El método de conjunto de réplica: Un enfoque de alto rendimiento para cuantitativamente medida Caenorhabditis elegans vida útil

Adam B. Cornwell; Jesse R. Llop; Peter Salzman; Juilee Thakar; Andrew V. Samuelson

doi:10.3791/57819

Artículo de método

El método de conjunto de réplica: Un enfoque de alto rendimiento para cuantitativamente medida Caenorhabditis elegans vida útil

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DOI:

10.3791/57819

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29 de junio de 2018

Adam B. Cornwell¹ , Jesse R. Llop¹ , Peter Salzman²^,³ , Juilee Thakar⁴ , Andrew V. Samuelson¹

¹Department of Biomedical Genetics, University of Rochester Medical Center, ²Department of Biostatistics and Computational Biology, University of Rochester Medical Center, ³Non-Clinical Statistics, Bristol-Myers Squibb, ⁴Department of Microbiology and Immunology, University of Rochester Medical Center

En este artículo

Resumen

Aquí describimos el método Replica Set, un enfoque cuantitativo medida vida útil/supervivencia de C. elegans y healthspan en forma robusta y de alto rendimiento, permitiendo la proyección de muchas condiciones sin sacrificar la calidad de los datos. Este protocolo detalla la estrategia y proporciona una herramienta de software para análisis de datos de conjunto de réplica.

Resumen

El método de conjunto de réplica es un enfoque para medir cuantitativamente vida útil o la supervivencia de los nematodos Caenorhabditis elegans en un modo de alto rendimiento, permitiendo que un solo investigador para más tratamientos o condiciones sobre la misma cantidad de tiempo sin pérdida de calidad de los datos. El método requiere equipos comunes en la mayoría de los laboratorios trabajando con C. elegans y así es fácil de adoptar. El enfoque se centra en análisis de muestras independientes de una población en cada punto de observación, en lugar de una sola muestra en el tiempo como con métodos tradicionales y longitudinales. Que implica la adición de líquido en los pocillos de una placa multi-bien, que estimula la C. elegans para mover y facilita la cuantificación de cambios en healthspan. Otros importantes beneficios del método Replica Set incluyen la exposición reducida de la superficie del agar a contaminantes en el aire (e.g. moho u hongo), manejo de animales y robustez a esporádicos mal anotar (como llamar a un animal como muerto cuando aún es mínima viva). Para adecuadamente, analizar y visualizar los datos de un experimento de estilo de conjunto de réplica, también se desarrolló una herramienta de software a la medida. Capacidades actuales del software incluyen ploteo de curvas de supervivencia para tanto réplica establecido y tradicional (Kaplan-Meier) experimentos, así como el análisis estadístico de conjunto de réplica. Los protocolos que aquí describen el enfoque experimental tradicional y el método Replica Set, así como un resumen de los análisis de datos correspondientes.

Introducción

Uno de los avances tecnológicos más transformadoras hacia la comprensión de la base genética del envejecimiento era el desarrollo de alimentación basado en RNAi en la C. elegans¹; antes del uso experimental de RNAi, muchos fenotipos de envejecimiento no eran genéticamente manejables. Alimentación basado en RNAi se logra a través de la producción de dsRNA dentro de e. coli que coincide con un endógeno mRNA de C. elegans : IPTG induce la transcripción bidireccional a través de una inserción del cDNA de C. elegans u o una porción de un marco de lectura abierto dentro de un plásmido²