorientación de los tejidos intestinales incrustados son fundamentales para obtener bloques incluidos en parafina que muestran características estructurales intestinales intactas después del corte. La técnica de balanceo suizo ayuda en la evaluación histológica de las secciones intestinales o colónicas completas examinadas. La capacidad de diferenciar las características estructurales intestinales puede ser vital en las mediciones cuantitativas de la inflamación intestinal y la tumorigénesis a lo largo de toda la longitud. Por último, las secciones incluidas en parafina son ideales para un procesamiento robusto mediante métodos de detección inmunohistoquímicos e inmunofluorescentes. Las secciones inmunohistoquímicas no fluorescentes proporcionan una imagen vibrante del tejido, detallando diferentes características estructurales celulares, pero no proporcionan flexibilidad para los experimentos de colocalización intracelular. Múltiples canales fluorescentes se pueden utilizar adecuadamente con la detección de inmunofluorescentes para experimentos de colocalización, lo que brinda apoyo a los estudios mecanicistas.