NOTA: El flujo de trabajo general para el ensayo de la actividad metabólica se describe en la Figura 2. Cada paso de este flujo de trabajo es posteriormente detallada en los siguientes párrafos. Tablas detalladas de reactivos y equipos se dan en la Tabla de Materiales.

Figura 2: Flujo de trabajo para el ensayo de sondas metabólico. Las células se siembran y crecen a la densidad adecuada. Un paso de inducción CYP podría ser necesario dependiendo de la actividad de la enzima se ensayó. El sustrato sonda y el inhibidor se añade al cultivo celular. Después de un período de incubación, el medio se recogió para el análisis y las células se lisan para la cuantificación de proteínas. El medio se procesa para el análisis del producto metabólico del sustrato sonda por espectrometría de masas o luminometría.ad / 55502 / 55502fig2large.jpg" target = '_ blank'> Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
1. Cultura celular

Figura 3: Micrografía de transmisión de luz de una célula hepática línea de cultivo. La línea celular descrita en este protocolo 5 típicamente diferenciar con una fracción de 50% entre cholangiocytes y hepatocitos en cultivo (100x). Barra de escala = 100 m. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
- Cultura línea celular hepática
NOTA: Se utilizó una línea celular hepática disponible comercialmente como un ejemplo de células metabólicamente competentes. La línea celular se deriva de un hepatocarcinoma causada por la infección viral 7. En la confluencia, esta línea celular se diferencia en células cholangiocyte- y hepatocito (Figura 3) y más detalles se pueden encontrar en Guillouzo 7. La inclusión de 2% de DMSO al medio de cultivo apoya la diferenciación de esta línea celular y la expresión de una variedad de APP. - Retirar los viales criogénicos con células del nitrógeno líquido y colocar en hielo seco para el transporte. Transferir el criovial a un baño de agua precalentado a 37 ° C durante 1-2 min, y esterilizar el exterior del vial con etanol al 70% antes de colocar en una campana de flujo laminar.
- Mientras que trabaja bajo condiciones estériles, abrir cuidadosamente el vial criogénico para liberar el exceso de presión y pipetear los contenidos del vial criogénico en un tubo de 10 ml lleno con 9 ml de medio E pre-calentado Williams' a 37 ° C.
- Centrifugar la solución durante 10 min a 400 xg a temperatura ambiente, descartar el sobrenadante, y resuspender las células en 5 ml demedio deshielo patentada pre-calienta a 37 ° C, suplementado con glutamina o un suplemento de glutamina (2 mM de concentración final) (Williams' E + glutamina suplemento + suplementos de descongelación).
- Recuento de células viables utilizando una alícuota de 500 l con un contador de células o cualquier otra técnica de recuento celular adecuada.
- Seed las células en una placa recubierta con colágeno de 24 pocillos a una densidad de 0,6 x 10 6 células viables / pocillo en un volumen final de 0,5 ml de medio de descongelación.
- Colocar la placa (s) en una incubadora a 37 ° C con un 5% / 95% de CO 2 / aire y 100% de humedad relativa.
- 24 h después de sembrar las células, sustituir el medio con 0,5 ml de medio de trabajo pre-calentado mantenimiento / metabolismo (Williams' E + glutamina suplemento + suplemento metabolismo (este medio ya contiene DMSO)). Cambiar el medio cada dos días.
- Después de unos pocos días en cultivo las células forman una estructura trabecular sub-confluentes (Figura 3). El metabólica óptimala actividad se observa típicamente entre el día 7 y 10 y es el más bajo en el día 4.

Figura 4: Corte transversal de las vías respiratorias células Alcian teñido con azul Grown en la interfase aire-líquido 8.
Ciliado, productores de moco y las células basales son claramente visibles. Barra de escala = 250 m.
