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Cada vez hay más pruebas que sugieren el importante papel de la inflamación y, posteriormente, de los macrófagos en el desarrollo y la progresión de la enfermedad renal. Los macrófagos son células heterogéneas que han sido implicadas en la lesión renal. Los macrófagos se pueden clasificar en dos fenotipos diferentes: macrófagos activados clásicamente (macrófagos M1), que liberan citocinas proinflamatorias y promueven la fibrosis; y macrófagos activados alternativamente (macrófagos M2) que se asocian con funciones inmunorreguladoras y de remodelación de tejidos. Estos fenotipos de macrófagos deben ser discriminados y analizados para determinar su contribución a la lesión renal. Sin embargo, hay escasos estudios que reportan información fenotípica y funcional consistente sobre los subtipos de macrófagos en modelos de enfermedad renal inflamatoria, especialmente en ratas. Este hecho puede estar relacionado con los limitados marcadores de macrófagos utilizados en ratas, a diferencia de los ratones. Por lo tanto, son necesarias estrategias novedosas para cuantificar y caracterizar el contenido renal de estas células infiltrantes de forma fiable. Este manuscrito detalla un protocolo para la digestión renal y un análisis fenotípico y cuantitativo adicional de macrófagos de riñones de rata mediante citometría de flujo. Brevemente, los riñones se incubaron con colagenasa y se identificaron los macrófagos totales de acuerdo con la doble presencia de CD45 (antígeno común de los leucocitos) y CD68 (marcador de macrófagos PAN) en células vivas. A esto le siguió la tinción superficial de CD86 (marcador M1) y CD163 (marcador M2). Se utilizaron macrófagos peritoneales de rata como control positivo para la detección de marcadores de macrófagos por citometría de flujo. Nuestro protocolo resultó en una baja mortalidad celular y permitió la caracterización de diferentes marcadores intracelulares y de proteínas de superficie, limitando así la pérdida de integridad celular observada en otros protocolos. Además, este procedimiento permite el uso de macrófagos para otras técnicas, como la clasificación celular y los estudios de expresión de ARNm o proteínas, entre otros.