Clasificación celular activada por fluorescencia (FACS) ha sido uno de los métodos de elección para aislar las poblaciones enriquecidas de células germinales testiculares de mamíferos. Actualmente, permite la discriminación de hasta 9 poblaciones de células germinales murinas con alto rendimiento y pureza. Esta alta resolución en la discriminación y purificación es posible debido a cambios únicos en la estructura de la cromatina y la cantidad a lo largo de la espermatogénesis. Estos patrones pueden ser capturados por citometría de flujo de células germinales masculinas teñidas con colorantes fluorescentes de unión a ADN tales como Hoechst-33342 (Hoechst). En este documento se describe detalladamente un protocolo recientemente desarrollado para aislar células germinales testiculares de mamíferos. En pocas palabras, las suspensiones de células individuales se generan a partir de tejido testicular por disociación mecánica, se tiñen doblemente con Hoechst y yoduro de propidio (PI) y se procesan mediante citometría de flujo. Una estrategia de gating serie, incluida la selección de células vivas (PI negativo) con diferentes contenidos de ADN (Hoechst intensidad), iS utilizados durante la clasificación FACS para discriminar hasta 5 tipos de células germinales. Estos incluyen, con las correspondientes purezas medias (determinadas por la evaluación microscópica): espermatogonias (66%), espermatocitos primarios (71%) y secundarios (85%) y espermátides (90%), (87%) subpoblaciones. La ejecución de todo el flujo de trabajo es sencilla, permite el aislamiento de 4 tipos de células simultáneamente con la máquina FACS apropiada y se puede realizar en menos de 2 h. A medida que el tiempo de procesamiento es crucial para preservar la fisiología de las células ex vivo , este método es ideal para estudios de alto rendimiento a la baja de la biología de células germinales masculinas. Además, un protocolo estandarizado para la purificación multiespecies de células germinales de mamíferos elimina fuentes metodológicas de variables y permite un único conjunto de reactivos para diferentes modelos animales.