- Culturas epitelio de las vías respiratorias diferenciados
NOTA: El protocolo se muestra con un epitelio de la vía aérea principal completamente diferenciada disponible comercialmente crecido en la interfase aire-líquido en un inserto 8 (Figura 4). El cultivo de tejido retiene un fenotipo mucociliar y la polaridad celular 8. Las células pueden ser de origen nasal o bronquial. En este caso, utilizar las células nasales humanos. Las células se entregan en un formato de placa de cultivo con 24inserta en la interfase aire-líquido. Para facilitar el transporte y evitar el derrame medio de los insertos se envían con la sección basal incrustado en una matriz de agarosa mezclada con medio de cultivo. - A la entrega de las células, esterilizar las placas que contenían los 24 insertos con una solución de etanol al 70% antes de colocar en una campana de flujo laminar limpio.
- Preparar una placa de 24 pocillos estéril mediante la adición de pre-calentado a 700! L de medio de cultivo de propiedad.
- Usando pinzas estériles transfieren los insertos de células a la nueva placa de pre-cargado con medio desalojando suavemente la inserción de la matriz de agarosa.
- Colocar la placa (s) en una incubadora a 37 ° C con un 5% / 95% de CO 2 / aire y 100% de humedad relativa.
- Cada 2 días transfieren los insertos a una nueva placa de 24 pocillos estéril pre-cargado con 700! L cálido medio de cultivo celular de las vías respiratorias propietaria.
- Evaluar la integridad de los tejidos de las vías respiratorias utilizando métodos, tales como la resistencia transepitelial (TEER), ocilios frecuencia de batido (CBF) usando un microscopio equipado con un sistema de imágenes de vídeo en directo 9. La medida de TEER y CBF se describe en Kuehn 10.
2. CYP Actividad Cuantificación en cultivos celulares
NOTA: Como regla general, los disolventes tales como DMSO y metanol pueden usarse para preparar soluciones madre para las diferentes sondas metabólicas e inhibidores presentados en este documento. Sin embargo, se recomienda mantener la concentración final de DMSO en el medio de cultivo a un mínimo (1% o menos) ya que las altas concentraciones pueden inhibir las enzimas metabólicas. Cuando sea posible, también se recomienda el uso de rojo de fenol libre y medio libre de suero durante la incubación con sondas metabólicos desde rojo fenol puede interferir con APP y la actividad de enzima de la Fase II y el componente de suero tal como albúmina puede disminuir la disponibilidad de la sonda. No siempre es posible adherir estrictamente a estas directrices. Por ejemplo, medio de cultivo celular de las vías respiratorias es propietario y contiene rojo de fenol. Línea celular hepática patentada medio metabolismo 7 ya contiene DMSO por encima de 1%, ya que se requiere para que las células adoptan el fenotipo hepatocitos similares.
NOTA: Por último, aquí, el término sonda específica / inhibidor se utiliza esta terminología, pero tiene que ser considerado con precaución. De hecho, es muy raro que una sonda metabólico para ser un sustrato exclusivo enzima. Las sondas descritas aquí, sin embargo, tienen una alta afinidad por su diana enzima y por lo tanto se consideran como marcadores fiables de actividad.
- Metabólicos sondas, inductores e inhibidores
- Las sondas utilizando métodos basados en espectrometría de masas
NOTA: Las sondas y los inhibidores descritos en esta sección son adecuados para probar la actividad de CYP2As 11, CYP1A2 12,ref "> 13, CYP2B6 7, 14, CYP2F1 15, 16, y CYP2E1 17 por espectrometría de UPLC-masa. Las sondas, inhibidores y CYP correspondientes se describen en la Tabla 1 con las referencias correspondientes. La Tabla 1 también muestra el producto metabólico de la CYP actividad que se cuantifica por espectrometría de masas. todos los trabajos que la cultura y soluciones de tejido para su uso en el cultivo de tejidos se va a llevar a cabo en una campana de cultivo de tejido estéril. una solución madre se puede preparar en DMSO para todos los sustratos de sonda. - Antes del experimento preparar dos series de células o pozos, utilizar una serie para el experimento de inhibición, el otro por sólo la sonda metabólico. Preparar una tercera serie de células como un control en blanco medio. Pueden ser en placas separadas o en las mismas placas con un mínimo de tres repeticiones. Un ejemplo de placa yacíafuera se presenta en la Figura 5.
