Protocolo de análisis de reloj para análisis de imagen: Plugins de ImageJ

Summary

Este artículo describe dos nuevos plugins de ImageJ para el análisis de imágenes 'Clock Scan'. Estos plugins amplían la funcionalidad del programa visual basic 6 original y, lo que es más importante, ponen el programa a disposición de una gran comunidad de investigación al agruparla con el paquete de software de análisis de imágenes gratuito ImageJ.

Abstract

El protocolo de exploración de reloj para el análisis de imagen es una herramienta eficaz para cuantificar la intensidad media de píxel dentro, en el borde y fuera (de fondo) de una región de interés convexa en forma convexa cerrada o segmentada, que conduce a la generación de un píxel radial integral integral, Perfil de intensidad. Este protocolo se desarrolló originalmente en 2006, como un guión visual básico 6, pero como tal, tenía una distribución limitada. Para abordar este problema y unir esfuerzos recientes similares de otros, hemos convertido el código original del protocolo de análisis de reloj en dos complementos basados ​​en Java compatibles con programas de análisis de imágenes patrocinados por NIH como ImageJ o ImageJ de Fiji. Además, estos complementos tienen varias funciones nuevas, ampliando aún más el rango de capacidades del protocolo original, como el análisis de múltiples regiones de interés y pilas de imágenes. Esta última característica del programa es especialmente útil en aplicaciones en las que es importante determinar los cambios relacionadosA tiempo y lugar. Por lo tanto, el análisis de la sincronización del reloj de las pilas de imágenes biológicas puede aplicarse potencialmente a la difusión de Na ⁺ o Ca ⁺⁺ dentro de una sola célula, así como al análisis de la propagación de la actividad ( por ejemplo , ondas Ca ⁺⁺ ) en poblaciones de sináptica -conexiones conectadas o unidas a uniones de separación. Aquí, describimos estos nuevos plugins de exploración de reloj y mostrar algunos ejemplos de sus aplicaciones en el análisis de imágenes.

Introduction

El objetivo de este trabajo es presentar un protocolo Clock Scan que esté libre de plataforma y que esté libremente disponible para cualquier investigador interesado en este tipo de análisis de imagen. El protocolo Clock Scan se desarrolló originalmente en 2006 ¹ , con el objetivo de mejorar los métodos existentes de cuantificación de la intensidad de píxeles dentro de las regiones de interés convexas (ROI), un método que tiene una mejor capacidad de integración y una mejor resolución espacial. Durante la adquisición, el protocolo recoge secuencialmente múltiples perfiles radiales de intensidad de píxeles, escaneados desde el centro ROI hasta ....

Protocol

1. Instalación del software

1. Instale las últimas versiones de Java y ImageJ o Fiji ImageJ como se recomienda en los respectivos sitios web (vea la tabla de materiales para los enlaces a los sitios web correspondientes). En el texto a continuación, ambos programas se denominan "ImageJ".
2. Copie los archivos de plugins "Clock_Scan-1.0.1. Jar" y "Multi_Clock_Scan-1.0.1.jar" utilizando el enlace proporcionado en la tabla de materiales y péguelos en el directorio de plugins de ImageJ. Como alternativa, use la opción de menú "Plugins | Install plugin" para instalar estos archivos después de haberlos guardado en el disco duro del ordenador.

Results

Las imágenes que se utilizan aquí con fines ilustrativos, se toman de las bases de datos creadas durante nuestros anteriores estudios biológicos de células y tejidos ^{5 , 6 , 7} y de Allen Mouse Brain Atlas ⁸ . Ambos plugins se probaron con éxito utilizando el entorno de programa ImageJ 1.50i / Java 1.8.0_77, ImageJ 2.0.0-rc-44 / 1.50e / Java 1.8.9_66 y Fiji ImageJ 2.0.0-rc.......

Discussion

Clock Scan Protocol: El protocolo Clock Scan es una herramienta rápida y sencilla de análisis de imágenes. Las ventajas de este protocolo, en comparación con los enfoques comunes existentes de análisis de imágenes (tales como exploraciones de intensidad de píxeles lineal o cálculo de la intensidad media de píxel del ROI), se han descrito en detalle en publicaciones anteriores ^{1 , 9} . En pocas palabras, este protocolo permite la generación de per.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Computadora	Cualquiera		compatible con el software que se enumera a continuación
: ImageJ o Fiji ImageJ	NIH	https://imagej.nih.gov/ij/ o https://fiji.sc/	incluido con Java 1.8 o superior
Complementos de escaneo de reloj	software gratuito	https://sourceforge.net/projects/clockscan/	Clock_Scan-1.0.1 jar y Multi_Clock_Scan-1.0.1/
jar Origin 9.0	OriginLab	Northampton, MA, USA	Este programa se utilizó para generar algunos gráficos de los datos originales de Clock Scan. Se puede utilizar cualquier otro software gráfico para realizar esta función