Method Article

ExCYT: Una interfaz gráfica de usuario para simplificar el análisis de datos multidimensional de citometría de

DOI:

10.3791/57473

January 16th, 2019

In This Article

Summary

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ExCYT es una basada en MATLAB usuario interfaz gráfica (GUI) que permite a los usuarios analizar sus datos de citometría de flujo mediante comúnmente empleado técnicas de análisis de datos multidimensional, incluyendo la reducción de la dimensionalidad mediante t-SNE, una variedad de automatizados y manuales métodos de clustering, heatmaps, novela flujo multidimensional parcelas.

Abstract

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Con el advenimiento de los citómetros de flujo capaz de medir un número cada vez mayor de parámetros, los científicos siguen a desarrollar paneles más grandes para explorar fenotípicamente las características de sus muestras celulares. Sin embargo, estos avances tecnológicos rendimiento multidimensional modems que se han vuelto cada vez más difíciles de analizar objetivamente dentro bloquea los programas tradicionales basados en el manual. Para mejor analizar y presentar datos, los científicos asocian bioinformáticos con experiencia en análisis de datos multidimensional para analizar los datos de la citometría de flujo. Mientras que estos métodos han demostrado ser muy valiosa en el estudio de citometría de flujo, tienen todavía que ser incorporado en un paquete sencillo y fácil de usar para los científicos que carecen de conocimientos de programación o computacional. Para abordar esta necesidad, hemos desarrollado ExCYT, una basada en MATLAB usuario interfaz gráfica (GUI) que optimiza el análisis de datos de citometría de flujo multidimensional mediante la aplicación de técnicas analíticas comúnmente empleadas para la inclusión de datos multidimensional reducción de la dimensionalidad por t-SNE, una variedad de métodos de agrupamiento automatizados y manuales, heatmaps y novela flujo multidimensional parcelas. Además, ExCYT ofrece tradicionales bloquea opciones de seleccionadas poblaciones de interés para más t-SNE y clustering análisis así como la capacidad de aplicar puertas directamente en parcelas t-SNE. El software proporciona la ventaja adicional de trabajar con ya sea compensado o archivos FCS no compensados. En caso de que después de la adquisición indemnización se requiere, el usuario puede elegir proporcionar el programa de un directorio de manchas únicos y una muestra sin manchas. El programa detecta eventos positivos en todos los canales y utiliza estos datos seleccionarlos objetivamente más calcular la matriz de compensación. En Resumen, ExCYT ofrece una tubería de análisis completo para tomar datos de citometría de flujo en forma de archivos de FCS y permitir que a cualquier persona, independientemente de la capacitación computacional, con los últimos enfoques algorítmicos en la comprensión de sus datos.

Introduction

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Avances en citometría de flujo, así como el advenimiento de la citometría de masas ha permitido a los médicos y científicos para rápidamente identificar y caracterizar fenotípicamente las muestras biológica y clínicamente interesantes con nuevos niveles de resolución, creando grandes conjuntos de datos multidimensional que son información rica1,2,3. Mientras que los métodos convencionales para el análisis de datos de citometría de flujo como compuerta manual han sido más sencillos para los experimentos donde hay pocos marcadores y los marcadores tienen poblaciones visualmente....

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Protocol

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1. recolección y preparación de datos de citometría de

  1. Colocar todas las manchas solo en una carpeta propia y sello por el nombre del canal (fluoróforo, no de marcador).

2. los datos importación y pre-procesamiento

  1. Para pausar o guardar a lo largo de esta tubería de análisis, utilice el botón Guardar espacio de trabajo en la parte inferior izquierda del programa para guardar el espacio de trabajo como un '. ESTERA ' archivo que puede ser cargada más adelante mediante la tecla de Espacio de carga de trabajo . No ejecute más de una instancia del programa a la vez. Por lo tanto, al ca....

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Results

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Para probar la usabilidad de los ExCYT, hemos analizado un conjunto de datos curado publicado por Chevrier et al. , titulado 'Un inmune Atlas de clara célula Carcinoma Renal' donde el grupo llevó a cabo análisis CyTOF con un amplio panel inmune en muestras tumorales de 73 pacientes11. Dos paneles separados, un panel mieloide y linfoide, se utilizaron para caracterizar fenotípicamente el microambiente tumoral. El objetivo de nuestro estudio fue recapitular .......

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Discussion

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Aquí os presentamos ExCYT, una interfaz de usuario gráfica novela ejecutando algoritmos basados en MATLAB para simplificar el análisis de datos de citometría de alta dimensión, permitiendo que a las personas con ninguna experiencia en programación para implementar lo último en datos multidimensional algoritmos de análisis. La disponibilidad de este software a la comunidad científica permitirá a los científicos a explorar sus datos de citometría de flujo en un flujo de trabajo intuitivo y sencillo. A través de la realizac.......

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Disclosures

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Los autores no tienen nada que revelar.

Acknowledgements

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Los autores no tienen ninguna agradecimientos.

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
Ordenador de sobremesaSuperMicroCustom BuildOrdenador utilizado para ejecutar análisis
MATLABMathworksN/ASoftware utilizado para desarrollar ExCYT

References

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  1. Benoist, C., Hacohen, N. Flow cytometry, amped up. Science. 332 (6030), 677-678 (2011).
  2. Ornatsky, O., et al. Highly multiparametric analysis by mass cytometry. Journal of immunological methods. 361 (1), 1-20 (2010).
  3. Tanner, S. D., et al.

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High Dimensional CytometryFlow Cytometry Analysist SNE Dimensionality ReductionAutomated Clustering MethodsHeatmap VisualizationGraphical User InterfaceCompensation Matrix CalculationConventional Flow PlotsHigh Dimensional Flow PlotsCluster Analysis Thresholding

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