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Análisis comparativo de expresión génica global es una herramienta valiosa para identificar nuevos genes que contribuyen a los fenotipos observados. Tales análisis normalmente dependen de evaluación cuantitativa de la abundancia de transcripción comparada entre experimentales y control de muestras. Enfoques específicos, tales como qRT-PCR son relativamente rápido y preciso para la investigación de los cambios de expresión de gen único. La secuencia de RNA (RNASeq) ofrece un enfoque amplio, libre de hipótesis para identificar cambios significativos en la expresión génica entre las muestras, lo que es ahora el estándar para tales investigaciones a través de sistemas experimentales.
Pez cebra han surgido como un modelo prominente en muchas áreas de la enfermedad. Originalmente desarrollado para su utilidad en estudios de Biología del desarrollo, debido a su alta fecundidad y relativamente bajo costo de mantenimiento, uso experimental del pez cebra ha evolucionado para incluir una amplia gama de fenotipos de embrionario a etapas adultas así como un amplia gama de molecular ensayos de1,2,3. De hecho, estas ventajas hacen estudios mecanísticos moleculares rápido y rentable debido a la facilidad de adquirir grandes cantidades de material combinado con la facilidad de manipulación genética y ambiental en todas las etapas de la vida. Por otra parte, la naturaleza transparente de larvas y embriones de pez cebra lo hacen ideal para la generación de células y tejidos específicos reportero transgénicos líneas visualización en vivo de células discretas las poblaciones4. Explotación de dichas líneas permite análisis de expresión génica global en tipos específicos de la célula aislados basados en la expresión del gen reportero.
Aquí presentamos un protocolo integral para análisis de expresión génica global usando RNASeq después de cultivo de embriones de pez cebra. Manipulación genética experimental, incluyendo morfolino (MO)-caída de base gen transitoria o la edición del genoma mediada por CRISPR, se presentan en otras partes5,6,7. Por lo tanto, centrarse en un protocolo detallado para el aislamiento del ARN de embriones enteros o clasificado transgénicas células expresando reportero seguidas por simple análisis computacional de resultados RNASeq utilizando herramientas de la vía y términos de gene ontology (GO). Por último, hemos incluido una estrategia para la validación de los cambios de expresión génica por PCR (qRT-PCR) de la transcriptasa inversa cuantitativa. Estos protocolos son aplicables a los embriones de pez cebra sujetados a una amplia gama de condiciones experimentales, incluyendo comparación de mutantes genéticos o las condiciones ambientales.