Describimos a IBEX, una herramienta de código abierto diseñada para que estudios de radiomics proyección de imagen médica y cómo utilizar esta herramienta. Además, se exhiben algunos trabajos publicados que han utilizado el IBEX para el análisis de incertidumbre y construcción del modelo.
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Artículo de método
Directrices y experiencia en el uso de biomarcadores Explorer (IBEX) la proyección de imagen de Radiomics
En este artículo
Resumen
Resumen
Imaging Biomarker Explorer (IBEX) es una herramienta de código abierto para trabajo de radiomics proyección de imagen médica. El objetivo de este trabajo es describir cómo utilizar la interfaz de usuario gráfica del IBEX (GUI) y para demostrar cómo el IBEX calcula características se han utilizado en estudios clínicos. IBEX permite la importación de imágenes DICOM con Pinnacle archivos o archivos de estructura de la terapia de radiación de DICOM. Una vez que las imágenes son importadas, IBEX tiene herramientas dentro de la interfaz de selección de datos para manipular la visualización de las imágenes, valores de voxel medida y distancias y crear y editar contornos. IBEX viene con 27 opciones de función de preprocesamiento y 132 diseñar conjuntos de características. Cada categoría de preprocesamiento y función tiene parámetros que pueden modificarse. La salida de IBEX es una hoja de cálculo que contiene: 1) cada característica del conjunto calculado para cada contorno en un conjunto de datos, 2) información sobre cada contorno en un conjunto de datos y 3) un resumen del proceso previo de características y funciones con sus seleccionados parámetros. Características calculadas del IBEX se han utilizado en estudios para probar la variabilidad de características bajo diferentes condiciones de proyección de imagen y modelos de supervivencia para mejorar modelos clínicos actuales.
Introducción
En medicina, diagnóstico de la enfermedad paciente normalmente incorpora un gran número de exámenes de diagnóstico como rayos x, ultrasonido, tomografía computada (CT), resonancia magnética (MRI), y exploraciones de tomografía por emisión de positrones (PET) para ayudar a determinar la curso de atención al paciente. Mientras que los médicos usan estas imágenes para evaluar cualitativamente el diagnóstico del paciente, puede haber características cuantitativas adicionales que se pueden extraer para guiar la atención del paciente. La razón es que estas características pueden representar proteómica y genómicos patrones expresados en la escala macroscópica
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Protocolo
1. Instale IBEX
Nota: Para instalar una versión de código fuente vaya al paso 1.1. Como alternativa, instalar una versión independiente diríjase al paso 1.2.
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Versión de código fuente
- Ir a la IBEX código fuente versión Página Web3. Descargar los archivos "IBEX_Source.zip" y "How_to_use.pdf". Busque en el archivo "How_to_use.pdf" para encontrar los requisitos previos para usar la última versión IBEX.
Nota: IBEX sólo funciona en 32 bits y 64 bits versiones de Matlab 2011a y 2014b, respectivamente. - Una vez que haya finalizado la descarga, descomprime el "IBEX_Source.zip....
- Ir a la IBEX código fuente versión Página Web3. Descargar los archivos "IBEX_Source.zip" y "How_to_use.pdf". Busque en el archivo "How_to_use.pdf" para encontrar los requisitos previos para usar la última versión IBEX.
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Resultados
La salida de IBEX es una hoja de cálculo (ver figura 4) que contiene 3 pestañas. La pestaña "Resultados" contiene los valores de característica para cada retorno de la inversión del conjunto de datos (figura 4A). La ficha "Datos Info." contiene información sobre las imágenes de cada retorno de la inversión del conjunto de datos (figura 4B). La "Función Info." ficha c.......
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Discusión
IBEX es una poderosa herramienta para la investigación de radiomics proyección de imagen médica. Se ha hasta ahora sobre todo utilizado para los propósitos de Oncología de radiación en estudios realizados por el grupo de radiomics de MD Anderson. IBEX permite manipulación de ROIs y cálculo de las características en 5 categorías de la característica principal. La versión de código fuente de IBEX le permite a las aplicaciones de diseño que ya no forman parte del IBEX, tales como características de la matriz de zona de nive.......
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Divulgaciones
Los autores tienen intereses financieros que compiten a revelar.
Agradecimientos
Rachel Ger está financiado por la beca de postgrado de Rosalie B. Hite y American Legión auxiliar beca. Carlos Cardenas ha sido financiado por la beca de George M. Stancel PhD en las ciencias biomédicas. El desarrollo del IBEX fue financiado por el NCI (R03 CA178495).
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Excel | Microsoft Office | Cualquier versión de Excel debería funcionar. | |
| Matlab | MathWorks | Solo utilice IBEX en Matlab 2011a de 32 bits o Matlab 2014b de 64 bits. |
Referencias
- Lambin, P., et al. Radiomics: extracting more information from medical images using advanced feature analysis. EJC. 48, 441-446 (2012).
- Zhang, L., et al. IBEX: an open infrastructure software platform to facilitate collaborati....
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Reimpresiones y permisos
