Creando y aplicando una referencia para facilitar la discusión y clasificación de las proteínas en un grupo diverso

Summary

El objetivo de este protocolo es desarrollar una referencia para proteínas divergentes en un grupo que carece de criterios coherentes para la nomenclatura y clasificación. Esta referencia facilitará el análisis y la discusión del grupo como un todo y puede ser utilizada además de nombres establecidos.

Abstract

Relacionados con proteínas que han sido estudiadas en diferentes laboratorios utilizando diferentes organismos pueden carecer de un sistema uniforme de nomenclatura y clasificación, lo que hace difícil discutir el grupo como un todo y poner nuevas secuencias en el contexto adecuado. Desarrollar una referencia que da prioridad a las características de secuencia importante relacionados con la estructura o actividad puede utilizarse además de nombres establecidos para agregar cierta coherencia a un grupo diverso de proteínas. Este papel utiliza la superfamilia cisteína estabiliza hélice de la alfa (CS-αβ) como ejemplo para mostrar cómo una referencia generada en software de hoja de cálculo puede aclarar las relaciones entre las proteínas existentes en la superfamilia, así como facilitar la incorporación de nuevos secuencias. También muestra cómo la referencia puede ayudar a refinar las alineaciones de la secuencia generadas en el software utilizado, que afecta la validez de los análisis filogenéticos. El uso de una referencia probablemente sea más útil para los grupos de proteínas que incluyen secuencias altamente divergentes de una amplia gama de taxa, con características que no son adecuadamente capturados por los análisis moleculares.

Introduction

Nombre de la proteína debe reflejan características y relación con otras proteínas. Desafortunadamente, los nombres se asignan generalmente en el momento del descubrimiento y, como la investigación continúa, puede cambiar la comprensión de un contexto más amplio. Esto puede conducir a varios nombres si una proteína fue identificada independientemente por más de un laboratorio, cambios de nomenclatura o en las características probablemente definitivo al asignar el nombre y el nombre no más suficientemente diferenciando la proteína de los demás.

Defensinas invertebrados proporcionan un buen ejemplo de la degeneración en la nomenclatura y clas....

Protocol

1. determinar las características de la definición del grupo de proteínas de interés

1. consultar publicaciones anteriores para determinar si existe un consenso en relación con las características necesarias ser considerado parte del grupo. Tomar nota de las inconsistencias o diferencias de opinión entre grupos de investigación e incluyen características que pueden servir para distinguir un subgrupo de otro.
2. Si la literatura no responde a características definitorias, utilizar secuencias que se consideran representante del grupo como punto de partida para identificar características conservados.

2. Recoger las secuen....

Results

Grupos de secuencias en la superfamilia CS-αβ divulgado en la literatura se muestran en la figura 4. Los maridajes de cisteína basados en la numeración para cada secuencia sugieren cinco grupos básicos (cuadro 1, columna media). Grupo 1 tiene seis cisteínas que de disulfuro tres bonos e incluye secuencias de insectos, arácnidos, moluscos, nemátodos y hongos. Grupos 2, 3 y 4 tienen 8 cisteínas que forman 4 enlaces disulfuro. Grupo 2 incluye in.......

Discussion

Los criterios para nombrar una proteína dentro de un grupo deben ser claros, pero esto no es siempre el caso. Secuencias que tienen la CS-αβ doble han sido estudiadas en muchos laboratorios usando una variedad de organismos, dando lugar a diferentes sistemas de nomenclatura, así como diferentes niveles de caracterización. Intentar imponer una nueva nomenclatura no es razonable y daría lugar a una gran confusión cuando se consulta la literatura anterior. Una referencia del sistema de numeración puede utilizarse además del.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
		web de BLAST	https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
EditSeq (suite Lasergene)	DNASTAR		https://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx
Excel 2013	Microsoft
FigTree			http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
MEGA www.megasoftware.net			http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
de la base de datos
MrBayes			http://mrbayes.sourceforge.net/