- En el día del experimento, sustituir el medio de cultivo celular con 450 l de medio fresco.
- Preparar en una campana estéril una concentración 10x de las siguientes soluciones utilizando el medio de cultivo celular. Mezclar sonda 10x CYP, inhibidor de CYP 10x, y 10x inhibidor de CYP plus 10x sonda.
NOTA: Las soluciones Maestro del stock de inhibidor y la sonda se pueden preparar en DMSO al 100% (por ejemplo, 1,000x stocks) y aún más diluidas en medios para obtener una solución 10 veces con el fin de evitar una concentración final de DMSO en exceso de 1% con el cultivo celular . Las concentraciones 1x finales que están destinadas para la incubación con las células se muestran en la Tabla 1. - Se filtra la solución diferente 10x sonda con un filtro de jeringa de 0,2 micras.
- Añadir 50 l de medio que contiene el inhibidor de CYP 10 veces a la serie de células preparadas para el experimento de inhibición y pre-incubar durante 30 min.
- REColoque el medio de las células en la serie de inhibición con 450! l de medio fresco y añadir 50 l de medio que contiene tanto 10x inhibidor de CYP y el sustrato 10x sonda.
- Añadir a las otras células 50 l de medio con el sustrato sonda 10x y añadir una cantidad equivalente de vehículo diluido en medio (por ejemplo, DMSO) a los controles de celda en blanco como se muestra en la Figura 5.
- Se incuban las células durante 0 - 5 min (tiempo 0, el control de fondo) y 16 h en el incubador de células.
NOTA: Se utilizó este tiempo de incubación con éxito con las células de las vías respiratorias y la línea de células hepáticas; sin embargo hepatocitos primarios frescas tienen una alta competencia metabólica, en espera de la calidad de la preparación de células y composición genética de donante, por lo tanto, tiempos más cortos (por ejemplo, 2-4 h) podría ser adecuado. Siempre es recomendable llevar a cabo un experimento de curso de tiempo al probar diferentes líneas de células o tipos de células. - Al final del periodo de incubación, collect el medio en tubos etiquetados separados para la cuantificación del producto metabólico de las sondas. Congelar el medio para el procesamiento futuro.
- Lisar las células para la cuantificación de proteínas.
NOTA: Cualquier kit de cuantificación de proteína estándar y el protocolo es adecuado para este paso. BCA es una opción adecuada. Este paso es opcional si las células tienen que ser utilizados en otro ensayo.
- tratamiento medio
NOTA: El medio recogido de la etapa de incubación contiene la sustancia química sonda de matriz, así como sus productos metabólicos. Para medir una actividad de CYP específica sólo el producto de la reacción catalizada por la CYP de interés debe ser cuantificada. Fase productos del metabolismo I a menudo se procesan en tándem con el metabolismo de fase II (conjugación) y por lo tanto no pueden ser detectados como tales. Por lo tanto el fin de obtener la cuantificación más precisa de una actividad de CYP, un paso desconjugación se requiere para eliminar cualquierFase II modificación del metabolismo. Desde la conjugación de la Fase I metabolitos a menudo implica la glucuronidación o sulfatación, desconjugación se consigue por tratamiento de las muestras por glucuronidasas y sulfatasas 18. actividad sulfatasa glucuronidasa y es dependiente del pH con la más alta actividad glucuronidasa se logra a un pH de 4,5-5,0 y sulfatasa actividad ser más alta a pH 6,0-6,5. Por lo tanto, este paso requiere ajuste del pH. En el método descrito aquí, se mide el pH utilizando tiras de pH por razones prácticas desde sondas de medidores de pH más no caben en un tubo de microcentrífuga de 1,5 ml. Disponibles en el mercado tiras de pH se pueden encontrar con una resolución tan bajo como 0,3 a 0,2 unidades de pH. - Transferir 250 l de medio de incubación a un microtubo ml 1,5 y añadir 4-metilumbeliferona solución madre de patrón interno para alcanzar una concentración final de 100 nM.
