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Escalar el número de parámetros medibles, lo que permite el análisis de datos multidimensionales y, por tanto, resultados estadísticos de mayor confianza, ha sido la principal tendencia en el desarrollo avanzado de la citometría de flujo. En particular, la adición de capacidades de imagen de alta resolución permite el análisis morfológico complejo de estructuras celulares / sub-celulares. Esto no es posible con citómetros de flujo estándar. Sin embargo, es valiosa para avanzar en nuestro conocimiento de las funciones celulares y puede beneficiar la investigación de las ciencias de la vida, el diagnóstico clínico y el monitoreo ambiental. La incorporación de capacidades de imagen en citometría de flujo compromete el rendimiento del análisis, principalmente debido a las limitaciones en la velocidad y sensibilidad en las tecnologías de cámara. Para superar este reto de velocidad o rendimiento enfrentado a la citometría de flujo de imágenes mientras se preserva la calidad de imagen, se ha demostrado que la microscopía óptica de estiramiento de tiempo de detección asimétrica (ATOM) permiteCon una resolución sub-celular, con una capacidad de procesamiento de imágenes de hasta 100.000 células / s. Basado en el concepto de imagen de imágenes de estiramiento de tiempo convencional, que se basa en la codificación y recuperación de toda la imagen óptica mediante el uso de pulsos de láser de banda ancha ultrarrápidos, ATOM avanza adicionalmente el rendimiento de imagen aumentando el contraste de imagen de células no etiquetadas / no teñidas. Esto se logra accediendo a la información de gradiente de fase de las células, que se codifica espectralmente en impulsos de banda ancha de un solo disparo. Por lo tanto, el ATOM es particularmente ventajoso en mediciones de alto rendimiento de la morfología de una sola célula y de la textura - información indicativa de tipos de células, estados e incluso funciones. En última instancia, esto podría convertirse en una potente plataforma de citometría de flujo de imágenes para el fenotipado biofísico de las células, que complementa el estado actual de la técnica bioquímica basada en marcador de ensayo celular. Este trabajo describe un protocolo para establecer los módulos clave de un sistema ATOM (desde el frontend óptico a los datos pRocessing y visualización backend), así como el flujo de trabajo de citometría de flujo de imagen basado en ATOM, utilizando células humanas y microalgas como ejemplos.