El análisis de la relación estructura-función mitocondrial es necesario para una comprensión profunda de los mecanismos reguladores de la funcionalidad mitocondrial. La microscopía de fluorescencia es una herramienta indispensable para la evaluación directa de la estructura y función mitocondrial en células vivas y para estudiar la relación estructura-función mitocondrial, que está modulada principalmente por las moléculas que gobiernan los eventos de fisión y fusión entre mitocondrias. Este artículo describe y demuestra métodos específicos para estudiar la estructura y función mitocondrial en tejido vivo y fijo en el organismo modelo Drosophila melanogaster. El tejido de elección aquí es el ovario de Drosophila, que puede aislarse y hacerse susceptible para la microscopía confocal en vivo ex vivo. Además, el artículo describe cómo manipular genéticamente la proteína de fisión mitocondrial, Drp1, en ovarios de Drosophila para estudiar la participación de la fisión mitocondrial impulsada por Drp1 en la modulación de la relación estructura-función mitocondrial. El amplio uso de estos métodos se demuestra tanto en los datos ya publicados como en los nuevos. Los métodos descritos pueden ampliarse aún más hacia la comprensión del impacto directo de los nutrientes y/o factores de crecimiento en las propiedades mitocondriales ex vivo. Dado que la desregulación mitocondrial subyace a la etiología de diversas enfermedades, se prevé que los métodos innovadores descritos desarrollados en un organismo modelo genéticamente tratable, Drosophila, contribuyan significativamente a la comprensión de los detalles mecanicistas de la relación estructura-función mitocondrial y al desarrollo de estrategias terapéuticas dirigidas a las mitocondrias.