- Ajustar el pH del medio a 4,5-5,0 mediante la adición de HCl 1 M. Añadir 1 l de HCl a la vez y verificar pHpipeteando 2 l de medio sobre una tira de pH. Llegar a un pH de 5,0 requeriría típicamente no más de 5-10 l de HCl 1 M.
- Añadir 150 unidades (1,8 l de una unidad de 85.000 / mL de stock) de β-glucuronidasa / arilsulfatasa de Helix pomatia y se incuba durante 1 h a 37 ° C. Detener la reacción mediante la adición de 250 l de metanol frío (-20 ° C). Almacenar las muestras a -20 ° C o proceso adicional.
- Se evapora el disolvente utilizando una centrífuga de vacío a 45 ° C. Reconstituir las muestras con 500 l de un acetonitrilo 30%: solución de agua. Las muestras están listas para el análisis de espectrometría de masas y se pueden almacenar a -20 ° C en viales de vidrio ámbar.
- La espectrometría de masa cuantificación basado
NOTA: Toda la UPLC y ajustes del espectrómetro de masas se detallan en la Tabla Suplementaria 1 dedicada. Para un análisis cuantitativo, el establecimiento de una curva de calibración se requiere. la calicurva bración se obtiene mediante la ejecución de un conocido intervalo de dilución del compuesto a ser cuantificados. En este caso, las curvas de calibración se generaron más de 10 concentraciones diferentes (Tabla 2), al menos 6 de los cuales debe estar dentro de 20% del rango lineal 19. Menor nivel de detección se determina como la concentración más baja que da una señal mayor que, o igual a 3 veces la señal de fondo promedio. El nivel más bajo de cuantificación se determina como la muestra de la concentración más baja que da una señal mayor, o igual a 10 veces la señal de fondo promedio de ambos de los cuales se determinó durante al menos 3 carreras independientes con muestras triplicadas. - Preparar una dilución en serie de un metabolito sintético en el medio de cultivo de tejidos de acuerdo con la Tabla 2, incluyendo el estándar interno. Un volumen final de 250! L por cada dilución estándar es adecuada.
- Evaporar las diluciones en serie de estándar como se describe en step 2.1.2.4 y resuspender en un volumen de 30% de acetonitrilo: agua equivalente al volumen de los medios de evaporación antes (por ejemplo, 250! l 30% de acetonitrilo: agua si la solución estándar de partida fue 250! l de medio).
- Añadir 250! L de cada estándar de dilución en serie a un vial de vidrio ámbar UPLC para la inyección en el inyector automático UPLC-MS.
- Añadir las muestras de ensayo (250 l) a ámbar viales UPLC y colocarlos en el inyector automático UPLC.
- Selección aleatoria de todos los viales.
NOTA: La configuración espectrómetro de masas se utilizó es un espectrómetro de triple cuadrupolo híbrido / lineal de masas de trampa de iones acoplado a un UPLC detallada en la Tabla Suplementaria 1. Otras plataformas tendrían software y configuración diferente, pero deberán seguir unos pasos similares para llevar a cabo la cuantificación. - Ejecutar la UPLC-MS utilizando los ajustes que se detallan en la Tabla Suplementaria 1 en función de la sonda específica de cuantificar.
- Utilizarla "Cuantificar - Construir Método de cuantificación" herramienta en herramientas espectrómetro de masas de cuantificación (Tabla de Materiales) para generar la curva de calibración de la norma sintética adquirida y estándar interno.
- Utilice la opción "Cuantificación Wizard" para seleccionar la muestra de lotes y muestras para cuantificar y ejecutar el "método de cuantificación". El software espectrómetro de cuantificación de masas muestra una hoja de cálculo con los valores de cuantificación del compuesto objetivo en cada muestra de prueba.
