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Clostridium difficile es un patógeno entérico anaeróbico, grampositivo y formador de esporas que se asocia con un aumento de la morbilidad y la mortalidad y, en consecuencia, representa una amenaza urgente para la salud pública. La recurrencia de una infección por C. difficile (ICD) después de un tratamiento exitoso con antibióticos es alta, ocurriendo en el 20-30% de los pacientes, por lo que es necesario descubrir nuevas terapias contra este patógeno. Los modelos animales actuales de ICD dan lugar a altas tasas de mortalidad y, por lo tanto, no se aproximan a las manifestaciones crónicas e insidiosas de la enfermedad observadas en los seres humanos con ICD. Para evaluar la terapéutica contra C. difficile, se necesita un modelo de ratón que se aproxime a la enfermedad humana utilizando una cepa clínicamente relevante. Este protocolo describe el modelo de ratón cefoperazone de CDI utilizando una cepa clínicamente relevante y genéticamente tratable, R20291. En el protocolo se detallan las técnicas para el seguimiento clínico de la enfermedad, la enumeración bacteriana de C. difficile, la citotoxicidad de la toxina y los cambios histopatológicos a lo largo de la ICD en un modelo de ratón. En comparación con otros modelos murinos de ICD, este modelo no es uniformemente letal a la dosis administrada, lo que permite observar un curso clínico prolongado de infección concordante con la enfermedad humana. Por lo tanto, este modelo de ratón de cefoperazona de CDI demuestra ser una valiosa plataforma experimental para evaluar los efectos de nuevas terapias en la mejora de la enfermedad clínica y en la restauración de la resistencia a la colonización contra C. difficile.