Proteínas de unión a ARN (prácticas comerciales restrictivas) representan aproximadamente el 10% de S. proteínas cerevisiae 1,2 y aproximadamente el 15% de las proteínas de mamíferos 3-5. Ellos están implicados en muchos procesos celulares, tales como el procesamiento del mRNA post-transcripcional y regulación, la traducción, la biogénesis de ribosomas, ARNt y aminoacilación modificación, remodelación de la cromatina, y mucho más. Un subgrupo importante de las prácticas comerciales restrictivas son las proteínas de unión a ARNm (6,7 mRNPs). En el curso de la maduración del ARNm, diferentes prácticas comerciales restrictivas se unen la transcripción y median su procesamiento nuclear, la exportación fuera del núcleo, localización celular, la traducción y la degradación de 6-8. Por lo tanto, el conjunto distinto de las prácticas comerciales restrictivas unidos a una transcripción en particular en cualquier punto de tiempo determina su procesamiento y en última instancia su destino.
La identificación de las prácticas comerciales restrictivas asociadas con un ARNm podría mejorar significativamente nuestra comprensión de los procesos que subyacen a su regulación post-transcripcional. diversa genética, Métodos microscópicos, bioquímicos y bioinformática se han utilizado para identificar proteínas implicadas en la regulación del mRNA (revisado en 9-11). Sin embargo, sólo unos pocos de estos métodos permiten la identificación de proteínas asociadas con un ARNm diana particular. Es de destacar el sistema híbrido de levadura Tres (Y3H), que utiliza el ARNm de interés como cebo para cribar una biblioteca de expresión en células de levadura. Los clones positivos se observan generalmente a través de una expresión de selección de crecimiento o reportero 12-14. La ventaja clave de este método es el gran número de proteínas que se pueden escanear en un ambiente celular y la capacidad de medir la fuerza de la interacción de ARN-proteína. Las desventajas incluyen la relativamente gran número de resultados falsos positivos debido a la unión no específica, y el alto potencial de resultados falsos negativos debido, en parte, a un mal plegamiento de la proteína de fusión de la presa o el ARN cebo.
Una alternativa al enfoque genético es purifi afinidadcación de ARN con sus proteínas asociadas. Poli A que contiene ARNm se puede aislar mediante el uso de oligo dT columnas, y sus proteínas asociadas son detectados por espectrometría de masas. La interacción ARN-proteína se conserva en su contexto celular mediante reticulación, lo que hace que los enlaces covalentes de corto alcance. El uso de la columna de oligo dT da una visión global de todo el proteoma que está asociado con cualquier poli A que contiene ARNm 3,5,15. Sin embargo, esto no proporciona una lista de proteínas que están asociadas con un ARNm particular. Muy pocos métodos disponibles para llevar a cabo tal identificación. El método PAIR implica la transfección de ácido nucleico con la complementariedad con el ARNm diana 16,17. El ácido nucleico también se une a un péptido, que permite la reticulación de las prácticas comerciales restrictivas en las cercanías de la sitio de interacción. Después de la reticulación, el ácido RBP-péptido-nucleico puede ser aislado y sometido a análisis de la proteómica. Recientemente, una metodología basada en el aptámero estabaaplicado con éxito a extractos de líneas celulares de mamíferos 18. Un aptámero de ARN con afinidad mejorada a la estreptavidina se desarrolló y se fusiona a una secuencia de interés (elemento AU-rico (ARE) en este caso). El ARN aptamer-ARE se une a perlas de estreptavidina y se mezcla con lisado de células. Las proteínas que asocian con la secuencia ARE se purificaron y se identifican por espectrometría de masas (MS). Aunque este método detecta asociaciones que se producen fuera de los ajustes celulares (es decir, in vitro), es probable que ser modificado en el futuro con el fin de introducir los aptámeros en el genoma y por lo tanto permitir el aislamiento de proteínas asociadas con el ARNm mientras que en el medio celular (es decir, in vivo). En la levadura, donde las manipulaciones genéticas están bien establecidos, el método rápido (desarrollado en el laboratorio del Prof. Jeff Gerst) proporciona una visión de las asociaciones in vivo 19. RaPID combina la MS2- específico y fuerte unión de la proteína de cubierta de MS2 (CP) a la secuencia de ARN MS2, y del dominio de unión a estreptavidina (SBP) a la estreptavidina perlas conjugadas. Esto permite la purificación eficiente de mRNAs etiquetados-MS2 a través de perlas de estreptavidina. Además, la expresión de 12 copias de bucles de MS2 permite que hasta seis MS2 CPs de unirse simultáneamente a la ARN y aumentar la eficiencia de su aislamiento. Por lo tanto, este protocolo se sugirió que permita la identificación de nuevas proteínas de ARNm-asociado una vez que las muestras eluidas se sometieron a análisis por espectrometría de masas proteómica.
Recientemente hemos utilizado RaPID para identificar nuevas proteínas asociadas con la levadura ARNm pMP1 20. PMP1 ARNm se había demostrado que se asocia con la membrana del RE y fue encontrado su región 3 'no traducida (UTR) ser un determinante importante en esta asociación 21. Por lo tanto, las prácticas comerciales restrictivas que se unen pMP1 3 'UTR es probable que desempeñen un papel importante en su localización. Rápida seguida de cromatógrafo de líquidosy-espectrometría de masas / espectrometría de masas (LC-MS / MS) dio lugar a la identificación de muchos nuevas proteínas que interactúan con pMP1 20. En esto, proporcionamos un protocolo detallado de la metodología RaPID, controles importantes que hay que hacer, y sugerencias técnicas que pueden mejorar el rendimiento y la especificidad.