- Las sondas utilizando métodos basados en luminiscencia
NOTA: sondas luminógeno para medir una gama de actividades CYP están disponibles comercialmente; sin embargo, no todos son adecuados para ensayos basados en células. Aquí, un protocolo se presenta para medir la actividad de CYP1A1 / CYP1B1. CYP1A1 / 1B1 fue seleccionado para ilustrar cómo para ensayar la actividad de CYP inducibles y para dar un ejemplo de cómo sondas luminógeno se puede utilizar como un alteroriginaria de los métodos basados en espectrometría de masas. La Tabla 3 resume las concentraciones y el tiempo de incubación se utilizó para las células de las vías respiratorias y la línea celular hepática; sin embargo, aquellos que tenga que ser adaptado para otros tipos de células. Otras sondas luminógenos están disponibles comercialmente y pueden ser utilizados como sustratos para una variedad de APP. - Preparar células suficientes para incluir un control no inducido, una prueba de inducido, y un inducido + inhibidor de prueba. Un ejemplo de una disposición de la placa se muestra en la Figura 5B.
- Para inducir CYP1A1 / 1B1, incubar las células con una concentración final de 10 nM TCDD en un medio durante un periodo de 72 h (períodos más cortos de 24 a 48 h también pueden ser adecuados).
PRECAUCIÓN: TCDD es un carcinógeno y teratógeno. Use equipo de protección adecuado, revisar el proveedor MSDS y llevar a cabo una evaluación de riesgos antes de su uso. - Después de este periodo, se elimina el medio, lavar los pocillos con PBS 3 veces, y añadir un poco de medio fresco.
- Prior a la incubación de las células con la sonda indicadora luminógeno, pre-incubar el subconjunto designado de células inducidas por 30 min con una concentración final de 10? M CYP1A1 / 1B1 inhibidor, α-naftoflavona, en medio.
- Añadir la sonda luminógeno LUC-CEE (luciferina éter 6'-cloroetil) a una concentración final de 50? M a las células no inducidas, inducidas, e inducidos + inhibidor.
- Incubar durante 4 h en un incubador de cultivo celular. Al final del tiempo de incubación recoger el medio para la cuantificación de la sonda luminógeno.
- Transferencia de 25 l de medio de cultivo a un blanco opaco placa de 96 pocillos y añadir 25 l de reactivo de detección luciferina suministrado por el fabricante. Incubar durante 20 min a temperatura ambiente. Leer la placa inmediatamente usando un luminómetro.
- Enjuagar las células con PBS y lisar para la cuantificación de proteína total.
NOTA: Este paso es opcional si se mantienen las células vivas para futuros experimentos. yot es importante tener en cuenta sin embargo, que los inductores tales como TCDD son tóxicos y pueden dañar las células.

Tabla 1: Lista de los productos metabólicos Probes, e inhibidores de la enzima correspondiente con su. El peso molecular y las concentraciones recomendadas utilizados con la vía aérea y células hepáticas también se indican. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5: sugerido disposición de las placas de 24 pocillos para realizar un ensayo de CYP. (A) La disposición recomendada para los CYP expresadas constitutivamente incluye una serie de agujeros para el medio en blanco, La sonda metabólico, y el metabólica inhibidor sonda plus. Este diseño se puede multiplicar por el número de puntos de tiempo que se están probando. (B) La disposición de ejemplo para los CYP inducibles incluye una serie de bien para un espacio en blanco medio, una sonda metabólico único control, las células inducidas (por ejemplo, con TCDD) se incubaron con las sondas y se incubaron con las sondas y un inhibidor.

Tabla 2: Dilución de Normas sintéticos utilizados para las curvas de calibración y LODs respectivos y LOQ. El intervalo de dilución de utilizar puede variar en función de la plataforma de espectrometría de masas y la sensibilidad. Aquí, se utilizó un espectrómetro de triple cuadrupolo híbrido / lineal de masas de trampa de iones vinculado a un UPLC. Haga clic aquí para ver una versión más grande de estafigura.

Tabla 3: luminógeno Probe, inductor y el inhibidor de CYP1A1 / 1B1 Ensayo. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.